MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Tetra-nucleotide Non-Coding Repeats of Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1 chromosome

Total Repeats: 932

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_008340	CACC	2	8	29	36	25 %	0 %	0 %	75 %	Non-Coding
2	NC_008340	CCGC	2	8	1514	1521	0 %	0 %	25 %	75 %	Non-Coding
3	NC_008340	ATTG	2	8	1551	1558	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
4	NC_008340	TCCG	2	8	6370	6377	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
5	NC_008340	GATG	2	8	8953	8960	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
6	NC_008340	GGCC	2	8	15819	15826	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
7	NC_008340	CTGC	2	8	18132	18139	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
8	NC_008340	CTGC	2	8	18193	18200	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
9	NC_008340	CGGG	2	8	22724	22731	0 %	0 %	75 %	25 %	Non-Coding
10	NC_008340	TCGT	2	8	24834	24841	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
11	NC_008340	TGGC	2	8	38976	38983	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
12	NC_008340	CCCT	2	8	39181	39188	0 %	25 %	0 %	75 %	Non-Coding
13	NC_008340	CCAG	2	8	39267	39274	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
14	NC_008340	GTCG	2	8	39587	39594	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
15	NC_008340	GCCG	2	8	39683	39690	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
16	NC_008340	GGGC	2	8	48457	48464	0 %	0 %	75 %	25 %	Non-Coding
17	NC_008340	TGCG	2	8	49024	49031	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
18	NC_008340	GCTG	2	8	65227	65234	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
19	NC_008340	GAAG	2	8	65270	65277	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
20	NC_008340	AGCG	2	8	82386	82393	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
21	NC_008340	AAGG	2	8	82396	82403	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
22	NC_008340	GGTA	2	8	87325	87332	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
23	NC_008340	CGGG	2	8	89754	89761	0 %	0 %	75 %	25 %	Non-Coding
24	NC_008340	GCGG	2	8	97572	97579	0 %	0 %	75 %	25 %	Non-Coding
25	NC_008340	GCCC	2	8	97975	97982	0 %	0 %	25 %	75 %	Non-Coding
26	NC_008340	GCCC	2	8	98003	98010	0 %	0 %	25 %	75 %	Non-Coding
27	NC_008340	GGGT	2	8	102136	102143	0 %	25 %	75 %	0 %	Non-Coding
28	NC_008340	CGCA	2	8	102815	102822	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
29	NC_008340	GGGC	2	8	103132	103139	0 %	0 %	75 %	25 %	Non-Coding
30	NC_008340	GCCA	2	8	106161	106168	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
31	NC_008340	TGCC	2	8	114969	114976	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
32	NC_008340	AAGC	2	8	120151	120158	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
33	NC_008340	CCGC	2	8	126058	126065	0 %	0 %	25 %	75 %	Non-Coding
34	NC_008340	CTTT	2	8	126470	126477	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
35	NC_008340	TGAG	2	8	128889	128896	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
36	NC_008340	CGGT	2	8	130723	130730	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
37	NC_008340	CCGA	2	8	131415	131422	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
38	NC_008340	GCGT	2	8	140653	140660	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
39	NC_008340	AACC	2	8	140788	140795	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
40	NC_008340	CGTC	2	8	143810	143817	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
41	NC_008340	TTCC	2	8	145138	145145	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
42	NC_008340	AATC	2	8	148084	148091	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
43	NC_008340	TGCC	2	8	150598	150605	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
44	NC_008340	GTCC	2	8	171553	171560	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
45	NC_008340	AGCC	2	8	171817	171824	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
46	NC_008340	CCTG	2	8	172486	172493	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
47	NC_008340	GGTG	2	8	174824	174831	0 %	25 %	75 %	0 %	Non-Coding
48	NC_008340	CGGC	2	8	180279	180286	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
49	NC_008340	GACC	2	8	181664	181671	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
50	NC_008340	GTCA	2	8	181804	181811	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
51	NC_008340	GAGC	2	8	181959	181966	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
52	NC_008340	GACG	2	8	182122	182129	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
53	NC_008340	TCGC	2	8	191179	191186	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
54	NC_008340	GGAA	2	8	191193	191200	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
55	NC_008340	CCGC	2	8	196437	196444	0 %	0 %	25 %	75 %	Non-Coding
56	NC_008340	TTCC	2	8	199822	199829	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
57	NC_008340	CGGC	2	8	200899	200906	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
58	NC_008340	GGGC	2	8	209935	209942	0 %	0 %	75 %	25 %	Non-Coding
59	NC_008340	TCCA	2	8	216880	216887	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
60	NC_008340	ACAA	2	8	217874	217881	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
61	NC_008340	GGCT	2	8	223827	223834	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
62	NC_008340	GTCC	3	12	223907	223918	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
63	NC_008340	GGCG	2	8	225234	225241	0 %	0 %	75 %	25 %	Non-Coding
64	NC_008340	AGCC	2	8	226426	226433	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
65	NC_008340	GTCG	2	8	226685	226692	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
66	NC_008340	CGGC	2	8	237277	237284	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
67	NC_008340	CGGG	2	8	238939	238946	0 %	0 %	75 %	25 %	Non-Coding
68	NC_008340	GGCC	2	8	241139	241146	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
69	NC_008340	TTCG	2	8	245495	245502	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
70	NC_008340	GACA	2	8	260832	260839	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
71	NC_008340	CCCT	2	8	262550	262557	0 %	25 %	0 %	75 %	Non-Coding
72	NC_008340	CGGG	2	8	263879	263886	0 %	0 %	75 %	25 %	Non-Coding
73	NC_008340	GGGT	2	8	264380	264387	0 %	25 %	75 %	0 %	Non-Coding
74	NC_008340	TGCC	2	8	265040	265047	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
75	NC_008340	ACCG	2	8	269544	269551	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
76	NC_008340	ACCC	2	8	270621	270628	25 %	0 %	0 %	75 %	Non-Coding
77	NC_008340	GGGC	2	8	273999	274006	0 %	0 %	75 %	25 %	Non-Coding
78	NC_008340	TGGA	2	8	279425	279432	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
79	NC_008340	GCGG	2	8	279537	279544	0 %	0 %	75 %	25 %	Non-Coding
80	NC_008340	GGTG	2	8	282911	282918	0 %	25 %	75 %	0 %	Non-Coding
81	NC_008340	TGGC	2	8	283055	283062	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
82	NC_008340	GGCC	2	8	284235	284242	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
83	NC_008340	TTGA	2	8	288394	288401	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
84	NC_008340	GGCT	2	8	289755	289762	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
85	NC_008340	CGGG	2	8	291775	291782	0 %	0 %	75 %	25 %	Non-Coding
86	NC_008340	CCCA	2	8	295705	295712	25 %	0 %	0 %	75 %	Non-Coding
87	NC_008340	GTGG	2	8	305210	305217	0 %	25 %	75 %	0 %	Non-Coding
88	NC_008340	CGGC	2	8	307002	307009	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
89	NC_008340	GGAA	2	8	309937	309944	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
90	NC_008340	ATGG	2	8	313819	313826	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
91	NC_008340	CGGC	2	8	321600	321607	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
92	NC_008340	GAGG	2	8	329441	329448	25 %	0 %	75 %	0 %	Non-Coding
93	NC_008340	AGCA	2	8	329872	329879	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
94	NC_008340	ATCA	2	8	336057	336064	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
95	NC_008340	ATCG	2	8	346183	346190	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
96	NC_008340	CGGG	2	8	351938	351945	0 %	0 %	75 %	25 %	Non-Coding
97	NC_008340	CCGG	2	8	353401	353408	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
98	NC_008340	TGAC	2	8	356689	356696	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
99	NC_008340	GCCC	2	8	357159	357166	0 %	0 %	25 %	75 %	Non-Coding
100	NC_008340	CCGG	2	8	360514	360521	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
101	NC_008340	GCCG	2	8	360567	360574	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
102	NC_008340	TCGC	2	8	363805	363812	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
103	NC_008340	GGGC	2	8	363828	363835	0 %	0 %	75 %	25 %	Non-Coding
104	NC_008340	GGGC	2	8	367958	367965	0 %	0 %	75 %	25 %	Non-Coding
105	NC_008340	AGGG	2	8	367979	367986	25 %	0 %	75 %	0 %	Non-Coding
106	NC_008340	CCAG	2	8	369202	369209	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
107	NC_008340	TCGG	2	8	369332	369339	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
108	NC_008340	ACCG	2	8	370796	370803	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
109	NC_008340	ACTT	2	8	370939	370946	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
110	NC_008340	CGTT	2	8	371314	371321	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
111	NC_008340	AAAG	2	8	371437	371444	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
112	NC_008340	GCTT	2	8	371523	371530	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
113	NC_008340	GTTG	2	8	371802	371809	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
114	NC_008340	TGAT	2	8	371897	371904	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
115	NC_008340	CGAC	2	8	373299	373306	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
116	NC_008340	AGCG	2	8	373395	373402	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
117	NC_008340	GTGG	2	8	375096	375103	0 %	25 %	75 %	0 %	Non-Coding
118	NC_008340	GGGC	2	8	376058	376065	0 %	0 %	75 %	25 %	Non-Coding
119	NC_008340	GGCC	2	8	376406	376413	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
120	NC_008340	ACCC	2	8	378328	378335	25 %	0 %	0 %	75 %	Non-Coding
121	NC_008340	GCCT	2	8	381180	381187	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
122	NC_008340	TCGG	2	8	396285	396292	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
123	NC_008340	GGGC	2	8	411479	411486	0 %	0 %	75 %	25 %	Non-Coding
124	NC_008340	CGTG	2	8	411497	411504	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
125	NC_008340	TTGC	2	8	411511	411518	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
126	NC_008340	CGGC	2	8	411522	411529	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
127	NC_008340	CGGG	2	8	411555	411562	0 %	0 %	75 %	25 %	Non-Coding
128	NC_008340	GACC	2	8	413034	413041	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
129	NC_008340	CCGG	2	8	413104	413111	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
130	NC_008340	GCTG	2	8	414966	414973	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
131	NC_008340	CCTA	2	8	414984	414991	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
132	NC_008340	CGTC	2	8	418334	418341	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
133	NC_008340	GGCC	2	8	425183	425190	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
134	NC_008340	GCCG	2	8	426133	426140	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
135	NC_008340	GGCC	2	8	426270	426277	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
136	NC_008340	TGGA	2	8	428722	428729	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
137	NC_008340	CGTG	2	8	428769	428776	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
138	NC_008340	TCCG	2	8	428788	428795	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
139	NC_008340	TGAT	2	8	429007	429014	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
140	NC_008340	AAAC	2	8	429477	429484	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
141	NC_008340	CAAA	2	8	429659	429666	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
142	NC_008340	ATCA	2	8	432562	432569	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
143	NC_008340	GGTT	2	8	432578	432585	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
144	NC_008340	ACCC	2	8	435649	435656	25 %	0 %	0 %	75 %	Non-Coding
145	NC_008340	GGCA	2	8	439115	439122	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
146	NC_008340	CCGG	2	8	439187	439194	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
147	NC_008340	GGCC	2	8	441193	441200	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
148	NC_008340	CGGC	2	8	445307	445314	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
149	NC_008340	GGCC	2	8	445320	445327	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
150	NC_008340	GGTA	2	8	450300	450307	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
151	NC_008340	GCCT	2	8	467879	467886	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
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252	NC_008340	CGGC	2	8	819617	819624	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
253	NC_008340	CCGG	2	8	821696	821703	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
254	NC_008340	GAAC	2	8	828286	828293	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
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272	NC_008340	GTTT	2	8	888277	888284	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
273	NC_008340	AAGC	2	8	891926	891933	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
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282	NC_008340	CCGG	2	8	929503	929510	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
283	NC_008340	CTGG	2	8	929542	929549	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
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294	NC_008340	CCGT	2	8	972390	972397	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
295	NC_008340	CCAC	2	8	972426	972433	25 %	0 %	0 %	75 %	Non-Coding
296	NC_008340	GGTG	2	8	981952	981959	0 %	25 %	75 %	0 %	Non-Coding
297	NC_008340	CGGT	2	8	983070	983077	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
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443	NC_008340	GGGC	2	8	1502631	1502638	0 %	0 %	75 %	25 %	Non-Coding
444	NC_008340	GGGC	2	8	1504265	1504272	0 %	0 %	75 %	25 %	Non-Coding
445	NC_008340	TTTA	2	8	1506366	1506373	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
446	NC_008340	TGAA	2	8	1506447	1506454	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
447	NC_008340	CGGC	2	8	1506985	1506992	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
448	NC_008340	ACGC	2	8	1520277	1520284	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
449	NC_008340	GCTG	2	8	1520290	1520297	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
450	NC_008340	CCGT	2	8	1520430	1520437	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
451	NC_008340	GGAG	2	8	1520588	1520595	25 %	0 %	75 %	0 %	Non-Coding
452	NC_008340	TCCT	2	8	1527647	1527654	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
453	NC_008340	ATAA	2	8	1532464	1532471	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
454	NC_008340	GCTT	2	8	1538366	1538373	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
455	NC_008340	GTCC	2	8	1538422	1538429	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
456	NC_008340	CATC	2	8	1545582	1545589	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
457	NC_008340	TGGT	2	8	1558278	1558285	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
458	NC_008340	CTCG	2	8	1561637	1561644	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
459	NC_008340	CCCG	2	8	1561827	1561834	0 %	0 %	25 %	75 %	Non-Coding
460	NC_008340	TCCG	2	8	1563388	1563395	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
461	NC_008340	GGGA	2	8	1563449	1563456	25 %	0 %	75 %	0 %	Non-Coding
462	NC_008340	GGCC	2	8	1584011	1584018	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
463	NC_008340	ATAG	2	8	1588071	1588078	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
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465	NC_008340	GGCT	2	8	1588339	1588346	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
466	NC_008340	CTGG	2	8	1588418	1588425	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
467	NC_008340	CCCT	2	8	1588554	1588561	0 %	25 %	0 %	75 %	Non-Coding
468	NC_008340	TCAA	2	8	1588598	1588605	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
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470	NC_008340	CCAG	2	8	1596173	1596180	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
471	NC_008340	GACG	2	8	1602204	1602211	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
472	NC_008340	ACCG	2	8	1605254	1605261	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
473	NC_008340	CGGC	2	8	1609258	1609265	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
474	NC_008340	TACA	3	12	1616413	1616424	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
475	NC_008340	ATCC	2	8	1617177	1617184	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
476	NC_008340	GTTT	2	8	1617297	1617304	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
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479	NC_008340	CGCC	2	8	1621199	1621206	0 %	0 %	25 %	75 %	Non-Coding
480	NC_008340	GGCC	2	8	1626098	1626105	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
481	NC_008340	AGCC	2	8	1626128	1626135	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
482	NC_008340	CCGC	2	8	1630357	1630364	0 %	0 %	25 %	75 %	Non-Coding
483	NC_008340	GGCG	2	8	1630376	1630383	0 %	0 %	75 %	25 %	Non-Coding
484	NC_008340	CCGC	2	8	1631885	1631892	0 %	0 %	25 %	75 %	Non-Coding
485	NC_008340	GCCG	2	8	1634113	1634120	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
486	NC_008340	GCCC	2	8	1634137	1634144	0 %	0 %	25 %	75 %	Non-Coding
487	NC_008340	GGCC	2	8	1651058	1651065	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
488	NC_008340	CAAT	2	8	1654085	1654092	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
489	NC_008340	GCCA	3	12	1657446	1657457	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
490	NC_008340	AAGG	2	8	1660202	1660209	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
491	NC_008340	GCCG	2	8	1663199	1663206	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
492	NC_008340	ACCC	2	8	1670514	1670521	25 %	0 %	0 %	75 %	Non-Coding
493	NC_008340	AGTC	2	8	1685695	1685702	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
494	NC_008340	GCAC	2	8	1685717	1685724	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
495	NC_008340	CCGG	2	8	1694627	1694634	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
496	NC_008340	GCCC	2	8	1700108	1700115	0 %	0 %	25 %	75 %	Non-Coding
497	NC_008340	CAGG	2	8	1705209	1705216	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
498	NC_008340	TTAG	2	8	1706300	1706307	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
499	NC_008340	GGCC	2	8	1706427	1706434	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
500	NC_008340	GCCC	2	8	1708333	1708340	0 %	0 %	25 %	75 %	Non-Coding

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