MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Coding Repeats of Acidithiobacillus ferrivorans SS3 chromosome

Total Repeats: 1723

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1501	NC_015942	CGTGC	2	10	2797806	2797815	0 %	20 %	40 %	40 %	344200902
1502	NC_015942	CGCAG	2	10	2803271	2803280	20 %	0 %	40 %	40 %	344200910
1503	NC_015942	GAGCA	2	10	2804854	2804863	40 %	0 %	40 %	20 %	344200911
1504	NC_015942	AAAGA	2	10	2805242	2805251	80 %	0 %	20 %	0 %	344200912
1505	NC_015942	GCGAT	2	10	2805774	2805783	20 %	20 %	40 %	20 %	344200912
1506	NC_015942	CCTGC	2	10	2806074	2806083	0 %	20 %	20 %	60 %	344200912
1507	NC_015942	GCGCA	2	10	2806558	2806567	20 %	0 %	40 %	40 %	344200913
1508	NC_015942	TGCCT	2	10	2807676	2807685	0 %	40 %	20 %	40 %	344200914
1509	NC_015942	ATATT	2	10	2808426	2808435	40 %	60 %	0 %	0 %	344200915
1510	NC_015942	GCCTG	2	10	2808636	2808645	0 %	20 %	40 %	40 %	344200915
1511	NC_015942	ACGGC	2	10	2809223	2809232	20 %	0 %	40 %	40 %	344200916
1512	NC_015942	ATGCA	2	10	2814306	2814315	40 %	20 %	20 %	20 %	344200921
1513	NC_015942	ACTCC	2	10	2815587	2815596	20 %	20 %	0 %	60 %	344200923
1514	NC_015942	CGGCG	2	10	2818767	2818776	0 %	0 %	60 %	40 %	344200925
1515	NC_015942	CCAGT	2	10	2822702	2822711	20 %	20 %	20 %	40 %	344200929
1516	NC_015942	GATCA	2	10	2823238	2823247	40 %	20 %	20 %	20 %	344200930
1517	NC_015942	GGCAT	2	10	2824549	2824558	20 %	20 %	40 %	20 %	344200932
1518	NC_015942	CCAGC	2	10	2824647	2824656	20 %	0 %	20 %	60 %	344200932
1519	NC_015942	GCCCA	2	10	2830128	2830137	20 %	0 %	20 %	60 %	344200936
1520	NC_015942	AGGGG	2	10	2830340	2830349	20 %	0 %	80 %	0 %	344200936
1521	NC_015942	CCGGC	2	10	2835459	2835468	0 %	0 %	40 %	60 %	344200942
1522	NC_015942	GCCAG	2	10	2836160	2836169	20 %	0 %	40 %	40 %	344200943
1523	NC_015942	CGCCT	2	10	2836713	2836722	0 %	20 %	20 %	60 %	344200944
1524	NC_015942	CTGGG	2	10	2838982	2838991	0 %	20 %	60 %	20 %	344200946
1525	NC_015942	TGGGC	2	10	2839001	2839010	0 %	20 %	60 %	20 %	344200946
1526	NC_015942	ACGCC	2	10	2842311	2842320	20 %	0 %	20 %	60 %	344200948
1527	NC_015942	CCGCG	2	10	2842995	2843004	0 %	0 %	40 %	60 %	344200949
1528	NC_015942	GCCCG	2	10	2845191	2845200	0 %	0 %	40 %	60 %	344200953
1529	NC_015942	GCCAC	2	10	2847109	2847118	20 %	0 %	20 %	60 %	344200955
1530	NC_015942	TCACC	2	10	2848505	2848514	20 %	20 %	0 %	60 %	344200958
1531	NC_015942	CAAAG	2	10	2848876	2848885	60 %	0 %	20 %	20 %	344200959
1532	NC_015942	CCTGC	2	10	2850130	2850139	0 %	20 %	20 %	60 %	344200960
1533	NC_015942	TGCGC	2	10	2852928	2852937	0 %	20 %	40 %	40 %	344200964
1534	NC_015942	GGGCA	2	10	2857022	2857031	20 %	0 %	60 %	20 %	344200968
1535	NC_015942	CTGCA	2	10	2858167	2858176	20 %	20 %	20 %	40 %	344200969
1536	NC_015942	GGATA	2	10	2858488	2858497	40 %	20 %	40 %	0 %	344200969
1537	NC_015942	GGGCA	2	10	2861665	2861674	20 %	0 %	60 %	20 %	344200973
1538	NC_015942	GCAGT	2	10	2866109	2866118	20 %	20 %	40 %	20 %	344200978
1539	NC_015942	GACAA	2	10	2867047	2867056	60 %	0 %	20 %	20 %	344200980
1540	NC_015942	CAAGG	2	10	2867435	2867444	40 %	0 %	40 %	20 %	344200981
1541	NC_015942	GCCTC	2	10	2868035	2868044	0 %	20 %	20 %	60 %	344200982
1542	NC_015942	AGGGC	2	10	2868739	2868748	20 %	0 %	60 %	20 %	344200982
1543	NC_015942	GCAGC	2	10	2869702	2869711	20 %	0 %	40 %	40 %	344200984
1544	NC_015942	GCTGC	2	10	2870824	2870833	0 %	20 %	40 %	40 %	344200986
1545	NC_015942	GCCCG	2	10	2873286	2873295	0 %	0 %	40 %	60 %	344200987
1546	NC_015942	CCGGG	2	10	2874023	2874032	0 %	0 %	60 %	40 %	344200988
1547	NC_015942	GGGTG	2	10	2874839	2874848	0 %	20 %	80 %	0 %	344200988
1548	NC_015942	GCGCG	2	10	2877675	2877684	0 %	0 %	60 %	40 %	344200992
1549	NC_015942	CAGCG	2	10	2878814	2878823	20 %	0 %	40 %	40 %	344200994
1550	NC_015942	CGCGG	2	10	2879423	2879432	0 %	0 %	60 %	40 %	344200994
1551	NC_015942	AGCGT	2	10	2880578	2880587	20 %	20 %	40 %	20 %	344200995
1552	NC_015942	GAAGC	2	10	2883778	2883787	40 %	0 %	40 %	20 %	344201000
1553	NC_015942	GGATC	2	10	2884239	2884248	20 %	20 %	40 %	20 %	344201000
1554	NC_015942	CCAGC	2	10	2884721	2884730	20 %	0 %	20 %	60 %	344201001
1555	NC_015942	CATCG	2	10	2885798	2885807	20 %	20 %	20 %	40 %	344201003
1556	NC_015942	CCCGG	2	10	2885911	2885920	0 %	0 %	40 %	60 %	344201003
1557	NC_015942	AGCGG	2	10	2890808	2890817	20 %	0 %	60 %	20 %	344201008
1558	NC_015942	CTGGG	2	10	2891576	2891585	0 %	20 %	60 %	20 %	344201008
1559	NC_015942	CTGCC	2	10	2891880	2891889	0 %	20 %	20 %	60 %	344201008
1560	NC_015942	CATGC	2	10	2893550	2893559	20 %	20 %	20 %	40 %	344201009
1561	NC_015942	AGGAC	2	10	2894636	2894645	40 %	0 %	40 %	20 %	344201011
1562	NC_015942	TCAAT	2	10	2895067	2895076	40 %	40 %	0 %	20 %	344201012
1563	NC_015942	GGTGC	2	10	2902760	2902769	0 %	20 %	60 %	20 %	344201023
1564	NC_015942	TCCTC	2	10	2908606	2908615	0 %	40 %	0 %	60 %	344201029
1565	NC_015942	AGATC	2	10	2909450	2909459	40 %	20 %	20 %	20 %	344201031
1566	NC_015942	AGAGA	2	10	2913649	2913658	60 %	0 %	40 %	0 %	344201040
1567	NC_015942	GAACC	2	10	2913788	2913797	40 %	0 %	20 %	40 %	344201040
1568	NC_015942	GGCTT	2	10	2915579	2915588	0 %	40 %	40 %	20 %	344201044
1569	NC_015942	TGGGA	2	10	2916466	2916475	20 %	20 %	60 %	0 %	344201045
1570	NC_015942	TGCGC	2	10	2917894	2917903	0 %	20 %	40 %	40 %	344201045
1571	NC_015942	GGTGT	2	10	2922817	2922826	0 %	40 %	60 %	0 %	344201050
1572	NC_015942	ACCGG	2	10	2926932	2926941	20 %	0 %	40 %	40 %	344201055
1573	NC_015942	CGCAT	2	10	2927584	2927593	20 %	20 %	20 %	40 %	344201055
1574	NC_015942	TGCCA	2	10	2928454	2928463	20 %	20 %	20 %	40 %	344201056
1575	NC_015942	GAGAA	2	10	2930113	2930122	60 %	0 %	40 %	0 %	344201058
1576	NC_015942	AAACC	2	10	2930589	2930598	60 %	0 %	0 %	40 %	344201059
1577	NC_015942	GCCCC	2	10	2930788	2930797	0 %	0 %	20 %	80 %	344201059
1578	NC_015942	CGATT	2	10	2932316	2932325	20 %	40 %	20 %	20 %	344201060
1579	NC_015942	TTCAT	2	10	2937259	2937268	20 %	60 %	0 %	20 %	344201064
1580	NC_015942	CCGCT	2	10	2937591	2937600	0 %	20 %	20 %	60 %	344201065
1581	NC_015942	CAGGG	2	10	2937786	2937795	20 %	0 %	60 %	20 %	344201065
1582	NC_015942	TGCGC	2	10	2938779	2938788	0 %	20 %	40 %	40 %	344201067
1583	NC_015942	TTTTC	2	10	2939016	2939025	0 %	80 %	0 %	20 %	344201067
1584	NC_015942	GGGGT	2	10	2942440	2942449	0 %	20 %	80 %	0 %	344201076
1585	NC_015942	GGCAT	2	10	2942909	2942918	20 %	20 %	40 %	20 %	344201076
1586	NC_015942	AGGCG	2	10	2944937	2944946	20 %	0 %	60 %	20 %	344201077
1587	NC_015942	CGGGC	2	10	2949310	2949319	0 %	0 %	60 %	40 %	344201085
1588	NC_015942	TGTGC	2	10	2952409	2952418	0 %	40 %	40 %	20 %	344201088
1589	NC_015942	CAACC	2	10	2954064	2954073	40 %	0 %	0 %	60 %	344201090
1590	NC_015942	CTATT	2	10	2954118	2954127	20 %	60 %	0 %	20 %	344201090
1591	NC_015942	CGTAT	2	10	2960567	2960576	20 %	40 %	20 %	20 %	344201097
1592	NC_015942	AAACA	2	10	2961259	2961268	80 %	0 %	0 %	20 %	344201099
1593	NC_015942	GCCCA	2	10	2962066	2962075	20 %	0 %	20 %	60 %	344201101
1594	NC_015942	TCAGG	2	10	2962533	2962542	20 %	20 %	40 %	20 %	344201102
1595	NC_015942	TGGCG	2	10	2962984	2962993	0 %	20 %	60 %	20 %	344201103
1596	NC_015942	TACTT	2	10	2965622	2965631	20 %	60 %	0 %	20 %	344201106
1597	NC_015942	GCCCG	2	10	2966323	2966332	0 %	0 %	40 %	60 %	344201106
1598	NC_015942	TTTTC	2	10	2966493	2966502	0 %	80 %	0 %	20 %	344201106
1599	NC_015942	GAGCG	2	10	2966546	2966555	20 %	0 %	60 %	20 %	344201106
1600	NC_015942	GGTGC	2	10	2969195	2969204	0 %	20 %	60 %	20 %	344201109
1601	NC_015942	CACCG	2	10	2969593	2969602	20 %	0 %	20 %	60 %	344201109
1602	NC_015942	CGGGC	2	10	2970055	2970064	0 %	0 %	60 %	40 %	344201109
1603	NC_015942	CGGCG	2	10	2970390	2970399	0 %	0 %	60 %	40 %	344201109
1604	NC_015942	CCAGA	2	10	2970496	2970505	40 %	0 %	20 %	40 %	344201110
1605	NC_015942	CCGGG	2	10	2974884	2974893	0 %	0 %	60 %	40 %	344201114
1606	NC_015942	GTCCA	2	10	2977228	2977237	20 %	20 %	20 %	40 %	344201116
1607	NC_015942	TGCTT	2	10	2977423	2977432	0 %	60 %	20 %	20 %	344201116
1608	NC_015942	AATGC	2	10	2978522	2978531	40 %	20 %	20 %	20 %	344201117
1609	NC_015942	CAGGG	2	10	2980458	2980467	20 %	0 %	60 %	20 %	344201119
1610	NC_015942	TTCGC	2	10	2985110	2985119	0 %	40 %	20 %	40 %	344201124
1611	NC_015942	ACACC	2	10	2985622	2985631	40 %	0 %	0 %	60 %	344201125
1612	NC_015942	TGGCG	2	10	2989452	2989461	0 %	20 %	60 %	20 %	344201129
1613	NC_015942	TTGTC	2	10	2990592	2990601	0 %	60 %	20 %	20 %	344201132
1614	NC_015942	GTCGC	2	10	2995600	2995609	0 %	20 %	40 %	40 %	344201136
1615	NC_015942	AATTC	2	10	2996292	2996301	40 %	40 %	0 %	20 %	344201137
1616	NC_015942	GCGCA	2	10	2997313	2997322	20 %	0 %	40 %	40 %	344201139
1617	NC_015942	GCCTT	2	10	2997365	2997374	0 %	40 %	20 %	40 %	344201139
1618	NC_015942	CAGAA	2	10	3002456	3002465	60 %	0 %	20 %	20 %	344201146
1619	NC_015942	GGTGG	2	10	3009841	3009850	0 %	20 %	80 %	0 %	344201152
1620	NC_015942	CCTGC	2	10	3015755	3015764	0 %	20 %	20 %	60 %	344201157
1621	NC_015942	GCACG	2	10	3019964	3019973	20 %	0 %	40 %	40 %	344201163
1622	NC_015942	AGCGC	2	10	3020025	3020034	20 %	0 %	40 %	40 %	344201163
1623	NC_015942	ACCGC	2	10	3020150	3020159	20 %	0 %	20 %	60 %	344201163
1624	NC_015942	AGAAA	2	10	3031215	3031224	80 %	0 %	20 %	0 %	344201168
1625	NC_015942	TTTCG	2	10	3031420	3031429	0 %	60 %	20 %	20 %	344201169
1626	NC_015942	CGCGG	2	10	3031873	3031882	0 %	0 %	60 %	40 %	344201169
1627	NC_015942	GCCGG	2	10	3033697	3033706	0 %	0 %	60 %	40 %	344201171
1628	NC_015942	CGCGC	2	10	3042905	3042914	0 %	0 %	40 %	60 %	344201179
1629	NC_015942	AGCGC	2	10	3044173	3044182	20 %	0 %	40 %	40 %	344201179
1630	NC_015942	CCGAT	2	10	3044995	3045004	20 %	20 %	20 %	40 %	344201180
1631	NC_015942	CAGGG	2	10	3045577	3045586	20 %	0 %	60 %	20 %	344201182
1632	NC_015942	ATGTC	2	10	3048263	3048272	20 %	40 %	20 %	20 %	344201186
1633	NC_015942	ACCAG	2	10	3048492	3048501	40 %	0 %	20 %	40 %	344201187
1634	NC_015942	GTTTT	2	10	3049378	3049387	0 %	80 %	20 %	0 %	344201188
1635	NC_015942	ACATG	2	10	3052568	3052577	40 %	20 %	20 %	20 %	344201195
1636	NC_015942	GCCGG	2	10	3053464	3053473	0 %	0 %	60 %	40 %	344201196
1637	NC_015942	TGTGC	2	10	3055228	3055237	0 %	40 %	40 %	20 %	344201196
1638	NC_015942	GCCGA	2	10	3057465	3057474	20 %	0 %	40 %	40 %	344201198
1639	NC_015942	GTACC	2	10	3058043	3058052	20 %	20 %	20 %	40 %	344201198
1640	NC_015942	GAATC	2	10	3060760	3060769	40 %	20 %	20 %	20 %	344201200
1641	NC_015942	CACCG	2	10	3065357	3065366	20 %	0 %	20 %	60 %	344201206
1642	NC_015942	GGTCA	2	10	3065954	3065963	20 %	20 %	40 %	20 %	344201208
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1645	NC_015942	CCGTG	2	10	3068799	3068808	0 %	20 %	40 %	40 %	344201211
1646	NC_015942	GCGCA	2	10	3071924	3071933	20 %	0 %	40 %	40 %	344201213
1647	NC_015942	CCAAT	2	10	3074541	3074550	40 %	20 %	0 %	40 %	344201216
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1649	NC_015942	ATGCC	2	10	3074706	3074715	20 %	20 %	20 %	40 %	344201216
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1655	NC_015942	GACCA	2	10	3085799	3085808	40 %	0 %	20 %	40 %	344201224
1656	NC_015942	CGGTA	2	10	3086004	3086013	20 %	20 %	40 %	20 %	344201224
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1658	NC_015942	CCCAG	2	10	3087329	3087338	20 %	0 %	20 %	60 %	344201225
1659	NC_015942	CGCGC	2	10	3087702	3087711	0 %	0 %	40 %	60 %	344201225
1660	NC_015942	CCGCT	2	10	3088097	3088106	0 %	20 %	20 %	60 %	344201225
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1663	NC_015942	AAACC	2	10	3105550	3105559	60 %	0 %	0 %	40 %	344201238
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1666	NC_015942	TTGCT	2	10	3108099	3108108	0 %	60 %	20 %	20 %	344201242
1667	NC_015942	CTCGC	2	10	3108628	3108637	0 %	20 %	20 %	60 %	344201243
1668	NC_015942	GATGC	2	10	3112910	3112919	20 %	20 %	40 %	20 %	344201244
1669	NC_015942	ATCGA	2	10	3113308	3113317	40 %	20 %	20 %	20 %	344201244
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1672	NC_015942	GGAAT	2	10	3118551	3118560	40 %	20 %	40 %	0 %	344201249
1673	NC_015942	GGTGC	2	10	3119811	3119820	0 %	20 %	60 %	20 %	344201250
1674	NC_015942	GCACC	2	10	3120143	3120152	20 %	0 %	20 %	60 %	344201250
1675	NC_015942	TGCCC	2	10	3120950	3120959	0 %	20 %	20 %	60 %	344201250
1676	NC_015942	TGCAC	2	10	3124839	3124848	20 %	20 %	20 %	40 %	344201254
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1678	NC_015942	GGCCC	2	10	3128213	3128222	0 %	0 %	40 %	60 %	344201260
1679	NC_015942	ATGGC	2	10	3129999	3130008	20 %	20 %	40 %	20 %	344201262
1680	NC_015942	CCCGC	2	10	3133084	3133093	0 %	0 %	20 %	80 %	344201265
1681	NC_015942	GCTTT	2	10	3133752	3133761	0 %	60 %	20 %	20 %	344201266
1682	NC_015942	ACTGG	2	10	3134403	3134412	20 %	20 %	40 %	20 %	344201267
1683	NC_015942	CTGAA	2	10	3134924	3134933	40 %	20 %	20 %	20 %	344201268
1684	NC_015942	TGCTG	2	10	3139802	3139811	0 %	40 %	40 %	20 %	344201273
1685	NC_015942	GCCGT	2	10	3141263	3141272	0 %	20 %	40 %	40 %	344201274
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1687	NC_015942	GGTGG	2	10	3144413	3144422	0 %	20 %	80 %	0 %	344201276
1688	NC_015942	GTTAA	2	10	3146599	3146608	40 %	40 %	20 %	0 %	344201277
1689	NC_015942	AATCG	2	10	3150307	3150316	40 %	20 %	20 %	20 %	344201282
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1691	NC_015942	CGTCA	2	10	3154322	3154331	20 %	20 %	20 %	40 %	344201285
1692	NC_015942	ACATC	2	10	3154513	3154522	40 %	20 %	0 %	40 %	344201285
1693	NC_015942	GCATA	2	10	3156302	3156311	40 %	20 %	20 %	20 %	344201286
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1697	NC_015942	TTTGT	2	10	3159181	3159190	0 %	80 %	20 %	0 %	344201288
1698	NC_015942	TCCAT	2	10	3161146	3161155	20 %	40 %	0 %	40 %	344201289
1699	NC_015942	GGGCG	2	10	3162012	3162021	0 %	0 %	80 %	20 %	344201290
1700	NC_015942	ACTGT	2	10	3162233	3162242	20 %	40 %	20 %	20 %	344201290
1701	NC_015942	GGCAA	2	10	3162487	3162496	40 %	0 %	40 %	20 %	344201290
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1703	NC_015942	AAAAT	2	10	3166819	3166828	80 %	20 %	0 %	0 %	344201293
1704	NC_015942	GTTGG	2	10	3168154	3168163	0 %	40 %	60 %	0 %	344201295
1705	NC_015942	GGGCG	2	10	3175663	3175672	0 %	0 %	80 %	20 %	344201298
1706	NC_015942	TGATC	2	10	3177910	3177919	20 %	40 %	20 %	20 %	344201304
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1709	NC_015942	GCGCG	2	10	3184861	3184870	0 %	0 %	60 %	40 %	344201313
1710	NC_015942	GCGCG	2	10	3185177	3185186	0 %	0 %	60 %	40 %	344201313
1711	NC_015942	ACCGC	2	10	3186498	3186507	20 %	0 %	20 %	60 %	344201315
1712	NC_015942	CCCTG	2	10	3186535	3186544	0 %	20 %	20 %	60 %	344201315
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1714	NC_015942	GCGCC	2	10	3193213	3193222	0 %	0 %	40 %	60 %	344201324
1715	NC_015942	CTTTT	2	10	3195409	3195418	0 %	80 %	0 %	20 %	344201327
1716	NC_015942	TCTGC	2	10	3195701	3195710	0 %	40 %	20 %	40 %	344201327
1717	NC_015942	CTTTG	2	10	3196797	3196806	0 %	60 %	20 %	20 %	344201328
1718	NC_015942	CATGC	2	10	3197031	3197040	20 %	20 %	20 %	40 %	344201329
1719	NC_015942	GCATC	2	10	3198575	3198584	20 %	20 %	20 %	40 %	344201330
1720	NC_015942	CCCCG	2	10	3204221	3204230	0 %	0 %	20 %	80 %	344201334
1721	NC_015942	CTCAA	2	10	3204572	3204581	40 %	20 %	0 %	40 %	344201335
1722	NC_015942	TCTGC	2	10	3205423	3205432	0 %	40 %	20 %	40 %	344201336
1723	NC_015942	ATGTT	2	10	3205618	3205627	20 %	60 %	20 %	0 %	344201336

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©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.