MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Repeats of Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius Tc-4-1 chromosome

Total Repeats: 2210

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_017167	TGAAG	2	10	305	314	40 %	20 %	40 %	0 %	384133788
2	NC_017167	AGGGA	2	10	1609	1618	40 %	0 %	60 %	0 %	Non-Coding
3	NC_017167	CACAT	2	10	2775	2784	40 %	20 %	0 %	40 %	384133791
4	NC_017167	CGCGG	2	10	2884	2893	0 %	0 %	60 %	40 %	384133791
5	NC_017167	GACGC	2	10	6734	6743	20 %	0 %	40 %	40 %	384133794
6	NC_017167	TGGCG	2	10	8440	8449	0 %	20 %	60 %	20 %	384133794
7	NC_017167	GCTTT	2	10	8722	8731	0 %	60 %	20 %	20 %	384133795
8	NC_017167	CTTGA	2	10	11362	11371	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
9	NC_017167	CCTTC	2	10	11736	11745	0 %	40 %	0 %	60 %	Non-Coding
10	NC_017167	TCGTG	2	10	11784	11793	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
11	NC_017167	CGCGG	2	10	20669	20678	0 %	0 %	60 %	40 %	384133804
12	NC_017167	GCGCG	2	10	21271	21280	0 %	0 %	60 %	40 %	384133805
13	NC_017167	GTTCT	2	10	23400	23409	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
14	NC_017167	AGGAT	2	10	25285	25294	40 %	20 %	40 %	0 %	384133808
15	NC_017167	ACGAG	2	10	32131	32140	40 %	0 %	40 %	20 %	384133814
16	NC_017167	CGTCG	2	10	33665	33674	0 %	20 %	40 %	40 %	384133816
17	NC_017167	CGCGG	2	10	33700	33709	0 %	0 %	60 %	40 %	384133816
18	NC_017167	GCGCC	2	10	34391	34400	0 %	0 %	40 %	60 %	384133816
19	NC_017167	GTTCG	2	10	35278	35287	0 %	40 %	40 %	20 %	384133817
20	NC_017167	CCCGG	2	10	35604	35613	0 %	0 %	40 %	60 %	384133817
21	NC_017167	CAGAA	2	10	36314	36323	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
22	NC_017167	GAAGC	2	10	37372	37381	40 %	0 %	40 %	20 %	384133818
23	NC_017167	TACGC	2	10	38788	38797	20 %	20 %	20 %	40 %	384133821
24	NC_017167	CCGAG	2	10	40628	40637	20 %	0 %	40 %	40 %	384133824
25	NC_017167	GAAAT	2	10	41592	41601	60 %	20 %	20 %	0 %	384133825
26	NC_017167	AGCCA	2	10	41655	41664	40 %	0 %	20 %	40 %	384133826
27	NC_017167	AAGGC	2	10	42686	42695	40 %	0 %	40 %	20 %	384133826
28	NC_017167	GCGCC	2	10	43212	43221	0 %	0 %	40 %	60 %	384133827
29	NC_017167	CCGTC	2	10	45090	45099	0 %	20 %	20 %	60 %	384133829
30	NC_017167	GCGAT	2	10	45175	45184	20 %	20 %	40 %	20 %	384133829
31	NC_017167	GCCTT	2	10	45232	45241	0 %	40 %	20 %	40 %	384133829
32	NC_017167	GCCGC	2	10	45480	45489	0 %	0 %	40 %	60 %	384133829
33	NC_017167	CGTGG	2	10	48110	48119	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
34	NC_017167	AGGCG	2	10	50856	50865	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
35	NC_017167	CGCGC	2	10	52537	52546	0 %	0 %	40 %	60 %	384133836
36	NC_017167	GCGGA	2	10	52571	52580	20 %	0 %	60 %	20 %	384133836
37	NC_017167	GCTCG	2	10	53920	53929	0 %	20 %	40 %	40 %	384133837
38	NC_017167	GCGCC	2	10	54620	54629	0 %	0 %	40 %	60 %	384133838
39	NC_017167	GCGCA	2	10	56409	56418	20 %	0 %	40 %	40 %	384133839
40	NC_017167	AGGTG	2	10	56728	56737	20 %	20 %	60 %	0 %	384133840
41	NC_017167	GCCAG	2	10	57732	57741	20 %	0 %	40 %	40 %	384133841
42	NC_017167	TCGGC	2	10	61120	61129	0 %	20 %	40 %	40 %	384133844
43	NC_017167	GGTTT	2	10	63384	63393	0 %	60 %	40 %	0 %	384133847
44	NC_017167	GCCGC	2	10	63425	63434	0 %	0 %	40 %	60 %	384133847
45	NC_017167	GAGGC	2	10	66446	66455	20 %	0 %	60 %	20 %	384133848
46	NC_017167	ATGCA	2	10	67024	67033	40 %	20 %	20 %	20 %	384133849
47	NC_017167	CGGAG	2	10	67738	67747	20 %	0 %	60 %	20 %	384133849
48	NC_017167	ACGCC	2	10	68782	68791	20 %	0 %	20 %	60 %	384133851
49	NC_017167	TCGCG	2	10	69415	69424	0 %	20 %	40 %	40 %	384133851
50	NC_017167	GAGCA	2	10	69738	69747	40 %	0 %	40 %	20 %	384133851
51	NC_017167	GCGTG	2	10	70450	70459	0 %	20 %	60 %	20 %	384133852
52	NC_017167	GGATT	2	10	70577	70586	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
53	NC_017167	CGGGC	2	10	73594	73603	0 %	0 %	60 %	40 %	384133854
54	NC_017167	GCGGA	2	10	74234	74243	20 %	0 %	60 %	20 %	384133855
55	NC_017167	GATGG	2	10	76394	76403	20 %	20 %	60 %	0 %	384133856
56	NC_017167	CAGGT	2	10	76504	76513	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
57	NC_017167	CGACG	2	10	76692	76701	20 %	0 %	40 %	40 %	384133857
58	NC_017167	CGCAC	2	10	80384	80393	20 %	0 %	20 %	60 %	Non-Coding
59	NC_017167	TCTGT	2	10	81564	81573	0 %	60 %	20 %	20 %	384133860
60	NC_017167	GGGCA	2	10	82323	82332	20 %	0 %	60 %	20 %	384133861
61	NC_017167	CTCGT	2	10	84895	84904	0 %	40 %	20 %	40 %	384133863
62	NC_017167	GATAG	2	10	86091	86100	40 %	20 %	40 %	0 %	384133863
63	NC_017167	ACGGC	2	10	86114	86123	20 %	0 %	40 %	40 %	384133863
64	NC_017167	CGATG	2	10	86926	86935	20 %	20 %	40 %	20 %	384133865
65	NC_017167	GCGAG	2	10	87979	87988	20 %	0 %	60 %	20 %	384133865
66	NC_017167	GCCGA	2	10	88041	88050	20 %	0 %	40 %	40 %	384133865
67	NC_017167	CGAGC	2	10	90493	90502	20 %	0 %	40 %	40 %	384133868
68	NC_017167	CTGTG	2	10	90970	90979	0 %	40 %	40 %	20 %	384133868
69	NC_017167	CCACG	2	10	91193	91202	20 %	0 %	20 %	60 %	384133868
70	NC_017167	GTCGA	2	10	92339	92348	20 %	20 %	40 %	20 %	384133870
71	NC_017167	GGGCG	2	10	93178	93187	0 %	0 %	80 %	20 %	384133870
72	NC_017167	CGAAT	2	10	93576	93585	40 %	20 %	20 %	20 %	384133870
73	NC_017167	GTCCA	2	10	94031	94040	20 %	20 %	20 %	40 %	384133870
74	NC_017167	GACGA	2	10	94913	94922	40 %	0 %	40 %	20 %	384133871
75	NC_017167	GCGCG	2	10	95407	95416	0 %	0 %	60 %	40 %	384133872
76	NC_017167	CCGGG	2	10	99538	99547	0 %	0 %	60 %	40 %	384133876
77	NC_017167	GCCGA	2	10	99741	99750	20 %	0 %	40 %	40 %	384133876
78	NC_017167	CTTCG	2	10	105151	105160	0 %	40 %	20 %	40 %	384133881
79	NC_017167	CGGCG	2	10	105826	105835	0 %	0 %	60 %	40 %	384133882
80	NC_017167	CGCGC	2	10	107100	107109	0 %	0 %	40 %	60 %	384133882
81	NC_017167	CCGGC	2	10	107861	107870	0 %	0 %	40 %	60 %	384133883
82	NC_017167	CGCTT	2	10	112716	112725	0 %	40 %	20 %	40 %	384133886
83	NC_017167	GACGC	2	10	112865	112874	20 %	0 %	40 %	40 %	384133886
84	NC_017167	GCGCG	2	10	115023	115032	0 %	0 %	60 %	40 %	384133888
85	NC_017167	CGTGG	2	10	115835	115844	0 %	20 %	60 %	20 %	384133889
86	NC_017167	CCTCG	2	10	116213	116222	0 %	20 %	20 %	60 %	384133889
87	NC_017167	CCGCG	2	10	118348	118357	0 %	0 %	40 %	60 %	384133895
88	NC_017167	CGGCG	2	10	119988	119997	0 %	0 %	60 %	40 %	384133895
89	NC_017167	GGCCG	2	10	121464	121473	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
90	NC_017167	ACGCC	2	10	123691	123700	20 %	0 %	20 %	60 %	384133901
91	NC_017167	TCGGC	2	10	125471	125480	0 %	20 %	40 %	40 %	384133903
92	NC_017167	GCGCG	2	10	126669	126678	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
93	NC_017167	TCGAG	2	10	127770	127779	20 %	20 %	40 %	20 %	384133907
94	NC_017167	ACGAG	2	10	128253	128262	40 %	0 %	40 %	20 %	384133907
95	NC_017167	CAGCA	2	10	131732	131741	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
96	NC_017167	CGATT	2	10	132403	132412	20 %	40 %	20 %	20 %	384133912
97	NC_017167	AGGCG	2	10	134401	134410	20 %	0 %	60 %	20 %	384133914
98	NC_017167	GGGCG	2	10	134698	134707	0 %	0 %	80 %	20 %	384133915
99	NC_017167	ATAGG	2	10	140578	140587	40 %	20 %	40 %	0 %	384133922
100	NC_017167	AGAGG	2	10	141049	141058	40 %	0 %	60 %	0 %	Non-Coding
101	NC_017167	GAGAT	2	10	143621	143630	40 %	20 %	40 %	0 %	384133925
102	NC_017167	GAAAC	2	10	144076	144085	60 %	0 %	20 %	20 %	384133925
103	NC_017167	TCGAG	2	10	147509	147518	20 %	20 %	40 %	20 %	384133929
104	NC_017167	CAAGG	2	10	147771	147780	40 %	0 %	40 %	20 %	384133929
105	NC_017167	TTCGA	2	10	150400	150409	20 %	40 %	20 %	20 %	384133931
106	NC_017167	ATGCA	2	10	150790	150799	40 %	20 %	20 %	20 %	384133931
107	NC_017167	ATGCG	2	10	153369	153378	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
108	NC_017167	CTGCG	2	10	154322	154331	0 %	20 %	40 %	40 %	384133934
109	NC_017167	AATCG	2	10	155344	155353	40 %	20 %	20 %	20 %	384133935
110	NC_017167	GTTTC	2	10	155750	155759	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
111	NC_017167	GTTTG	2	10	155972	155981	0 %	60 %	40 %	0 %	384133936
112	NC_017167	AGACG	2	10	157135	157144	40 %	0 %	40 %	20 %	384133939
113	NC_017167	TGCCT	2	10	159900	159909	0 %	40 %	20 %	40 %	384133942
114	NC_017167	CCGAT	2	10	160113	160122	20 %	20 %	20 %	40 %	384133942
115	NC_017167	CGAGC	2	10	161717	161726	20 %	0 %	40 %	40 %	384133945
116	NC_017167	GCCTC	2	10	162102	162111	0 %	20 %	20 %	60 %	384133945
117	NC_017167	GAAAC	2	10	164485	164494	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
118	NC_017167	GGACG	2	10	166439	166448	20 %	0 %	60 %	20 %	384133951
119	NC_017167	CACCG	2	10	166515	166524	20 %	0 %	20 %	60 %	384133951
120	NC_017167	CCGCG	2	10	167688	167697	0 %	0 %	40 %	60 %	384133952
121	NC_017167	CCCGG	2	10	167814	167823	0 %	0 %	40 %	60 %	384133952
122	NC_017167	TCCGC	2	10	172633	172642	0 %	20 %	20 %	60 %	384133958
123	NC_017167	GTGGC	2	10	173144	173153	0 %	20 %	60 %	20 %	384133958
124	NC_017167	GTGGC	2	10	173355	173364	0 %	20 %	60 %	20 %	384133959
125	NC_017167	CAATC	2	10	173927	173936	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
126	NC_017167	AACGG	2	10	174242	174251	40 %	0 %	40 %	20 %	384133960
127	NC_017167	TGACC	2	10	174883	174892	20 %	20 %	20 %	40 %	384133961
128	NC_017167	TGGCG	2	10	175508	175517	0 %	20 %	60 %	20 %	384133962
129	NC_017167	CGGCG	2	10	176092	176101	0 %	0 %	60 %	40 %	384133962
130	NC_017167	AGCGC	2	10	176108	176117	20 %	0 %	40 %	40 %	384133962
131	NC_017167	GGAAG	2	10	177451	177460	40 %	0 %	60 %	0 %	384133963
132	NC_017167	CGGCG	2	10	177763	177772	0 %	0 %	60 %	40 %	384133963
133	NC_017167	GGCGT	2	10	177773	177782	0 %	20 %	60 %	20 %	384133963
134	NC_017167	ATCCC	2	10	178041	178050	20 %	20 %	0 %	60 %	384133963
135	NC_017167	ACGGC	2	10	178823	178832	20 %	0 %	40 %	40 %	384133964
136	NC_017167	GGCGT	2	10	180990	180999	0 %	20 %	60 %	20 %	384133966
137	NC_017167	CGGAG	2	10	181451	181460	20 %	0 %	60 %	20 %	384133966
138	NC_017167	ATCGC	2	10	183207	183216	20 %	20 %	20 %	40 %	384133968
139	NC_017167	CGGCG	2	10	185347	185356	0 %	0 %	60 %	40 %	384133970
140	NC_017167	TCGAT	2	10	185880	185889	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
141	NC_017167	GAAGG	2	10	185903	185912	40 %	0 %	60 %	0 %	Non-Coding
142	NC_017167	GCACC	2	10	187509	187518	20 %	0 %	20 %	60 %	384133972
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144	NC_017167	CCGGG	2	10	191344	191353	0 %	0 %	60 %	40 %	384133976
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146	NC_017167	ATCCG	2	10	192270	192279	20 %	20 %	20 %	40 %	384133977
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150	NC_017167	CTTAT	2	10	202289	202298	20 %	60 %	0 %	20 %	384133988
151	NC_017167	GTCCT	2	10	203175	203184	0 %	40 %	20 %	40 %	384133989
152	NC_017167	TGAAC	2	10	203389	203398	40 %	20 %	20 %	20 %	384133989
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154	NC_017167	ATGGA	2	10	205433	205442	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
155	NC_017167	TTCGA	2	10	209200	209209	20 %	40 %	20 %	20 %	384134000
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158	NC_017167	GCGTG	2	10	213285	213294	0 %	20 %	60 %	20 %	384134005
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161	NC_017167	TGGCA	2	10	221454	221463	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
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167	NC_017167	TTGGC	2	10	230702	230711	0 %	40 %	40 %	20 %	384134026
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169	NC_017167	CGCGG	2	10	234221	234230	0 %	0 %	60 %	40 %	384134028
170	NC_017167	TGGCT	2	10	234859	234868	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
171	NC_017167	AGTCG	2	10	239030	239039	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
172	NC_017167	GCGCC	2	10	240299	240308	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
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175	NC_017167	CGGCA	2	10	243879	243888	20 %	0 %	40 %	40 %	384134040
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182	NC_017167	CTTGA	2	10	257999	258008	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
183	NC_017167	CCTTC	2	10	258375	258384	0 %	40 %	0 %	60 %	Non-Coding
184	NC_017167	TCGTG	2	10	258424	258433	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
185	NC_017167	GCTTC	2	10	263422	263431	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
186	NC_017167	GTATT	2	10	264320	264329	20 %	60 %	20 %	0 %	384134057
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211	NC_017167	TTTAC	2	10	293048	293057	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
212	NC_017167	GCGTC	2	10	295246	295255	0 %	20 %	40 %	40 %	384134087
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234	NC_017167	GTTCA	2	10	321081	321090	20 %	40 %	20 %	20 %	384134111
235	NC_017167	TGGGA	2	10	322159	322168	20 %	20 %	60 %	0 %	Non-Coding
236	NC_017167	CGTTT	2	10	323669	323678	0 %	60 %	20 %	20 %	384134113
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240	NC_017167	CATGC	2	10	327545	327554	20 %	20 %	20 %	40 %	384134116
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245	NC_017167	CTTGA	2	10	334067	334076	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
246	NC_017167	CCTTC	2	10	334443	334452	0 %	40 %	0 %	60 %	Non-Coding
247	NC_017167	TCGTG	2	10	334492	334501	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
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251	NC_017167	GAACC	2	10	349420	349429	40 %	0 %	20 %	40 %	384134127
252	NC_017167	AGTCG	2	10	351875	351884	20 %	20 %	40 %	20 %	384134129
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254	NC_017167	TGGGC	2	10	352405	352414	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
255	NC_017167	ATCGC	2	10	352699	352708	20 %	20 %	20 %	40 %	384134130
256	NC_017167	TCCTG	2	10	352754	352763	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
257	NC_017167	CAAGC	2	10	354974	354983	40 %	0 %	20 %	40 %	384134132
258	NC_017167	CGAGA	2	10	355236	355245	40 %	0 %	40 %	20 %	384134133
259	NC_017167	AAGGA	2	10	356086	356095	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
260	NC_017167	TCATC	2	10	361845	361854	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
261	NC_017167	CAGGA	2	10	361868	361877	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
262	NC_017167	ACGAA	2	10	366678	366687	60 %	0 %	20 %	20 %	384134143
263	NC_017167	TCGAT	2	10	367085	367094	20 %	40 %	20 %	20 %	384134144
264	NC_017167	ACGCG	2	10	367717	367726	20 %	0 %	40 %	40 %	384134145
265	NC_017167	ATGCG	2	10	368941	368950	20 %	20 %	40 %	20 %	384134146
266	NC_017167	CCAGT	2	10	370089	370098	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
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268	NC_017167	TGCGC	2	10	371813	371822	0 %	20 %	40 %	40 %	384134149
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