MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Repeats of Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446 chromosome

Total Repeats: 2095

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_013205	AGGGA	2	10	1686	1695	40 %	0 %	60 %	0 %	Non-Coding
2	NC_013205	CACAT	2	10	2852	2861	40 %	20 %	0 %	40 %	258510023
3	NC_013205	ACCGC	2	10	3534	3543	20 %	0 %	20 %	60 %	258510024
4	NC_013205	TCGGC	2	10	4079	4088	0 %	20 %	40 %	40 %	258510024
5	NC_013205	GACGC	2	10	6811	6820	20 %	0 %	40 %	40 %	258510026
6	NC_013205	GCCGC	2	10	8258	8267	0 %	0 %	40 %	60 %	258510026
7	NC_013205	GACGT	2	10	10438	10447	20 %	20 %	40 %	20 %	258510030
8	NC_013205	CTTGA	2	10	11420	11429	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
9	NC_013205	CCTTC	2	10	11794	11803	0 %	40 %	0 %	60 %	Non-Coding
10	NC_013205	TCGTG	2	10	11842	11851	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
11	NC_013205	AGACG	2	10	15748	15757	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
12	NC_013205	GCTCG	2	10	18410	18419	0 %	20 %	40 %	40 %	258510032
13	NC_013205	GGCGC	2	10	20374	20383	0 %	0 %	60 %	40 %	258510034
14	NC_013205	CCTTC	2	10	21193	21202	0 %	40 %	0 %	60 %	258510036
15	NC_013205	TGAGG	2	10	22863	22872	20 %	20 %	60 %	0 %	Non-Coding
16	NC_013205	AAGAC	2	10	23323	23332	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
17	NC_013205	AGGTG	2	10	24395	24404	20 %	20 %	60 %	0 %	258510037
18	NC_013205	AGATG	2	10	25379	25388	40 %	20 %	40 %	0 %	258510038
19	NC_013205	CTTCC	2	10	28510	28519	0 %	40 %	0 %	60 %	258510040
20	NC_013205	TGGCT	2	10	28987	28996	0 %	40 %	40 %	20 %	258510040
21	NC_013205	GTTTC	2	10	29140	29149	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
22	NC_013205	TGTGC	2	10	29261	29270	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
23	NC_013205	CCGCG	2	10	33506	33515	0 %	0 %	40 %	60 %	258510044
24	NC_013205	TTGCG	2	10	33966	33975	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
25	NC_013205	GCGTC	2	10	34339	34348	0 %	20 %	40 %	40 %	258510045
26	NC_013205	CGCGG	2	10	34375	34384	0 %	0 %	60 %	40 %	258510045
27	NC_013205	GAAGC	2	10	38051	38060	40 %	0 %	40 %	20 %	258510047
28	NC_013205	AAGGA	2	10	40515	40524	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
29	NC_013205	AGCCA	2	10	40675	40684	40 %	0 %	20 %	40 %	258510048
30	NC_013205	GCGCC	2	10	42233	42242	0 %	0 %	40 %	60 %	258510049
31	NC_013205	GCGAT	2	10	44196	44205	20 %	20 %	40 %	20 %	258510051
32	NC_013205	GCCTT	2	10	44253	44262	0 %	40 %	20 %	40 %	258510051
33	NC_013205	GCCGC	2	10	44501	44510	0 %	0 %	40 %	60 %	258510051
34	NC_013205	GTCCG	2	10	44622	44631	0 %	20 %	40 %	40 %	258510051
35	NC_013205	CTGCC	2	10	44672	44681	0 %	20 %	20 %	60 %	258510051
36	NC_013205	TTTCG	2	10	44936	44945	0 %	60 %	20 %	20 %	258510051
37	NC_013205	AGGCG	2	10	48308	48317	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
38	NC_013205	AGCGG	2	10	48410	48419	20 %	0 %	60 %	20 %	258510055
39	NC_013205	GCGCG	2	10	50106	50115	0 %	0 %	60 %	40 %	258510058
40	NC_013205	CGCGC	2	10	50582	50591	0 %	0 %	40 %	60 %	258510058
41	NC_013205	CGAGG	2	10	52463	52472	20 %	0 %	60 %	20 %	258510059
42	NC_013205	CCACA	2	10	52843	52852	40 %	0 %	0 %	60 %	258510060
43	NC_013205	CCGCA	2	10	53734	53743	20 %	0 %	20 %	60 %	258510061
44	NC_013205	AGGTG	2	10	54773	54782	20 %	20 %	60 %	0 %	258510062
45	NC_013205	CGATT	2	10	54860	54869	20 %	40 %	20 %	20 %	258510062
46	NC_013205	TGGGC	2	10	57332	57341	0 %	20 %	60 %	20 %	258510064
47	NC_013205	TCGTG	2	10	58204	58213	0 %	40 %	40 %	20 %	258510066
48	NC_013205	GCCGC	2	10	58255	58264	0 %	0 %	40 %	60 %	258510066
49	NC_013205	CTGGC	2	10	59078	59087	0 %	20 %	40 %	40 %	258510067
50	NC_013205	CGGAG	2	10	62566	62575	20 %	0 %	60 %	20 %	258510068
51	NC_013205	TCGCG	2	10	64245	64254	0 %	20 %	40 %	40 %	258510070
52	NC_013205	CGAGG	2	10	64354	64363	20 %	0 %	60 %	20 %	258510070
53	NC_013205	CCTGC	2	10	64541	64550	0 %	20 %	20 %	60 %	258510070
54	NC_013205	GTGGC	2	10	65969	65978	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
55	NC_013205	TCAAC	2	10	66843	66852	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
56	NC_013205	ATCCC	2	10	67206	67215	20 %	20 %	0 %	60 %	Non-Coding
57	NC_013205	GCGGA	2	10	68466	68475	20 %	0 %	60 %	20 %	258510073
58	NC_013205	CGGAG	2	10	70538	70547	20 %	0 %	60 %	20 %	258510074
59	NC_013205	CAGGT	2	10	70743	70752	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
60	NC_013205	AAACG	2	10	79033	79042	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
61	NC_013205	CTCGT	2	10	79131	79140	0 %	40 %	20 %	40 %	258510081
62	NC_013205	CGATG	2	10	79571	79580	20 %	20 %	40 %	20 %	258510081
63	NC_013205	ACGGC	2	10	80350	80359	20 %	0 %	40 %	40 %	258510081
64	NC_013205	CGATG	2	10	81163	81172	20 %	20 %	40 %	20 %	258510083
65	NC_013205	GGCGC	2	10	81760	81769	0 %	0 %	60 %	40 %	258510083
66	NC_013205	GCGAG	2	10	82213	82222	20 %	0 %	60 %	20 %	258510083
67	NC_013205	CGAGG	2	10	83227	83236	20 %	0 %	60 %	20 %	258510084
68	NC_013205	CGAGC	2	10	83511	83520	20 %	0 %	40 %	40 %	258510084
69	NC_013205	CTGTG	2	10	83988	83997	0 %	40 %	40 %	20 %	258510084
70	NC_013205	GTCGA	2	10	85357	85366	20 %	20 %	40 %	20 %	258510086
71	NC_013205	GTCCA	2	10	87049	87058	20 %	20 %	20 %	40 %	258510086
72	NC_013205	GACGA	2	10	87931	87940	40 %	0 %	40 %	20 %	258510087
73	NC_013205	CCGGG	2	10	92541	92550	0 %	0 %	60 %	40 %	258510092
74	NC_013205	GCCGA	2	10	92744	92753	20 %	0 %	40 %	40 %	258510092
75	NC_013205	GGCGC	2	10	93113	93122	0 %	0 %	60 %	40 %	258510092
76	NC_013205	GGCGT	2	10	94446	94455	0 %	20 %	60 %	20 %	258510094
77	NC_013205	CGCGC	2	10	100112	100121	0 %	0 %	40 %	60 %	258510098
78	NC_013205	CCGGC	2	10	100864	100873	0 %	0 %	40 %	60 %	258510099
79	NC_013205	GAGCG	2	10	102450	102459	20 %	0 %	60 %	20 %	258510101
80	NC_013205	CGGCG	2	10	103263	103272	0 %	0 %	60 %	40 %	258510101
81	NC_013205	CGCTT	2	10	105720	105729	0 %	40 %	20 %	40 %	258510102
82	NC_013205	GCGAG	2	10	106581	106590	20 %	0 %	60 %	20 %	258510102
83	NC_013205	CGTGG	2	10	108833	108842	0 %	20 %	60 %	20 %	258510105
84	NC_013205	CCTCG	2	10	109211	109220	0 %	20 %	20 %	60 %	258510105
85	NC_013205	CCATC	2	10	110172	110181	20 %	20 %	0 %	60 %	258510107
86	NC_013205	CGGCG	2	10	110286	110295	0 %	0 %	60 %	40 %	258510107
87	NC_013205	CCGCG	2	10	111350	111359	0 %	0 %	40 %	60 %	258510110
88	NC_013205	GAAGC	2	10	112528	112537	40 %	0 %	40 %	20 %	258510110
89	NC_013205	CGGCG	2	10	112990	112999	0 %	0 %	60 %	40 %	258510110
90	NC_013205	GGCCG	2	10	114468	114477	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
91	NC_013205	ACGCC	2	10	117136	117145	20 %	0 %	20 %	60 %	258510115
92	NC_013205	CTCGG	3	15	118915	118929	0 %	20 %	40 %	40 %	258510117
93	NC_013205	CCCGG	2	10	119673	119682	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
94	NC_013205	GGGTG	2	10	119939	119948	0 %	20 %	80 %	0 %	258510120
95	NC_013205	TCGAG	2	10	120747	120756	20 %	20 %	40 %	20 %	258510120
96	NC_013205	ACGAG	2	10	121230	121239	40 %	0 %	40 %	20 %	258510120
97	NC_013205	TCGCC	2	10	124808	124817	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
98	NC_013205	CGATT	2	10	125384	125393	20 %	40 %	20 %	20 %	258510125
99	NC_013205	AGGCG	2	10	127385	127394	20 %	0 %	60 %	20 %	258510127
100	NC_013205	ATGAG	2	10	128518	128527	40 %	20 %	40 %	0 %	258510129
101	NC_013205	GGTGC	2	10	134522	134531	0 %	20 %	60 %	20 %	258510135
102	NC_013205	GCTTC	2	10	135463	135472	0 %	40 %	20 %	40 %	258510136
103	NC_013205	GAAAC	2	10	136558	136567	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
104	NC_013205	CGCGG	2	10	137609	137618	0 %	0 %	60 %	40 %	258510139
105	NC_013205	CTGCC	2	10	137880	137889	0 %	20 %	20 %	60 %	258510139
106	NC_013205	CGCCT	2	10	140081	140090	0 %	20 %	20 %	60 %	258510142
107	NC_013205	GAAAC	2	10	142465	142474	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
108	NC_013205	GGACG	2	10	144427	144436	20 %	0 %	60 %	20 %	258510147
109	NC_013205	CCGCG	2	10	145676	145685	0 %	0 %	40 %	60 %	258510148
110	NC_013205	GCGCC	2	10	145863	145872	0 %	0 %	40 %	60 %	258510148
111	NC_013205	TCGTC	2	10	146564	146573	0 %	40 %	20 %	40 %	258510149
112	NC_013205	CGGCG	2	10	152029	152038	0 %	0 %	60 %	40 %	258510154
113	NC_013205	GTGGC	2	10	152207	152216	0 %	20 %	60 %	20 %	258510154
114	NC_013205	GTGGC	2	10	152418	152427	0 %	20 %	60 %	20 %	258510155
115	NC_013205	CAATC	2	10	152997	153006	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
116	NC_013205	AACGG	2	10	153312	153321	40 %	0 %	40 %	20 %	258510156
117	NC_013205	TGAGC	2	10	153541	153550	20 %	20 %	40 %	20 %	258510156
118	NC_013205	TGACC	2	10	153953	153962	20 %	20 %	20 %	40 %	258510157
119	NC_013205	TGGCG	2	10	154581	154590	0 %	20 %	60 %	20 %	258510158
120	NC_013205	CGGCG	2	10	155165	155174	0 %	0 %	60 %	40 %	258510158
121	NC_013205	CGGGC	2	10	155516	155525	0 %	0 %	60 %	40 %	258510158
122	NC_013205	GGAAG	2	10	156525	156534	40 %	0 %	60 %	0 %	258510159
123	NC_013205	GGCGT	2	10	156847	156856	0 %	20 %	60 %	20 %	258510159
124	NC_013205	ATCCC	2	10	157115	157124	20 %	20 %	0 %	60 %	258510159
125	NC_013205	ACGGC	2	10	157897	157906	20 %	0 %	40 %	40 %	258510160
126	NC_013205	GGCGT	2	10	160064	160073	0 %	20 %	60 %	20 %	258510162
127	NC_013205	CGGAG	2	10	160525	160534	20 %	0 %	60 %	20 %	258510162
128	NC_013205	TCGCG	2	10	162281	162290	0 %	20 %	40 %	40 %	258510164
129	NC_013205	TCGAT	2	10	163831	163840	20 %	40 %	20 %	20 %	258510166
130	NC_013205	GAAGG	2	10	164970	164979	40 %	0 %	60 %	0 %	Non-Coding
131	NC_013205	CAGGG	2	10	166964	166973	20 %	0 %	60 %	20 %	258510168
132	NC_013205	TGCGC	2	10	167574	167583	0 %	20 %	40 %	40 %	258510169
133	NC_013205	ATCGC	2	10	170947	170956	20 %	20 %	20 %	40 %	258510171
134	NC_013205	CGTGG	2	10	175178	175187	0 %	20 %	60 %	20 %	258510174
135	NC_013205	AGCCG	2	10	177386	177395	20 %	0 %	40 %	40 %	258510177
136	NC_013205	GGGGC	2	10	180643	180652	0 %	0 %	80 %	20 %	258510179
137	NC_013205	TGAAC	2	10	182249	182258	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
138	NC_013205	GGCCG	2	10	182272	182281	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
139	NC_013205	CGCGC	2	10	185339	185348	0 %	0 %	40 %	60 %	258510185
140	NC_013205	CTTCG	2	10	186233	186242	0 %	40 %	20 %	40 %	258510186
141	NC_013205	GGCAG	2	10	187324	187333	20 %	0 %	60 %	20 %	258510187
142	NC_013205	AAGCG	2	10	187992	188001	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
143	NC_013205	CTTGC	2	10	188682	188691	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
144	NC_013205	TGGCA	2	10	188794	188803	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
145	NC_013205	CCGCG	2	10	190942	190951	0 %	0 %	40 %	60 %	258510191
146	NC_013205	GGCGG	2	10	192255	192264	0 %	0 %	80 %	20 %	258510191
147	NC_013205	GCTTT	2	10	192626	192635	0 %	60 %	20 %	20 %	258510192
148	NC_013205	CTCGC	2	10	193783	193792	0 %	20 %	20 %	60 %	258510193
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151	NC_013205	CGCTG	2	10	198196	198205	0 %	20 %	40 %	40 %	258510198
152	NC_013205	GGATG	2	10	198690	198699	20 %	20 %	60 %	0 %	258510200
153	NC_013205	GCGGA	2	10	200116	200125	20 %	0 %	60 %	20 %	258510200
154	NC_013205	GCGGT	2	10	203119	203128	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
155	NC_013205	CGCGC	2	10	205082	205091	0 %	0 %	40 %	60 %	258510204
156	NC_013205	AGTCG	2	10	206595	206604	20 %	20 %	40 %	20 %	258510208
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158	NC_013205	GCGCC	2	10	208881	208890	0 %	0 %	40 %	60 %	258510213
159	NC_013205	CGCGC	2	10	210049	210058	0 %	0 %	40 %	60 %	258510213
160	NC_013205	GCCGG	2	10	210342	210351	0 %	0 %	60 %	40 %	258510213
161	NC_013205	CGGCA	2	10	211438	211447	20 %	0 %	40 %	40 %	258510214
162	NC_013205	GCGCG	2	10	213514	213523	0 %	0 %	60 %	40 %	258510216
163	NC_013205	CGCGG	2	10	215985	215994	0 %	0 %	60 %	40 %	258510218
164	NC_013205	GACTT	2	10	218917	218926	20 %	40 %	20 %	20 %	258510220
165	NC_013205	GGACG	2	10	220594	220603	20 %	0 %	60 %	20 %	258510221
166	NC_013205	CCGCG	2	10	221957	221966	0 %	0 %	40 %	60 %	258510223
167	NC_013205	CGGGC	2	10	222697	222706	0 %	0 %	60 %	40 %	258510224
168	NC_013205	GCATG	2	10	225504	225513	20 %	20 %	40 %	20 %	258510227
169	NC_013205	CTTGA	2	10	226559	226568	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
170	NC_013205	CCTTC	2	10	226933	226942	0 %	40 %	0 %	60 %	Non-Coding
171	NC_013205	TCGTG	2	10	226981	226990	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
172	NC_013205	GCTTC	2	10	231775	231784	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
173	NC_013205	TTTTG	2	10	232279	232288	0 %	80 %	20 %	0 %	258510230
174	NC_013205	GGATG	2	10	232292	232301	20 %	20 %	60 %	0 %	258510230
175	NC_013205	CGCGG	2	10	232460	232469	0 %	0 %	60 %	40 %	258510230
176	NC_013205	GTATT	2	10	232673	232682	20 %	60 %	20 %	0 %	258510230
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194	NC_013205	GCGCG	2	10	255833	255842	0 %	0 %	60 %	40 %	258510251
195	NC_013205	CTCGC	2	10	256222	256231	0 %	20 %	20 %	60 %	258510252
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216	NC_013205	AGAGA	2	10	295567	295576	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
217	NC_013205	CTTGA	2	10	296635	296644	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
218	NC_013205	CCTTC	2	10	297009	297018	0 %	40 %	0 %	60 %	Non-Coding
219	NC_013205	TCGTG	2	10	297057	297066	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
220	NC_013205	AGACG	2	10	300893	300902	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
221	NC_013205	TTGGT	2	10	303606	303615	0 %	60 %	40 %	0 %	258510286
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230	NC_013205	CCGTC	2	10	322560	322569	0 %	20 %	20 %	60 %	258510297
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238	NC_013205	TCCTC	2	10	334176	334185	0 %	40 %	0 %	60 %	Non-Coding
239	NC_013205	TTTCG	2	10	334893	334902	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
240	NC_013205	GCGGA	2	10	335086	335095	20 %	0 %	60 %	20 %	258510304
241	NC_013205	AGCGG	2	10	336030	336039	20 %	0 %	60 %	20 %	258510304
242	NC_013205	GACGG	2	10	336062	336071	20 %	0 %	60 %	20 %	258510304
243	NC_013205	GCCAC	2	10	336727	336736	20 %	0 %	20 %	60 %	258510305
244	NC_013205	GATGA	2	10	336776	336785	40 %	20 %	40 %	0 %	258510305
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248	NC_013205	CGCGC	2	10	344143	344152	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
249	NC_013205	GCTCG	2	10	347151	347160	0 %	20 %	40 %	40 %	258510315
250	NC_013205	GCCGC	2	10	347520	347529	0 %	0 %	40 %	60 %	258510315
251	NC_013205	GCAAG	2	10	348668	348677	40 %	0 %	40 %	20 %	258510315
252	NC_013205	GGCGA	2	10	349158	349167	20 %	0 %	60 %	20 %	258510316
253	NC_013205	GGTGT	2	10	350421	350430	0 %	40 %	60 %	0 %	258510317
254	NC_013205	AGTCC	2	10	352875	352884	20 %	20 %	20 %	40 %	258510320
255	NC_013205	AGTGG	2	10	354439	354448	20 %	20 %	60 %	0 %	258510322
256	NC_013205	TCGAT	2	10	354680	354689	20 %	40 %	20 %	20 %	258510322
257	NC_013205	GAACG	2	10	354696	354705	40 %	0 %	40 %	20 %	258510322
258	NC_013205	GCGAA	2	10	354723	354732	40 %	0 %	40 %	20 %	258510322
259	NC_013205	GCCCG	2	10	357019	357028	0 %	0 %	40 %	60 %	258510325
260	NC_013205	CGCAC	2	10	359310	359319	20 %	0 %	20 %	60 %	258510326
261	NC_013205	AGGCG	2	10	360437	360446	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
262	NC_013205	CGGGG	2	10	360810	360819	0 %	0 %	80 %	20 %	258510327
263	NC_013205	CCGCC	2	10	362699	362708	0 %	0 %	20 %	80 %	258510328
264	NC_013205	CCGCG	2	10	362869	362878	0 %	0 %	40 %	60 %	258510328
265	NC_013205	GGCCG	2	10	364360	364369	0 %	0 %	60 %	40 %	258510329
266	NC_013205	GGCGA	2	10	365444	365453	20 %	0 %	60 %	20 %	258510330
267	NC_013205	CGCGC	2	10	369727	369736	0 %	0 %	40 %	60 %	258510333
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269	NC_013205	GGACG	2	10	371410	371419	20 %	0 %	60 %	20 %	258510335
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387	NC_013205	TGAGG	2	10	536129	536138	20 %	20 %	60 %	0 %	Non-Coding
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390	NC_013205	CTGGA	2	10	538962	538971	20 %	20 %	40 %	20 %	258510489
391	NC_013205	GCTTC	2	10	540276	540285	0 %	40 %	20 %	40 %	258510490
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393	NC_013205	CCGCG	2	10	540580	540589	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
394	NC_013205	GGCGC	2	10	540678	540687	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
395	NC_013205	GACTG	2	10	540890	540899	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
396	NC_013205	TTGAC	2	10	543345	543354	20 %	40 %	20 %	20 %	258510492
397	NC_013205	CCGAG	2	10	544888	544897	20 %	0 %	40 %	40 %	258510492
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401	NC_013205	CTGCC	2	10	556134	556143	0 %	20 %	20 %	60 %	258510512
402	NC_013205	AGAAC	2	10	556980	556989	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
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455	NC_013205	TGGAA	2	10	639671	639680	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
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