MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Coding Repeats of Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1 chromosome

Total Repeats: 2221

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
2001	NC_008340	GCGCC	2	10	2884469	2884478	0 %	0 %	40 %	60 %	114321689
2002	NC_008340	GCACC	2	10	2884961	2884970	20 %	0 %	20 %	60 %	114321689
2003	NC_008340	GGACT	2	10	2885609	2885618	20 %	20 %	40 %	20 %	114321690
2004	NC_008340	CTGGT	2	10	2885915	2885924	0 %	40 %	40 %	20 %	114321690
2005	NC_008340	CGACA	2	10	2886844	2886853	40 %	0 %	20 %	40 %	114321691
2006	NC_008340	CCCAG	2	10	2887851	2887860	20 %	0 %	20 %	60 %	114321692
2007	NC_008340	GCGCC	2	10	2888611	2888620	0 %	0 %	40 %	60 %	114321692
2008	NC_008340	CCAGG	2	10	2889548	2889557	20 %	0 %	40 %	40 %	114321693
2009	NC_008340	GAGCA	2	10	2892677	2892686	40 %	0 %	40 %	20 %	114321696
2010	NC_008340	CCCGT	2	10	2894069	2894078	0 %	20 %	20 %	60 %	114321698
2011	NC_008340	GCGCC	2	10	2894708	2894717	0 %	0 %	40 %	60 %	114321698
2012	NC_008340	GCCGA	2	10	2895144	2895153	20 %	0 %	40 %	40 %	114321699
2013	NC_008340	GAAGA	2	10	2896134	2896143	60 %	0 %	40 %	0 %	114321700
2014	NC_008340	GGGCC	2	10	2896733	2896742	0 %	0 %	60 %	40 %	114321700
2015	NC_008340	GCGCT	2	10	2898713	2898722	0 %	20 %	40 %	40 %	114321702
2016	NC_008340	CACCG	2	10	2898811	2898820	20 %	0 %	20 %	60 %	114321702
2017	NC_008340	GGGCC	2	10	2901096	2901105	0 %	0 %	60 %	40 %	114321705
2018	NC_008340	CTGCA	2	10	2901826	2901835	20 %	20 %	20 %	40 %	114321705
2019	NC_008340	CGGGC	2	10	2902666	2902675	0 %	0 %	60 %	40 %	114321705
2020	NC_008340	CGGCG	2	10	2911978	2911987	0 %	0 %	60 %	40 %	114321717
2021	NC_008340	GGCTG	2	10	2913081	2913090	0 %	20 %	60 %	20 %	114321719
2022	NC_008340	GGGCT	2	10	2913386	2913395	0 %	20 %	60 %	20 %	114321719
2023	NC_008340	CCGGC	2	10	2913751	2913760	0 %	0 %	40 %	60 %	114321719
2024	NC_008340	GCCGG	2	10	2913919	2913928	0 %	0 %	60 %	40 %	114321720
2025	NC_008340	GCCGC	2	10	2914370	2914379	0 %	0 %	40 %	60 %	114321721
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2029	NC_008340	CTGGA	2	10	2924910	2924919	20 %	20 %	40 %	20 %	114321730
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2031	NC_008340	CGGGT	2	10	2930868	2930877	0 %	20 %	60 %	20 %	114321734
2032	NC_008340	GGTCC	2	10	2930903	2930912	0 %	20 %	40 %	40 %	114321734
2033	NC_008340	TCCGG	2	10	2932816	2932825	0 %	20 %	40 %	40 %	114321736
2034	NC_008340	TGGCC	2	10	2933356	2933365	0 %	20 %	40 %	40 %	114321736
2035	NC_008340	CCCCG	2	10	2935210	2935219	0 %	0 %	20 %	80 %	114321738
2036	NC_008340	TGCAG	2	10	2937997	2938006	20 %	20 %	40 %	20 %	114321740
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2038	NC_008340	CCCGC	2	10	2942125	2942134	0 %	0 %	20 %	80 %	114321743
2039	NC_008340	GCGAT	2	10	2942189	2942198	20 %	20 %	40 %	20 %	114321743
2040	NC_008340	GCGGT	2	10	2944005	2944014	0 %	20 %	60 %	20 %	114321744
2041	NC_008340	CGCGG	2	10	2944118	2944127	0 %	0 %	60 %	40 %	114321744
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2044	NC_008340	CGGCG	2	10	2945344	2945353	0 %	0 %	60 %	40 %	114321746
2045	NC_008340	CGGCC	2	10	2945993	2946002	0 %	0 %	40 %	60 %	114321747
2046	NC_008340	CCGCG	2	10	2946101	2946110	0 %	0 %	40 %	60 %	114321747
2047	NC_008340	CCCCA	2	10	2954672	2954681	20 %	0 %	0 %	80 %	114321752
2048	NC_008340	TGGAG	2	10	2961287	2961296	20 %	20 %	60 %	0 %	114321756
2049	NC_008340	GCCCT	2	10	2963367	2963376	0 %	20 %	20 %	60 %	114321758
2050	NC_008340	CCGGC	2	10	2964292	2964301	0 %	0 %	40 %	60 %	114321760
2051	NC_008340	CGGGC	2	10	2965005	2965014	0 %	0 %	60 %	40 %	114321761
2052	NC_008340	CTGGA	2	10	2970396	2970405	20 %	20 %	40 %	20 %	114321769
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2054	NC_008340	GCGCC	2	10	2973483	2973492	0 %	0 %	40 %	60 %	114321771
2055	NC_008340	GGGCT	2	10	2976257	2976266	0 %	20 %	60 %	20 %	114321773
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2059	NC_008340	GCGGT	2	10	2984263	2984272	0 %	20 %	60 %	20 %	114321780
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©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.