MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Tri-nucleotide Repeats of Acidithiobacillus caldus SM-1 megaplasmid

Total Repeats: 3330

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_015851	GAA	2	6	53	58	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
2	NC_015851	GTT	2	6	99	104	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
3	NC_015851	GAG	2	6	145	150	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
4	NC_015851	AAC	2	6	200	205	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
5	NC_015851	CAG	2	6	232	237	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
6	NC_015851	GCT	2	6	389	394	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	340783626
7	NC_015851	CAT	2	6	427	432	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	340783626
8	NC_015851	GAA	2	6	602	607	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	340783626
9	NC_015851	CAT	2	6	680	685	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	340783626
10	NC_015851	CTA	2	6	803	808	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	340783626
11	NC_015851	GCA	2	6	857	862	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	340783626
12	NC_015851	GGA	2	6	890	895	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	340783626
13	NC_015851	CTG	2	6	950	955	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	340783626
14	NC_015851	CAA	2	6	970	975	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	340783626
15	NC_015851	GGT	2	6	1015	1020	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	340783626
16	NC_015851	GGT	2	6	1048	1053	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	340783626
17	NC_015851	GAG	2	6	1119	1124	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	340783626
18	NC_015851	TGC	2	6	1137	1142	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
19	NC_015851	CGT	2	6	1148	1153	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
20	NC_015851	ATT	2	6	1178	1183	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
21	NC_015851	GAT	2	6	1186	1191	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	340783627
22	NC_015851	TTC	2	6	1217	1222	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	340783627
23	NC_015851	GAT	2	6	1240	1245	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	340783627
24	NC_015851	CCA	2	6	1518	1523	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	340783627
25	NC_015851	TGA	2	6	1532	1537	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	340783627
26	NC_015851	AGG	2	6	1555	1560	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	340783628
27	NC_015851	GCC	2	6	1773	1778	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	340783628
28	NC_015851	CCG	2	6	1780	1785	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	340783628
29	NC_015851	CCA	2	6	1795	1800	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	340783628
30	NC_015851	CGC	2	6	1820	1825	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	340783628
31	NC_015851	GCC	2	6	1836	1841	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	340783628
32	NC_015851	CGC	3	9	1862	1870	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	340783628
33	NC_015851	CCG	2	6	1873	1878	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	340783628
34	NC_015851	TGG	2	6	1895	1900	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	340783628
35	NC_015851	GCC	2	6	1902	1907	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	340783628
36	NC_015851	CCA	2	6	1924	1929	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	340783628
37	NC_015851	CCG	2	6	1933	1938	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	340783628
38	NC_015851	CCT	2	6	1957	1962	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	340783628
39	NC_015851	CCT	2	6	2002	2007	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	340783628
40	NC_015851	CGG	2	6	2102	2107	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	340783628
41	NC_015851	GGC	2	6	2232	2237	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	340783628
42	NC_015851	AGA	2	6	2270	2275	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	340783628
43	NC_015851	GGC	2	6	2442	2447	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
44	NC_015851	TTC	2	6	2542	2547	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	340783629
45	NC_015851	ATA	2	6	2773	2778	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	340783629
46	NC_015851	ACT	2	6	3020	3025	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	340783629
47	NC_015851	GGT	2	6	3085	3090	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	340783629
48	NC_015851	GGT	2	6	3139	3144	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	340783629
49	NC_015851	AAT	2	6	3198	3203	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	340783629
50	NC_015851	CAT	2	6	3383	3388	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	340783629
51	NC_015851	CTG	2	6	3418	3423	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	340783629
52	NC_015851	ATT	2	6	3427	3432	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	340783629
53	NC_015851	ATC	2	6	3466	3471	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	340783629
54	NC_015851	AAG	2	6	3499	3504	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	340783629
55	NC_015851	AAT	2	6	3565	3570	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	340783629
56	NC_015851	TGC	2	6	3596	3601	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	340783629
57	NC_015851	AAC	2	6	3607	3612	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	340783629
58	NC_015851	TAT	2	6	3636	3641	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	340783629
59	NC_015851	TGA	2	6	3725	3730	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	340783629
60	NC_015851	ATT	2	6	3852	3857	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	340783630
61	NC_015851	CAA	2	6	3868	3873	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	340783630
62	NC_015851	ATG	2	6	3970	3975	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	340783630
63	NC_015851	GTG	2	6	3991	3996	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	340783630
64	NC_015851	ACG	2	6	4037	4042	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	340783630
65	NC_015851	ATG	2	6	4255	4260	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	340783630
66	NC_015851	GTT	2	6	4272	4277	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	340783630
67	NC_015851	GAT	2	6	4278	4283	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	340783630
68	NC_015851	ATT	2	6	4436	4441	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	340783630
69	NC_015851	AGC	2	6	4584	4589	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	340783630
70	NC_015851	TAC	2	6	4702	4707	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	340783630
71	NC_015851	GAG	2	6	4755	4760	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	340783630
72	NC_015851	GAC	2	6	4864	4869	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	340783630
73	NC_015851	GGT	2	6	4891	4896	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	340783630
74	NC_015851	GGT	2	6	4959	4964	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	340783630
75	NC_015851	GAA	2	6	5017	5022	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	340783631
76	NC_015851	GAA	2	6	5261	5266	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	340783631
77	NC_015851	TGC	2	6	5353	5358	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	340783631
78	NC_015851	GTT	2	6	5446	5451	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	340783631
79	NC_015851	GGA	2	6	5471	5476	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	340783631
80	NC_015851	GCC	2	6	5596	5601	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	340783631
81	NC_015851	CTC	2	6	5709	5714	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	340783631
82	NC_015851	CTT	2	6	5786	5791	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	340783631
83	NC_015851	GAT	2	6	5822	5827	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	340783631
84	NC_015851	TGC	2	6	5947	5952	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	340783631
85	NC_015851	GAA	2	6	5981	5986	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	340783631
86	NC_015851	GGC	2	6	6057	6062	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	340783632
87	NC_015851	GCA	2	6	6236	6241	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	340783632
88	NC_015851	AGG	2	6	6366	6371	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	340783632
89	NC_015851	CGA	2	6	6701	6706	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	340783632
90	NC_015851	GAC	2	6	6715	6720	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	340783632
91	NC_015851	AGC	2	6	6828	6833	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	340783632
92	NC_015851	GTG	2	6	6935	6940	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	340783632
93	NC_015851	ATC	2	6	6994	6999	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	340783632
94	NC_015851	TGG	2	6	7171	7176	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
95	NC_015851	GCA	2	6	7188	7193	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
96	NC_015851	GAT	2	6	7204	7209	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	340783633
97	NC_015851	AGA	2	6	7293	7298	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	340783633
98	NC_015851	GGT	2	6	7306	7311	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	340783633
99	NC_015851	GCT	2	6	7319	7324	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	340783633
100	NC_015851	AGC	2	6	7362	7367	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	340783633
101	NC_015851	TCC	2	6	7381	7386	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	340783633
102	NC_015851	GAT	2	6	7399	7404	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	340783633
103	NC_015851	TGG	2	6	7416	7421	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	340783633
104	NC_015851	CTG	2	6	7466	7471	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	340783633
105	NC_015851	TCG	2	6	7474	7479	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	340783633
106	NC_015851	GCT	2	6	7515	7520	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	340783633
107	NC_015851	TCA	2	6	7557	7562	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
108	NC_015851	GTG	2	6	7579	7584	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
109	NC_015851	GAG	2	6	7635	7640	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
110	NC_015851	GGT	2	6	7737	7742	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	340783634
111	NC_015851	CGG	2	6	7810	7815	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	340783634
112	NC_015851	GGC	2	6	7929	7934	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	340783634
113	NC_015851	CTG	2	6	7981	7986	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	340783634
114	NC_015851	GCC	2	6	7996	8001	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	340783634
115	NC_015851	CGG	2	6	8050	8055	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	340783634
116	NC_015851	CCG	2	6	8082	8087	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	340783634
117	NC_015851	CGT	2	6	8190	8195	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	340783634
118	NC_015851	ACT	2	6	8372	8377	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	340783634
119	NC_015851	AAG	2	6	8419	8424	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	340783634
120	NC_015851	AGA	2	6	8447	8452	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	340783634
121	NC_015851	CGG	2	6	8467	8472	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	340783634
122	NC_015851	CTG	2	6	8541	8546	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	340783634
123	NC_015851	TCA	2	6	8549	8554	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	340783634
124	NC_015851	CGG	2	6	8654	8659	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	340783634
125	NC_015851	CTC	2	6	8728	8733	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	340783634
126	NC_015851	CTT	2	6	8826	8831	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	340783634
127	NC_015851	GCG	2	6	8881	8886	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	340783634
128	NC_015851	AGC	2	6	9394	9399	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	340783635
129	NC_015851	AAG	2	6	9501	9506	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	340783635
130	NC_015851	TTA	2	6	9615	9620	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
131	NC_015851	GTG	2	6	9663	9668	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	340783636
132	NC_015851	TCG	2	6	9802	9807	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	340783636
133	NC_015851	GGC	2	6	9829	9834	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	340783636
134	NC_015851	ACC	2	6	9883	9888	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	340783636
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139	NC_015851	GGC	2	6	10156	10161	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	340783636
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141	NC_015851	CGG	2	6	10248	10253	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	340783637
142	NC_015851	AGA	2	6	10320	10325	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	340783637
143	NC_015851	GGT	2	6	10333	10338	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	340783637
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146	NC_015851	TGG	2	6	10443	10448	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	340783637
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149	NC_015851	TCG	2	6	10671	10676	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	340783637
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151	NC_015851	GTG	2	6	10904	10909	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
152	NC_015851	GTG	2	6	10993	10998	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	340783638
153	NC_015851	TGA	2	6	11079	11084	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	340783638
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161	NC_015851	GCT	2	6	11497	11502	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	340783638
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229	NC_015851	ATT	2	6	18292	18297	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
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250	NC_015851	TAA	2	6	19608	19613	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
251	NC_015851	TTA	2	6	19634	19639	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
252	NC_015851	GAT	2	6	19821	19826	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	340783645
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254	NC_015851	TAG	2	6	19936	19941	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	340783645
255	NC_015851	GAA	2	6	19961	19966	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	340783645
256	NC_015851	TGG	2	6	20002	20007	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	340783645
257	NC_015851	TGC	2	6	20075	20080	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	340783645
258	NC_015851	AGG	2	6	20101	20106	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	340783645
259	NC_015851	CGA	2	6	20135	20140	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	340783645
260	NC_015851	TTA	2	6	20360	20365	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	340783645
261	NC_015851	GAA	2	6	20400	20405	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	340783645
262	NC_015851	AGT	2	6	20417	20422	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	340783645
263	NC_015851	ACC	2	6	20430	20435	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	340783645
264	NC_015851	GTT	2	6	20472	20477	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	340783645
265	NC_015851	CCT	2	6	20492	20497	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	340783645
266	NC_015851	AGT	2	6	20681	20686	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	340783645
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271	NC_015851	GCC	2	6	21342	21347	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	340783645
272	NC_015851	GAG	2	6	21369	21374	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	340783645
273	NC_015851	TGC	2	6	21425	21430	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	340783645
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282	NC_015851	GCG	2	6	22795	22800	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	340783647
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284	NC_015851	CGT	2	6	22900	22905	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	340783647
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291	NC_015851	GAA	2	6	23401	23406	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
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352	NC_015851	ATT	2	6	28056	28061	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
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