MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Tri-nucleotide Coding Repeats of Acidithiobacillus caldus SM-1 megaplasmid

Total Repeats: 2809

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_015851	GCT	2	6	389	394	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	340783626
2	NC_015851	CAT	2	6	427	432	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	340783626
3	NC_015851	GAA	2	6	602	607	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	340783626
4	NC_015851	CAT	2	6	680	685	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	340783626
5	NC_015851	CTA	2	6	803	808	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	340783626
6	NC_015851	GCA	2	6	857	862	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	340783626
7	NC_015851	GGA	2	6	890	895	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	340783626
8	NC_015851	CTG	2	6	950	955	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	340783626
9	NC_015851	CAA	2	6	970	975	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	340783626
10	NC_015851	GGT	2	6	1015	1020	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	340783626
11	NC_015851	GGT	2	6	1048	1053	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	340783626
12	NC_015851	GAG	2	6	1119	1124	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	340783626
13	NC_015851	GAT	2	6	1186	1191	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	340783627
14	NC_015851	TTC	2	6	1217	1222	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	340783627
15	NC_015851	GAT	2	6	1240	1245	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	340783627
16	NC_015851	CCA	2	6	1518	1523	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	340783627
17	NC_015851	TGA	2	6	1532	1537	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	340783627
18	NC_015851	AGG	2	6	1555	1560	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	340783628
19	NC_015851	GCC	2	6	1773	1778	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	340783628
20	NC_015851	CCG	2	6	1780	1785	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	340783628
21	NC_015851	CCA	2	6	1795	1800	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	340783628
22	NC_015851	CGC	2	6	1820	1825	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	340783628
23	NC_015851	GCC	2	6	1836	1841	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	340783628
24	NC_015851	CGC	3	9	1862	1870	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	340783628
25	NC_015851	CCG	2	6	1873	1878	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	340783628
26	NC_015851	TGG	2	6	1895	1900	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	340783628
27	NC_015851	GCC	2	6	1902	1907	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	340783628
28	NC_015851	CCA	2	6	1924	1929	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	340783628
29	NC_015851	CCG	2	6	1933	1938	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	340783628
30	NC_015851	CCT	2	6	1957	1962	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	340783628
31	NC_015851	CCT	2	6	2002	2007	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	340783628
32	NC_015851	CGG	2	6	2102	2107	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	340783628
33	NC_015851	GGC	2	6	2232	2237	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	340783628
34	NC_015851	AGA	2	6	2270	2275	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	340783628
35	NC_015851	TTC	2	6	2542	2547	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	340783629
36	NC_015851	ATA	2	6	2773	2778	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	340783629
37	NC_015851	ACT	2	6	3020	3025	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	340783629
38	NC_015851	GGT	2	6	3085	3090	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	340783629
39	NC_015851	GGT	2	6	3139	3144	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	340783629
40	NC_015851	AAT	2	6	3198	3203	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	340783629
41	NC_015851	CAT	2	6	3383	3388	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	340783629
42	NC_015851	CTG	2	6	3418	3423	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	340783629
43	NC_015851	ATT	2	6	3427	3432	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	340783629
44	NC_015851	ATC	2	6	3466	3471	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	340783629
45	NC_015851	AAG	2	6	3499	3504	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	340783629
46	NC_015851	AAT	2	6	3565	3570	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	340783629
47	NC_015851	TGC	2	6	3596	3601	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	340783629
48	NC_015851	AAC	2	6	3607	3612	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	340783629
49	NC_015851	TAT	2	6	3636	3641	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	340783629
50	NC_015851	TGA	2	6	3725	3730	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	340783629
51	NC_015851	ATT	2	6	3852	3857	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	340783630
52	NC_015851	CAA	2	6	3868	3873	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	340783630
53	NC_015851	ATG	2	6	3970	3975	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	340783630
54	NC_015851	GTG	2	6	3991	3996	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	340783630
55	NC_015851	ACG	2	6	4037	4042	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	340783630
56	NC_015851	ATG	2	6	4255	4260	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	340783630
57	NC_015851	GTT	2	6	4272	4277	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	340783630
58	NC_015851	GAT	2	6	4278	4283	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	340783630
59	NC_015851	ATT	2	6	4436	4441	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	340783630
60	NC_015851	AGC	2	6	4584	4589	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	340783630
61	NC_015851	TAC	2	6	4702	4707	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	340783630
62	NC_015851	GAG	2	6	4755	4760	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	340783630
63	NC_015851	GAC	2	6	4864	4869	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	340783630
64	NC_015851	GGT	2	6	4891	4896	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	340783630
65	NC_015851	GGT	2	6	4959	4964	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	340783630
66	NC_015851	GAA	2	6	5017	5022	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	340783631
67	NC_015851	GAA	2	6	5261	5266	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	340783631
68	NC_015851	TGC	2	6	5353	5358	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	340783631
69	NC_015851	GTT	2	6	5446	5451	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	340783631
70	NC_015851	GGA	2	6	5471	5476	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	340783631
71	NC_015851	GCC	2	6	5596	5601	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	340783631
72	NC_015851	CTC	2	6	5709	5714	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	340783631
73	NC_015851	CTT	2	6	5786	5791	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	340783631
74	NC_015851	GAT	2	6	5822	5827	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	340783631
75	NC_015851	TGC	2	6	5947	5952	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	340783631
76	NC_015851	GAA	2	6	5981	5986	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	340783631
77	NC_015851	GGC	2	6	6057	6062	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	340783632
78	NC_015851	GCA	2	6	6236	6241	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	340783632
79	NC_015851	AGG	2	6	6366	6371	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	340783632
80	NC_015851	CGA	2	6	6701	6706	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	340783632
81	NC_015851	GAC	2	6	6715	6720	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	340783632
82	NC_015851	AGC	2	6	6828	6833	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	340783632
83	NC_015851	GTG	2	6	6935	6940	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	340783632
84	NC_015851	ATC	2	6	6994	6999	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	340783632
85	NC_015851	GAT	2	6	7204	7209	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	340783633
86	NC_015851	AGA	2	6	7293	7298	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	340783633
87	NC_015851	GGT	2	6	7306	7311	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	340783633
88	NC_015851	GCT	2	6	7319	7324	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	340783633
89	NC_015851	AGC	2	6	7362	7367	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	340783633
90	NC_015851	TCC	2	6	7381	7386	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	340783633
91	NC_015851	GAT	2	6	7399	7404	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	340783633
92	NC_015851	TGG	2	6	7416	7421	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	340783633
93	NC_015851	CTG	2	6	7466	7471	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	340783633
94	NC_015851	TCG	2	6	7474	7479	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	340783633
95	NC_015851	GCT	2	6	7515	7520	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	340783633
96	NC_015851	GGT	2	6	7737	7742	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	340783634
97	NC_015851	CGG	2	6	7810	7815	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	340783634
98	NC_015851	GGC	2	6	7929	7934	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	340783634
99	NC_015851	CTG	2	6	7981	7986	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	340783634
100	NC_015851	GCC	2	6	7996	8001	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	340783634
101	NC_015851	CGG	2	6	8050	8055	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	340783634
102	NC_015851	CCG	2	6	8082	8087	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	340783634
103	NC_015851	CGT	2	6	8190	8195	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	340783634
104	NC_015851	ACT	2	6	8372	8377	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	340783634
105	NC_015851	AAG	2	6	8419	8424	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	340783634
106	NC_015851	AGA	2	6	8447	8452	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	340783634
107	NC_015851	CGG	2	6	8467	8472	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	340783634
108	NC_015851	CTG	2	6	8541	8546	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	340783634
109	NC_015851	TCA	2	6	8549	8554	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	340783634
110	NC_015851	CGG	2	6	8654	8659	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	340783634
111	NC_015851	CTC	2	6	8728	8733	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	340783634
112	NC_015851	CTT	2	6	8826	8831	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	340783634
113	NC_015851	GCG	2	6	8881	8886	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	340783634
114	NC_015851	AGC	2	6	9394	9399	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	340783635
115	NC_015851	AAG	2	6	9501	9506	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	340783635
116	NC_015851	GTG	2	6	9663	9668	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	340783636
117	NC_015851	TCG	2	6	9802	9807	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	340783636
118	NC_015851	GGC	2	6	9829	9834	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	340783636
119	NC_015851	ACC	2	6	9883	9888	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	340783636
120	NC_015851	ATC	2	6	10042	10047	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	340783636
121	NC_015851	GGT	2	6	10053	10058	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	340783636
122	NC_015851	CGG	2	6	10136	10141	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	340783636
123	NC_015851	TCG	2	6	10144	10149	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	340783636
124	NC_015851	GGC	2	6	10156	10161	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	340783636
125	NC_015851	GAT	2	6	10231	10236	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	340783637
126	NC_015851	CGG	2	6	10248	10253	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	340783637
127	NC_015851	AGA	2	6	10320	10325	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	340783637
128	NC_015851	GGT	2	6	10333	10338	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	340783637
129	NC_015851	AGC	2	6	10389	10394	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	340783637
130	NC_015851	TCC	2	6	10408	10413	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	340783637
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251	NC_015851	CAG	2	6	22958	22963	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	340783647
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253	NC_015851	CGG	2	6	23030	23035	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	340783647
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499	NC_015851	CTT	2	6	44622	44627	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	340783673
500	NC_015851	GAC	2	6	44686	44691	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	340783673

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