MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Hexa-nucleotide Coding Repeats of Sinorhizobium fredii HH103 plasmid pSfHH103d partial sequence

Total Repeats: 54

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NT_187147	ACGGAT	2	12	6834	6845	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	399995018
2	NT_187147	TATCAA	2	12	14040	14051	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	399995030
3	NT_187147	CTCGAT	2	12	16658	16669	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	399995034
4	NT_187147	GGCTTC	2	12	23801	23812	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	399995044
5	NT_187147	AAAGAA	2	12	28256	28267	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	399995050
6	NT_187147	GTATCC	2	12	29558	29569	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	399995051
7	NT_187147	GATGCA	2	12	30589	30600	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	399995052
8	NT_187147	TTCCAA	2	12	35721	35732	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	399995057
9	NT_187147	AGCGAA	2	12	43688	43699	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	399995064
10	NT_187147	TCGGCC	2	12	51942	51953	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	399995074
11	NT_187147	CAGCGC	2	12	53879	53890	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	399995077
12	NT_187147	TCGCGC	2	12	67992	68003	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	399995089
13	NT_187147	GGCGCA	2	12	72721	72732	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	399995095
14	NT_187147	GGTTGG	2	12	86145	86156	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	399995108
15	NT_187147	GCTCAA	2	12	95560	95571	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	399995118
16	NT_187147	CCTCGA	2	12	103175	103186	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	399995127
17	NT_187147	GCATCG	2	12	105382	105393	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	399995129
18	NT_187147	CCTTCA	2	12	109828	109839	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	399995137
19	NT_187147	ACATTG	2	12	109864	109875	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	399995137
20	NT_187147	CAGGAA	2	12	112495	112506	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	399995140
21	NT_187147	CGATGC	2	12	118404	118415	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	399995143
22	NT_187147	TCCGCG	2	12	132833	132844	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	399995158
23	NT_187147	CAAGCT	2	12	133332	133343	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	399995158
24	NT_187147	CCGAAG	2	12	141485	141496	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	399995165
25	NT_187147	CGAAGC	2	12	152853	152864	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	399995178
26	NT_187147	GTCCTC	2	12	153256	153267	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	399995178
27	NT_187147	GCGATC	2	12	154135	154146	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	399995179
28	NT_187147	CGCCGG	2	12	154218	154229	0 %	0 %	50 %	50 %	399995179
29	NT_187147	CCTCGA	2	12	160609	160620	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	399995183
30	NT_187147	TCGAAC	2	12	162145	162156	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	399995184
31	NT_187147	CGAGCA	2	12	166877	166888	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	399995188
32	NT_187147	CGGCCT	2	12	167150	167161	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	399995188
33	NT_187147	GTTGCC	2	12	168280	168291	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	399995189
34	NT_187147	CTTGAC	2	12	188817	188828	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	399995211
35	NT_187147	GGACAA	2	12	189206	189217	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	399995211
36	NT_187147	TTGGAA	2	12	197143	197154	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	399995221
37	NT_187147	CGATGC	2	12	198193	198204	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	399995223
38	NT_187147	GCATTC	2	12	202284	202295	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	399995228
39	NT_187147	TCACAA	2	12	202605	202616	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	399995229
40	NT_187147	GGCCCA	2	12	203726	203737	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	399995229
41	NT_187147	AAAGGC	2	12	204446	204457	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	399995230
42	NT_187147	TCGCCG	2	12	205501	205512	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	399995230
43	NT_187147	CAGGAA	2	12	206655	206666	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	399995231
44	NT_187147	GCCCGC	2	12	207844	207855	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	399995233
45	NT_187147	GCCCGC	2	12	208491	208502	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	399995234
46	NT_187147	TGGCGA	2	12	208843	208854	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	399995234
47	NT_187147	GTTCGA	2	12	214408	214419	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	399995241
48	NT_187147	CGACCG	2	12	220951	220962	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	399995249
49	NT_187147	ATCTCG	2	12	236605	236616	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	399995268
50	NT_187147	CCGCTG	2	12	240966	240977	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	399995273
51	NT_187147	TGCGCT	2	12	244319	244330	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	399995275
52	NT_187147	GAGCAG	2	12	268057	268068	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	399995301
53	NT_187147	CACCAT	2	12	270265	270276	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	399995303
54	NT_187147	AGGCGC	2	12	273674	273685	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	399995309

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.