MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Repeats of Acidithiobacillus ferrivorans SS3 chromosome

Total Repeats: 2000

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_015942	CGGCG	2	10	510	519	0 %	0 %	60 %	40 %	344198244
2	NC_015942	CAACA	2	10	835	844	60 %	0 %	0 %	40 %	344198244
3	NC_015942	CTGTG	2	10	2077	2086	0 %	40 %	40 %	20 %	344198245
4	NC_015942	ACTGG	2	10	3365	3374	20 %	20 %	40 %	20 %	344198246
5	NC_015942	GCAGC	2	10	7714	7723	20 %	0 %	40 %	40 %	344198249
6	NC_015942	GCCAG	2	10	8892	8901	20 %	0 %	40 %	40 %	344198249
7	NC_015942	CAGTC	2	10	8942	8951	20 %	20 %	20 %	40 %	344198249
8	NC_015942	TCATG	2	10	10798	10807	20 %	40 %	20 %	20 %	344198249
9	NC_015942	GCGCC	2	10	10857	10866	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
10	NC_015942	CAGAT	2	10	14730	14739	40 %	20 %	20 %	20 %	344198254
11	NC_015942	GCGCG	2	10	15453	15462	0 %	0 %	60 %	40 %	344198254
12	NC_015942	CCGGG	2	10	15946	15955	0 %	0 %	60 %	40 %	344198255
13	NC_015942	GCCCA	2	10	18656	18665	20 %	0 %	20 %	60 %	344198258
14	NC_015942	GCAGG	2	10	18946	18955	20 %	0 %	60 %	20 %	344198258
15	NC_015942	GCGCG	2	10	19454	19463	0 %	0 %	60 %	40 %	344198259
16	NC_015942	TCCGG	2	10	19542	19551	0 %	20 %	40 %	40 %	344198259
17	NC_015942	GGCGT	2	10	20660	20669	0 %	20 %	60 %	20 %	344198260
18	NC_015942	CGGCG	2	10	21594	21603	0 %	0 %	60 %	40 %	344198261
19	NC_015942	TCAGC	2	10	22604	22613	20 %	20 %	20 %	40 %	344198262
20	NC_015942	CAGCG	2	10	23217	23226	20 %	0 %	40 %	40 %	344198262
21	NC_015942	GGCGC	2	10	23243	23252	0 %	0 %	60 %	40 %	344198262
22	NC_015942	TGCCC	2	10	24836	24845	0 %	20 %	20 %	60 %	344198263
23	NC_015942	GTGCC	2	10	25752	25761	0 %	20 %	40 %	40 %	344198264
24	NC_015942	GGCTT	2	10	27080	27089	0 %	40 %	40 %	20 %	344198265
25	NC_015942	AAAAT	2	10	27245	27254	80 %	20 %	0 %	0 %	344198265
26	NC_015942	TCCTG	2	10	28824	28833	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
27	NC_015942	GTGCG	2	10	29258	29267	0 %	20 %	60 %	20 %	344198267
28	NC_015942	GTGCA	2	10	34016	34025	20 %	20 %	40 %	20 %	344198267
29	NC_015942	TCTGC	2	10	35962	35971	0 %	40 %	20 %	40 %	344198267
30	NC_015942	AATCG	2	10	38893	38902	40 %	20 %	20 %	20 %	344198270
31	NC_015942	GGCCA	2	10	43472	43481	20 %	0 %	40 %	40 %	344198272
32	NC_015942	GGCAT	2	10	43938	43947	20 %	20 %	40 %	20 %	344198272
33	NC_015942	CTTGC	2	10	44403	44412	0 %	40 %	20 %	40 %	344198272
34	NC_015942	ACCGC	2	10	46213	46222	20 %	0 %	20 %	60 %	344198275
35	NC_015942	CAGCT	2	10	47342	47351	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
36	NC_015942	TGTCT	2	10	47854	47863	0 %	60 %	20 %	20 %	344198277
37	NC_015942	GCCGG	2	10	50209	50218	0 %	0 %	60 %	40 %	344198280
38	NC_015942	TCCCA	2	10	50621	50630	20 %	20 %	0 %	60 %	344198280
39	NC_015942	GCGCG	2	10	52566	52575	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
40	NC_015942	CTTCA	2	10	53582	53591	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
41	NC_015942	TTAGC	2	10	54327	54336	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
42	NC_015942	CCGGG	2	10	54749	54758	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
43	NC_015942	GCCGC	2	10	62616	62625	0 %	0 %	40 %	60 %	344198292
44	NC_015942	ATGGG	2	10	63075	63084	20 %	20 %	60 %	0 %	344198292
45	NC_015942	GCGCA	2	10	64708	64717	20 %	0 %	40 %	40 %	344198294
46	NC_015942	TCTGA	2	10	73010	73019	20 %	40 %	20 %	20 %	344198303
47	NC_015942	CCAGC	2	10	74533	74542	20 %	0 %	20 %	60 %	Non-Coding
48	NC_015942	CATTT	2	10	74937	74946	20 %	60 %	0 %	20 %	344198305
49	NC_015942	GACTG	2	10	77009	77018	20 %	20 %	40 %	20 %	344198306
50	NC_015942	CTGGC	2	10	77059	77068	0 %	20 %	40 %	40 %	344198306
51	NC_015942	GCTGC	2	10	78237	78246	0 %	20 %	40 %	40 %	344198306
52	NC_015942	ATTCA	2	10	78770	78779	40 %	40 %	0 %	20 %	344198307
53	NC_015942	TCTGT	2	10	80411	80420	0 %	60 %	20 %	20 %	344198310
54	NC_015942	CGGGC	2	10	83341	83350	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
55	NC_015942	TTCCC	2	10	89821	89830	0 %	40 %	0 %	60 %	344198317
56	NC_015942	GGTCA	2	10	90156	90165	20 %	20 %	40 %	20 %	344198317
57	NC_015942	CAGTG	2	10	93463	93472	20 %	20 %	40 %	20 %	344198320
58	NC_015942	TCTGG	2	10	99305	99314	0 %	40 %	40 %	20 %	344198324
59	NC_015942	GCCCC	2	10	101766	101775	0 %	0 %	20 %	80 %	344198327
60	NC_015942	CCTAT	2	10	102341	102350	20 %	40 %	0 %	40 %	344198327
61	NC_015942	GCTAT	2	10	104618	104627	20 %	40 %	20 %	20 %	344198327
62	NC_015942	TCTGC	2	10	105054	105063	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
63	NC_015942	ACATC	2	10	105865	105874	40 %	20 %	0 %	40 %	344198328
64	NC_015942	CGCTG	2	10	107915	107924	0 %	20 %	40 %	40 %	344198330
65	NC_015942	TGCGC	2	10	108692	108701	0 %	20 %	40 %	40 %	344198332
66	NC_015942	GCGGT	2	10	109850	109859	0 %	20 %	60 %	20 %	344198334
67	NC_015942	AATGC	2	10	110939	110948	40 %	20 %	20 %	20 %	344198335
68	NC_015942	GTTTG	2	10	111075	111084	0 %	60 %	40 %	0 %	Non-Coding
69	NC_015942	GCGCT	2	10	112160	112169	0 %	20 %	40 %	40 %	344198337
70	NC_015942	CGCAA	2	10	113077	113086	40 %	0 %	20 %	40 %	344198338
71	NC_015942	GCTGC	2	10	113203	113212	0 %	20 %	40 %	40 %	344198339
72	NC_015942	AGCAG	2	10	115519	115528	40 %	0 %	40 %	20 %	344198341
73	NC_015942	TTTCA	2	10	119249	119258	20 %	60 %	0 %	20 %	344198345
74	NC_015942	GTGAA	2	10	120537	120546	40 %	20 %	40 %	0 %	344198346
75	NC_015942	CCCAG	2	10	121177	121186	20 %	0 %	20 %	60 %	344198346
76	NC_015942	CCAAA	2	10	122221	122230	60 %	0 %	0 %	40 %	344198346
77	NC_015942	GGGCG	2	10	127858	127867	0 %	0 %	80 %	20 %	344198351
78	NC_015942	CAGCG	2	10	133376	133385	20 %	0 %	40 %	40 %	344198353
79	NC_015942	CGCTG	2	10	133700	133709	0 %	20 %	40 %	40 %	344198353
80	NC_015942	GGGCT	2	10	136650	136659	0 %	20 %	60 %	20 %	344198354
81	NC_015942	CGCCA	2	10	136980	136989	20 %	0 %	20 %	60 %	344198354
82	NC_015942	AATTC	2	10	138766	138775	40 %	40 %	0 %	20 %	344198357
83	NC_015942	CAAAA	2	10	139654	139663	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
84	NC_015942	GACGC	2	10	140517	140526	20 %	0 %	40 %	40 %	344198358
85	NC_015942	CCACG	2	10	141416	141425	20 %	0 %	20 %	60 %	Non-Coding
86	NC_015942	TCGTA	2	10	144081	144090	20 %	40 %	20 %	20 %	344198363
87	NC_015942	TGAGG	2	10	146083	146092	20 %	20 %	60 %	0 %	Non-Coding
88	NC_015942	GGGGA	2	10	147562	147571	20 %	0 %	80 %	0 %	344198366
89	NC_015942	ATTTT	2	10	148289	148298	20 %	80 %	0 %	0 %	344198366
90	NC_015942	CGGCG	2	10	149571	149580	0 %	0 %	60 %	40 %	344198368
91	NC_015942	GGAGA	2	10	150318	150327	40 %	0 %	60 %	0 %	344198368
92	NC_015942	GCGCG	2	10	151307	151316	0 %	0 %	60 %	40 %	344198370
93	NC_015942	TCCTT	2	10	151477	151486	0 %	60 %	0 %	40 %	344198371
94	NC_015942	CTTGC	2	10	152795	152804	0 %	40 %	20 %	40 %	344198372
95	NC_015942	GCGCC	2	10	153592	153601	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
96	NC_015942	GCGGT	2	10	153833	153842	0 %	20 %	60 %	20 %	344198374
97	NC_015942	GACCG	2	10	153877	153886	20 %	0 %	40 %	40 %	344198374
98	NC_015942	TCTGC	2	10	155524	155533	0 %	40 %	20 %	40 %	344198375
99	NC_015942	TGGCT	2	10	155669	155678	0 %	40 %	40 %	20 %	344198375
100	NC_015942	TCTGA	2	10	158413	158422	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
101	NC_015942	AGCCA	2	10	160664	160673	40 %	0 %	20 %	40 %	344198383
102	NC_015942	TTACG	2	10	162231	162240	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
103	NC_015942	ATCAC	2	10	162404	162413	40 %	20 %	0 %	40 %	344198385
104	NC_015942	GCCGC	2	10	162899	162908	0 %	0 %	40 %	60 %	344198385
105	NC_015942	TACTT	2	10	165817	165826	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
106	NC_015942	GTACT	2	10	170011	170020	20 %	40 %	20 %	20 %	344198393
107	NC_015942	GCCCC	2	10	171146	171155	0 %	0 %	20 %	80 %	344198394
108	NC_015942	TGCGG	2	10	173258	173267	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
109	NC_015942	AGCGC	2	10	176093	176102	20 %	0 %	40 %	40 %	344198398
110	NC_015942	GGTCG	2	10	178146	178155	0 %	20 %	60 %	20 %	344198399
111	NC_015942	CCCGA	2	10	184789	184798	20 %	0 %	20 %	60 %	344198405
112	NC_015942	CCGCG	2	10	185974	185983	0 %	0 %	40 %	60 %	344198406
113	NC_015942	CCCTG	2	10	186726	186735	0 %	20 %	20 %	60 %	344198408
114	NC_015942	CGGGG	2	10	188807	188816	0 %	0 %	80 %	20 %	344198411
115	NC_015942	CTGCG	2	10	190218	190227	0 %	20 %	40 %	40 %	344198413
116	NC_015942	CGATG	2	10	190666	190675	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
117	NC_015942	TTCAA	2	10	190861	190870	40 %	40 %	0 %	20 %	344198414
118	NC_015942	CGAGG	2	10	190871	190880	20 %	0 %	60 %	20 %	344198414
119	NC_015942	TTGGG	2	10	194096	194105	0 %	40 %	60 %	0 %	344198416
120	NC_015942	GATCA	2	10	197430	197439	40 %	20 %	20 %	20 %	344198420
121	NC_015942	GCGCG	2	10	199837	199846	0 %	0 %	60 %	40 %	344198421
122	NC_015942	ATGCC	2	10	202661	202670	20 %	20 %	20 %	40 %	344198423
123	NC_015942	CGGGG	2	10	203623	203632	0 %	0 %	80 %	20 %	344198424
124	NC_015942	AGTGA	2	10	210198	210207	40 %	20 %	40 %	0 %	344198431
125	NC_015942	TCAAA	2	10	210715	210724	60 %	20 %	0 %	20 %	344198432
126	NC_015942	TGCCC	2	10	211237	211246	0 %	20 %	20 %	60 %	344198433
127	NC_015942	CCCCG	2	10	211369	211378	0 %	0 %	20 %	80 %	344198433
128	NC_015942	GGGCA	2	10	211636	211645	20 %	0 %	60 %	20 %	344198433
129	NC_015942	GCACC	2	10	213612	213621	20 %	0 %	20 %	60 %	344198433
130	NC_015942	CCGCG	2	10	214749	214758	0 %	0 %	40 %	60 %	344198434
131	NC_015942	GAGCA	2	10	217945	217954	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
132	NC_015942	CCGGT	2	10	218661	218670	0 %	20 %	40 %	40 %	344198437
133	NC_015942	TCGAC	2	10	219006	219015	20 %	20 %	20 %	40 %	344198438
134	NC_015942	TGGCA	2	10	222126	222135	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
135	NC_015942	GCATA	2	10	222522	222531	40 %	20 %	20 %	20 %	344198443
136	NC_015942	CTGCC	2	10	222930	222939	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
137	NC_015942	GACAC	2	10	223647	223656	40 %	0 %	20 %	40 %	344198444
138	NC_015942	TAAAT	2	10	224393	224402	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
139	NC_015942	TTGCT	2	10	225006	225015	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
140	NC_015942	CGGTG	2	10	228162	228171	0 %	20 %	60 %	20 %	344198449
141	NC_015942	GCCCG	2	10	228289	228298	0 %	0 %	40 %	60 %	344198449
142	NC_015942	TGCTG	2	10	234319	234328	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
143	NC_015942	CGCAG	2	10	235248	235257	20 %	0 %	40 %	40 %	344198455
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147	NC_015942	CGCAA	2	10	247660	247669	40 %	0 %	20 %	40 %	344198470
148	NC_015942	CAGAA	2	10	248758	248767	60 %	0 %	20 %	20 %	344198470
149	NC_015942	AGCCA	2	10	249640	249649	40 %	0 %	20 %	40 %	344198471
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155	NC_015942	CAGTG	2	10	264203	264212	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
156	NC_015942	GCGGG	2	10	265531	265540	0 %	0 %	80 %	20 %	344198483
157	NC_015942	GATCA	2	10	265821	265830	40 %	20 %	20 %	20 %	344198483
158	NC_015942	GTGAA	2	10	268027	268036	40 %	20 %	40 %	0 %	344198483
159	NC_015942	GGCGC	2	10	275736	275745	0 %	0 %	60 %	40 %	344198489
160	NC_015942	CCATG	2	10	277096	277105	20 %	20 %	20 %	40 %	344198490
161	NC_015942	GTTAT	2	10	277344	277353	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
162	NC_015942	CCGGG	2	10	277778	277787	0 %	0 %	60 %	40 %	344198491
163	NC_015942	TGATC	2	10	278555	278564	20 %	40 %	20 %	20 %	344198491
164	NC_015942	CAGTA	2	10	278600	278609	40 %	20 %	20 %	20 %	344198491
165	NC_015942	GGACC	2	10	284703	284712	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
166	NC_015942	GCCGC	2	10	289127	289136	0 %	0 %	40 %	60 %	344198501
167	NC_015942	GCACC	2	10	289280	289289	20 %	0 %	20 %	60 %	344198502
168	NC_015942	ACCCT	2	10	290728	290737	20 %	20 %	0 %	60 %	344198502
169	NC_015942	CTTTT	2	10	293281	293290	0 %	80 %	0 %	20 %	344198504
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171	NC_015942	GGGCA	2	10	293807	293816	20 %	0 %	60 %	20 %	344198506
172	NC_015942	GCCGG	2	10	294144	294153	0 %	0 %	60 %	40 %	344198506
173	NC_015942	CTCAG	2	10	294276	294285	20 %	20 %	20 %	40 %	344198507
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177	NC_015942	GGGGT	2	10	299935	299944	0 %	20 %	80 %	0 %	344198512
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179	NC_015942	CGCAC	2	10	300219	300228	20 %	0 %	20 %	60 %	344198512
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181	NC_015942	CTATG	2	10	300294	300303	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
182	NC_015942	ATACA	2	10	300413	300422	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
183	NC_015942	CAGGT	2	10	300722	300731	20 %	20 %	40 %	20 %	344198513
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185	NC_015942	GGCGA	2	10	303135	303144	20 %	0 %	60 %	20 %	344198517
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192	NC_015942	ACTGC	2	10	312135	312144	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
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196	NC_015942	GGGAC	2	10	315762	315771	20 %	0 %	60 %	20 %	344198529
197	NC_015942	GGATG	2	10	316497	316506	20 %	20 %	60 %	0 %	Non-Coding
198	NC_015942	CGCGG	2	10	316800	316809	0 %	0 %	60 %	40 %	344198530
199	NC_015942	GACTG	2	10	317849	317858	20 %	20 %	40 %	20 %	344198530
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214	NC_015942	GATGG	2	10	331458	331467	20 %	20 %	60 %	0 %	344198541
215	NC_015942	ACCAG	2	10	331667	331676	40 %	0 %	20 %	40 %	344198541
216	NC_015942	CGCGG	2	10	337080	337089	0 %	0 %	60 %	40 %	344198545
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234	NC_015942	CTGAC	2	10	361334	361343	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
235	NC_015942	TGAGG	2	10	362431	362440	20 %	20 %	60 %	0 %	344198571
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241	NC_015942	AGCGC	2	10	375227	375236	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
242	NC_015942	CGCCC	2	10	375541	375550	0 %	0 %	20 %	80 %	Non-Coding
243	NC_015942	GATTT	2	10	377389	377398	20 %	60 %	20 %	0 %	344198590
244	NC_015942	GCTGC	2	10	379617	379626	0 %	20 %	40 %	40 %	344198591
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258	NC_015942	CCAAT	2	10	396845	396854	40 %	20 %	0 %	40 %	344198601
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262	NC_015942	GACCA	2	10	402717	402726	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
263	NC_015942	TGATC	2	10	402886	402895	20 %	40 %	20 %	20 %	344198609
264	NC_015942	TGTGG	2	10	405199	405208	0 %	40 %	60 %	0 %	Non-Coding
265	NC_015942	TGGCG	2	10	405972	405981	0 %	20 %	60 %	20 %	344198612
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267	NC_015942	TTGTT	2	10	415860	415869	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
268	NC_015942	TCACC	2	10	421855	421864	20 %	20 %	0 %	60 %	344198633
269	NC_015942	AGGCT	2	10	421992	422001	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
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385	NC_015942	CCATC	2	10	615480	615489	20 %	20 %	0 %	60 %	344198809
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394	NC_015942	TGCGA	2	10	629442	629451	20 %	20 %	40 %	20 %	344198816
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399	NC_015942	ATGTA	2	10	635167	635176	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
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