MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Tri-nucleotide Coding Repeats of Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446 plasmid pAACI01

Total Repeats: 971

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_013206	TCC	2	6	234	239	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	257792944
2	NC_013206	CGA	2	6	248	253	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	257792944
3	NC_013206	CTT	2	6	274	279	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	257792944
4	NC_013206	TTG	2	6	341	346	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	257792944
5	NC_013206	TTG	2	6	353	358	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	257792944
6	NC_013206	GCT	2	6	439	444	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	257792944
7	NC_013206	GCC	2	6	492	497	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	257792944
8	NC_013206	CTT	2	6	559	564	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	257792944
9	NC_013206	TCC	2	6	621	626	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	257792944
10	NC_013206	GCA	2	6	874	879	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	257792944
11	NC_013206	ATG	2	6	903	908	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	257792944
12	NC_013206	TAC	2	6	962	967	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	257792944
13	NC_013206	ACA	2	6	994	999	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	257792944
14	NC_013206	CAA	2	6	1033	1038	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	257792944
15	NC_013206	CAT	2	6	1189	1194	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	257792945
16	NC_013206	CGC	2	6	1207	1212	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	257792945
17	NC_013206	CGA	2	6	1309	1314	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	257792945
18	NC_013206	CTG	2	6	1354	1359	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	257792945
19	NC_013206	CAC	2	6	1382	1387	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	257792945
20	NC_013206	CAA	2	6	1410	1415	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	257792945
21	NC_013206	CGC	2	6	1528	1533	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	257792945
22	NC_013206	CGG	2	6	1594	1599	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	257792945
23	NC_013206	CTG	2	6	1618	1623	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	257792945
24	NC_013206	TCG	2	6	1797	1802	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	257792945
25	NC_013206	CCT	2	6	1845	1850	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	257792946
26	NC_013206	CGC	2	6	1877	1882	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	257792946
27	NC_013206	TGA	2	6	2053	2058	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	257792946
28	NC_013206	CGC	2	6	2149	2154	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	257792946
29	NC_013206	GTC	2	6	2206	2211	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	257792946
30	NC_013206	GTC	2	6	2252	2257	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	257792946
31	NC_013206	GGA	2	6	2277	2282	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	257792946
32	NC_013206	TCT	2	6	2427	2432	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	257792946
33	NC_013206	CAT	2	6	2434	2439	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	257792946
34	NC_013206	CAA	2	6	2743	2748	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	257792946
35	NC_013206	TCT	2	6	2811	2816	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	257792946
36	NC_013206	TGC	2	6	2883	2888	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	257792946
37	NC_013206	TTG	2	6	3029	3034	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	257792946
38	NC_013206	GAA	2	6	3566	3571	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	257792947
39	NC_013206	TTA	2	6	3609	3614	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	257792947
40	NC_013206	CCT	2	6	3794	3799	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	257792947
41	NC_013206	GTC	2	6	3828	3833	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	257792947
42	NC_013206	CAC	2	6	3904	3909	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	257792947
43	NC_013206	TGT	2	6	3920	3925	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	257792947
44	NC_013206	GAA	2	6	3939	3944	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	257792947
45	NC_013206	AGA	2	6	4068	4073	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	257792947
46	NC_013206	ATG	2	6	4163	4168	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	257792948
47	NC_013206	AGA	2	6	4180	4185	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	257792948
48	NC_013206	AAG	2	6	4594	4599	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	257792949
49	NC_013206	ACG	2	6	4607	4612	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	257792949
50	NC_013206	CAA	2	6	4618	4623	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	257792949
51	NC_013206	ACA	2	6	4656	4661	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	257792949
52	NC_013206	TGG	2	6	4797	4802	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	257792950
53	NC_013206	CGC	2	6	4809	4814	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	257792950
54	NC_013206	CAC	3	9	4836	4844	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	257792950
55	NC_013206	CGT	2	6	4911	4916	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	257792950
56	NC_013206	CTC	2	6	4935	4940	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	257792950
57	NC_013206	GTT	2	6	5013	5018	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	257792950
58	NC_013206	TCC	2	6	5101	5106	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	257792950
59	NC_013206	ACC	2	6	5155	5160	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	257792950
60	NC_013206	GTG	2	6	5385	5390	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	257792951
61	NC_013206	TGA	2	6	5545	5550	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	257792951
62	NC_013206	GAA	3	9	5585	5593	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	257792951
63	NC_013206	GAT	2	6	5606	5611	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	257792951
64	NC_013206	GCC	2	6	5652	5657	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	257792952
65	NC_013206	CTG	2	6	5685	5690	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	257792952
66	NC_013206	CTG	2	6	5715	5720	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	257792952
67	NC_013206	ACG	2	6	5755	5760	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	257792952
68	NC_013206	GAT	3	9	5977	5985	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	257792953
69	NC_013206	TCC	2	6	5994	5999	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	257792953
70	NC_013206	GAC	2	6	6116	6121	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	257792954
71	NC_013206	TCG	2	6	6136	6141	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	257792954
72	NC_013206	GGC	2	6	6206	6211	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	257792954
73	NC_013206	GGA	2	6	6247	6252	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	257792954
74	NC_013206	ATC	2	6	6365	6370	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	257792954
75	NC_013206	GGC	2	6	6430	6435	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	257792954
76	NC_013206	CGC	2	6	6533	6538	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	257792954
77	NC_013206	GTA	2	6	6563	6568	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	257792954
78	NC_013206	ACG	2	6	6606	6611	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	257792954
79	NC_013206	ACA	2	6	6619	6624	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	257792954
80	NC_013206	GCA	2	6	6739	6744	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	257792954
81	NC_013206	ACC	2	6	6799	6804	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	257792954
82	NC_013206	CAG	2	6	6866	6871	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	257792954
83	NC_013206	GAT	2	6	6967	6972	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	257792955
84	NC_013206	AAG	2	6	6991	6996	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	257792955
85	NC_013206	AGA	2	6	7071	7076	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	257792955
86	NC_013206	CAT	2	6	7081	7086	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	257792955
87	NC_013206	GAG	2	6	7120	7125	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	257792955
88	NC_013206	GCC	2	6	7259	7264	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	257792955
89	NC_013206	GTG	2	6	7322	7327	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	257792955
90	NC_013206	GGC	2	6	7379	7384	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	257792955
91	NC_013206	GCA	2	6	7413	7418	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	257792955
92	NC_013206	GCG	2	6	7504	7509	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	257792955
93	NC_013206	CAC	2	6	7582	7587	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	257792955
94	NC_013206	GCC	2	6	7613	7618	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	257792955
95	NC_013206	GGT	2	6	7695	7700	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	257792955
96	NC_013206	CCA	2	6	7714	7719	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	257792955
97	NC_013206	GGA	2	6	7764	7769	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	257792955
98	NC_013206	GTA	2	6	7789	7794	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	257792955
99	NC_013206	CGC	2	6	7997	8002	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	257792956
100	NC_013206	TCC	2	6	8022	8027	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	257792956
101	NC_013206	CGG	2	6	8045	8050	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	257792956
102	NC_013206	CGT	2	6	8102	8107	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	257792956
103	NC_013206	TCC	2	6	8181	8186	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	257792956
104	NC_013206	CAT	2	6	8393	8398	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	257792956
105	NC_013206	CAC	2	6	8537	8542	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	257792956
106	NC_013206	GTC	2	6	8613	8618	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	257792956
107	NC_013206	CCA	2	6	8651	8656	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	257792956
108	NC_013206	GGA	2	6	8908	8913	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	257792956
109	NC_013206	GTA	2	6	9050	9055	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	257792956
110	NC_013206	CGC	2	6	9131	9136	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	257792956
111	NC_013206	CGT	2	6	9187	9192	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	257792956
112	NC_013206	CCG	2	6	9198	9203	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	257792956
113	NC_013206	CTG	2	6	9221	9226	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	257792956
114	NC_013206	CGT	2	6	9375	9380	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	257792957
115	NC_013206	CCA	2	6	9641	9646	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	257792957
116	NC_013206	GCA	2	6	9842	9847	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	257792957
117	NC_013206	TGC	2	6	9889	9894	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	257792957
118	NC_013206	GTC	2	6	9912	9917	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	257792957
119	NC_013206	GAT	2	6	9920	9925	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	257792957
120	NC_013206	GTG	2	6	10039	10044	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	257792957
121	NC_013206	TGT	2	6	10151	10156	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	257792957
122	NC_013206	GTC	2	6	10409	10414	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	257792958
123	NC_013206	AGC	2	6	10431	10436	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	257792958
124	NC_013206	CTG	2	6	10445	10450	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	257792958
125	NC_013206	GCG	2	6	10546	10551	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	257792958
126	NC_013206	GTT	2	6	10580	10585	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	257792958
127	NC_013206	GAG	2	6	10607	10612	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	257792958
128	NC_013206	GTT	2	6	10658	10663	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	257792958
129	NC_013206	TCC	2	6	10764	10769	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	257792958
130	NC_013206	CCT	2	6	11097	11102	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	257792959
131	NC_013206	CAC	2	6	11131	11136	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	257792959
132	NC_013206	TTG	2	6	11206	11211	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	257792959
133	NC_013206	CAT	2	6	11212	11217	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	257792959
134	NC_013206	TTG	2	6	11288	11293	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	257792959
135	NC_013206	CGA	2	6	11451	11456	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	257792959
136	NC_013206	GGC	2	6	11534	11539	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	257792959
137	NC_013206	CCG	2	6	11589	11594	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	257792959
138	NC_013206	AGT	2	6	11640	11645	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	257792959
139	NC_013206	TCG	2	6	11739	11744	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	257792959
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141	NC_013206	ACC	3	9	11921	11929	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	257792959
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143	NC_013206	TCG	2	6	12092	12097	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	257792959
144	NC_013206	CTT	2	6	12138	12143	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	257792959
145	NC_013206	GTT	2	6	12168	12173	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	257792959
146	NC_013206	ACC	2	6	12188	12193	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	257792959
147	NC_013206	GAG	2	6	12197	12202	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	257792959
148	NC_013206	ACG	2	6	12228	12233	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	257792959
149	NC_013206	CCG	2	6	12294	12299	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	257792959
150	NC_013206	CTG	2	6	12433	12438	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	257792960
151	NC_013206	CGC	2	6	12445	12450	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	257792960
152	NC_013206	CTT	2	6	12507	12512	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	257792960
153	NC_013206	CTG	2	6	12678	12683	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	257792960
154	NC_013206	CGC	2	6	12823	12828	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	257792960
155	NC_013206	CAC	2	6	12913	12918	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	257792960
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158	NC_013206	TCT	2	6	13125	13130	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	257792960
159	NC_013206	TGC	2	6	13275	13280	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	257792960
160	NC_013206	GTA	2	6	13348	13353	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	257792960
161	NC_013206	CGG	2	6	13366	13371	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	257792960
162	NC_013206	TGC	2	6	13433	13438	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	257792960
163	NC_013206	TTG	2	6	13471	13476	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	257792960
164	NC_013206	ACA	2	6	13625	13630	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	257792960
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170	NC_013206	AAC	2	6	14053	14058	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	257792961
171	NC_013206	GGA	2	6	14171	14176	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	257792961
172	NC_013206	CAC	2	6	14190	14195	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	257792961
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204	NC_013206	GCG	2	6	18123	18128	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	257792965
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220	NC_013206	GAG	2	6	19425	19430	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	257792966
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222	NC_013206	TCT	2	6	19537	19542	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	257792966
223	NC_013206	GAC	2	6	19599	19604	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	257792966
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228	NC_013206	GAT	2	6	20055	20060	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	257792966
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233	NC_013206	CTT	4	12	20535	20546	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	257792966
234	NC_013206	CGA	2	6	20736	20741	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	257792967
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236	NC_013206	TCC	2	6	20855	20860	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	257792967
237	NC_013206	TCC	2	6	20879	20884	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	257792967
238	NC_013206	TCA	2	6	20927	20932	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	257792967
239	NC_013206	TCG	2	6	20934	20939	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	257792967
240	NC_013206	CGA	2	6	20952	20957	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	257792967
241	NC_013206	GCC	2	6	21102	21107	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	257792967
242	NC_013206	GCT	2	6	21216	21221	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	257792967
243	NC_013206	CCG	2	6	21308	21313	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	257792968
244	NC_013206	AAG	2	6	21463	21468	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	257792968
245	NC_013206	AAG	2	6	21474	21479	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	257792968
246	NC_013206	CGC	2	6	21757	21762	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	257792969
247	NC_013206	GTG	2	6	21768	21773	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	257792969
248	NC_013206	ATG	2	6	21793	21798	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	257792969
249	NC_013206	CGA	2	6	21894	21899	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	257792969
250	NC_013206	CTG	2	6	21901	21906	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	257792969
251	NC_013206	GAC	2	6	21966	21971	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	257792969
252	NC_013206	CCT	2	6	22031	22036	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	257792970
253	NC_013206	CCA	2	6	22166	22171	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	257792970
254	NC_013206	AAG	2	6	22210	22215	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	257792970
255	NC_013206	GAC	2	6	22230	22235	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	257792970
256	NC_013206	GCA	2	6	22785	22790	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	257792971
257	NC_013206	GGC	2	6	22855	22860	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	257792971
258	NC_013206	GTC	2	6	22864	22869	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	257792971
259	NC_013206	TCG	2	6	22919	22924	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	257792971
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