MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Tri-nucleotide Coding Repeats of Sinorhizobium fredii HH103 plasmid pSfHH103d partial sequence

Total Repeats: 101

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NT_187150	CTT	2	6	266	271	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	399912628
2	NT_187150	ATC	2	6	383	388	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	399912628
3	NT_187150	GCA	2	6	581	586	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	399912628
4	NT_187150	GCC	2	6	602	607	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	399912628
5	NT_187150	GCC	2	6	682	687	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	399912628
6	NT_187150	CTG	2	6	785	790	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	399912628
7	NT_187150	CTT	2	6	941	946	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	399912628
8	NT_187150	GTT	2	6	955	960	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	399912628
9	NT_187150	GCT	2	6	1019	1024	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	399912628
10	NT_187150	CCG	2	6	1033	1038	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	399912628
11	NT_187150	CGA	2	6	1149	1154	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	399912628
12	NT_187150	GAG	2	6	1168	1173	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	399912628
13	NT_187150	CTT	2	6	1199	1204	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	399912628
14	NT_187150	TGC	2	6	1258	1263	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	399912628
15	NT_187150	AGG	2	6	1314	1319	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	399912628
16	NT_187150	AGC	2	6	1365	1370	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	399912628
17	NT_187150	TCG	2	6	1407	1412	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	399912628
18	NT_187150	GAT	2	6	1414	1419	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	399912628
19	NT_187150	ATG	2	6	1548	1553	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	399912628
20	NT_187150	CGT	2	6	1611	1616	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	399912628
21	NT_187150	CGT	2	6	1648	1653	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	399912628
22	NT_187150	CCG	2	6	1656	1661	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	399912628
23	NT_187150	CCG	2	6	1702	1707	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	399912628
24	NT_187150	ATG	2	6	1844	1849	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	399912628
25	NT_187150	CGA	2	6	1851	1856	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	399912628
26	NT_187150	GCT	2	6	1909	1914	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	399912628
27	NT_187150	GCA	2	6	1915	1920	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	399912628
28	NT_187150	CGA	2	6	2031	2036	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	399912628
29	NT_187150	GAG	2	6	2222	2227	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	399912628
30	NT_187150	GAA	2	6	2297	2302	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	399912628
31	NT_187150	GCA	2	6	2349	2354	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	399912628
32	NT_187150	CAG	2	6	2595	2600	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	399912628
33	NT_187150	CGA	2	6	2886	2891	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	399912628
34	NT_187150	CAC	2	6	2997	3002	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	399912628
35	NT_187150	TCG	2	6	3040	3045	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	399912628
36	NT_187150	GAG	2	6	3326	3331	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	399912628
37	NT_187150	CCA	2	6	3398	3403	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	399912628
38	NT_187150	GAC	2	6	3446	3451	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	399912628
39	NT_187150	CTA	2	6	3472	3477	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	399912628
40	NT_187150	GGC	2	6	3490	3495	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	399912628
41	NT_187150	CGA	2	6	3761	3766	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	399912629
42	NT_187150	CCG	2	6	3886	3891	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	399912629
43	NT_187150	CAC	2	6	3933	3938	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	399912629
44	NT_187150	CGA	2	6	4046	4051	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	399912629
45	NT_187150	CGA	2	6	4497	4502	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	399912630
46	NT_187150	AGA	2	6	4547	4552	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	399912630
47	NT_187150	GCT	2	6	4599	4604	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	399912630
48	NT_187150	ATG	2	6	4761	4766	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	399912631
49	NT_187150	TTG	2	6	4810	4815	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	399912631
50	NT_187150	GAC	2	6	4878	4883	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	399912631
51	NT_187150	AAT	2	6	4893	4898	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	399912631
52	NT_187150	CCA	2	6	5056	5061	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	399912631
53	NT_187150	GTC	2	6	5412	5417	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	399912631
54	NT_187150	GGT	2	6	5428	5433	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	399912631
55	NT_187150	AAT	2	6	5442	5447	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	399912631
56	NT_187150	GGC	2	6	5604	5609	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	399912631
57	NT_187150	CTG	2	6	5781	5786	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	399912631
58	NT_187150	TCG	2	6	5846	5851	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	399912631
59	NT_187150	GTG	2	6	5880	5885	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	399912631
60	NT_187150	CGT	2	6	5930	5935	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	399912631
61	NT_187150	AGC	2	6	6545	6550	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	399912632
62	NT_187150	TGA	2	6	6562	6567	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	399912632
63	NT_187150	GGT	2	6	6717	6722	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	399912632
64	NT_187150	CTT	2	6	6723	6728	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	399912632
65	NT_187150	GAT	2	6	6822	6827	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	399912632
66	NT_187150	ATC	2	6	6852	6857	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	399912632
67	NT_187150	TGG	2	6	6955	6960	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	399912633
68	NT_187150	GCG	2	6	6970	6975	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	399912633
69	NT_187150	TCG	2	6	7065	7070	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	399912633
70	NT_187150	GGC	2	6	7090	7095	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	399912633
71	NT_187150	CCA	2	6	7174	7179	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	399912633
72	NT_187150	GCG	2	6	7269	7274	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	399912633
73	NT_187150	GGT	2	6	7396	7401	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	399912633
74	NT_187150	CAT	2	6	7436	7441	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	399912633
75	NT_187150	TGC	2	6	7482	7487	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	399912633
76	NT_187150	GGC	2	6	7535	7540	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	399912633
77	NT_187150	CGC	2	6	7597	7602	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	399912633
78	NT_187150	CGG	2	6	7609	7614	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	399912633
79	NT_187150	GCC	2	6	7784	7789	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	399912633
80	NT_187150	GCT	2	6	7857	7862	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	399912633
81	NT_187150	GAA	2	6	7980	7985	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	399912633
82	NT_187150	GAC	2	6	8069	8074	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	399912633
83	NT_187150	ACC	2	6	8124	8129	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	399912633
84	NT_187150	GAA	2	6	8211	8216	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	399912633
85	NT_187150	CAC	2	6	8231	8236	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	399912633
86	NT_187150	CTG	2	6	8346	8351	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	399912633
87	NT_187150	TCG	2	6	8452	8457	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	399912633
88	NT_187150	CTT	2	6	8501	8506	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	399912633
89	NT_187150	CAC	2	6	8591	8596	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	399912634
90	NT_187150	ATA	2	6	8704	8709	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	399912634
91	NT_187150	TCT	2	6	8713	8718	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	399912634
92	NT_187150	CAA	2	6	8726	8731	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	399912634
93	NT_187150	AGC	2	6	8783	8788	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	399912634
94	NT_187150	TGC	2	6	8831	8836	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	399912634
95	NT_187150	GGC	3	9	8978	8986	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	399912634
96	NT_187150	GCA	2	6	8987	8992	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	399912634
97	NT_187150	AAG	2	6	9022	9027	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	399912634
98	NT_187150	ACG	2	6	9031	9036	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	399912634
99	NT_187150	GGA	2	6	9435	9440	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	399912634
100	NT_187150	TGC	2	6	9503	9508	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	399912634
101	NT_187150	CCA	2	6	9685	9690	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	399912634

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.