MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Coding Repeats of Acidithiobacillus caldus SM-1 chromosome

Total Repeats: 1580

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
501	NC_015850	GGCAG	2	10	968912	968921	20 %	0 %	60 %	20 %	340781714
502	NC_015850	CGATG	2	10	970196	970205	20 %	20 %	40 %	20 %	340781717
503	NC_015850	AGGGC	2	10	970300	970309	20 %	0 %	60 %	20 %	340781717
504	NC_015850	GCGGT	2	10	971138	971147	0 %	20 %	60 %	20 %	340781719
505	NC_015850	TCCTA	2	10	971662	971671	20 %	40 %	0 %	40 %	340781719
506	NC_015850	ACGGC	2	10	973135	973144	20 %	0 %	40 %	40 %	340781720
507	NC_015850	CGTAG	2	10	974149	974158	20 %	20 %	40 %	20 %	340781721
508	NC_015850	GCGAA	2	10	976202	976211	40 %	0 %	40 %	20 %	340781723
509	NC_015850	GCCAC	2	10	979300	979309	20 %	0 %	20 %	60 %	340781729
510	NC_015850	GGGCA	2	10	982252	982261	20 %	0 %	60 %	20 %	340781731
511	NC_015850	CGTGC	2	10	985877	985886	0 %	20 %	40 %	40 %	340781738
512	NC_015850	CAAGC	2	10	987039	987048	40 %	0 %	20 %	40 %	340781741
513	NC_015850	GCGCC	2	10	989550	989559	0 %	0 %	40 %	60 %	340781742
514	NC_015850	TTTTC	2	10	990057	990066	0 %	80 %	0 %	20 %	340781743
515	NC_015850	TATGT	2	10	991093	991102	20 %	60 %	20 %	0 %	340781744
516	NC_015850	GTCGG	2	10	991583	991592	0 %	20 %	60 %	20 %	340781744
517	NC_015850	TGCCA	2	10	992089	992098	20 %	20 %	20 %	40 %	340781744
518	NC_015850	GATCC	2	10	995717	995726	20 %	20 %	20 %	40 %	340781748
519	NC_015850	TGATC	2	10	996512	996521	20 %	40 %	20 %	20 %	340781750
520	NC_015850	TGGCC	2	10	997357	997366	0 %	20 %	40 %	40 %	340781751
521	NC_015850	CTGCG	2	10	998651	998660	0 %	20 %	40 %	40 %	340781753
522	NC_015850	CAGAT	2	10	1000431	1000440	40 %	20 %	20 %	20 %	340781756
523	NC_015850	CACGC	2	10	1000575	1000584	20 %	0 %	20 %	60 %	340781756
524	NC_015850	CGAGC	2	10	1002022	1002031	20 %	0 %	40 %	40 %	340781757
525	NC_015850	GGTGA	2	10	1003372	1003381	20 %	20 %	60 %	0 %	340781760
526	NC_015850	CCGAG	2	10	1005172	1005181	20 %	0 %	40 %	40 %	340781761
527	NC_015850	GCGCA	2	10	1009246	1009255	20 %	0 %	40 %	40 %	340781766
528	NC_015850	GTTCT	2	10	1010957	1010966	0 %	60 %	20 %	20 %	340781767
529	NC_015850	AGGGG	2	10	1011882	1011891	20 %	0 %	80 %	0 %	340781767
530	NC_015850	TCGAT	2	10	1012815	1012824	20 %	40 %	20 %	20 %	340781768
531	NC_015850	CTTCT	2	10	1014480	1014489	0 %	60 %	0 %	40 %	340781769
532	NC_015850	TCCGC	2	10	1014886	1014895	0 %	20 %	20 %	60 %	340781769
533	NC_015850	TGTTC	2	10	1016110	1016119	0 %	60 %	20 %	20 %	340781770
534	NC_015850	CATGA	2	10	1016124	1016133	40 %	20 %	20 %	20 %	340781770
535	NC_015850	GCCGT	2	10	1016727	1016736	0 %	20 %	40 %	40 %	340781771
536	NC_015850	TCGCT	2	10	1017668	1017677	0 %	40 %	20 %	40 %	340781771
537	NC_015850	TTCGC	2	10	1019481	1019490	0 %	40 %	20 %	40 %	340781772
538	NC_015850	AACGC	2	10	1019595	1019604	40 %	0 %	20 %	40 %	340781772
539	NC_015850	CCTTC	2	10	1019901	1019910	0 %	40 %	0 %	60 %	340781772
540	NC_015850	CGGTT	2	10	1020524	1020533	0 %	40 %	40 %	20 %	340781773
541	NC_015850	CGGCC	2	10	1023706	1023715	0 %	0 %	40 %	60 %	340781775
542	NC_015850	GTCCA	2	10	1024760	1024769	20 %	20 %	20 %	40 %	340781775
543	NC_015850	AAAAC	2	10	1028912	1028921	80 %	0 %	0 %	20 %	340781777
544	NC_015850	CGCTG	2	10	1030491	1030500	0 %	20 %	40 %	40 %	340781778
545	NC_015850	CAACT	2	10	1031635	1031644	40 %	20 %	0 %	40 %	340781779
546	NC_015850	CTTTC	2	10	1034396	1034405	0 %	60 %	0 %	40 %	340781781
547	NC_015850	TGGCA	2	10	1036783	1036792	20 %	20 %	40 %	20 %	340781782
548	NC_015850	GTGAA	2	10	1036926	1036935	40 %	20 %	40 %	0 %	340781782
549	NC_015850	CACGA	2	10	1037039	1037048	40 %	0 %	20 %	40 %	340781782
550	NC_015850	CCAGA	2	10	1038481	1038490	40 %	0 %	20 %	40 %	340781783
551	NC_015850	AATGG	2	10	1038820	1038829	40 %	20 %	40 %	0 %	340781783
552	NC_015850	AAAGA	2	10	1038992	1039001	80 %	0 %	20 %	0 %	340781784
553	NC_015850	GGCCA	2	10	1040345	1040354	20 %	0 %	40 %	40 %	340781786
554	NC_015850	GCGCC	2	10	1045801	1045810	0 %	0 %	40 %	60 %	340781791
555	NC_015850	CGGCG	2	10	1046559	1046568	0 %	0 %	60 %	40 %	340781792
556	NC_015850	AAATC	2	10	1046573	1046582	60 %	20 %	0 %	20 %	340781792
557	NC_015850	CAACT	2	10	1048718	1048727	40 %	20 %	0 %	40 %	340781794
558	NC_015850	CGCTG	2	10	1050488	1050497	0 %	20 %	40 %	40 %	340781796
559	NC_015850	CGATC	2	10	1051404	1051413	20 %	20 %	20 %	40 %	340781797
560	NC_015850	CTGCG	2	10	1052209	1052218	0 %	20 %	40 %	40 %	340781797
561	NC_015850	GTTGG	2	10	1053656	1053665	0 %	40 %	60 %	0 %	340781798
562	NC_015850	CCAGA	2	10	1054740	1054749	40 %	0 %	20 %	40 %	340781798
563	NC_015850	GTCGC	2	10	1054771	1054780	0 %	20 %	40 %	40 %	340781798
564	NC_015850	CCCCA	2	10	1055655	1055664	20 %	0 %	0 %	80 %	340781798
565	NC_015850	TGAGC	2	10	1060958	1060967	20 %	20 %	40 %	20 %	340781804
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567	NC_015850	GGAAA	2	10	1070192	1070201	60 %	0 %	40 %	0 %	340781812
568	NC_015850	GAACG	2	10	1075055	1075064	40 %	0 %	40 %	20 %	340781819
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571	NC_015850	AAGTG	2	10	1083178	1083187	40 %	20 %	40 %	0 %	340781824
572	NC_015850	AGCTG	2	10	1083288	1083297	20 %	20 %	40 %	20 %	340781824
573	NC_015850	CGCTG	2	10	1086709	1086718	0 %	20 %	40 %	40 %	340781829
574	NC_015850	TGGCG	2	10	1087155	1087164	0 %	20 %	60 %	20 %	340781829
575	NC_015850	ATCCC	2	10	1090407	1090416	20 %	20 %	0 %	60 %	340781831
576	NC_015850	CAGTC	2	10	1090510	1090519	20 %	20 %	20 %	40 %	340781831
577	NC_015850	GCCAG	2	10	1090730	1090739	20 %	0 %	40 %	40 %	340781831
578	NC_015850	CGCCC	2	10	1092244	1092253	0 %	0 %	20 %	80 %	340781832
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580	NC_015850	CCTGC	2	10	1094644	1094653	0 %	20 %	20 %	60 %	340781833
581	NC_015850	CGACA	2	10	1095963	1095972	40 %	0 %	20 %	40 %	340781834
582	NC_015850	AGCAG	2	10	1099436	1099445	40 %	0 %	40 %	20 %	340781840
583	NC_015850	TCCGA	2	10	1101815	1101824	20 %	20 %	20 %	40 %	340781842
584	NC_015850	CTGGC	2	10	1103251	1103260	0 %	20 %	40 %	40 %	340781843
585	NC_015850	CCTGG	2	10	1103494	1103503	0 %	20 %	40 %	40 %	340781844
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589	NC_015850	CGATC	2	10	1112051	1112060	20 %	20 %	20 %	40 %	340781852
590	NC_015850	CCGAG	2	10	1117682	1117691	20 %	0 %	40 %	40 %	340781857
591	NC_015850	GCGCT	2	10	1118226	1118235	0 %	20 %	40 %	40 %	340781858
592	NC_015850	TCGCT	2	10	1121544	1121553	0 %	40 %	20 %	40 %	340781863
593	NC_015850	CGATA	2	10	1125908	1125917	40 %	20 %	20 %	20 %	340781866
594	NC_015850	GGATG	2	10	1127894	1127903	20 %	20 %	60 %	0 %	340781866
595	NC_015850	TCGCG	2	10	1129709	1129718	0 %	20 %	40 %	40 %	340781868
596	NC_015850	CCGCA	2	10	1134944	1134953	20 %	0 %	20 %	60 %	340781871
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599	NC_015850	CCTTC	2	10	1138566	1138575	0 %	40 %	0 %	60 %	340781875
600	NC_015850	GCGCC	2	10	1138680	1138689	0 %	0 %	40 %	60 %	340781875
601	NC_015850	GTGGA	2	10	1139341	1139350	20 %	20 %	60 %	0 %	340781875
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608	NC_015850	CGGTT	2	10	1144642	1144651	0 %	40 %	40 %	20 %	340781880
609	NC_015850	CCTTT	2	10	1145989	1145998	0 %	60 %	0 %	40 %	340781881
610	NC_015850	TTCTC	2	10	1146287	1146296	0 %	60 %	0 %	40 %	340781881
611	NC_015850	GCACG	2	10	1148593	1148602	20 %	0 %	40 %	40 %	340781882
612	NC_015850	GCTCC	2	10	1153341	1153350	0 %	20 %	20 %	60 %	340781888
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614	NC_015850	CGAAC	2	10	1156737	1156746	40 %	0 %	20 %	40 %	340781891
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620	NC_015850	CGCTG	2	10	1162342	1162351	0 %	20 %	40 %	40 %	340781899
621	NC_015850	TCTGC	2	10	1165331	1165340	0 %	40 %	20 %	40 %	340781903
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623	NC_015850	GGCGC	2	10	1167645	1167654	0 %	0 %	60 %	40 %	340781903
624	NC_015850	AAAAG	2	10	1167888	1167897	80 %	0 %	20 %	0 %	340781903
625	NC_015850	GTCAC	2	10	1175251	1175260	20 %	20 %	20 %	40 %	340781910
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