MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Tetra-nucleotide Repeats of Sinorhizobium fredii HH103 plasmid pSfHH103d partial sequence

Total Repeats: 106

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NT_187149	TCGG	2	8	540	547	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
2	NT_187149	CAAG	2	8	1297	1304	50 %	0 %	25 %	25 %	399995568
3	NT_187149	CGGA	2	8	1528	1535	25 %	0 %	50 %	25 %	399995568
4	NT_187149	ACCG	2	8	1617	1624	25 %	0 %	25 %	50 %	399995568
5	NT_187149	CGAT	2	8	2291	2298	25 %	25 %	25 %	25 %	399995570
6	NT_187149	CGTC	2	8	2702	2709	0 %	25 %	25 %	50 %	399995570
7	NT_187149	CGAT	2	8	3000	3007	25 %	25 %	25 %	25 %	399995570
8	NT_187149	CAAT	2	8	3292	3299	50 %	25 %	0 %	25 %	399995570
9	NT_187149	CGAC	2	8	3882	3889	25 %	0 %	25 %	50 %	399995570
10	NT_187149	AATC	2	8	4097	4104	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
11	NT_187149	TCGC	2	8	4240	4247	0 %	25 %	25 %	50 %	399995571
12	NT_187149	GCAG	2	8	4296	4303	25 %	0 %	50 %	25 %	399995571
13	NT_187149	GGCA	2	8	4875	4882	25 %	0 %	50 %	25 %	399995572
14	NT_187149	ATTG	2	8	5196	5203	25 %	50 %	25 %	0 %	399995573
15	NT_187149	CCCG	2	8	5280	5287	0 %	0 %	25 %	75 %	399995573
16	NT_187149	GCCG	2	8	5474	5481	0 %	0 %	50 %	50 %	399995573
17	NT_187149	ATCA	2	8	7292	7299	50 %	25 %	0 %	25 %	399995575
18	NT_187149	AGGA	2	8	7365	7372	50 %	0 %	50 %	0 %	399995575
19	NT_187149	GAAG	2	8	7720	7727	50 %	0 %	50 %	0 %	399995576
20	NT_187149	GCTC	2	8	7767	7774	0 %	25 %	25 %	50 %	399995576
21	NT_187149	CGCC	2	8	7882	7889	0 %	0 %	25 %	75 %	399995577
22	NT_187149	GCTG	2	8	8839	8846	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
23	NT_187149	GCGG	2	8	9513	9520	0 %	0 %	75 %	25 %	399995579
24	NT_187149	CGGC	2	8	10131	10138	0 %	0 %	50 %	50 %	399995580
25	NT_187149	CGGC	2	8	10289	10296	0 %	0 %	50 %	50 %	399995580
26	NT_187149	CTCG	2	8	11030	11037	0 %	25 %	25 %	50 %	399995580
27	NT_187149	GCAC	2	8	13289	13296	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
28	NT_187149	TTGC	2	8	13512	13519	0 %	50 %	25 %	25 %	399995583
29	NT_187149	TCAT	2	8	13964	13971	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
30	NT_187149	CTTC	2	8	14315	14322	0 %	50 %	0 %	50 %	399995584
31	NT_187149	AAGG	2	8	14323	14330	50 %	0 %	50 %	0 %	399995584
32	NT_187149	GATC	2	8	14506	14513	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
33	NT_187149	ACCT	2	8	15307	15314	25 %	25 %	0 %	50 %	399995585
34	NT_187149	TCGA	2	8	15726	15733	25 %	25 %	25 %	25 %	399995586
35	NT_187149	CTCA	2	8	16072	16079	25 %	25 %	0 %	50 %	399995586
36	NT_187149	CGAA	2	8	16159	16166	50 %	0 %	25 %	25 %	399995586
37	NT_187149	GCCT	2	8	17499	17506	0 %	25 %	25 %	50 %	399995587
38	NT_187149	CGCC	2	8	17664	17671	0 %	0 %	25 %	75 %	Non-Coding
39	NT_187149	CCCA	2	8	17853	17860	25 %	0 %	0 %	75 %	Non-Coding
40	NT_187149	CGGC	2	8	18053	18060	0 %	0 %	50 %	50 %	399995588
41	NT_187149	TGAT	2	8	18103	18110	25 %	50 %	25 %	0 %	399995588
42	NT_187149	TGCT	2	8	18459	18466	0 %	50 %	25 %	25 %	399995588
43	NT_187149	GCTC	2	8	20600	20607	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
44	NT_187149	GATT	2	8	21349	21356	25 %	50 %	25 %	0 %	399995591
45	NT_187149	CGAC	2	8	21531	21538	25 %	0 %	25 %	50 %	399995591
46	NT_187149	GCAC	2	8	21597	21604	25 %	0 %	25 %	50 %	399995591
47	NT_187149	CTGC	2	8	21733	21740	0 %	25 %	25 %	50 %	399995591
48	NT_187149	AAGG	2	8	21836	21843	50 %	0 %	50 %	0 %	399995591
49	NT_187149	GGCG	2	8	23203	23210	0 %	0 %	75 %	25 %	399995591
50	NT_187149	CGCC	2	8	23374	23381	0 %	0 %	25 %	75 %	399995591
51	NT_187149	AGTG	2	8	23430	23437	25 %	25 %	50 %	0 %	399995591
52	NT_187149	TGTT	2	8	23496	23503	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
53	NT_187149	ATCG	2	8	24689	24696	25 %	25 %	25 %	25 %	399995593
54	NT_187149	ACGA	2	8	24961	24968	50 %	0 %	25 %	25 %	399995594
55	NT_187149	CGTC	2	8	25010	25017	0 %	25 %	25 %	50 %	399995594
56	NT_187149	GAAA	2	8	25197	25204	75 %	0 %	25 %	0 %	399995594
57	NT_187149	GCTC	2	8	25253	25260	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
58	NT_187149	GGCG	2	8	26060	26067	0 %	0 %	75 %	25 %	399995597
59	NT_187149	GAGC	2	8	27328	27335	25 %	0 %	50 %	25 %	399995600
60	NT_187149	CGGA	2	8	27677	27684	25 %	0 %	50 %	25 %	399995601
61	NT_187149	GGCG	2	8	28667	28674	0 %	0 %	75 %	25 %	399995602
62	NT_187149	TCGA	2	8	29090	29097	25 %	25 %	25 %	25 %	399995603
63	NT_187149	GATG	2	8	30529	30536	25 %	25 %	50 %	0 %	399995605
64	NT_187149	ACAT	2	8	31551	31558	50 %	25 %	0 %	25 %	399995606
65	NT_187149	TCCT	2	8	32021	32028	0 %	50 %	0 %	50 %	399995606
66	NT_187149	AACG	2	8	32079	32086	50 %	0 %	25 %	25 %	399995606
67	NT_187149	GCTG	2	8	32891	32898	0 %	25 %	50 %	25 %	399995608
68	NT_187149	ACCG	2	8	33012	33019	25 %	0 %	25 %	50 %	399995608
69	NT_187149	CAGC	2	8	34017	34024	25 %	0 %	25 %	50 %	399995609
70	NT_187149	CGAC	2	8	34578	34585	25 %	0 %	25 %	50 %	399995609
71	NT_187149	GCGT	2	8	34647	34654	0 %	25 %	50 %	25 %	399995609
72	NT_187149	TGCT	2	8	35162	35169	0 %	50 %	25 %	25 %	399995609
73	NT_187149	CTCG	2	8	35181	35188	0 %	25 %	25 %	50 %	399995609
74	NT_187149	GGCA	2	8	36097	36104	25 %	0 %	50 %	25 %	399995610
75	NT_187149	ACAT	2	8	37277	37284	50 %	25 %	0 %	25 %	399995613
76	NT_187149	ATTC	2	8	37503	37510	25 %	50 %	0 %	25 %	399995613
77	NT_187149	GCTT	2	8	37688	37695	0 %	50 %	25 %	25 %	399995614
78	NT_187149	TCGG	2	8	37835	37842	0 %	25 %	50 %	25 %	399995614
79	NT_187149	AAGG	2	8	38793	38800	50 %	0 %	50 %	0 %	399995615
80	NT_187149	GCAG	2	8	38905	38912	25 %	0 %	50 %	25 %	399995615
81	NT_187149	CAGG	2	8	39384	39391	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
82	NT_187149	GTCG	2	8	40272	40279	0 %	25 %	50 %	25 %	399995616
83	NT_187149	CGAT	2	8	40499	40506	25 %	25 %	25 %	25 %	399995616
84	NT_187149	ATCC	2	8	40766	40773	25 %	25 %	0 %	50 %	399995616
85	NT_187149	GCAG	2	8	41202	41209	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
86	NT_187149	CGCA	2	8	41259	41266	25 %	0 %	25 %	50 %	399995617
87	NT_187149	GCTC	2	8	41316	41323	0 %	25 %	25 %	50 %	399995617
88	NT_187149	GTTC	2	8	41400	41407	0 %	50 %	25 %	25 %	399995617
89	NT_187149	TCCT	2	8	41914	41921	0 %	50 %	0 %	50 %	399995617
90	NT_187149	GGAA	2	8	42177	42184	50 %	0 %	50 %	0 %	399995617
91	NT_187149	TCGA	2	8	42738	42745	25 %	25 %	25 %	25 %	399995618
92	NT_187149	TGGT	2	8	43937	43944	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
93	NT_187149	AGGG	2	8	44070	44077	25 %	0 %	75 %	0 %	Non-Coding
94	NT_187149	GCCG	2	8	44363	44370	0 %	0 %	50 %	50 %	399995619
95	NT_187149	TTCG	2	8	44548	44555	0 %	50 %	25 %	25 %	399995619
96	NT_187149	AGGC	2	8	44827	44834	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
97	NT_187149	GCTT	2	8	46144	46151	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
98	NT_187149	CGCC	2	8	46237	46244	0 %	0 %	25 %	75 %	Non-Coding
99	NT_187149	GAAG	2	8	46268	46275	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
100	NT_187149	CGGA	2	8	46681	46688	25 %	0 %	50 %	25 %	399995623
101	NT_187149	CGGC	2	8	46824	46831	0 %	0 %	50 %	50 %	399995623
102	NT_187149	CCGC	2	8	46889	46896	0 %	0 %	25 %	75 %	399995623
103	NT_187149	CCGG	2	8	47069	47076	0 %	0 %	50 %	50 %	399995623
104	NT_187149	GCCG	2	8	47105	47112	0 %	0 %	50 %	50 %	399995623
105	NT_187149	ATCG	2	8	47226	47233	25 %	25 %	25 %	25 %	399995623
106	NT_187149	AGCG	2	8	47242	47249	25 %	0 %	50 %	25 %	399995623

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.