MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Hexa-nucleotide Coding Repeats of Methanotorris igneus Kol 5 chromosome

Total Repeats: 931

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_015562	TGCAAC	2	12	344	355	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	333909896
2	NC_015562	ATTAAA	2	12	1660	1671	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	333909897
3	NC_015562	AAAATT	2	12	2281	2292	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	333909897
4	NC_015562	ATGGAA	2	12	2415	2426	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	333909897
5	NC_015562	ATATGA	2	12	2449	2460	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	333909897
6	NC_015562	AGTTAG	2	12	6058	6069	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	333909901
7	NC_015562	TCCTGG	2	12	7237	7248	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	333909903
8	NC_015562	AAAGTT	2	12	9208	9219	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	333909904
9	NC_015562	TTTAAT	2	12	11623	11634	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	333909906
10	NC_015562	TGCTAT	2	12	12372	12383	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	333909906
11	NC_015562	TTTTAT	2	12	15504	15515	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	333909909
12	NC_015562	CACAAC	2	12	20833	20844	50 %	0 %	0 %	50 %	333909912
13	NC_015562	AGGATG	2	12	26189	26200	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	333909918
14	NC_015562	GAAAAA	2	12	26621	26632	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	333909918
15	NC_015562	GAACAA	2	12	26764	26775	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	333909918
16	NC_015562	CTTCAA	2	12	32398	32409	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	333909921
17	NC_015562	GATTAT	2	12	33352	33363	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	333909922
18	NC_015562	AAGTTA	2	12	38392	38403	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	333909927
19	NC_015562	GTTAAG	2	12	38757	38768	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	333909927
20	NC_015562	ATTCTT	2	12	42099	42110	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	333909930
21	NC_015562	TTACTG	2	12	48365	48376	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	333909934
22	NC_015562	GTTAAA	2	12	48454	48465	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	333909934
23	NC_015562	CTTTTT	2	12	48762	48773	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	333909934
24	NC_015562	AGAATT	2	12	54050	54061	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	333909938
25	NC_015562	ATGAAG	2	12	54352	54363	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	333909938
26	NC_015562	TTGTGG	2	12	56205	56216	0 %	50 %	50 %	0 %	333909941
27	NC_015562	CTTTAC	2	12	56806	56817	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	333909942
28	NC_015562	GATAAG	2	12	57000	57011	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	333909942
29	NC_015562	CTTTTT	2	12	61934	61945	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	333909947
30	NC_015562	GTTGAA	2	12	67569	67580	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	333909953
31	NC_015562	TTCATA	2	12	68136	68147	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	333909954
32	NC_015562	ATCTTT	2	12	70547	70558	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	333909955
33	NC_015562	AAAATT	2	12	73141	73152	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	333909957
34	NC_015562	GTTGAT	2	12	74062	74073	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	333909958
35	NC_015562	GCTATT	2	12	75804	75815	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	333909959
36	NC_015562	AGAAAA	2	12	82122	82133	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	333909964
37	NC_015562	TTCATT	2	12	85068	85079	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	333909967
38	NC_015562	ATCCAC	2	12	85220	85231	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	333909967
39	NC_015562	TCTCTA	2	12	86642	86653	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	333909967
40	NC_015562	AACATC	2	12	89825	89836	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	333909970
41	NC_015562	TGTGTT	2	12	90224	90235	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	333909970
42	NC_015562	GTAAGA	2	12	93115	93126	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	333909974
43	NC_015562	CATTCT	2	12	100063	100074	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	333909983
44	NC_015562	TCGTCT	2	12	105561	105572	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	333909993
45	NC_015562	TGAATG	2	12	105626	105637	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	333909993
46	NC_015562	TTAACC	2	12	105741	105752	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	333909993
47	NC_015562	CCTTTT	2	12	107941	107952	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	333909996
48	NC_015562	TTCAAT	2	12	108438	108449	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	333909996
49	NC_015562	ATTTTT	2	12	111085	111096	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	333909998
50	NC_015562	GAAAAA	2	12	113311	113322	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	333910000
51	NC_015562	CATCTT	2	12	113600	113611	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	333910001
52	NC_015562	AACTCC	2	12	114747	114758	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	333910003
53	NC_015562	TTATGA	2	12	122381	122392	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	333910014
54	NC_015562	AATTGA	2	12	123455	123466	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	333910014
55	NC_015562	GTTTTG	2	12	128982	128993	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	333910018
56	NC_015562	ACTCGA	2	12	133794	133805	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	333910022
57	NC_015562	TGGAGT	2	12	137222	137233	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	333910025
58	NC_015562	TTTTGT	2	12	138267	138278	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	333910026
59	NC_015562	TGCTTT	2	12	138471	138482	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	333910026
60	NC_015562	CTTCCT	2	12	138852	138863	0 %	50 %	0 %	50 %	333910026
61	NC_015562	TCCTCA	2	12	138992	139003	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	333910026
62	NC_015562	CCTAAA	2	12	139034	139045	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	333910026
63	NC_015562	AGGATG	2	12	140658	140669	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	333910027
64	NC_015562	TGTTGG	2	12	141244	141255	0 %	50 %	50 %	0 %	333910027
65	NC_015562	AGTGGA	2	12	141574	141585	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	333910028
66	NC_015562	TACAAA	2	12	145482	145493	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	333910031
67	NC_015562	AATTAA	2	12	147554	147565	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	333910033
68	NC_015562	ATTTGA	2	12	148839	148850	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	333910033
69	NC_015562	AAATTA	2	12	150919	150930	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	333910036
70	NC_015562	TTGATG	2	12	150937	150948	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	333910036
71	NC_015562	ATTGAA	2	12	151266	151277	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	333910036
72	NC_015562	TAAAAT	2	12	154001	154012	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	333910040
73	NC_015562	AAATGA	2	12	166458	166469	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	333910053
74	NC_015562	ATAAAA	2	12	166888	166899	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	333910053
75	NC_015562	AAATCC	2	12	167205	167216	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	333910053
76	NC_015562	TAAGTT	2	12	170239	170250	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	333910056
77	NC_015562	TAACAT	2	12	170433	170444	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	333910056
78	NC_015562	ATGTGT	2	12	170534	170545	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	333910056
79	NC_015562	TGTGGG	2	12	170973	170984	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	333910056
80	NC_015562	TATTGC	2	12	172066	172077	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	333910057
81	NC_015562	ATTTTT	2	12	173503	173514	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	333910059
82	NC_015562	GAAAAA	2	12	176356	176367	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	333910063
83	NC_015562	AATTGA	2	12	180706	180717	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	333910066
84	NC_015562	GAAAAA	2	12	183782	183793	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	333910069
85	NC_015562	AAAGAA	2	12	190542	190553	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	333910075
86	NC_015562	AAAAAT	2	12	191600	191611	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	333910076
87	NC_015562	TATAAA	2	12	192206	192217	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	333910076
88	NC_015562	CTGCAA	2	12	193484	193495	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	333910078
89	NC_015562	GTTTTT	2	12	196734	196745	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	333910083
90	NC_015562	GTGTTG	2	12	199246	199257	0 %	50 %	50 %	0 %	333910085
91	NC_015562	TAAAGA	2	12	201626	201637	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	333910086
92	NC_015562	ATTCAA	2	12	203480	203491	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	333910087
93	NC_015562	TTCAAA	2	12	203809	203820	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	333910088
94	NC_015562	TTATGG	2	12	208377	208388	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	333910092
95	NC_015562	AAAATT	2	12	209027	209038	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	333910093
96	NC_015562	TAGCAA	2	12	213991	214002	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	333910098
97	NC_015562	ATTTAT	2	12	228954	228965	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	333910112
98	NC_015562	ATATTT	2	12	230523	230534	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	333910115
99	NC_015562	ATGTTG	2	12	231429	231440	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	333910116
100	NC_015562	AAATAA	2	12	232017	232028	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	333910116
101	NC_015562	TATAAT	2	12	232343	232354	50 %	50 %	0 %	0 %	333910116
102	NC_015562	TATTGC	2	12	232848	232859	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	333910116
103	NC_015562	GTTCCA	2	12	235025	235036	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	333910118
104	NC_015562	AATTCC	2	12	236124	236135	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	333910119
105	NC_015562	AATTCC	2	12	238261	238272	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	333910121
106	NC_015562	GATAAA	2	12	239203	239214	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	333910122
107	NC_015562	AATTCC	2	12	239361	239372	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	333910122
108	NC_015562	AGACAG	2	12	240785	240796	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	333910124
109	NC_015562	TAAGAT	2	12	241262	241273	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	333910124
110	NC_015562	AAAGGA	2	12	244260	244271	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	333910127
111	NC_015562	GAATTA	2	12	246486	246497	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	333910129
112	NC_015562	TAAAAA	2	12	247119	247130	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	333910130
113	NC_015562	TAGATA	2	12	248091	248102	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	333910131
114	NC_015562	GAAAAT	2	12	249355	249366	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	333910132
115	NC_015562	CATGTT	2	12	250348	250359	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	333910134
116	NC_015562	TTTATT	2	12	252793	252804	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	333910137
117	NC_015562	TTTAGG	2	12	255738	255749	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	333910140
118	NC_015562	ATATTT	2	12	256751	256762	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	333910141
119	NC_015562	TCATTT	2	12	259371	259382	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	333910145
120	NC_015562	TTGGCA	2	12	260280	260291	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	333910146
121	NC_015562	ACAGGG	2	12	262162	262173	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	333910147
122	NC_015562	GAGAAA	2	12	262582	262593	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	333910147
123	NC_015562	GATATT	2	12	263848	263859	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	333910147
124	NC_015562	TCAATA	2	12	265300	265311	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	333910150
125	NC_015562	GCTCCA	2	12	265792	265803	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	333910150
126	NC_015562	ATAAAA	2	12	266612	266623	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	333910151
127	NC_015562	CATCAA	2	12	268299	268310	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	333910153
128	NC_015562	TTATTG	2	12	268547	268558	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	333910153
129	NC_015562	ACACCA	2	12	274235	274246	50 %	0 %	0 %	50 %	333910159
130	NC_015562	ATTTGG	2	12	274456	274467	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	333910159
131	NC_015562	TTTAAA	2	12	276551	276562	50 %	50 %	0 %	0 %	333910162
132	NC_015562	TTTGGG	2	12	277760	277771	0 %	50 %	50 %	0 %	333910163
133	NC_015562	AGTTGG	2	12	277865	277876	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	333910163
134	NC_015562	GATGTC	2	12	278538	278549	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	333910164
135	NC_015562	AACTTC	2	12	280357	280368	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	333910166
136	NC_015562	GCAATG	2	12	283439	283450	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	333910169
137	NC_015562	GATAAG	2	12	284432	284443	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	333910170
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139	NC_015562	ATTTGG	2	12	294037	294048	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	333910180
140	NC_015562	AATTTA	2	12	294060	294071	50 %	50 %	0 %	0 %	333910180
141	NC_015562	TCTTCA	2	12	298876	298887	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	333910183
142	NC_015562	ACTCCA	2	12	299021	299032	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	333910183
143	NC_015562	ATATCT	2	12	306719	306730	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	333910188
144	NC_015562	TAACTG	3	18	307718	307735	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	333910189
145	NC_015562	AACATC	2	12	309497	309508	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	333910191
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147	NC_015562	AAATGG	2	12	312140	312151	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	333910192
148	NC_015562	CTGCTT	2	12	314798	314809	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	333910196
149	NC_015562	ATGAGG	2	12	318071	318082	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	333910201
150	NC_015562	GTTCCA	2	12	323924	323935	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	333910206
151	NC_015562	GTTATT	2	12	324005	324016	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	333910206
152	NC_015562	TGGAAC	2	12	324361	324372	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	333910206
153	NC_015562	TGTTTT	2	12	324457	324468	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	333910206
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156	NC_015562	GCAGAT	2	12	328019	328030	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	333910208
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158	NC_015562	CCATTC	2	12	330818	330829	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	333910210
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225	NC_015562	TCCACT	2	12	471893	471904	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	333910349
226	NC_015562	TTTTCT	2	12	475439	475450	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	333910355
227	NC_015562	TGTATG	2	12	475488	475499	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	333910355
228	NC_015562	TGGGGT	2	12	480392	480403	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	333910360
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230	NC_015562	AATTAT	2	12	482165	482176	50 %	50 %	0 %	0 %	333910361
231	NC_015562	TAACAA	2	12	483553	483564	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	333910362
232	NC_015562	ATCTCC	2	12	486336	486347	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	333910365
233	NC_015562	CCTTTA	2	12	487752	487763	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	333910366
234	NC_015562	GATTAA	2	12	489419	489430	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	333910367
235	NC_015562	AAATAC	2	12	491024	491035	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	333910371
236	NC_015562	GAGGCA	2	12	492348	492359	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	333910372
237	NC_015562	CATTTT	2	12	494136	494147	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	333910374
238	NC_015562	TGCATC	2	12	496833	496844	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	333910376
239	NC_015562	TACAAA	2	12	497274	497285	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	333910376
240	NC_015562	TTCCTG	2	12	499533	499544	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	333910379
241	NC_015562	TGTTAA	2	12	502723	502734	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	333910383
242	NC_015562	TTTGGA	2	12	504063	504074	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	333910384
243	NC_015562	TTGGAA	2	12	505143	505154	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	333910384
244	NC_015562	GGTAAT	2	12	505882	505893	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	333910386
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249	NC_015562	CTCCTT	2	12	515624	515635	0 %	50 %	0 %	50 %	333910403
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253	NC_015562	AAGAGG	2	12	523484	523495	50 %	0 %	50 %	0 %	333910412
254	NC_015562	TTTGAA	2	12	523981	523992	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	333910412
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258	NC_015562	AAGTGA	2	12	526534	526545	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	333910415
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265	NC_015562	TTTCTT	2	12	539073	539084	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	333910426
266	NC_015562	TTATTT	2	12	542262	542273	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	333910428
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340	NC_015562	AGCTTC	2	12	693038	693049	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	333910559
341	NC_015562	ATCAAC	2	12	695425	695436	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	333910561
342	NC_015562	GATGCT	2	12	697310	697321	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	333910563
343	NC_015562	GATAGA	2	12	698758	698769	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	333910564
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346	NC_015562	ATTTAA	2	12	701251	701262	50 %	50 %	0 %	0 %	333910567
347	NC_015562	AAAGAT	2	12	703975	703986	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	333910569
348	NC_015562	AAAATT	2	12	707171	707182	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	333910572
349	NC_015562	ATTGCT	2	12	707245	707256	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	333910573
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469	NC_015562	CTTCAA	2	12	907377	907388	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	333910771
470	NC_015562	CTCTAC	2	12	907545	907556	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	333910771
471	NC_015562	TCTTCA	2	12	909071	909082	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	333910774
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473	NC_015562	ATTTCT	2	12	911006	911017	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	333910777
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