MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Hexa-nucleotide Coding Repeats of Sinorhizobium fredii HH103 plasmid pSfHH103d partial sequence

Total Repeats: 91

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NT_187148	CTCGAA	2	12	782	793	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	399995316
2	NT_187148	TTGTCG	2	12	4324	4335	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	399995321
3	NT_187148	TGAGCG	2	12	4970	4981	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	399995321
4	NT_187148	GCCGTT	2	12	6834	6845	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	399995324
5	NT_187148	TGTCCA	2	12	9361	9372	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	399995327
6	NT_187148	ACCGGG	2	12	9803	9814	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	399995327
7	NT_187148	TCCACG	2	12	10830	10841	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	399995330
8	NT_187148	GAAGGC	2	12	15514	15525	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	399995336
9	NT_187148	TGCACG	2	12	16557	16568	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	399995337
10	NT_187148	GCCGCG	2	12	17918	17929	0 %	0 %	50 %	50 %	399995338
11	NT_187148	ATCCCG	2	12	19111	19122	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	399995339
12	NT_187148	GATCGA	2	12	19729	19740	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	399995340
13	NT_187148	CCTCGA	2	12	20086	20097	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	399995340
14	NT_187148	CGCGAT	2	12	24449	24460	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	399995345
15	NT_187148	CGCCAA	2	12	30263	30274	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	399995353
16	NT_187148	GGACAA	2	12	31828	31839	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	399995353
17	NT_187148	GGCCGC	2	12	33007	33018	0 %	0 %	50 %	50 %	399995354
18	NT_187148	GCTTCC	2	12	35809	35820	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	399995357
19	NT_187148	GCAGAT	2	12	40513	40524	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	399995361
20	NT_187148	AGCATC	2	12	43790	43801	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	399995368
21	NT_187148	GCTTCC	2	12	44189	44200	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	399995368
22	NT_187148	ATGGCC	2	12	46076	46087	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	399995370
23	NT_187148	TCGACG	2	12	48088	48099	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	399995374
24	NT_187148	CAGCGG	2	12	55433	55444	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	399995384
25	NT_187148	TGACCG	2	12	56560	56571	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	399995384
26	NT_187148	ATACAG	2	12	59071	59082	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	399995389
27	NT_187148	GAGTTT	2	12	59507	59518	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	399995389
28	NT_187148	GGCGTC	2	12	62674	62685	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	399995391
29	NT_187148	GACGGC	2	12	63884	63895	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	399995391
30	NT_187148	CCTCGA	2	12	69331	69342	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	399995392
31	NT_187148	CGGGAA	2	12	69364	69375	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	399995392
32	NT_187148	GGCATA	2	12	72073	72084	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	399995396
33	NT_187148	AACGGA	2	12	72550	72561	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	399995396
34	NT_187148	TGGCCG	2	12	75032	75043	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	399995400
35	NT_187148	CATTCC	2	12	76007	76018	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	399995401
36	NT_187148	CGGTCT	2	12	89493	89504	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	399995414
37	NT_187148	ATCGCA	2	12	90497	90508	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	399995415
38	NT_187148	GGTCGA	2	12	93043	93054	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	399995418
39	NT_187148	TCGCCG	2	12	94999	95010	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	399995420
40	NT_187148	GCCCCG	2	12	95242	95253	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	399995420
41	NT_187148	GCCTCG	2	12	95485	95496	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	399995420
42	NT_187148	CCAAGT	2	12	98056	98067	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	399995422
43	NT_187148	TTCGAT	2	12	99047	99058	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	399995422
44	NT_187148	TCGAAG	2	12	104626	104637	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	399995428
45	NT_187148	ACACAG	2	12	105459	105470	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	399995429
46	NT_187148	ATGGGC	2	12	125509	125520	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	399995442
47	NT_187148	CCGCGG	2	12	128582	128593	0 %	0 %	50 %	50 %	399995447
48	NT_187148	AAGCAT	2	12	134934	134945	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	399995454
49	NT_187148	CATGGA	2	12	135320	135331	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	399995455
50	NT_187148	GTAGCC	2	12	136761	136772	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	399995455
51	NT_187148	CGGCGA	2	12	144738	144749	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	399995464
52	NT_187148	CTGTTT	2	12	145016	145027	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	399995465
53	NT_187148	CCGTAG	2	12	145329	145340	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	399995466
54	NT_187148	GAAGGA	2	12	148628	148639	50 %	0 %	50 %	0 %	399995469
55	NT_187148	GATCAC	2	12	149908	149919	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	399995471
56	NT_187148	AGCTTC	2	12	150508	150519	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	399995472
57	NT_187148	TTCGGC	2	12	157243	157254	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	399995479
58	NT_187148	GACGAG	2	12	160002	160013	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	399995482
59	NT_187148	ATCGCG	2	12	160243	160254	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	399995482
60	NT_187148	GCTGGC	2	12	160325	160336	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	399995482
61	NT_187148	TGTGGA	2	12	161008	161019	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	399995483
62	NT_187148	GTCCTC	2	12	162391	162402	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	399995484
63	NT_187148	TCGACG	2	12	162863	162874	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	399995484
64	NT_187148	GTCGAG	2	12	163408	163419	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	399995484
65	NT_187148	CGGTCG	2	12	164877	164888	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	399995484
66	NT_187148	CACGAG	2	12	169040	169051	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	399995489
67	NT_187148	GCAGAT	2	12	170427	170438	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	399995489
68	NT_187148	CGATGG	2	12	173140	173151	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	399995490
69	NT_187148	ACTCGA	2	12	176526	176537	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	399995492
70	NT_187148	AGCCAG	2	12	176546	176557	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	399995492
71	NT_187148	GGCTTG	2	12	179881	179892	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	399995494
72	NT_187148	AGTCGG	2	12	183304	183315	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	399995498
73	NT_187148	TCGTCA	2	12	183849	183860	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	399995498
74	NT_187148	GATCTT	2	12	185334	185345	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	399995499
75	NT_187148	AGCTTC	2	12	185679	185690	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	399995500
76	NT_187148	CTGGTC	2	12	190991	191002	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	399995506
77	NT_187148	GCTGGT	2	12	192542	192553	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	399995506
78	NT_187148	CAGTTC	2	12	201398	201409	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	399995517
79	NT_187148	TGCACA	2	12	202090	202101	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	399995517
80	NT_187148	TGCCGA	2	12	209392	209403	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	399995521
81	NT_187148	TCGAGC	2	12	210327	210338	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	399995522
82	NT_187148	GGCACC	2	12	212541	212552	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	399995526
83	NT_187148	ACGCGG	2	12	215061	215072	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	399995530
84	NT_187148	GCCAGC	2	12	216102	216113	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	399995530
85	NT_187148	ATCTCC	2	12	216569	216580	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	399995532
86	NT_187148	TGCAGC	2	12	218473	218484	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	399995534
87	NT_187148	GCGCCG	2	12	221717	221728	0 %	0 %	50 %	50 %	399995535
88	NT_187148	GGTGCG	2	12	224786	224797	0 %	16.67 %	66.67 %	16.67 %	399995538
89	NT_187148	GCCGTT	2	12	236992	237003	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	399995553
90	NT_187148	GCATCA	2	12	239284	239295	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	399995556
91	NT_187148	AGGGAG	2	12	245847	245858	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	399995563

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.