MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Repeats of Sinorhizobium fredii HH103 plasmid pSfHH103d partial sequence

Total Repeats: 40

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NT_187149	CCTTT	2	10	2184	2193	0 %	60 %	0 %	40 %	399995570
2	NT_187149	TCGTT	2	10	2219	2228	0 %	60 %	20 %	20 %	399995570
3	NT_187149	CATGC	2	10	4632	4641	20 %	20 %	20 %	40 %	399995571
4	NT_187149	CCAGC	2	10	5220	5229	20 %	0 %	20 %	60 %	399995573
5	NT_187149	GATTT	2	10	5545	5554	20 %	60 %	20 %	0 %	399995573
6	NT_187149	TTGAT	2	10	5726	5735	20 %	60 %	20 %	0 %	399995573
7	NT_187149	CGCTG	2	10	6078	6087	0 %	20 %	40 %	40 %	399995574
8	NT_187149	CCGGA	2	10	10952	10961	20 %	0 %	40 %	40 %	399995580
9	NT_187149	TGAGC	2	10	12148	12157	20 %	20 %	40 %	20 %	399995582
10	NT_187149	GCAAC	2	10	14982	14991	40 %	0 %	20 %	40 %	399995585
11	NT_187149	AGCCG	2	10	15423	15432	20 %	0 %	40 %	40 %	399995585
12	NT_187149	GCCGT	2	10	16584	16593	0 %	20 %	40 %	40 %	399995586
13	NT_187149	GCGAA	2	10	16806	16815	40 %	0 %	40 %	20 %	399995586
14	NT_187149	TTCAT	2	10	17068	17077	20 %	60 %	0 %	20 %	399995587
15	NT_187149	CCAAT	2	10	17307	17316	40 %	20 %	0 %	40 %	399995587
16	NT_187149	TGCGC	2	10	19463	19472	0 %	20 %	40 %	40 %	399995590
17	NT_187149	TTTCC	2	10	19703	19712	0 %	60 %	0 %	40 %	399995590
18	NT_187149	CCGCT	2	10	20440	20449	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
19	NT_187149	AAGGT	2	10	20622	20631	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
20	NT_187149	TGCCT	2	10	26217	26226	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
21	NT_187149	AAATC	2	10	26296	26305	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
22	NT_187149	TCCGG	2	10	26504	26513	0 %	20 %	40 %	40 %	399995598
23	NT_187149	CTTTC	2	10	26943	26952	0 %	60 %	0 %	40 %	399995600
24	NT_187149	GATTG	2	10	30288	30297	20 %	40 %	40 %	0 %	399995605
25	NT_187149	GATCC	2	10	31086	31095	20 %	20 %	20 %	40 %	399995606
26	NT_187149	GCGCC	2	10	31114	31123	0 %	0 %	40 %	60 %	399995606
27	NT_187149	AAGCC	2	10	32059	32068	40 %	0 %	20 %	40 %	399995606
28	NT_187149	ATCGG	2	10	34878	34887	20 %	20 %	40 %	20 %	399995609
29	NT_187149	CTCCC	2	10	34951	34960	0 %	20 %	0 %	80 %	399995609
30	NT_187149	TTGGA	2	10	35396	35405	20 %	40 %	40 %	0 %	399995610
31	NT_187149	CGCTG	2	10	35958	35967	0 %	20 %	40 %	40 %	399995610
32	NT_187149	CCGGC	2	10	36700	36709	0 %	0 %	40 %	60 %	399995611
33	NT_187149	CCCCT	2	10	37150	37159	0 %	20 %	0 %	80 %	399995613
34	NT_187149	CGAGG	2	10	38458	38467	20 %	0 %	60 %	20 %	399995614
35	NT_187149	GGCGG	2	10	38544	38553	0 %	0 %	80 %	20 %	399995615
36	NT_187149	GCGTC	2	10	39227	39236	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
37	NT_187149	GCATG	2	10	42620	42629	20 %	20 %	40 %	20 %	399995618
38	NT_187149	CGGGC	2	10	45656	45665	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
39	NT_187149	CGGAG	2	10	46190	46199	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
40	NT_187149	TCCGC	2	10	47144	47153	0 %	20 %	20 %	60 %	399995623

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.