MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Tetra-nucleotide Non-Coding Repeats of Sinorhizobium fredii HH103 plasmid pSfHH103d partial sequence

Total Repeats: 93

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NT_187148	AAAC	2	8	9236	9243	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
2	NT_187148	ACGC	2	8	14911	14918	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
3	NT_187148	CAAA	2	8	21674	21681	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
4	NT_187148	CGTA	2	8	22989	22996	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
5	NT_187148	CCCG	2	8	37648	37655	0 %	0 %	25 %	75 %	Non-Coding
6	NT_187148	TGAC	2	8	37672	37679	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
7	NT_187148	TGAG	2	8	41193	41200	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
8	NT_187148	CTTG	2	8	41254	41261	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
9	NT_187148	GAGC	2	8	46068	46075	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
10	NT_187148	CGAG	2	8	47231	47238	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
11	NT_187148	CGCA	2	8	48424	48431	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
12	NT_187148	TCCA	2	8	48474	48481	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
13	NT_187148	TGAC	2	8	50197	50204	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
14	NT_187148	CCGA	2	8	50537	50544	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
15	NT_187148	GGGC	2	8	50786	50793	0 %	0 %	75 %	25 %	Non-Coding
16	NT_187148	GCCA	2	8	50954	50961	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
17	NT_187148	AGAT	2	8	51029	51036	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
18	NT_187148	AGAA	2	8	51506	51513	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
19	NT_187148	CGTG	2	8	52372	52379	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
20	NT_187148	TATT	2	8	53448	53455	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
21	NT_187148	CGGG	2	8	58960	58967	0 %	0 %	75 %	25 %	Non-Coding
22	NT_187148	TGCT	2	8	60449	60456	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
23	NT_187148	GTCA	2	8	70095	70102	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
24	NT_187148	GGCC	2	8	73531	73538	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
25	NT_187148	TGCC	2	8	75188	75195	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
26	NT_187148	GACT	2	8	75228	75235	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
27	NT_187148	CTCC	2	8	82493	82500	0 %	25 %	0 %	75 %	Non-Coding
28	NT_187148	ATCG	2	8	85585	85592	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
29	NT_187148	GCCT	2	8	91030	91037	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
30	NT_187148	CTGG	2	8	91334	91341	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
31	NT_187148	CCAG	2	8	91367	91374	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
32	NT_187148	TGCC	2	8	114649	114656	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
33	NT_187148	AAGG	2	8	114664	114671	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
34	NT_187148	AGGA	2	8	115293	115300	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
35	NT_187148	TGAG	2	8	121400	121407	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
36	NT_187148	CGGC	2	8	122881	122888	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
37	NT_187148	TTGC	2	8	128430	128437	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
38	NT_187148	GCCG	2	8	129685	129692	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
39	NT_187148	CTTC	2	8	135010	135017	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
40	NT_187148	CGGA	2	8	137579	137586	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
41	NT_187148	CGGA	2	8	140820	140827	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
42	NT_187148	CGTC	2	8	140943	140950	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
43	NT_187148	CGCT	2	8	151957	151964	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
44	NT_187148	TTGG	2	8	152727	152734	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
45	NT_187148	GGCG	2	8	155397	155404	0 %	0 %	75 %	25 %	Non-Coding
46	NT_187148	TCAG	2	8	156722	156729	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
47	NT_187148	GTCA	2	8	158160	158167	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
48	NT_187148	GCCC	2	8	158495	158502	0 %	0 %	25 %	75 %	Non-Coding
49	NT_187148	CAGC	2	8	178945	178952	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
50	NT_187148	TTGC	2	8	179285	179292	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
51	NT_187148	GCGA	2	8	181321	181328	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
52	NT_187148	GGCC	2	8	184640	184647	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
53	NT_187148	CCGG	2	8	184661	184668	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
54	NT_187148	GCAG	2	8	184700	184707	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
55	NT_187148	GACG	2	8	193842	193849	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
56	NT_187148	CCGC	2	8	194847	194854	0 %	0 %	25 %	75 %	Non-Coding
57	NT_187148	AGGG	2	8	197376	197383	25 %	0 %	75 %	0 %	Non-Coding
58	NT_187148	CATC	2	8	199247	199254	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
59	NT_187148	TTGG	2	8	202346	202353	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
60	NT_187148	AGCG	2	8	203380	203387	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
61	NT_187148	GCCC	2	8	203574	203581	0 %	0 %	25 %	75 %	Non-Coding
62	NT_187148	GGGA	2	8	204028	204035	25 %	0 %	75 %	0 %	Non-Coding
63	NT_187148	CGGG	2	8	204081	204088	0 %	0 %	75 %	25 %	Non-Coding
64	NT_187148	GTCG	2	8	209732	209739	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
65	NT_187148	CCCT	2	8	209846	209853	0 %	25 %	0 %	75 %	Non-Coding
66	NT_187148	CGGA	2	8	211771	211778	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
67	NT_187148	AGCG	2	8	212609	212616	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
68	NT_187148	TCGG	2	8	213543	213550	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
69	NT_187148	GATC	2	8	213572	213579	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
70	NT_187148	GCCG	2	8	213609	213616	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
71	NT_187148	CCGG	2	8	213702	213709	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
72	NT_187148	GCCG	2	8	216818	216825	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
73	NT_187148	GGCT	2	8	224336	224343	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
74	NT_187148	GACC	2	8	229438	229445	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
75	NT_187148	GGAT	2	8	229593	229600	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
76	NT_187148	GTCG	2	8	229683	229690	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
77	NT_187148	TTTG	2	8	229851	229858	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
78	NT_187148	CAGC	2	8	229972	229979	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
79	NT_187148	GCCC	2	8	229984	229991	0 %	0 %	25 %	75 %	Non-Coding
80	NT_187148	TGTC	2	8	230441	230448	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
81	NT_187148	GATC	2	8	231576	231583	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
82	NT_187148	CGAG	2	8	231745	231752	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
83	NT_187148	GTCG	2	8	232949	232956	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
84	NT_187148	AGGC	2	8	233457	233464	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
85	NT_187148	TGCT	2	8	234748	234755	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
86	NT_187148	CATC	2	8	234868	234875	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
87	NT_187148	TCGC	2	8	238659	238666	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
88	NT_187148	GGCT	2	8	241543	241550	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
89	NT_187148	TCCC	2	8	241609	241616	0 %	25 %	0 %	75 %	Non-Coding
90	NT_187148	GCCC	2	8	241923	241930	0 %	0 %	25 %	75 %	Non-Coding
91	NT_187148	TCTT	2	8	246133	246140	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
92	NT_187148	CGCC	2	8	246161	246168	0 %	0 %	25 %	75 %	Non-Coding
93	NT_187148	TCCA	2	8	248090	248097	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.