MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Hexa-nucleotide Coding Repeats of Methanosarcina acetivorans C2A chromosome

Total Repeats: 1678

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
501	NC_003552	ATACAG	2	12	1785088	1785099	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	20090369
502	NC_003552	ATGTTA	2	12	1786543	1786554	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	20090369
503	NC_003552	TGGACC	2	12	1787187	1787198	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	20090369
504	NC_003552	AGTTAC	2	12	1788385	1788396	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	20090370
505	NC_003552	CTCCGA	2	12	1793130	1793141	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	20090375
506	NC_003552	TGTAAA	2	12	1795551	1795562	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	20090376
507	NC_003552	TCTTCG	2	12	1808894	1808905	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	20090389
508	NC_003552	GCTGTT	2	12	1810599	1810610	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	20090390
509	NC_003552	TCATCG	2	12	1817456	1817467	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	20090396
510	NC_003552	AAATGG	2	12	1824870	1824881	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	20090401
511	NC_003552	AAAACA	2	12	1825364	1825375	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	20090401
512	NC_003552	ATTGAT	2	12	1825387	1825398	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	20090401
513	NC_003552	AAAGGA	2	12	1833564	1833575	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	20090408
514	NC_003552	TACATT	2	12	1835090	1835101	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	20090410
515	NC_003552	ATCAGG	2	12	1840990	1841001	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	20090414
516	NC_003552	AACCCA	2	12	1844966	1844977	50 %	0 %	0 %	50 %	20090417
517	NC_003552	CAATTC	2	12	1847452	1847463	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	20090420
518	NC_003552	TTTTTC	2	12	1854194	1854205	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	20090423
519	NC_003552	AAGAGA	2	12	1858426	1858437	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	20090426
520	NC_003552	GCCTAC	2	12	1868703	1868714	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	20090434
521	NC_003552	ATTTCT	2	12	1877006	1877017	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	20090440
522	NC_003552	TCTTTT	2	12	1878137	1878148	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	20090440
523	NC_003552	TTCATG	2	12	1879416	1879427	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	20090441
524	NC_003552	TTGTGA	2	12	1880269	1880280	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	20090441
525	NC_003552	CCTCGG	2	12	1883445	1883456	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	20090442
526	NC_003552	GAGCTG	2	12	1884728	1884739	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	20090444
527	NC_003552	CGTAAT	2	12	1885901	1885912	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	20090445
528	NC_003552	TTTATT	2	12	1888782	1888793	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	20090447
529	NC_003552	TCTATA	2	12	1889769	1889780	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	20090448
530	NC_003552	TAATTT	2	12	1892170	1892181	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	20090449
531	NC_003552	TGTAGG	2	12	1895716	1895727	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	20090453
532	NC_003552	ACTGGA	2	12	1902985	1902996	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	20090461
533	NC_003552	TAAGGA	2	12	1905587	1905598	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	20090463
534	NC_003552	TACAGG	2	12	1905685	1905696	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	20090463
535	NC_003552	CTGTAC	2	12	1910429	1910440	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	20090467
536	NC_003552	TTCAAG	2	12	1917031	1917042	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	20090471
537	NC_003552	CAGGAG	2	12	1920685	1920696	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	20090471
538	NC_003552	ATGCAA	2	12	1924196	1924207	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	20090473
539	NC_003552	CTTGTC	2	12	1925330	1925341	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	20090474
540	NC_003552	TCCATG	2	12	1926054	1926065	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	20090474
541	NC_003552	TGGGCA	2	12	1926330	1926341	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	20090474
542	NC_003552	GAATGA	2	12	1937243	1937254	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	20090479
543	NC_003552	TCAGTT	2	12	1937683	1937694	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	20090479
544	NC_003552	CTGGGT	2	12	1939107	1939118	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	20090480
545	NC_003552	TATGGA	2	12	1943592	1943603	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	20090482
546	NC_003552	GAAAGT	2	12	1944936	1944947	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	20090483
547	NC_003552	AACTTA	2	12	1946656	1946667	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	20090483
548	NC_003552	GAACTT	2	12	1952163	1952174	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	20090485
549	NC_003552	CCCTAC	2	12	1953009	1953020	16.67 %	16.67 %	0 %	66.67 %	20090486
550	NC_003552	AATAAA	2	12	1953072	1953083	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	20090486
551	NC_003552	ATGCCA	2	12	1954365	1954376	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	20090487
552	NC_003552	CCCTGA	2	12	1957175	1957186	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	20090490
553	NC_003552	GGATCG	2	12	1957927	1957938	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	20090491
554	NC_003552	TTTCCA	2	12	1960676	1960687	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	20090493
555	NC_003552	TATTTT	2	12	1966748	1966759	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	20090495
556	NC_003552	AATTAA	2	12	1971631	1971642	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	20090498
557	NC_003552	ATCCAG	2	12	1978124	1978135	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	20090502
558	NC_003552	AATCCT	2	12	1978294	1978305	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	20090503
559	NC_003552	AGCCTC	2	12	1987954	1987965	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	20090509
560	NC_003552	CAAAAA	2	12	1992133	1992144	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	20090513
561	NC_003552	CTCAAC	2	12	2010971	2010982	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	20090529
562	NC_003552	GAAACG	2	12	2020096	2020107	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	20090535
563	NC_003552	TCCCTG	2	12	2021727	2021738	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	20090536
564	NC_003552	TTTTCT	2	12	2025461	2025472	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	20090539
565	NC_003552	ATTCCC	2	12	2028658	2028669	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	20090542
566	NC_003552	TTTAAT	2	12	2034686	2034697	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	20090549
567	NC_003552	ATTCCA	2	12	2035917	2035928	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	20090549
568	NC_003552	GTTTTG	2	12	2040243	2040254	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	20090553
569	NC_003552	GAAAAA	2	12	2044718	2044729	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	20090557
570	NC_003552	AGCTTG	2	12	2045291	2045302	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	20090558
571	NC_003552	CGGAAC	2	12	2048745	2048756	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	20090561
572	NC_003552	GGCAAA	2	12	2048848	2048859	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	20090561
573	NC_003552	AAAATC	2	12	2058886	2058897	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	20090569
574	NC_003552	ACCTCA	2	12	2068895	2068906	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	20090576
575	NC_003552	CCTGCA	2	12	2071160	2071171	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	20090578
576	NC_003552	CTGCAA	2	12	2072948	2072959	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	20090579
577	NC_003552	TGACCG	2	12	2074319	2074330	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	20090580
578	NC_003552	GTTTTT	2	12	2076225	2076236	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	20090581
579	NC_003552	CCATTT	2	12	2080930	2080941	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	20090587
580	NC_003552	TGCCAT	2	12	2081102	2081113	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	20090587
581	NC_003552	GCAGGA	2	12	2082584	2082595	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	20090588
582	NC_003552	TCATTC	2	12	2094258	2094269	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	20090594
583	NC_003552	CGAGCT	2	12	2096660	2096671	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	20090596
584	NC_003552	GGCGCT	2	12	2100122	2100133	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	20090599
585	NC_003552	TCGGAT	2	12	2101113	2101124	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	20090599
586	NC_003552	TCGCAG	2	12	2102307	2102318	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	20090600
587	NC_003552	GTTCAG	2	12	2103310	2103321	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	20090601
588	NC_003552	TTCGGG	2	12	2107404	2107415	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	20090604
589	NC_003552	TTCCGT	2	12	2109338	2109349	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	20090605
590	NC_003552	TTTGGA	2	12	2112243	2112254	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	20090605
591	NC_003552	CCATCT	2	12	2115048	2115059	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	20090606
592	NC_003552	CCCAGG	2	12	2124029	2124040	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	20090607
593	NC_003552	TTGCAT	2	12	2124752	2124763	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	20090607
594	NC_003552	TGTTAT	2	12	2129819	2129830	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	20090610
595	NC_003552	TCGGAA	2	12	2130051	2130062	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	20090610
596	NC_003552	TTCCGT	2	12	2133634	2133645	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	20090612
597	NC_003552	CCCATC	2	12	2136101	2136112	16.67 %	16.67 %	0 %	66.67 %	20090612
598	NC_003552	TTCCGT	2	12	2137854	2137865	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	20090613
599	NC_003552	TCCGTC	2	12	2137978	2137989	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	20090613
600	NC_003552	GTCAAC	2	12	2143027	2143038	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	20090613
601	NC_003552	CCCAGG	2	12	2143713	2143724	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	20090613
602	NC_003552	CCCAGG	2	12	2143962	2143973	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	20090613
603	NC_003552	CCCAGG	2	12	2144211	2144222	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	20090613
604	NC_003552	CCCAGG	2	12	2144460	2144471	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	20090613
605	NC_003552	CCCAGG	2	12	2145630	2145641	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	20090613
606	NC_003552	CCCAGG	2	12	2147289	2147300	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	20090613
607	NC_003552	GTTCCT	2	12	2149439	2149450	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	20090613
608	NC_003552	TCTGGC	2	12	2152814	2152825	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	20090615
609	NC_003552	AGTGTA	2	12	2153271	2153282	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	20090615
610	NC_003552	CCCAGG	2	12	2153870	2153881	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	20090615
611	NC_003552	CTGGTT	2	12	2153966	2153977	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	20090615
612	NC_003552	CTTTTA	2	12	2154428	2154439	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	20090615
613	NC_003552	TTCCGT	2	12	2156267	2156278	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	20090617
614	NC_003552	TCCGTC	2	12	2156391	2156402	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	20090617
615	NC_003552	TCTGTG	2	12	2158276	2158287	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	20090617
616	NC_003552	AGGTGT	2	12	2158640	2158651	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	20090617
617	NC_003552	GACATT	2	12	2160813	2160824	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	20090617
618	NC_003552	CTGCAG	2	12	2161292	2161303	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	20090617
619	NC_003552	GACATT	2	12	2165548	2165559	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	20090618
620	NC_003552	CTGTCT	2	12	2165976	2165987	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	20090618
621	NC_003552	GGACGT	2	12	2181221	2181232	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	20090627
622	NC_003552	CTTTTT	2	12	2184504	2184515	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	20090629
623	NC_003552	CTTTTT	2	12	2197498	2197509	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	20090640
624	NC_003552	AGGTGA	2	12	2197623	2197634	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	20090640
625	NC_003552	GAAGTC	2	12	2197886	2197897	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	20090640
626	NC_003552	CATCGA	2	12	2200005	2200016	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	20090641
627	NC_003552	CCGTGT	2	12	2201893	2201904	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	20090642
628	NC_003552	TTCAGG	2	12	2205685	2205696	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	20090645
629	NC_003552	ACGGCA	2	12	2210426	2210437	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	20090651
630	NC_003552	TTCCCC	2	12	2213521	2213532	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	20090652
631	NC_003552	GGAATC	2	12	2240077	2240088	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	20090672
632	NC_003552	ATCAAG	2	12	2251651	2251662	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	20090682
633	NC_003552	AACTGC	2	12	2254699	2254710	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	20090684
634	NC_003552	CAAAAT	2	12	2255088	2255099	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	20090684
635	NC_003552	TTATCT	2	12	2263392	2263403	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	20090689
636	NC_003552	TTCATC	2	12	2263856	2263867	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	20090689
637	NC_003552	TTTTCG	2	12	2263947	2263958	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	20090689
638	NC_003552	TGCTAT	2	12	2264414	2264425	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	20090689
639	NC_003552	AAATCT	2	12	2264619	2264630	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	20090689
640	NC_003552	TCTTTG	2	12	2264715	2264726	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	20090689
641	NC_003552	TGTCTT	2	12	2265178	2265189	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	20090689
642	NC_003552	TATCTG	2	12	2265740	2265751	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	20090689
643	NC_003552	TACGGT	2	12	2268000	2268011	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	20090690
644	NC_003552	AGTTCG	2	12	2268974	2268985	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	20090691
645	NC_003552	CCTGCT	2	12	2271598	2271609	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	20090692
646	NC_003552	AAAACC	2	12	2271907	2271918	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	20090692
647	NC_003552	CAGTTT	2	12	2273384	2273395	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	20090694
648	NC_003552	ATCGTA	2	12	2274773	2274784	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	20090694
649	NC_003552	ATCATA	2	12	2275934	2275945	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	20090694
650	NC_003552	TTTTCC	2	12	2276568	2276579	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	20090694
651	NC_003552	TCAGCT	2	12	2284602	2284613	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	20090703
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653	NC_003552	CTCTAT	2	12	2290985	2290996	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	20090708
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657	NC_003552	TTGCAA	2	12	2297338	2297349	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	20090712
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682	NC_003552	TTGATA	2	12	2387111	2387122	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	20090782
683	NC_003552	TTAACC	2	12	2388701	2388712	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	20090784
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695	NC_003552	CCTTGA	2	12	2411188	2411199	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	20090798
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698	NC_003552	TACCTG	2	12	2415902	2415913	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	20090802
699	NC_003552	TGACGG	2	12	2421399	2421410	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	20090806
700	NC_003552	TGCAGG	2	12	2421443	2421454	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	20090806
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702	NC_003552	CAAGTG	2	12	2439257	2439268	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	20090821
703	NC_003552	AAAAGC	2	12	2447659	2447670	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	20090827
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705	NC_003552	TCCCCT	2	12	2451298	2451309	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	20090830
706	NC_003552	GTGCTT	2	12	2451809	2451820	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	20090830
707	NC_003552	TGAAAA	2	12	2454304	2454315	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	20090831
708	NC_003552	TGAAAA	2	12	2454832	2454843	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	20090832
709	NC_003552	ATGGGT	2	12	2455025	2455036	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	20090832
710	NC_003552	GGAAAA	2	12	2461547	2461558	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	20090837
711	NC_003552	CAGGCA	2	12	2462041	2462052	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	20090837
712	NC_003552	CAGAAA	2	12	2464389	2464400	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	20090837
713	NC_003552	CTCCGG	2	12	2476975	2476986	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	20090848
714	NC_003552	TTGTAA	2	12	2477583	2477594	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	20090848
715	NC_003552	ATCGGG	2	12	2484757	2484768	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	20090851
716	NC_003552	GGAAAT	2	12	2491991	2492002	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	20090856
717	NC_003552	TCCAGG	2	12	2495653	2495664	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	20090861
718	NC_003552	AGCCCG	2	12	2496337	2496348	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	20090861
719	NC_003552	TAAAAT	2	12	2502030	2502041	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	20090864
720	NC_003552	CTTTTT	2	12	2507300	2507311	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	20090867
721	NC_003552	AGCCGC	2	12	2512493	2512504	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	20090870
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723	NC_003552	GTAAAA	2	12	2515365	2515376	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	20090872
724	NC_003552	CTTCTG	2	12	2522548	2522559	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	20090880
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833	NC_003552	TTAAAT	2	12	2931255	2931266	50 %	50 %	0 %	0 %	20091203
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