MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Repeats of Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1 chromosome

Total Repeats: 2609

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
2501	NC_008340	TGATC	2	10	3099914	3099923	20 %	40 %	20 %	20 %	114321877
2502	NC_008340	GCCCT	2	10	3102094	3102103	0 %	20 %	20 %	60 %	114321880
2503	NC_008340	CAGCG	2	10	3102310	3102319	20 %	0 %	40 %	40 %	114321880
2504	NC_008340	CCGCG	2	10	3102874	3102883	0 %	0 %	40 %	60 %	114321881
2505	NC_008340	CGGCC	2	10	3103378	3103387	0 %	0 %	40 %	60 %	114321882
2506	NC_008340	ATAGC	2	10	3107152	3107161	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
2507	NC_008340	ACATC	2	10	3107704	3107713	40 %	20 %	0 %	40 %	114321885
2508	NC_008340	CCCTG	2	10	3108012	3108021	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
2509	NC_008340	ACCAG	2	10	3108073	3108082	40 %	0 %	20 %	40 %	114321886
2510	NC_008340	CGGCC	2	10	3108577	3108586	0 %	0 %	40 %	60 %	114321886
2511	NC_008340	GGCCC	2	10	3108817	3108826	0 %	0 %	40 %	60 %	114321886
2512	NC_008340	CCCGG	2	10	3109380	3109389	0 %	0 %	40 %	60 %	114321887
2513	NC_008340	GAGAG	2	10	3109698	3109707	40 %	0 %	60 %	0 %	Non-Coding
2514	NC_008340	CAGAT	2	10	3110169	3110178	40 %	20 %	20 %	20 %	114321889
2515	NC_008340	CCACC	2	10	3110581	3110590	20 %	0 %	0 %	80 %	114321889
2516	NC_008340	TGCGG	2	10	3114381	3114390	0 %	20 %	60 %	20 %	114321891
2517	NC_008340	ACGGC	2	10	3115733	3115742	20 %	0 %	40 %	40 %	114321892
2518	NC_008340	GCCGC	2	10	3116774	3116783	0 %	0 %	40 %	60 %	114321894
2519	NC_008340	GCCCC	2	10	3117437	3117446	0 %	0 %	20 %	80 %	114321894
2520	NC_008340	GCGCA	2	10	3119381	3119390	20 %	0 %	40 %	40 %	114321895
2521	NC_008340	CCGAC	2	10	3122495	3122504	20 %	0 %	20 %	60 %	114321897
2522	NC_008340	GGTCG	2	10	3123806	3123815	0 %	20 %	60 %	20 %	114321899
2523	NC_008340	GGTCT	2	10	3129176	3129185	0 %	40 %	40 %	20 %	114321903
2524	NC_008340	GCCCG	2	10	3138184	3138193	0 %	0 %	40 %	60 %	114321910
2525	NC_008340	GCCCC	2	10	3142820	3142829	0 %	0 %	20 %	80 %	114321911
2526	NC_008340	AACTG	2	10	3147759	3147768	40 %	20 %	20 %	20 %	114321916
2527	NC_008340	ACCGC	2	10	3148390	3148399	20 %	0 %	20 %	60 %	114321918
2528	NC_008340	GCGCC	2	10	3152266	3152275	0 %	0 %	40 %	60 %	114321921
2529	NC_008340	GCGCC	2	10	3152537	3152546	0 %	0 %	40 %	60 %	114321921
2530	NC_008340	AGCGA	2	10	3154384	3154393	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
2531	NC_008340	GCCCT	2	10	3155705	3155714	0 %	20 %	20 %	60 %	114321925
2532	NC_008340	GCGGG	2	10	3158722	3158731	0 %	0 %	80 %	20 %	114321926
2533	NC_008340	CCCCG	2	10	3160228	3160237	0 %	0 %	20 %	80 %	114321926
2534	NC_008340	GGGCC	2	10	3161350	3161359	0 %	0 %	60 %	40 %	114321927
2535	NC_008340	AGCCC	2	10	3162178	3162187	20 %	0 %	20 %	60 %	114321927
2536	NC_008340	AGCGG	2	10	3164599	3164608	20 %	0 %	60 %	20 %	114321930
2537	NC_008340	CCCGG	2	10	3169856	3169865	0 %	0 %	40 %	60 %	114321933
2538	NC_008340	GCCCA	2	10	3174548	3174557	20 %	0 %	20 %	60 %	Non-Coding
2539	NC_008340	CGGCC	2	10	3175014	3175023	0 %	0 %	40 %	60 %	114321939
2540	NC_008340	CCCGG	2	10	3175898	3175907	0 %	0 %	40 %	60 %	114321939
2541	NC_008340	CCTGG	2	10	3176062	3176071	0 %	20 %	40 %	40 %	114321940
2542	NC_008340	CAGCG	2	10	3181093	3181102	20 %	0 %	40 %	40 %	114321945
2543	NC_008340	TCCGG	2	10	3182233	3182242	0 %	20 %	40 %	40 %	114321946
2544	NC_008340	GGGTG	2	10	3185337	3185346	0 %	20 %	80 %	0 %	114321949
2545	NC_008340	ATCAG	2	10	3186683	3186692	40 %	20 %	20 %	20 %	114321950
2546	NC_008340	GCGCT	2	10	3187525	3187534	0 %	20 %	40 %	40 %	114321950
2547	NC_008340	TGGCA	2	10	3189025	3189034	20 %	20 %	40 %	20 %	114321952
2548	NC_008340	CAACG	2	10	3189038	3189047	40 %	0 %	20 %	40 %	114321952
2549	NC_008340	GCGGA	2	10	3189830	3189839	20 %	0 %	60 %	20 %	114321952
2550	NC_008340	CCGGC	2	10	3190816	3190825	0 %	0 %	40 %	60 %	114321953
2551	NC_008340	CCCGC	2	10	3191635	3191644	0 %	0 %	20 %	80 %	114321954
2552	NC_008340	CGCGG	2	10	3199041	3199050	0 %	0 %	60 %	40 %	114321961
2553	NC_008340	CAGGA	2	10	3201359	3201368	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
2554	NC_008340	CACCG	2	10	3201621	3201630	20 %	0 %	20 %	60 %	Non-Coding
2555	NC_008340	GCCGC	2	10	3203257	3203266	0 %	0 %	40 %	60 %	114321965
2556	NC_008340	CTGGC	2	10	3203393	3203402	0 %	20 %	40 %	40 %	114321965
2557	NC_008340	TACCG	2	10	3203720	3203729	20 %	20 %	20 %	40 %	114321965
2558	NC_008340	ATGGC	2	10	3204083	3204092	20 %	20 %	40 %	20 %	114321965
2559	NC_008340	GCGCA	2	10	3205459	3205468	20 %	0 %	40 %	40 %	114321967
2560	NC_008340	GGGGC	2	10	3208388	3208397	0 %	0 %	80 %	20 %	114321970
2561	NC_008340	CCGGC	2	10	3209262	3209271	0 %	0 %	40 %	60 %	114321971
2562	NC_008340	CGCAC	2	10	3210027	3210036	20 %	0 %	20 %	60 %	114321972
2563	NC_008340	TGGCC	2	10	3210331	3210340	0 %	20 %	40 %	40 %	114321972
2564	NC_008340	GGCAT	2	10	3216023	3216032	20 %	20 %	40 %	20 %	114321979
2565	NC_008340	TCAGG	2	10	3216597	3216606	20 %	20 %	40 %	20 %	114321980
2566	NC_008340	TCCGA	2	10	3221088	3221097	20 %	20 %	20 %	40 %	114321984
2567	NC_008340	GGACC	2	10	3222150	3222159	20 %	0 %	40 %	40 %	114321985
2568	NC_008340	CCGGC	2	10	3225663	3225672	0 %	0 %	40 %	60 %	114321987
2569	NC_008340	GACCT	2	10	3226152	3226161	20 %	20 %	20 %	40 %	114321987
2570	NC_008340	CCCAG	2	10	3226886	3226895	20 %	0 %	20 %	60 %	Non-Coding
2571	NC_008340	GCCGG	2	10	3227511	3227520	0 %	0 %	60 %	40 %	114321988
2572	NC_008340	CGGCG	2	10	3228526	3228535	0 %	0 %	60 %	40 %	114321988
2573	NC_008340	CGGCC	2	10	3229560	3229569	0 %	0 %	40 %	60 %	114321989
2574	NC_008340	CCGGG	2	10	3230241	3230250	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
2575	NC_008340	CACGG	2	10	3230378	3230387	20 %	0 %	40 %	40 %	114321990
2576	NC_008340	CGACC	2	10	3231529	3231538	20 %	0 %	20 %	60 %	114321990
2577	NC_008340	CGGTG	2	10	3232671	3232680	0 %	20 %	60 %	20 %	114321991
2578	NC_008340	AGGCC	2	10	3233713	3233722	20 %	0 %	40 %	40 %	114321992
2579	NC_008340	GGCCC	2	10	3234326	3234335	0 %	0 %	40 %	60 %	114321992
2580	NC_008340	TCGCT	2	10	3234594	3234603	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
2581	NC_008340	GAGGC	2	10	3236065	3236074	20 %	0 %	60 %	20 %	114321994
2582	NC_008340	CCCGG	2	10	3238305	3238314	0 %	0 %	40 %	60 %	114321996
2583	NC_008340	GGCGG	2	10	3238336	3238345	0 %	0 %	80 %	20 %	114321996
2584	NC_008340	TGCTG	2	10	3238365	3238374	0 %	40 %	40 %	20 %	114321996
2585	NC_008340	GGGCC	2	10	3240338	3240347	0 %	0 %	60 %	40 %	114321998
2586	NC_008340	CCACC	2	10	3243766	3243775	20 %	0 %	0 %	80 %	114322001
2587	NC_008340	CTGCG	2	10	3245199	3245208	0 %	20 %	40 %	40 %	114322002
2588	NC_008340	CCTGG	2	10	3246024	3246033	0 %	20 %	40 %	40 %	114322003
2589	NC_008340	CGGCG	2	10	3247674	3247683	0 %	0 %	60 %	40 %	114322005
2590	NC_008340	AGCAA	2	10	3248439	3248448	60 %	0 %	20 %	20 %	114322006
2591	NC_008340	GCCCG	2	10	3250388	3250397	0 %	0 %	40 %	60 %	114322007
2592	NC_008340	CGGGC	2	10	3251791	3251800	0 %	0 %	60 %	40 %	114322008
2593	NC_008340	TCGCT	2	10	3255066	3255075	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
2594	NC_008340	CGGGG	2	10	3258016	3258025	0 %	0 %	80 %	20 %	Non-Coding
2595	NC_008340	CGCCC	2	10	3259137	3259146	0 %	0 %	20 %	80 %	114322014
2596	NC_008340	CCCGA	2	10	3259175	3259184	20 %	0 %	20 %	60 %	114322014
2597	NC_008340	CGACC	2	10	3259539	3259548	20 %	0 %	20 %	60 %	114322014
2598	NC_008340	TCACC	2	10	3263869	3263878	20 %	20 %	0 %	60 %	114322018
2599	NC_008340	TGGTC	2	10	3266847	3266856	0 %	40 %	40 %	20 %	114322022
2600	NC_008340	GGCGC	2	10	3266914	3266923	0 %	0 %	60 %	40 %	114322022
2601	NC_008340	GTCCC	2	10	3268533	3268542	0 %	20 %	20 %	60 %	114322025
2602	NC_008340	CGGGC	2	10	3269741	3269750	0 %	0 %	60 %	40 %	114322026
2603	NC_008340	AGGCC	2	10	3270185	3270194	20 %	0 %	40 %	40 %	114322027
2604	NC_008340	GGGTG	2	10	3270842	3270851	0 %	20 %	80 %	0 %	114322027
2605	NC_008340	GGCGG	2	10	3271298	3271307	0 %	0 %	80 %	20 %	114322027
2606	NC_008340	TCGCT	2	10	3272096	3272105	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
2607	NC_008340	CGGCG	2	10	3273417	3273426	0 %	0 %	60 %	40 %	114322028
2608	NC_008340	GCACG	2	10	3275737	3275746	20 %	0 %	40 %	40 %	114322031
2609	NC_008340	GCTGG	2	10	3275804	3275813	0 %	20 %	60 %	20 %	114322031

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©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.