MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Tri-nucleotide Coding Repeats of Acidithiobacillus caldus SM-1 chromosome

Total Repeats: 39939

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_015850	AGT	2	6	4	9	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	340780745
2	NC_015850	GCA	2	6	90	95	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	340780745
3	NC_015850	GCA	2	6	271	276	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	340780745
4	NC_015850	GCG	2	6	277	282	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	340780745
5	NC_015850	GCA	2	6	317	322	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	340780745
6	NC_015850	GGT	2	6	331	336	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	340780745
7	NC_015850	GGC	2	6	402	407	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	340780745
8	NC_015850	TGG	2	6	462	467	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	340780745
9	NC_015850	TCA	2	6	566	571	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	340780745
10	NC_015850	CGA	2	6	651	656	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	340780745
11	NC_015850	TTC	2	6	697	702	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	340780745
12	NC_015850	CGG	2	6	726	731	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	340780745
13	NC_015850	ATC	3	9	739	747	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	340780745
14	NC_015850	AGG	2	6	767	772	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	340780745
15	NC_015850	GGA	2	6	783	788	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	340780745
16	NC_015850	TTC	2	6	916	921	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	340780745
17	NC_015850	ATT	2	6	1103	1108	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	340780745
18	NC_015850	CTG	2	6	1697	1702	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	340780746
19	NC_015850	CGG	2	6	1707	1712	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	340780746
20	NC_015850	CTG	2	6	1757	1762	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	340780746
21	NC_015850	ACG	2	6	1959	1964	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	340780746
22	NC_015850	ACG	2	6	2043	2048	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	340780746
23	NC_015850	GCA	2	6	2156	2161	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	340780746
24	NC_015850	ACT	2	6	2218	2223	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	340780746
25	NC_015850	GAC	2	6	2455	2460	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	340780746
26	NC_015850	GAG	2	6	2486	2491	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	340780746
27	NC_015850	AAG	3	9	2493	2501	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	340780746
28	NC_015850	GCA	2	6	2628	2633	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	340780746
29	NC_015850	GGC	2	6	2756	2761	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	340780747
30	NC_015850	CTG	2	6	2832	2837	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	340780747
31	NC_015850	GGC	2	6	2854	2859	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	340780747
32	NC_015850	GCT	2	6	3026	3031	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	340780747
33	NC_015850	CCG	2	6	3079	3084	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	340780747
34	NC_015850	CCG	2	6	3119	3124	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	340780747
35	NC_015850	CGC	2	6	3159	3164	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	340780747
36	NC_015850	TTG	2	6	3165	3170	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	340780747
37	NC_015850	AGA	2	6	3209	3214	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	340780747
38	NC_015850	CTG	2	6	3228	3233	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	340780747
39	NC_015850	TGC	2	6	3391	3396	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	340780747
40	NC_015850	GCA	2	6	3406	3411	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	340780747
41	NC_015850	GGT	2	6	3584	3589	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	340780747
42	NC_015850	CGA	2	6	3596	3601	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	340780747
43	NC_015850	GCC	2	6	3606	3611	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	340780747
44	NC_015850	CCG	2	6	3622	3627	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	340780747
45	NC_015850	TGG	2	6	3636	3641	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	340780747
46	NC_015850	CAA	2	6	3645	3650	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	340780747
47	NC_015850	CAT	2	6	3766	3771	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	340780747
48	NC_015850	CGA	2	6	3859	3864	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	340780748
49	NC_015850	CAC	2	6	3878	3883	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	340780748
50	NC_015850	GGT	2	6	3895	3900	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	340780748
51	NC_015850	CGG	3	9	4035	4043	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	340780748
52	NC_015850	CGG	2	6	4069	4074	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	340780748
53	NC_015850	CGA	2	6	4081	4086	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	340780748
54	NC_015850	GGT	2	6	4106	4111	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	340780748
55	NC_015850	CGA	2	6	4384	4389	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	340780748
56	NC_015850	GAA	2	6	4406	4411	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	340780748
57	NC_015850	GGT	2	6	4427	4432	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	340780748
58	NC_015850	GCA	2	6	4461	4466	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	340780748
59	NC_015850	TCA	2	6	4488	4493	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	340780748
60	NC_015850	TGG	2	6	4521	4526	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	340780748
61	NC_015850	CAA	2	6	4579	4584	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	340780748
62	NC_015850	GGC	2	6	4627	4632	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	340780748
63	NC_015850	GAC	2	6	4706	4711	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	340780748
64	NC_015850	CGG	2	6	4728	4733	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	340780748
65	NC_015850	TCC	2	6	4766	4771	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	340780748
66	NC_015850	TCG	2	6	4812	4817	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	340780748
67	NC_015850	GCC	2	6	4883	4888	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	340780748
68	NC_015850	GGT	2	6	4891	4896	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	340780748
69	NC_015850	GGC	2	6	4900	4905	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	340780748
70	NC_015850	GCG	2	6	4919	4924	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	340780748
71	NC_015850	CCG	2	6	5080	5085	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	340780748
72	NC_015850	CCA	2	6	5086	5091	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	340780748
73	NC_015850	AGG	2	6	5208	5213	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	340780748
74	NC_015850	ATC	2	6	5249	5254	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	340780748
75	NC_015850	CTG	2	6	5294	5299	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	340780748
76	NC_015850	CTT	2	6	5305	5310	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	340780748
77	NC_015850	TGG	2	6	5331	5336	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	340780748
78	NC_015850	GCC	2	6	5362	5367	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	340780748
79	NC_015850	GCG	2	6	5474	5479	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	340780748
80	NC_015850	CGA	2	6	5497	5502	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	340780748
81	NC_015850	GCC	2	6	5510	5515	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	340780748
82	NC_015850	CCG	2	6	5609	5614	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	340780748
83	NC_015850	GCG	2	6	5654	5659	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	340780748
84	NC_015850	TCG	2	6	5718	5723	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	340780748
85	NC_015850	AGC	2	6	5778	5783	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	340780748
86	NC_015850	ACC	2	6	6017	6022	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	340780748
87	NC_015850	GGA	2	6	6061	6066	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	340780748
88	NC_015850	CGC	2	6	6073	6078	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	340780748
89	NC_015850	CGA	2	6	6079	6084	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	340780748
90	NC_015850	CGC	2	6	6122	6127	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	340780748
91	NC_015850	GAG	2	6	6137	6142	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	340780748
92	NC_015850	GGC	2	6	6317	6322	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	340780749
93	NC_015850	GCC	2	6	6384	6389	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	340780749
94	NC_015850	CTG	2	6	6411	6416	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	340780749
95	NC_015850	CTT	2	6	6455	6460	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	340780749
96	NC_015850	GCA	2	6	6488	6493	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	340780749
97	NC_015850	TGC	2	6	6541	6546	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	340780749
98	NC_015850	GCG	2	6	6554	6559	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	340780749
99	NC_015850	CAG	2	6	6621	6626	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	340780749
100	NC_015850	CCG	2	6	6640	6645	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	340780749
101	NC_015850	CGA	2	6	6689	6694	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	340780749
102	NC_015850	GCA	2	6	6764	6769	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	340780749
103	NC_015850	CGC	2	6	7136	7141	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	340780749
104	NC_015850	TGG	2	6	7156	7161	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	340780749
105	NC_015850	CCT	2	6	7316	7321	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	340780749
106	NC_015850	CGG	2	6	7377	7382	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	340780749
107	NC_015850	TGG	3	9	7387	7395	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	340780749
108	NC_015850	CAC	2	6	7425	7430	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	340780749
109	NC_015850	GTG	2	6	7452	7457	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	340780749
110	NC_015850	GAG	2	6	7491	7496	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	340780749
111	NC_015850	GGC	2	6	7523	7528	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	340780749
112	NC_015850	AGG	2	6	7534	7539	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	340780749
113	NC_015850	CTG	3	9	7554	7562	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	340780749
114	NC_015850	CGG	2	6	7644	7649	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	340780749
115	NC_015850	CGG	2	6	7667	7672	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	340780749
116	NC_015850	CCG	2	6	7885	7890	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	340780749
117	NC_015850	GGT	3	9	7899	7907	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	340780749
118	NC_015850	CTA	2	6	7943	7948	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	340780749
119	NC_015850	GGC	3	9	7991	7999	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	340780749
120	NC_015850	GCG	2	6	8010	8015	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	340780749
121	NC_015850	CCA	2	6	8044	8049	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	340780749
122	NC_015850	AGC	2	6	8119	8124	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	340780749
123	NC_015850	CAA	2	6	8187	8192	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	340780749
124	NC_015850	TCA	2	6	8224	8229	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	340780749
125	NC_015850	AGG	2	6	8239	8244	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	340780749
126	NC_015850	TCT	2	6	8248	8253	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	340780749
127	NC_015850	AGG	2	6	8257	8262	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	340780749
128	NC_015850	TCG	2	6	8395	8400	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	340780749
129	NC_015850	GGC	2	6	8519	8524	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	340780749
130	NC_015850	CCT	2	6	8557	8562	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	340780749
131	NC_015850	ATC	2	6	8578	8583	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	340780749
132	NC_015850	CCG	2	6	8759	8764	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	340780749
133	NC_015850	GCA	2	6	8773	8778	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	340780749
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135	NC_015850	GGT	2	6	8879	8884	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	340780749
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140	NC_015850	GGT	2	6	9017	9022	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	340780749
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156	NC_015850	GAT	2	6	10358	10363	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	340780751
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235	NC_015850	CCA	3	9	15249	15257	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	340780756
236	NC_015850	TGA	2	6	15279	15284	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	340780756
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238	NC_015850	CGA	2	6	15576	15581	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	340780756
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243	NC_015850	TCG	2	6	15728	15733	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	340780756
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248	NC_015850	CAT	2	6	16197	16202	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	340780757
249	NC_015850	CGA	2	6	16226	16231	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	340780757
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251	NC_015850	GAA	2	6	16266	16271	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	340780757
252	NC_015850	TTC	2	6	16323	16328	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	340780757
253	NC_015850	GCA	2	6	16463	16468	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	340780757
254	NC_015850	GTC	2	6	16539	16544	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	340780757
255	NC_015850	GGC	3	9	16545	16553	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	340780757
256	NC_015850	GCA	2	6	16616	16621	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	340780757
257	NC_015850	CGC	2	6	16701	16706	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	340780757
258	NC_015850	AGG	2	6	16780	16785	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	340780757
259	NC_015850	GCA	2	6	16816	16821	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	340780757
260	NC_015850	CGG	2	6	16951	16956	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	340780757
261	NC_015850	ATG	2	6	16966	16971	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	340780757
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263	NC_015850	CGA	2	6	17147	17152	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	340780758
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288	NC_015850	GTG	2	6	18428	18433	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	340780759
289	NC_015850	GGA	2	6	18686	18691	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	340780760
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