MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Repeats of Mycobacterium avium subsp. paratuberculosis K-10

Total Repeats: 4586

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_002944	CGGGC	2	10	1302	1311	0 %	0 %	60 %	40 %	41406099
2	NC_002944	ACCAC	2	10	1412	1421	40 %	0 %	0 %	60 %	41406099
3	NC_002944	GGCCG	2	10	3045	3054	0 %	0 %	60 %	40 %	41406100
4	NC_002944	CCGGC	2	10	4923	4932	0 %	0 %	40 %	60 %	41406102
5	NC_002944	GCACC	2	10	6004	6013	20 %	0 %	20 %	60 %	41406103
6	NC_002944	GCAGC	2	10	6982	6991	20 %	0 %	40 %	40 %	41406103
7	NC_002944	GCAGC	2	10	7377	7386	20 %	0 %	40 %	40 %	41406104
8	NC_002944	GGGCA	2	10	7639	7648	20 %	0 %	60 %	20 %	41406104
9	NC_002944	GCGAA	2	10	12251	12260	40 %	0 %	40 %	20 %	41406107
10	NC_002944	CGGCT	2	10	12425	12434	0 %	20 %	40 %	40 %	41406107
11	NC_002944	CGGGC	2	10	15518	15527	0 %	0 %	60 %	40 %	41406112
12	NC_002944	GCCCA	2	10	15930	15939	20 %	0 %	20 %	60 %	41406112
13	NC_002944	CGGGC	2	10	16169	16178	0 %	0 %	60 %	40 %	41406113
14	NC_002944	TCCCG	2	10	16698	16707	0 %	20 %	20 %	60 %	41406114
15	NC_002944	CCAGC	2	10	16804	16813	20 %	0 %	20 %	60 %	41406114
16	NC_002944	GCCGG	2	10	18836	18845	0 %	0 %	60 %	40 %	41406115
17	NC_002944	CGGCG	2	10	18885	18894	0 %	0 %	60 %	40 %	41406115
18	NC_002944	CGGCG	2	10	19322	19331	0 %	0 %	60 %	40 %	41406116
19	NC_002944	CGGCG	2	10	19873	19882	0 %	0 %	60 %	40 %	41406117
20	NC_002944	TTAGC	2	10	20106	20115	20 %	40 %	20 %	20 %	41406117
21	NC_002944	GGTCG	2	10	20491	20500	0 %	20 %	60 %	20 %	41406117
22	NC_002944	CGGCG	2	10	20563	20572	0 %	0 %	60 %	40 %	41406117
23	NC_002944	GCTGA	2	10	22392	22401	20 %	20 %	40 %	20 %	41406118
24	NC_002944	GCCGG	2	10	22809	22818	0 %	0 %	60 %	40 %	41406119
25	NC_002944	GACGG	2	10	24575	24584	20 %	0 %	60 %	20 %	41406120
26	NC_002944	GGCGG	2	10	25839	25848	0 %	0 %	80 %	20 %	41406121
27	NC_002944	CGAAC	2	10	26175	26184	40 %	0 %	20 %	40 %	41406121
28	NC_002944	CAGCG	2	10	26996	27005	20 %	0 %	40 %	40 %	41406122
29	NC_002944	ACGGG	2	10	30598	30607	20 %	0 %	60 %	20 %	41406125
30	NC_002944	CCCGG	2	10	31113	31122	0 %	0 %	40 %	60 %	41406125
31	NC_002944	GATGC	2	10	39517	39526	20 %	20 %	40 %	20 %	41406131
32	NC_002944	CGGCG	2	10	41663	41672	0 %	0 %	60 %	40 %	41406133
33	NC_002944	ACCGG	2	10	41674	41683	20 %	0 %	40 %	40 %	41406133
34	NC_002944	CGGGC	2	10	42656	42665	0 %	0 %	60 %	40 %	41406134
35	NC_002944	CGGCG	2	10	43121	43130	0 %	0 %	60 %	40 %	41406135
36	NC_002944	GGCCG	2	10	44583	44592	0 %	0 %	60 %	40 %	41406136
37	NC_002944	CGGGC	2	10	44868	44877	0 %	0 %	60 %	40 %	41406136
38	NC_002944	CCGTC	2	10	45115	45124	0 %	20 %	20 %	60 %	41406137
39	NC_002944	GTGCG	2	10	46219	46228	0 %	20 %	60 %	20 %	41406139
40	NC_002944	GTCGG	2	10	48642	48651	0 %	20 %	60 %	20 %	41406141
41	NC_002944	TTGTC	2	10	50692	50701	0 %	60 %	20 %	20 %	41406143
42	NC_002944	GCCTT	2	10	50703	50712	0 %	40 %	20 %	40 %	41406143
43	NC_002944	CGGCG	2	10	50883	50892	0 %	0 %	60 %	40 %	41406144
44	NC_002944	TGACG	2	10	51633	51642	20 %	20 %	40 %	20 %	41406145
45	NC_002944	TCGGG	2	10	51897	51906	0 %	20 %	60 %	20 %	41406145
46	NC_002944	GCAAC	2	10	52440	52449	40 %	0 %	20 %	40 %	41406145
47	NC_002944	CGGCG	2	10	53476	53485	0 %	0 %	60 %	40 %	41406146
48	NC_002944	CGTCC	2	10	54819	54828	0 %	20 %	20 %	60 %	41406146
49	NC_002944	GCACC	2	10	54967	54976	20 %	0 %	20 %	60 %	41406146
50	NC_002944	CGGTG	2	10	57164	57173	0 %	20 %	60 %	20 %	41406149
51	NC_002944	GGGCG	2	10	58961	58970	0 %	0 %	80 %	20 %	41406150
52	NC_002944	GTGGG	2	10	59754	59763	0 %	20 %	80 %	0 %	41406151
53	NC_002944	GACGG	2	10	65848	65857	20 %	0 %	60 %	20 %	41406157
54	NC_002944	ATCGT	2	10	68154	68163	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
55	NC_002944	CGGGA	2	10	68476	68485	20 %	0 %	60 %	20 %	41406160
56	NC_002944	GCGCC	2	10	70176	70185	0 %	0 %	40 %	60 %	41406162
57	NC_002944	CCGGA	2	10	73175	73184	20 %	0 %	40 %	40 %	41406163
58	NC_002944	GCCTG	2	10	74091	74100	0 %	20 %	40 %	40 %	41406164
59	NC_002944	GCCGC	2	10	75018	75027	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
60	NC_002944	GCGTC	2	10	75824	75833	0 %	20 %	40 %	40 %	41406167
61	NC_002944	ACCGG	2	10	76553	76562	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
62	NC_002944	AGCAG	2	10	79805	79814	40 %	0 %	40 %	20 %	41406170
63	NC_002944	TGTCG	2	10	79894	79903	0 %	40 %	40 %	20 %	41406170
64	NC_002944	TGGGA	2	10	81196	81205	20 %	20 %	60 %	0 %	41406171
65	NC_002944	CGCAC	2	10	84116	84125	20 %	0 %	20 %	60 %	41406174
66	NC_002944	GCTGG	2	10	84186	84195	0 %	20 %	60 %	20 %	41406174
67	NC_002944	TCAGC	2	10	85569	85578	20 %	20 %	20 %	40 %	41406174
68	NC_002944	GCCGC	2	10	87733	87742	0 %	0 %	40 %	60 %	41406175
69	NC_002944	CCGTC	2	10	88073	88082	0 %	20 %	20 %	60 %	41406175
70	NC_002944	CTGCA	2	10	88714	88723	20 %	20 %	20 %	40 %	41406177
71	NC_002944	GCTGC	2	10	90152	90161	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
72	NC_002944	CGTCG	2	10	90274	90283	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
73	NC_002944	GCATG	2	10	91902	91911	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
74	NC_002944	GCCGT	2	10	93050	93059	0 %	20 %	40 %	40 %	41406181
75	NC_002944	GGCCG	2	10	94449	94458	0 %	0 %	60 %	40 %	41406183
76	NC_002944	CGGCG	2	10	96045	96054	0 %	0 %	60 %	40 %	41406184
77	NC_002944	CCGGG	2	10	98312	98321	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
78	NC_002944	CGGCG	2	10	98411	98420	0 %	0 %	60 %	40 %	41406188
79	NC_002944	CGCAG	2	10	99805	99814	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
80	NC_002944	GCGCG	2	10	100552	100561	0 %	0 %	60 %	40 %	41406190
81	NC_002944	CCGGC	2	10	103995	104004	0 %	0 %	40 %	60 %	41406194
82	NC_002944	CGCCC	2	10	107662	107671	0 %	0 %	20 %	80 %	41406199
83	NC_002944	GACCG	2	10	109471	109480	20 %	0 %	40 %	40 %	41406201
84	NC_002944	CGGTG	2	10	114075	114084	0 %	20 %	60 %	20 %	41406203
85	NC_002944	CATCC	2	10	117277	117286	20 %	20 %	0 %	60 %	Non-Coding
86	NC_002944	ATGCG	2	10	117620	117629	20 %	20 %	40 %	20 %	41406205
87	NC_002944	GGCAA	2	10	123026	123035	40 %	0 %	40 %	20 %	41406210
88	NC_002944	AGCCA	2	10	123449	123458	40 %	0 %	20 %	40 %	41406210
89	NC_002944	GTCCG	2	10	123676	123685	0 %	20 %	40 %	40 %	41406210
90	NC_002944	CGCGG	2	10	125137	125146	0 %	0 %	60 %	40 %	41406212
91	NC_002944	ACGGT	2	10	125155	125164	20 %	20 %	40 %	20 %	41406212
92	NC_002944	CGCGC	2	10	125165	125174	0 %	0 %	40 %	60 %	41406212
93	NC_002944	GCTGG	2	10	125218	125227	0 %	20 %	60 %	20 %	41406212
94	NC_002944	GCACG	2	10	125440	125449	20 %	0 %	40 %	40 %	41406212
95	NC_002944	CGGCC	2	10	125963	125972	0 %	0 %	40 %	60 %	41406213
96	NC_002944	CGCGG	2	10	126685	126694	0 %	0 %	60 %	40 %	41406214
97	NC_002944	ACCGC	2	10	126885	126894	20 %	0 %	20 %	60 %	41406214
98	NC_002944	GGCGC	3	15	129368	129382	0 %	0 %	60 %	40 %	41406217
99	NC_002944	GCCAG	2	10	129512	129521	20 %	0 %	40 %	40 %	41406217
100	NC_002944	CGGCC	2	10	129716	129725	0 %	0 %	40 %	60 %	41406217
101	NC_002944	ACGGC	2	10	130393	130402	20 %	0 %	40 %	40 %	41406219
102	NC_002944	CTTCC	2	10	130523	130532	0 %	40 %	0 %	60 %	41406219
103	NC_002944	GCCCG	2	10	131171	131180	0 %	0 %	40 %	60 %	41406221
104	NC_002944	CGGCG	2	10	133079	133088	0 %	0 %	60 %	40 %	41406223
105	NC_002944	CCGGT	2	10	134110	134119	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
106	NC_002944	CCCGG	2	10	134882	134891	0 %	0 %	40 %	60 %	41406225
107	NC_002944	GTCGA	2	10	136555	136564	20 %	20 %	40 %	20 %	41406226
108	NC_002944	TCCGA	2	10	136690	136699	20 %	20 %	20 %	40 %	41406226
109	NC_002944	CGGGC	2	10	137185	137194	0 %	0 %	60 %	40 %	41406227
110	NC_002944	TCGGC	2	10	137273	137282	0 %	20 %	40 %	40 %	41406227
111	NC_002944	GCTGG	2	10	137566	137575	0 %	20 %	60 %	20 %	41406227
112	NC_002944	GCCGC	2	10	137751	137760	0 %	0 %	40 %	60 %	41406227
113	NC_002944	GCGCC	2	10	138631	138640	0 %	0 %	40 %	60 %	41406229
114	NC_002944	GGCGC	2	10	139280	139289	0 %	0 %	60 %	40 %	41406229
115	NC_002944	CGCGC	2	10	139942	139951	0 %	0 %	40 %	60 %	41406230
116	NC_002944	TGCTG	2	10	140398	140407	0 %	40 %	40 %	20 %	41406230
117	NC_002944	CCGGT	2	10	140896	140905	0 %	20 %	40 %	40 %	41406231
118	NC_002944	CCCGG	2	10	142861	142870	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
119	NC_002944	GACCC	2	10	143126	143135	20 %	0 %	20 %	60 %	41406233
120	NC_002944	CGAAG	2	10	144125	144134	40 %	0 %	40 %	20 %	41406234
121	NC_002944	GCACC	2	10	145489	145498	20 %	0 %	20 %	60 %	41406236
122	NC_002944	CGGAT	2	10	146836	146845	20 %	20 %	40 %	20 %	41406239
123	NC_002944	TCGGC	2	10	147892	147901	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
124	NC_002944	CAGCG	2	10	148273	148282	20 %	0 %	40 %	40 %	41406240
125	NC_002944	GCACC	2	10	149219	149228	20 %	0 %	20 %	60 %	Non-Coding
126	NC_002944	ACGCA	2	10	151339	151348	40 %	0 %	20 %	40 %	41406243
127	NC_002944	GTGGC	2	10	151456	151465	0 %	20 %	60 %	20 %	41406244
128	NC_002944	TCGGC	2	10	155397	155406	0 %	20 %	40 %	40 %	41406248
129	NC_002944	ACGTC	2	10	155586	155595	20 %	20 %	20 %	40 %	41406248
130	NC_002944	GTCCC	2	10	156215	156224	0 %	20 %	20 %	60 %	41406250
131	NC_002944	CGACT	2	10	159185	159194	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
132	NC_002944	CCGGG	2	10	159761	159770	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
133	NC_002944	CACTA	2	10	159813	159822	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
134	NC_002944	AGGGC	2	10	163687	163696	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
135	NC_002944	CGAGC	2	10	163963	163972	20 %	0 %	40 %	40 %	41406260
136	NC_002944	GCCGC	2	10	164778	164787	0 %	0 %	40 %	60 %	41406261
137	NC_002944	CGATG	2	10	167005	167014	20 %	20 %	40 %	20 %	41406262
138	NC_002944	GGCCG	2	10	167673	167682	0 %	0 %	60 %	40 %	41406263
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262	NC_002944	GCCGG	2	10	297990	297999	0 %	0 %	60 %	40 %	41406378
263	NC_002944	AAAGC	2	10	299416	299425	60 %	0 %	20 %	20 %	41406380
264	NC_002944	CACTG	2	10	300900	300909	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
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267	NC_002944	CTCGA	2	10	303648	303657	20 %	20 %	20 %	40 %	41406383
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269	NC_002944	GGACT	2	10	309003	309012	20 %	20 %	40 %	20 %	41406390
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