MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Coding Repeats of Acidithiobacillus caldus SM-1 chromosome

Total Repeats: 1580

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_015850	GCGAG	2	10	4234	4243	20 %	0 %	60 %	20 %	340780748
2	NC_015850	TGGGG	2	10	8151	8160	0 %	20 %	80 %	0 %	340780749
3	NC_015850	CGGCG	2	10	9259	9268	0 %	0 %	60 %	40 %	340780749
4	NC_015850	ATGCA	2	10	9495	9504	40 %	20 %	20 %	20 %	340780749
5	NC_015850	GATCA	2	10	10643	10652	40 %	20 %	20 %	20 %	340780751
6	NC_015850	CCCAC	2	10	10782	10791	20 %	0 %	0 %	80 %	340780751
7	NC_015850	TGGCG	2	10	17899	17908	0 %	20 %	60 %	20 %	340780759
8	NC_015850	TGTGG	2	10	18107	18116	0 %	40 %	60 %	0 %	340780759
9	NC_015850	ATTGG	2	10	18189	18198	20 %	40 %	40 %	0 %	340780759
10	NC_015850	GGCGC	2	10	19161	19170	0 %	0 %	60 %	40 %	340780760
11	NC_015850	GATGG	2	10	19398	19407	20 %	20 %	60 %	0 %	340780760
12	NC_015850	GGCGC	2	10	20779	20788	0 %	0 %	60 %	40 %	340780761
13	NC_015850	GGCAC	2	10	22298	22307	20 %	0 %	40 %	40 %	340780762
14	NC_015850	TGCCC	2	10	22944	22953	0 %	20 %	20 %	60 %	340780762
15	NC_015850	GCCCA	2	10	23218	23227	20 %	0 %	20 %	60 %	340780762
16	NC_015850	TGCGC	2	10	23400	23409	0 %	20 %	40 %	40 %	340780762
17	NC_015850	TGGTC	2	10	30009	30018	0 %	40 %	40 %	20 %	340780771
18	NC_015850	CGGTG	2	10	31726	31735	0 %	20 %	60 %	20 %	340780775
19	NC_015850	CGAGG	2	10	34043	34052	20 %	0 %	60 %	20 %	340780777
20	NC_015850	GGGTG	2	10	38700	38709	0 %	20 %	80 %	0 %	340780780
21	NC_015850	GGATC	2	10	45204	45213	20 %	20 %	40 %	20 %	340780785
22	NC_015850	GCAGT	2	10	47578	47587	20 %	20 %	40 %	20 %	340780787
23	NC_015850	GCCTT	2	10	48056	48065	0 %	40 %	20 %	40 %	340780787
24	NC_015850	CCTGG	2	10	48135	48144	0 %	20 %	40 %	40 %	340780787
25	NC_015850	CCGGA	2	10	48697	48706	20 %	0 %	40 %	40 %	340780787
26	NC_015850	GCCTT	2	10	49261	49270	0 %	40 %	20 %	40 %	340780788
27	NC_015850	CCTAC	2	10	52343	52352	20 %	20 %	0 %	60 %	340780791
28	NC_015850	CGCTG	2	10	52643	52652	0 %	20 %	40 %	40 %	340780791
29	NC_015850	CTGGC	2	10	52752	52761	0 %	20 %	40 %	40 %	340780791
30	NC_015850	GGGCC	2	10	55856	55865	0 %	0 %	60 %	40 %	340780793
31	NC_015850	GAAAA	2	10	56116	56125	80 %	0 %	20 %	0 %	340780794
32	NC_015850	TGGCC	2	10	59503	59512	0 %	20 %	40 %	40 %	340780797
33	NC_015850	GCGGA	2	10	60363	60372	20 %	0 %	60 %	20 %	340780797
34	NC_015850	AGCAG	2	10	60808	60817	40 %	0 %	40 %	20 %	340780798
35	NC_015850	GGCGC	2	10	61635	61644	0 %	0 %	60 %	40 %	340780799
36	NC_015850	GCCCT	2	10	61986	61995	0 %	20 %	20 %	60 %	340780800
37	NC_015850	GCGCC	2	10	62284	62293	0 %	0 %	40 %	60 %	340780800
38	NC_015850	GGCAG	2	10	63891	63900	20 %	0 %	60 %	20 %	340780800
39	NC_015850	GCGCC	2	10	73121	73130	0 %	0 %	40 %	60 %	340780808
40	NC_015850	GCCAG	2	10	74528	74537	20 %	0 %	40 %	40 %	340780810
41	NC_015850	TTCCC	2	10	81468	81477	0 %	40 %	0 %	60 %	340780816
42	NC_015850	GATGA	2	10	83196	83205	40 %	20 %	40 %	0 %	340780817
43	NC_015850	CGGCG	2	10	84843	84852	0 %	0 %	60 %	40 %	340780818
44	NC_015850	CCAGC	2	10	85319	85328	20 %	0 %	20 %	60 %	340780820
45	NC_015850	GTGCG	2	10	85919	85928	0 %	20 %	60 %	20 %	340780820
46	NC_015850	ACTGG	2	10	87954	87963	20 %	20 %	40 %	20 %	340780823
47	NC_015850	GCGCC	2	10	89109	89118	0 %	0 %	40 %	60 %	340780823
48	NC_015850	GCACC	2	10	90313	90322	20 %	0 %	20 %	60 %	340780825
49	NC_015850	CCGCG	2	10	92821	92830	0 %	0 %	40 %	60 %	340780829
50	NC_015850	TCCCT	2	10	93823	93832	0 %	40 %	0 %	60 %	340780831
51	NC_015850	TTGCC	2	10	94604	94613	0 %	40 %	20 %	40 %	340780832
52	NC_015850	GACGG	2	10	95184	95193	20 %	0 %	60 %	20 %	340780832
53	NC_015850	AGCCG	2	10	101850	101859	20 %	0 %	40 %	40 %	340780838
54	NC_015850	CGAGA	2	10	102187	102196	40 %	0 %	40 %	20 %	340780838
55	NC_015850	GGCAG	2	10	102330	102339	20 %	0 %	60 %	20 %	340780838
56	NC_015850	CATCG	2	10	102680	102689	20 %	20 %	20 %	40 %	340780839
57	NC_015850	CGATT	2	10	108980	108989	20 %	40 %	20 %	20 %	340780843
58	NC_015850	TCGTC	2	10	109088	109097	0 %	40 %	20 %	40 %	340780843
59	NC_015850	CAGAT	2	10	112440	112449	40 %	20 %	20 %	20 %	340780849
60	NC_015850	CCATG	2	10	119679	119688	20 %	20 %	20 %	40 %	340780853
61	NC_015850	CTTTT	2	10	120709	120718	0 %	80 %	0 %	20 %	340780854
62	NC_015850	ATGAC	2	10	120744	120753	40 %	20 %	20 %	20 %	340780854
63	NC_015850	AGGAT	2	10	121656	121665	40 %	20 %	40 %	0 %	340780855
64	NC_015850	TTTTA	2	10	122512	122521	20 %	80 %	0 %	0 %	340780858
65	NC_015850	CCCGC	2	10	123880	123889	0 %	0 %	20 %	80 %	340780860
66	NC_015850	TGTGG	2	10	131592	131601	0 %	40 %	60 %	0 %	340780871
67	NC_015850	ATGCC	2	10	133780	133789	20 %	20 %	20 %	40 %	340780872
68	NC_015850	GGGGT	2	10	135673	135682	0 %	20 %	80 %	0 %	340780873
69	NC_015850	CGTGC	2	10	138553	138562	0 %	20 %	40 %	40 %	340780877
70	NC_015850	TGACG	2	10	139386	139395	20 %	20 %	40 %	20 %	340780877
71	NC_015850	CGTGC	2	10	140266	140275	0 %	20 %	40 %	40 %	340780878
72	NC_015850	AAGAT	2	10	141630	141639	60 %	20 %	20 %	0 %	340780880
73	NC_015850	CCAGC	2	10	143165	143174	20 %	0 %	20 %	60 %	340780881
74	NC_015850	CAGCC	2	10	146015	146024	20 %	0 %	20 %	60 %	340780883
75	NC_015850	ACCTG	2	10	147022	147031	20 %	20 %	20 %	40 %	340780884
76	NC_015850	GCTTT	2	10	149247	149256	0 %	60 %	20 %	20 %	340780888
77	NC_015850	TCTGC	2	10	150011	150020	0 %	40 %	20 %	40 %	340780889
78	NC_015850	CAGTC	2	10	151369	151378	20 %	20 %	20 %	40 %	340780890
79	NC_015850	TGGGC	2	10	156466	156475	0 %	20 %	60 %	20 %	340780896
80	NC_015850	CAACT	2	10	158291	158300	40 %	20 %	0 %	40 %	340780898
81	NC_015850	ACGGC	2	10	158730	158739	20 %	0 %	40 %	40 %	340780898
82	NC_015850	CAATC	2	10	159551	159560	40 %	20 %	0 %	40 %	340780899
83	NC_015850	AAGGT	2	10	162287	162296	40 %	20 %	40 %	0 %	340780903
84	NC_015850	GGCGA	2	10	165988	165997	20 %	0 %	60 %	20 %	340780908
85	NC_015850	GGCCG	2	10	169969	169978	0 %	0 %	60 %	40 %	340780912
86	NC_015850	GGGAA	2	10	174390	174399	40 %	0 %	60 %	0 %	340780914
87	NC_015850	AGTTG	2	10	175479	175488	20 %	40 %	40 %	0 %	340780915
88	NC_015850	GGCGC	2	10	181481	181490	0 %	0 %	60 %	40 %	340780920
89	NC_015850	CTGCC	2	10	183020	183029	0 %	20 %	20 %	60 %	340780923
90	NC_015850	CGGCC	2	10	183678	183687	0 %	0 %	40 %	60 %	340780924
91	NC_015850	TCCGA	2	10	184546	184555	20 %	20 %	20 %	40 %	340780925
92	NC_015850	CATCG	2	10	186838	186847	20 %	20 %	20 %	40 %	340780928
93	NC_015850	CCTGA	2	10	189627	189636	20 %	20 %	20 %	40 %	340780930
94	NC_015850	CTGCT	2	10	192423	192432	0 %	40 %	20 %	40 %	340780933
95	NC_015850	GCATC	2	10	196424	196433	20 %	20 %	20 %	40 %	340780936
96	NC_015850	GTTGC	2	10	199298	199307	0 %	40 %	40 %	20 %	340780939
97	NC_015850	GGGAG	2	10	199658	199667	20 %	0 %	80 %	0 %	340780939
98	NC_015850	GGCCA	2	10	201590	201599	20 %	0 %	40 %	40 %	340780940
99	NC_015850	CTGGA	2	10	203956	203965	20 %	20 %	40 %	20 %	340780943
100	NC_015850	GCACG	2	10	211311	211320	20 %	0 %	40 %	40 %	340780947
101	NC_015850	GCCAG	2	10	213161	213170	20 %	0 %	40 %	40 %	340780949
102	NC_015850	GCCAG	2	10	214229	214238	20 %	0 %	40 %	40 %	340780949
103	NC_015850	CGGTG	2	10	215363	215372	0 %	20 %	60 %	20 %	340780950
104	NC_015850	CCCAG	2	10	216550	216559	20 %	0 %	20 %	60 %	340780951
105	NC_015850	CGGCG	2	10	217617	217626	0 %	0 %	60 %	40 %	340780952
106	NC_015850	TCCCG	2	10	217709	217718	0 %	20 %	20 %	60 %	340780952
107	NC_015850	GCAGG	2	10	218314	218323	20 %	0 %	60 %	20 %	340780952
108	NC_015850	CGCTC	2	10	219475	219484	0 %	20 %	20 %	60 %	340780953
109	NC_015850	ATCCA	2	10	222224	222233	40 %	20 %	0 %	40 %	340780957
110	NC_015850	GCTCA	2	10	225881	225890	20 %	20 %	20 %	40 %	340780960
111	NC_015850	TATTT	2	10	227702	227711	20 %	80 %	0 %	0 %	340780962
112	NC_015850	AAGAA	2	10	236137	236146	80 %	0 %	20 %	0 %	340780969
113	NC_015850	AGGAA	2	10	237279	237288	60 %	0 %	40 %	0 %	340780970
114	NC_015850	GGGGC	2	10	237675	237684	0 %	0 %	80 %	20 %	340780970
115	NC_015850	CTGCG	2	10	238070	238079	0 %	20 %	40 %	40 %	340780970
116	NC_015850	TCCGC	2	10	239923	239932	0 %	20 %	20 %	60 %	340780972
117	NC_015850	TGGCG	2	10	245960	245969	0 %	20 %	60 %	20 %	340780978
118	NC_015850	GGCTC	2	10	246651	246660	0 %	20 %	40 %	40 %	340780979
119	NC_015850	ATCCA	2	10	246766	246775	40 %	20 %	0 %	40 %	340780979
120	NC_015850	GCGAT	2	10	250024	250033	20 %	20 %	40 %	20 %	340780981
121	NC_015850	AGGGC	2	10	250094	250103	20 %	0 %	60 %	20 %	340780981
122	NC_015850	CCCAG	2	10	254998	255007	20 %	0 %	20 %	60 %	340780987
123	NC_015850	GTGCC	2	10	257971	257980	0 %	20 %	40 %	40 %	340780990
124	NC_015850	CGACC	2	10	263885	263894	20 %	0 %	20 %	60 %	340780996
125	NC_015850	CGAGG	2	10	266646	266655	20 %	0 %	60 %	20 %	340780998
126	NC_015850	CGCGC	2	10	268049	268058	0 %	0 %	40 %	60 %	340780999
127	NC_015850	AGGCG	2	10	269327	269336	20 %	0 %	60 %	20 %	340780999
128	NC_015850	GTTCT	2	10	270266	270275	0 %	60 %	20 %	20 %	340781000
129	NC_015850	GAGTG	2	10	270920	270929	20 %	20 %	60 %	0 %	340781000
130	NC_015850	GCCAA	2	10	270953	270962	40 %	0 %	20 %	40 %	340781000
131	NC_015850	GCGCA	2	10	271557	271566	20 %	0 %	40 %	40 %	340781000
132	NC_015850	GCTTG	2	10	274077	274086	0 %	40 %	40 %	20 %	340781001
133	NC_015850	GTCGC	2	10	274834	274843	0 %	20 %	40 %	40 %	340781001
134	NC_015850	CAGCG	2	10	276605	276614	20 %	0 %	40 %	40 %	340781001
135	NC_015850	CCGGG	2	10	276884	276893	0 %	0 %	60 %	40 %	340781001
136	NC_015850	GCAGC	2	10	278458	278467	20 %	0 %	40 %	40 %	340781003
137	NC_015850	GTTGC	2	10	279313	279322	0 %	40 %	40 %	20 %	340781006
138	NC_015850	ACGGT	2	10	283157	283166	20 %	20 %	40 %	20 %	340781009
139	NC_015850	GGGGC	2	10	285504	285513	0 %	0 %	80 %	20 %	340781012
140	NC_015850	GCCAA	2	10	285570	285579	40 %	0 %	20 %	40 %	340781012
141	NC_015850	GCAGG	2	10	290696	290705	20 %	0 %	60 %	20 %	340781019
142	NC_015850	CGAGA	2	10	293398	293407	40 %	0 %	40 %	20 %	340781021
143	NC_015850	GGGCG	2	10	294546	294555	0 %	0 %	80 %	20 %	340781022
144	NC_015850	TCCTC	2	10	295021	295030	0 %	40 %	0 %	60 %	340781022
145	NC_015850	GCCGC	2	10	295999	296008	0 %	0 %	40 %	60 %	340781022
146	NC_015850	CGATA	2	10	298084	298093	40 %	20 %	20 %	20 %	340781024
147	NC_015850	AAAGG	2	10	298320	298329	60 %	0 %	40 %	0 %	340781024
148	NC_015850	GCCGC	2	10	298761	298770	0 %	0 %	40 %	60 %	340781025
149	NC_015850	GATGG	2	10	298999	299008	20 %	20 %	60 %	0 %	340781025
150	NC_015850	TGCGC	2	10	303208	303217	0 %	20 %	40 %	40 %	340781028
151	NC_015850	GGGCA	2	10	304585	304594	20 %	0 %	60 %	20 %	340781028
152	NC_015850	CGCTG	2	10	304614	304623	0 %	20 %	40 %	40 %	340781028
153	NC_015850	AGGGC	2	10	307218	307227	20 %	0 %	60 %	20 %	340781030
154	NC_015850	CGCAG	2	10	310904	310913	20 %	0 %	40 %	40 %	340781033
155	NC_015850	GGCTG	2	10	311243	311252	0 %	20 %	60 %	20 %	340781033
156	NC_015850	GGGGC	2	10	312520	312529	0 %	0 %	80 %	20 %	340781034
157	NC_015850	CAGGC	2	10	315002	315011	20 %	0 %	40 %	40 %	340781036
158	NC_015850	ATGCC	2	10	315060	315069	20 %	20 %	20 %	40 %	340781036
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161	NC_015850	GGCTG	2	10	320700	320709	0 %	20 %	60 %	20 %	340781042
162	NC_015850	GGCGC	2	10	321225	321234	0 %	0 %	60 %	40 %	340781042
163	NC_015850	GCGGA	2	10	325244	325253	20 %	0 %	60 %	20 %	340781048
164	NC_015850	GCAAG	2	10	325363	325372	40 %	0 %	40 %	20 %	340781048
165	NC_015850	CGGTA	2	10	325811	325820	20 %	20 %	40 %	20 %	340781049
166	NC_015850	CGAGC	2	10	326394	326403	20 %	0 %	40 %	40 %	340781050
167	NC_015850	TTTGG	2	10	327712	327721	0 %	60 %	40 %	0 %	340781051
168	NC_015850	TGGTC	2	10	329456	329465	0 %	40 %	40 %	20 %	340781053
169	NC_015850	GGGCA	2	10	329586	329595	20 %	0 %	60 %	20 %	340781054
170	NC_015850	CACCC	2	10	330330	330339	20 %	0 %	0 %	80 %	340781054
171	NC_015850	CCGGC	2	10	330626	330635	0 %	0 %	40 %	60 %	340781054
172	NC_015850	TGGGG	2	10	332621	332630	0 %	20 %	80 %	0 %	340781056
173	NC_015850	CGGCC	2	10	332967	332976	0 %	0 %	40 %	60 %	340781056
174	NC_015850	ATGGC	2	10	336333	336342	20 %	20 %	40 %	20 %	340781059
175	NC_015850	CCTCG	2	10	337009	337018	0 %	20 %	20 %	60 %	340781059
176	NC_015850	GGGTG	2	10	337895	337904	0 %	20 %	80 %	0 %	340781060
177	NC_015850	GGCGG	2	10	338808	338817	0 %	0 %	80 %	20 %	340781061
178	NC_015850	GTAGG	2	10	339753	339762	20 %	20 %	60 %	0 %	340781062
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181	NC_015850	AGCCC	2	10	346300	346309	20 %	0 %	20 %	60 %	340781069
182	NC_015850	CCGTG	2	10	346656	346665	0 %	20 %	40 %	40 %	340781070
183	NC_015850	GCCCT	2	10	347812	347821	0 %	20 %	20 %	60 %	340781072
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187	NC_015850	TCGGC	2	10	358409	358418	0 %	20 %	40 %	40 %	340781083
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198	NC_015850	CACCG	2	10	378013	378022	20 %	0 %	20 %	60 %	340781105
199	NC_015850	CCCAG	2	10	378078	378087	20 %	0 %	20 %	60 %	340781105
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201	NC_015850	CTGGT	2	10	385565	385574	0 %	40 %	40 %	20 %	340781113
202	NC_015850	GGCGC	2	10	387967	387976	0 %	0 %	60 %	40 %	340781116
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205	NC_015850	CGATG	2	10	396149	396158	20 %	20 %	40 %	20 %	340781128
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219	NC_015850	AGGTC	2	10	431330	431339	20 %	20 %	40 %	20 %	340781162
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229	NC_015850	TCCGT	2	10	441600	441609	0 %	40 %	20 %	40 %	340781173
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234	NC_015850	GCACC	2	10	453009	453018	20 %	0 %	20 %	60 %	340781184
235	NC_015850	TGAGG	2	10	454163	454172	20 %	20 %	60 %	0 %	340781186
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237	NC_015850	GCAAG	2	10	459042	459051	40 %	0 %	40 %	20 %	340781192
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239	NC_015850	GCCCA	2	10	461117	461126	20 %	0 %	20 %	60 %	340781194
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241	NC_015850	CAGGC	2	10	466037	466046	20 %	0 %	40 %	40 %	340781197
242	NC_015850	CGGTG	2	10	468645	468654	0 %	20 %	60 %	20 %	340781198
243	NC_015850	GGCGC	2	10	469476	469485	0 %	0 %	60 %	40 %	340781199
244	NC_015850	GTCCG	2	10	474967	474976	0 %	20 %	40 %	40 %	340781205
245	NC_015850	AGGGC	2	10	475688	475697	20 %	0 %	60 %	20 %	340781206
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247	NC_015850	GGTGG	2	10	477097	477106	0 %	20 %	80 %	0 %	340781206
248	NC_015850	GGTCA	2	10	477641	477650	20 %	20 %	40 %	20 %	340781208
249	NC_015850	CCAGC	2	10	479220	479229	20 %	0 %	20 %	60 %	340781209
250	NC_015850	TGGGA	2	10	479770	479779	20 %	20 %	60 %	0 %	340781210
251	NC_015850	AGCGC	2	10	481792	481801	20 %	0 %	40 %	40 %	340781212
252	NC_015850	GGAGC	2	10	481898	481907	20 %	0 %	60 %	20 %	340781212
253	NC_015850	CATCC	2	10	481977	481986	20 %	20 %	0 %	60 %	340781212
254	NC_015850	GTGGC	2	10	484463	484472	0 %	20 %	60 %	20 %	340781215
255	NC_015850	AGGCA	2	10	484826	484835	40 %	0 %	40 %	20 %	340781216
256	NC_015850	AGCGC	2	10	486977	486986	20 %	0 %	40 %	40 %	340781218
257	NC_015850	GGCTC	2	10	487523	487532	0 %	20 %	40 %	40 %	340781218
258	NC_015850	TTTCG	2	10	489589	489598	0 %	60 %	20 %	20 %	340781221
259	NC_015850	CGGCG	2	10	494308	494317	0 %	0 %	60 %	40 %	340781226
260	NC_015850	TGCAC	2	10	496126	496135	20 %	20 %	20 %	40 %	340781228
261	NC_015850	CCGGC	2	10	500029	500038	0 %	0 %	40 %	60 %	340781231
262	NC_015850	GCGCT	2	10	500536	500545	0 %	20 %	40 %	40 %	340781231
263	NC_015850	TGGCC	2	10	505008	505017	0 %	20 %	40 %	40 %	340781234
264	NC_015850	CGCAA	2	10	505435	505444	40 %	0 %	20 %	40 %	340781234
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