MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Coding Repeats of Mannheimia haemolytica USDA-ARS-USMARC-183

Total Repeats: 1691

< Previous1234Next >

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1501	NC_020833	GGCAC	2	10	2345212	2345221	20 %	0 %	40 %	40 %	472334927
1502	NC_020833	AACCG	2	10	2347488	2347497	40 %	0 %	20 %	40 %	472334929
1503	NC_020833	TTCAT	2	10	2349559	2349568	20 %	60 %	0 %	20 %	472334931
1504	NC_020833	GTTAA	2	10	2350474	2350483	40 %	40 %	20 %	0 %	472334931
1505	NC_020833	TAAAA	2	10	2351419	2351428	80 %	20 %	0 %	0 %	472334932
1506	NC_020833	AACTG	2	10	2351830	2351839	40 %	20 %	20 %	20 %	472334932
1507	NC_020833	CAGGT	2	10	2351841	2351850	20 %	20 %	40 %	20 %	472334932
1508	NC_020833	TAATA	2	10	2352520	2352529	60 %	40 %	0 %	0 %	472334933
1509	NC_020833	CCTTT	2	10	2352787	2352796	0 %	60 %	0 %	40 %	472334933
1510	NC_020833	GTATA	2	10	2352933	2352942	40 %	40 %	20 %	0 %	472334933
1511	NC_020833	TCTTT	2	10	2353477	2353486	0 %	80 %	0 %	20 %	472334934
1512	NC_020833	TTTTC	2	10	2356977	2356986	0 %	80 %	0 %	20 %	472334936
1513	NC_020833	TCACC	2	10	2362228	2362237	20 %	20 %	0 %	60 %	472334942
1514	NC_020833	AGTTA	2	10	2362550	2362559	40 %	40 %	20 %	0 %	472334942
1515	NC_020833	ACTTA	2	10	2363297	2363306	40 %	40 %	0 %	20 %	472334942
1516	NC_020833	ACTTC	2	10	2363905	2363914	20 %	40 %	0 %	40 %	472334942
1517	NC_020833	GTAAT	2	10	2366994	2367003	40 %	40 %	20 %	0 %	472334944
1518	NC_020833	ATTCT	2	10	2368829	2368838	20 %	60 %	0 %	20 %	472334946
1519	NC_020833	AAATG	2	10	2369119	2369128	60 %	20 %	20 %	0 %	472334946
1520	NC_020833	TTTCC	2	10	2370260	2370269	0 %	60 %	0 %	40 %	472334947
1521	NC_020833	ACAAA	2	10	2373530	2373539	80 %	0 %	0 %	20 %	472334949
1522	NC_020833	CAAAA	2	10	2373895	2373904	80 %	0 %	0 %	20 %	472334950
1523	NC_020833	ATGCA	2	10	2374852	2374861	40 %	20 %	20 %	20 %	472334952
1524	NC_020833	TAAAA	2	10	2375640	2375649	80 %	20 %	0 %	0 %	472334952
1525	NC_020833	TTGGC	2	10	2377448	2377457	0 %	40 %	40 %	20 %	472334954
1526	NC_020833	CGATA	2	10	2381092	2381101	40 %	20 %	20 %	20 %	472334959
1527	NC_020833	TGCCG	2	10	2386308	2386317	0 %	20 %	40 %	40 %	472334963
1528	NC_020833	GCTTC	2	10	2386937	2386946	0 %	40 %	20 %	40 %	472334964
1529	NC_020833	TGATT	2	10	2388723	2388732	20 %	60 %	20 %	0 %	472334967
1530	NC_020833	AATTG	2	10	2389272	2389281	40 %	40 %	20 %	0 %	472334967
1531	NC_020833	AGATA	2	10	2390622	2390631	60 %	20 %	20 %	0 %	472334970
1532	NC_020833	TCGAT	2	10	2394996	2395005	20 %	40 %	20 %	20 %	472334973
1533	NC_020833	TTCCG	2	10	2395371	2395380	0 %	40 %	20 %	40 %	472334974
1534	NC_020833	CAACT	2	10	2396026	2396035	40 %	20 %	0 %	40 %	472334975
1535	NC_020833	TTGCA	2	10	2398005	2398014	20 %	40 %	20 %	20 %	472334977
1536	NC_020833	GGCTT	2	10	2398343	2398352	0 %	40 %	40 %	20 %	472334977
1537	NC_020833	TTGGG	2	10	2398404	2398413	0 %	40 %	60 %	0 %	472334977
1538	NC_020833	ACCAC	2	10	2399394	2399403	40 %	0 %	0 %	60 %	472334978
1539	NC_020833	TAATT	2	10	2399645	2399654	40 %	60 %	0 %	0 %	472334978
1540	NC_020833	CAACT	2	10	2404470	2404479	40 %	20 %	0 %	40 %	472334982
1541	NC_020833	ACAAA	2	10	2406196	2406205	80 %	0 %	0 %	20 %	472334986
1542	NC_020833	ATATT	2	10	2408136	2408145	40 %	60 %	0 %	0 %	472334989
1543	NC_020833	CACAA	2	10	2408641	2408650	60 %	0 %	0 %	40 %	472334989
1544	NC_020833	GTTTT	2	10	2411038	2411047	0 %	80 %	20 %	0 %	472334994
1545	NC_020833	GGTGT	2	10	2411062	2411071	0 %	40 %	60 %	0 %	472334994
1546	NC_020833	GTCCG	2	10	2413499	2413508	0 %	20 %	40 %	40 %	472334996
1547	NC_020833	TAAAG	2	10	2415107	2415116	60 %	20 %	20 %	0 %	472334996
1548	NC_020833	GTAGC	2	10	2416652	2416661	20 %	20 %	40 %	20 %	472334997
1549	NC_020833	TCGCC	2	10	2416875	2416884	0 %	20 %	20 %	60 %	472334997
1550	NC_020833	ACCTT	2	10	2417093	2417102	20 %	40 %	0 %	40 %	472334997
1551	NC_020833	TTAGT	2	10	2418661	2418670	20 %	60 %	20 %	0 %	472334998
1552	NC_020833	TGAAT	2	10	2420119	2420128	40 %	40 %	20 %	0 %	472334999
1553	NC_020833	TTCCA	2	10	2424173	2424182	20 %	40 %	0 %	40 %	472335000
1554	NC_020833	CAGAT	2	10	2427224	2427233	40 %	20 %	20 %	20 %	472335001
1555	NC_020833	GTTTG	2	10	2429383	2429392	0 %	60 %	40 %	0 %	472335004
1556	NC_020833	ATAAA	2	10	2429944	2429953	80 %	20 %	0 %	0 %	472335005
1557	NC_020833	ACAGA	2	10	2433627	2433636	60 %	0 %	20 %	20 %	472335010
1558	NC_020833	GCTAT	2	10	2433669	2433678	20 %	40 %	20 %	20 %	472335010
1559	NC_020833	CCTCA	2	10	2433735	2433744	20 %	20 %	0 %	60 %	472335010
1560	NC_020833	CGGTG	2	10	2434099	2434108	0 %	20 %	60 %	20 %	472335010
1561	NC_020833	TTGGC	2	10	2434974	2434983	0 %	40 %	40 %	20 %	472335010
1562	NC_020833	TTGAT	2	10	2436086	2436095	20 %	60 %	20 %	0 %	472335011
1563	NC_020833	TACCG	2	10	2443548	2443557	20 %	20 %	20 %	40 %	472335016
1564	NC_020833	AGGCA	2	10	2444860	2444869	40 %	0 %	40 %	20 %	472335017
1565	NC_020833	TAAGT	2	10	2446879	2446888	40 %	40 %	20 %	0 %	472335020
1566	NC_020833	ATTGC	2	10	2449131	2449140	20 %	40 %	20 %	20 %	472335022
1567	NC_020833	ACTCC	2	10	2450261	2450270	20 %	20 %	0 %	60 %	472335023
1568	NC_020833	TCGCC	2	10	2450477	2450486	0 %	20 %	20 %	60 %	472335024
1569	NC_020833	CTACC	2	10	2451335	2451344	20 %	20 %	0 %	60 %	472335025
1570	NC_020833	GAATG	2	10	2452781	2452790	40 %	20 %	40 %	0 %	472335026
1571	NC_020833	ACATT	2	10	2453065	2453074	40 %	40 %	0 %	20 %	472335026
1572	NC_020833	GGTTA	2	10	2453825	2453834	20 %	40 %	40 %	0 %	472335027
1573	NC_020833	TGCTA	2	10	2455787	2455796	20 %	40 %	20 %	20 %	472335029
1574	NC_020833	ATATT	2	10	2458676	2458685	40 %	60 %	0 %	0 %	472335032
1575	NC_020833	ATTTT	2	10	2459216	2459225	20 %	80 %	0 %	0 %	472335032
1576	NC_020833	CAAGA	2	10	2459664	2459673	60 %	0 %	20 %	20 %	472335033
1577	NC_020833	CGATA	2	10	2463305	2463314	40 %	20 %	20 %	20 %	472335037
1578	NC_020833	AAAAG	2	10	2463839	2463848	80 %	0 %	20 %	0 %	472335038
1579	NC_020833	CGTAT	2	10	2464948	2464957	20 %	40 %	20 %	20 %	472335038
1580	NC_020833	TTTGT	2	10	2471045	2471054	0 %	80 %	20 %	0 %	472335040
1581	NC_020833	ATTCC	2	10	2471584	2471593	20 %	40 %	0 %	40 %	472335041
1582	NC_020833	TTCAA	2	10	2472077	2472086	40 %	40 %	0 %	20 %	472335041
1583	NC_020833	CGTGC	2	10	2473550	2473559	0 %	20 %	40 %	40 %	472335042
1584	NC_020833	CGTGC	2	10	2478507	2478516	0 %	20 %	40 %	40 %	472335048
1585	NC_020833	CAATG	2	10	2481919	2481928	40 %	20 %	20 %	20 %	472335053
1586	NC_020833	CATTC	2	10	2483057	2483066	20 %	40 %	0 %	40 %	472335054
1587	NC_020833	CAAAC	2	10	2483528	2483537	60 %	0 %	0 %	40 %	472335054
1588	NC_020833	TTCCG	2	10	2483770	2483779	0 %	40 %	20 %	40 %	472335054
1589	NC_020833	ATTTT	2	10	2485222	2485231	20 %	80 %	0 %	0 %	472335057
1590	NC_020833	AATCA	2	10	2487033	2487042	60 %	20 %	0 %	20 %	472335060
1591	NC_020833	AAGCC	2	10	2495232	2495241	40 %	0 %	20 %	40 %	472335068
1592	NC_020833	AATAC	2	10	2498356	2498365	60 %	20 %	0 %	20 %	472335072
1593	NC_020833	ATAAA	2	10	2498677	2498686	80 %	20 %	0 %	0 %	472335073
1594	NC_020833	GTTGC	2	10	2501151	2501160	0 %	40 %	40 %	20 %	472335075
1595	NC_020833	TGAAG	2	10	2501181	2501190	40 %	20 %	40 %	0 %	472335075
1596	NC_020833	CCAAA	2	10	2503995	2504004	60 %	0 %	0 %	40 %	472335078
1597	NC_020833	TGCAA	2	10	2506509	2506518	40 %	20 %	20 %	20 %	472335080
1598	NC_020833	CCAAA	2	10	2507019	2507028	60 %	0 %	0 %	40 %	472335081
1599	NC_020833	ATTTT	2	10	2511109	2511118	20 %	80 %	0 %	0 %	472335084
1600	NC_020833	CCGGG	2	10	2512547	2512556	0 %	0 %	60 %	40 %	472335085
1601	NC_020833	GATAA	2	10	2514403	2514412	60 %	20 %	20 %	0 %	472335088
1602	NC_020833	AATAA	2	10	2519765	2519774	80 %	20 %	0 %	0 %	472335096
1603	NC_020833	TTACT	2	10	2522115	2522124	20 %	60 %	0 %	20 %	472335101
1604	NC_020833	TTACC	2	10	2524209	2524218	20 %	40 %	0 %	40 %	472335105
1605	NC_020833	TCAAT	2	10	2526873	2526882	40 %	40 %	0 %	20 %	472335108
1606	NC_020833	GTATG	2	10	2528352	2528361	20 %	40 %	40 %	0 %	472335110
1607	NC_020833	TGGGC	2	10	2529347	2529356	0 %	20 %	60 %	20 %	472335111
1608	NC_020833	GCCAA	2	10	2529708	2529717	40 %	0 %	20 %	40 %	472335111
1609	NC_020833	CTGCT	2	10	2530750	2530759	0 %	40 %	20 %	40 %	472335111
1610	NC_020833	GGGAA	2	10	2532285	2532294	40 %	0 %	60 %	0 %	472335112
1611	NC_020833	GCTCT	2	10	2534896	2534905	0 %	40 %	20 %	40 %	472335114
1612	NC_020833	TTTAT	2	10	2536871	2536880	20 %	80 %	0 %	0 %	472335116
1613	NC_020833	TTATG	2	10	2537507	2537516	20 %	60 %	20 %	0 %	472335117
1614	NC_020833	TGGCG	2	10	2537726	2537735	0 %	20 %	60 %	20 %	472335118
1615	NC_020833	CTCAA	2	10	2538262	2538271	40 %	20 %	0 %	40 %	472335118
1616	NC_020833	CCGGC	2	10	2538840	2538849	0 %	0 %	40 %	60 %	472335119
1617	NC_020833	GTGCC	2	10	2539092	2539101	0 %	20 %	40 %	40 %	472335119
1618	NC_020833	ACAAT	2	10	2540509	2540518	60 %	20 %	0 %	20 %	472335122
1619	NC_020833	TGCTC	2	10	2541820	2541829	0 %	40 %	20 %	40 %	472335124
1620	NC_020833	ATTTT	2	10	2542424	2542433	20 %	80 %	0 %	0 %	472335125
1621	NC_020833	AAAAC	2	10	2542720	2542729	80 %	0 %	0 %	20 %	472335125
1622	NC_020833	AGCCA	2	10	2542968	2542977	40 %	0 %	20 %	40 %	472335126
1623	NC_020833	CAATA	2	10	2543594	2543603	60 %	20 %	0 %	20 %	472335126
1624	NC_020833	TTTAT	2	10	2547326	2547335	20 %	80 %	0 %	0 %	472335131
1625	NC_020833	ATGGG	2	10	2548494	2548503	20 %	20 %	60 %	0 %	472335132
1626	NC_020833	ATATT	2	10	2552125	2552134	40 %	60 %	0 %	0 %	472335134
1627	NC_020833	TGGGT	2	10	2554627	2554636	0 %	40 %	60 %	0 %	472335137
1628	NC_020833	ATTTT	2	10	2554960	2554969	20 %	80 %	0 %	0 %	472335137
1629	NC_020833	TTTTG	2	10	2555210	2555219	0 %	80 %	20 %	0 %	472335138
1630	NC_020833	AAATT	2	10	2555310	2555319	60 %	40 %	0 %	0 %	472335138
1631	NC_020833	GTTTG	2	10	2557636	2557645	0 %	60 %	40 %	0 %	472335140
1632	NC_020833	CATTT	2	10	2561892	2561901	20 %	60 %	0 %	20 %	472335143
1633	NC_020833	ATTTT	2	10	2562734	2562743	20 %	80 %	0 %	0 %	472335144
1634	NC_020833	AAGGT	2	10	2565821	2565830	40 %	20 %	40 %	0 %	472335148
1635	NC_020833	CTGCC	2	10	2569881	2569890	0 %	20 %	20 %	60 %	472335150
1636	NC_020833	TTGCA	2	10	2570785	2570794	20 %	40 %	20 %	20 %	472335152
1637	NC_020833	TTGGG	2	10	2572724	2572733	0 %	40 %	60 %	0 %	472335154
1638	NC_020833	ATGGT	2	10	2575250	2575259	20 %	40 %	40 %	0 %	472335157
1639	NC_020833	AACCG	2	10	2575401	2575410	40 %	0 %	20 %	40 %	472335157
1640	NC_020833	ATTGA	2	10	2576797	2576806	40 %	40 %	20 %	0 %	472335159
1641	NC_020833	AATTT	2	10	2578329	2578338	40 %	60 %	0 %	0 %	472335160
1642	NC_020833	GCAAG	2	10	2583354	2583363	40 %	0 %	40 %	20 %	472335162
1643	NC_020833	ATTCA	2	10	2585386	2585395	40 %	40 %	0 %	20 %	472335164
1644	NC_020833	GGTTG	2	10	2586054	2586063	0 %	40 %	60 %	0 %	472335164
1645	NC_020833	TATTT	2	10	2586748	2586757	20 %	80 %	0 %	0 %	472335165
1646	NC_020833	CACTT	2	10	2589988	2589997	20 %	40 %	0 %	40 %	472335168
1647	NC_020833	ATAAA	2	10	2590891	2590900	80 %	20 %	0 %	0 %	472335169
1648	NC_020833	AAAGA	2	10	2591139	2591148	80 %	0 %	20 %	0 %	472335169
1649	NC_020833	TTACC	2	10	2593363	2593372	20 %	40 %	0 %	40 %	472335173
1650	NC_020833	TGATT	2	10	2596163	2596172	20 %	60 %	20 %	0 %	472335176
1651	NC_020833	TTTTG	2	10	2600673	2600682	0 %	80 %	20 %	0 %	472335179
1652	NC_020833	GGTAT	2	10	2601249	2601258	20 %	40 %	40 %	0 %	472335180
1653	NC_020833	AATGA	2	10	2601531	2601540	60 %	20 %	20 %	0 %	472335180
1654	NC_020833	GGCTT	2	10	2602522	2602531	0 %	40 %	40 %	20 %	472335181
1655	NC_020833	AACCT	2	10	2603879	2603888	40 %	20 %	0 %	40 %	472335184
1656	NC_020833	GCAAC	2	10	2603932	2603941	40 %	0 %	20 %	40 %	472335184
1657	NC_020833	CAGTA	2	10	2604306	2604315	40 %	20 %	20 %	20 %	472335186
1658	NC_020833	TTGCA	2	10	2604588	2604597	20 %	40 %	20 %	20 %	472335186
1659	NC_020833	GAATC	2	10	2604695	2604704	40 %	20 %	20 %	20 %	472335186
1660	NC_020833	GGCTT	2	10	2604837	2604846	0 %	40 %	40 %	20 %	472335186
1661	NC_020833	TTGCT	2	10	2605471	2605480	0 %	60 %	20 %	20 %	472335186
1662	NC_020833	CCCAA	2	10	2606564	2606573	40 %	0 %	0 %	60 %	472335187
1663	NC_020833	CAGCA	2	10	2607150	2607159	40 %	0 %	20 %	40 %	472335188
1664	NC_020833	ATTCC	2	10	2607326	2607335	20 %	40 %	0 %	40 %	472335188
1665	NC_020833	TCGGC	2	10	2607428	2607437	0 %	20 %	40 %	40 %	472335188
1666	NC_020833	ATCAC	2	10	2615473	2615482	40 %	20 %	0 %	40 %	472335198
1667	NC_020833	GTTTC	2	10	2617154	2617163	0 %	60 %	20 %	20 %	472335200
1668	NC_020833	CCAAA	2	10	2617202	2617211	60 %	0 %	0 %	40 %	472335200
1669	NC_020833	CGCCA	2	10	2617922	2617931	20 %	0 %	20 %	60 %	472335202
1670	NC_020833	CATTT	2	10	2620574	2620583	20 %	60 %	0 %	20 %	472335204
1671	NC_020833	CCGAT	2	10	2622306	2622315	20 %	20 %	20 %	40 %	472335206
1672	NC_020833	GGTTG	2	10	2628398	2628407	0 %	40 %	60 %	0 %	472335214
1673	NC_020833	GGCGA	2	10	2629946	2629955	20 %	0 %	60 %	20 %	472335214
1674	NC_020833	AAGCA	2	10	2629973	2629982	60 %	0 %	20 %	20 %	472335214
1675	NC_020833	GGCTT	2	10	2631650	2631659	0 %	40 %	40 %	20 %	472335214
1676	NC_020833	TCATC	2	10	2638702	2638711	20 %	40 %	0 %	40 %	472335221
1677	NC_020833	CGCTT	2	10	2640056	2640065	0 %	40 %	20 %	40 %	472335222
1678	NC_020833	AGCAA	2	10	2640661	2640670	60 %	0 %	20 %	20 %	472335223
1679	NC_020833	CGTGG	2	10	2643738	2643747	0 %	20 %	60 %	20 %	472335226
1680	NC_020833	AAACC	2	10	2644088	2644097	60 %	0 %	0 %	40 %	472335226
1681	NC_020833	GGGGT	2	10	2644448	2644457	0 %	20 %	80 %	0 %	472335227
1682	NC_020833	AACAC	2	10	2647950	2647959	60 %	0 %	0 %	40 %	472335230
1683	NC_020833	AAATT	2	10	2648394	2648403	60 %	40 %	0 %	0 %	472335231
1684	NC_020833	CCGTT	2	10	2648624	2648633	0 %	40 %	20 %	40 %	472335231
1685	NC_020833	CACCG	2	10	2653800	2653809	20 %	0 %	20 %	60 %	472335235
1686	NC_020833	CAATC	2	10	2654141	2654150	40 %	20 %	0 %	40 %	472335235
1687	NC_020833	TCGCA	2	10	2655227	2655236	20 %	20 %	20 %	40 %	472335236
1688	NC_020833	ATTCG	2	10	2656424	2656433	20 %	40 %	20 %	20 %	472335237
1689	NC_020833	CTCCG	2	10	2656872	2656881	0 %	20 %	20 %	60 %	472335237
1690	NC_020833	AACGG	2	10	2657369	2657378	40 %	0 %	40 %	20 %	472335237
1691	NC_020833	CACTT	2	10	2658057	2658066	20 %	40 %	0 %	40 %	472335238

< Previous1234Next >

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.