MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Repeats of Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius Tc-4-1 chromosome

Total Repeats: 2210

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
2001	NC_017167	ACGCC	2	10	2799281	2799290	20 %	0 %	20 %	60 %	Non-Coding
2002	NC_017167	TCGCC	2	10	2800097	2800106	0 %	20 %	20 %	60 %	384136643
2003	NC_017167	GCCGC	2	10	2802494	2802503	0 %	0 %	40 %	60 %	384136645
2004	NC_017167	CGATC	2	10	2802872	2802881	20 %	20 %	20 %	40 %	384136645
2005	NC_017167	GCCCG	2	10	2803533	2803542	0 %	0 %	40 %	60 %	384136645
2006	NC_017167	CGTCG	2	10	2805830	2805839	0 %	20 %	40 %	40 %	384136646
2007	NC_017167	CATCT	2	10	2806685	2806694	20 %	40 %	0 %	40 %	384136646
2008	NC_017167	TATTT	2	10	2809783	2809792	20 %	80 %	0 %	0 %	384136650
2009	NC_017167	CTCGG	2	10	2810748	2810757	0 %	20 %	40 %	40 %	384136652
2010	NC_017167	GGCGG	2	10	2811482	2811491	0 %	0 %	80 %	20 %	384136652
2011	NC_017167	TCGAT	2	10	2811615	2811624	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
2012	NC_017167	AGCGT	2	10	2812001	2812010	20 %	20 %	40 %	20 %	384136653
2013	NC_017167	ATTTC	2	10	2812214	2812223	20 %	60 %	0 %	20 %	384136653
2014	NC_017167	TGATG	2	10	2812345	2812354	20 %	40 %	40 %	0 %	384136653
2015	NC_017167	TCCCT	2	10	2812651	2812660	0 %	40 %	0 %	60 %	384136654
2016	NC_017167	GCCGT	2	10	2813065	2813074	0 %	20 %	40 %	40 %	384136654
2017	NC_017167	GTGAT	2	10	2813107	2813116	20 %	40 %	40 %	0 %	384136654
2018	NC_017167	CGCGG	2	10	2815924	2815933	0 %	0 %	60 %	40 %	384136655
2019	NC_017167	TGTAT	2	10	2819010	2819019	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
2020	NC_017167	TACAT	2	10	2819407	2819416	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
2021	NC_017167	TTTAT	2	10	2819442	2819451	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
2022	NC_017167	CGCGG	2	10	2823704	2823713	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
2023	NC_017167	TCACG	2	10	2823830	2823839	20 %	20 %	20 %	40 %	384136668
2024	NC_017167	AGCGG	2	10	2825754	2825763	20 %	0 %	60 %	20 %	384136669
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2029	NC_017167	ACGAA	2	10	2833884	2833893	60 %	0 %	20 %	20 %	384136677
2030	NC_017167	TCGAT	2	10	2834291	2834300	20 %	40 %	20 %	20 %	384136678
2031	NC_017167	ACGCG	2	10	2834923	2834932	20 %	0 %	40 %	40 %	384136679
2032	NC_017167	ATGCG	2	10	2836147	2836156	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
2033	NC_017167	TTGTT	2	10	2836267	2836276	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
2034	NC_017167	TTTGC	2	10	2838659	2838668	0 %	60 %	20 %	20 %	384136682
2035	NC_017167	ACGAA	2	10	2840294	2840303	60 %	0 %	20 %	20 %	384136684
2036	NC_017167	TCGAT	2	10	2840701	2840710	20 %	40 %	20 %	20 %	384136685
2037	NC_017167	ACGCG	2	10	2841333	2841342	20 %	0 %	40 %	40 %	384136686
2038	NC_017167	GATTC	2	10	2842122	2842131	20 %	40 %	20 %	20 %	384136686
2039	NC_017167	CGCGC	2	10	2847010	2847019	0 %	0 %	40 %	60 %	384136689
2040	NC_017167	ACGCC	2	10	2849997	2850006	20 %	0 %	20 %	60 %	384136690
2041	NC_017167	CGAGC	2	10	2851053	2851062	20 %	0 %	40 %	40 %	384136691
2042	NC_017167	TCCGA	2	10	2854580	2854589	20 %	20 %	20 %	40 %	384136695
2043	NC_017167	CTCGC	2	10	2854615	2854624	0 %	20 %	20 %	60 %	384136695
2044	NC_017167	CGCGA	2	10	2854946	2854955	20 %	0 %	40 %	40 %	384136696
2045	NC_017167	GCGCC	2	10	2856861	2856870	0 %	0 %	40 %	60 %	384136698
2046	NC_017167	ATGCG	2	10	2857425	2857434	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
2047	NC_017167	CGCGG	2	10	2859328	2859337	0 %	0 %	60 %	40 %	384136702
2048	NC_017167	AAGCC	2	10	2860994	2861003	40 %	0 %	20 %	40 %	384136704
2049	NC_017167	CAACT	2	10	2862641	2862650	40 %	20 %	0 %	40 %	384136708
2050	NC_017167	CAATC	2	10	2863772	2863781	40 %	20 %	0 %	40 %	384136710
2051	NC_017167	TGGCC	2	10	2864068	2864077	0 %	20 %	40 %	40 %	384136711
2052	NC_017167	TCGCC	2	10	2868312	2868321	0 %	20 %	20 %	60 %	384136719
2053	NC_017167	GGGCT	2	10	2871208	2871217	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
2054	NC_017167	GCCTT	2	10	2871685	2871694	0 %	40 %	20 %	40 %	384136728
2055	NC_017167	GCACG	2	10	2871832	2871841	20 %	0 %	40 %	40 %	384136728
2056	NC_017167	CCGCC	2	10	2872272	2872281	0 %	0 %	20 %	80 %	384136728
2057	NC_017167	CAGCG	2	10	2873009	2873018	20 %	0 %	40 %	40 %	384136730
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2059	NC_017167	TCATT	2	10	2880453	2880462	20 %	60 %	0 %	20 %	384136738
2060	NC_017167	GCGCC	2	10	2887921	2887930	0 %	0 %	40 %	60 %	384136741
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2063	NC_017167	GCTTC	2	10	2890377	2890386	0 %	40 %	20 %	40 %	384136745
2064	NC_017167	TATCA	2	10	2891298	2891307	40 %	40 %	0 %	20 %	384136748
2065	NC_017167	GCACC	2	10	2897492	2897501	20 %	0 %	20 %	60 %	384136755
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2067	NC_017167	GCCCG	2	10	2910547	2910556	0 %	0 %	40 %	60 %	384136768
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2073	NC_017167	TTCAT	2	10	2921215	2921224	20 %	60 %	0 %	20 %	384136781
2074	NC_017167	CCACG	2	10	2921597	2921606	20 %	0 %	20 %	60 %	384136781
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2096	NC_017167	CCGCG	2	10	2955759	2955768	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
2097	NC_017167	GCCGA	2	10	2957714	2957723	20 %	0 %	40 %	40 %	384136825
2098	NC_017167	GCCGC	2	10	2958636	2958645	0 %	0 %	40 %	60 %	384136826
2099	NC_017167	ATCGA	2	10	2958900	2958909	40 %	20 %	20 %	20 %	384136826
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2101	NC_017167	TCCCG	2	10	2964814	2964823	0 %	20 %	20 %	60 %	384136836
2102	NC_017167	AACGT	2	10	2965554	2965563	40 %	20 %	20 %	20 %	384136836
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2109	NC_017167	GCCGC	2	10	2979516	2979525	0 %	0 %	40 %	60 %	384136851
2110	NC_017167	CCGCA	2	10	2983590	2983599	20 %	0 %	20 %	60 %	384136854
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2112	NC_017167	ATGCT	2	10	2984682	2984691	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
2113	NC_017167	GCTCA	2	10	2987655	2987664	20 %	20 %	20 %	40 %	384136859
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©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.