MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Tri-nucleotide Coding Repeats of Borrelia hermsii DAH clone fragment 1050

Total Repeats: 164

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NT_187142	TCA	2	6	1365	1370	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	426202359
2	NT_187142	TTA	2	6	1458	1463	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	426202359
3	NT_187142	TCA	2	6	1464	1469	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	426202359
4	NT_187142	TGT	2	6	1562	1567	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	426202359
5	NT_187142	ACT	2	6	1628	1633	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	426202359
6	NT_187142	TAG	2	6	1637	1642	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	426202359
7	NT_187142	TAA	2	6	1643	1648	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	426202359
8	NT_187142	AAG	2	6	1859	1864	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	426202360
9	NT_187142	TGA	2	6	1870	1875	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	426202360
10	NT_187142	TGT	2	6	1879	1884	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	426202360
11	NT_187142	GAG	2	6	1976	1981	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	426202360
12	NT_187142	AGA	2	6	2206	2211	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	426202360
13	NT_187142	ATA	2	6	2229	2234	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	426202360
14	NT_187142	ATA	2	6	2244	2249	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	426202360
15	NT_187142	GAA	2	6	2285	2290	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	426202360
16	NT_187142	AAG	2	6	2333	2338	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	426202360
17	NT_187142	TAT	2	6	2348	2353	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	426202360
18	NT_187142	AAT	3	9	4661	4669	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	426202361
19	NT_187142	TAA	2	6	4697	4702	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	426202361
20	NT_187142	GCA	2	6	4803	4808	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	426202361
21	NT_187142	AAG	2	6	4816	4821	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	426202361
22	NT_187142	ATG	2	6	4882	4887	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	426202361
23	NT_187142	GTA	2	6	4944	4949	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	426202361
24	NT_187142	ACA	2	6	4983	4988	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	426202361
25	NT_187142	TGA	3	9	5102	5110	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	426202361
26	NT_187142	ATA	2	6	5134	5139	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	426202361
27	NT_187142	AAT	3	9	5683	5691	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	426202362
28	NT_187142	TAA	2	6	5719	5724	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	426202362
29	NT_187142	GCA	2	6	5825	5830	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	426202362
30	NT_187142	AAG	2	6	5838	5843	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	426202362
31	NT_187142	AGA	2	6	5892	5897	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	426202362
32	NT_187142	CTG	2	6	6045	6050	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	426202362
33	NT_187142	GTG	2	6	6060	6065	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	426202362
34	NT_187142	AGA	2	6	6112	6117	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	426202362
35	NT_187142	TGA	2	6	6124	6129	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	426202362
36	NT_187142	AGC	2	6	6139	6144	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	426202362
37	NT_187142	CTA	2	6	6162	6167	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	426202362
38	NT_187142	CAG	2	6	6204	6209	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	426202362
39	NT_187142	AAT	3	9	6705	6713	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	426202363
40	NT_187142	TAA	2	6	6741	6746	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	426202363
41	NT_187142	GCA	2	6	6847	6852	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	426202363
42	NT_187142	AAG	2	6	6860	6865	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	426202363
43	NT_187142	TGC	2	6	6921	6926	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	426202363
44	NT_187142	GAT	2	6	6940	6945	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	426202363
45	NT_187142	GTA	2	6	6953	6958	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	426202363
46	NT_187142	GCT	2	6	7147	7152	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	426202363
47	NT_187142	GTT	2	6	7248	7253	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	426202363
48	NT_187142	AAC	2	6	7860	7865	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	426202364
49	NT_187142	ACA	2	6	7876	7881	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	426202364
50	NT_187142	TGC	2	6	7927	7932	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	426202364
51	NT_187142	ATA	2	6	8112	8117	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	426202364
52	NT_187142	TTG	2	6	8874	8879	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	426202365
53	NT_187142	CTT	2	6	8908	8913	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	426202365
54	NT_187142	CAT	2	6	9031	9036	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	426202365
55	NT_187142	AAG	2	6	9051	9056	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	426202365
56	NT_187142	CTT	2	6	9121	9126	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	426202365
57	NT_187142	GTC	2	6	9143	9148	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	426202365
58	NT_187142	ATT	2	6	9207	9212	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	426202365
59	NT_187142	TAA	2	6	9215	9220	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	426202365
60	NT_187142	ATT	2	6	9222	9227	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	426202365
61	NT_187142	TAA	2	6	9238	9243	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	426202365
62	NT_187142	TTA	2	6	9362	9367	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	426202366
63	NT_187142	TTG	2	6	9374	9379	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	426202366
64	NT_187142	GAA	2	6	9403	9408	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	426202366
65	NT_187142	CAT	2	6	9444	9449	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	426202366
66	NT_187142	AAG	2	6	9533	9538	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	426202366
67	NT_187142	ATC	2	6	9715	9720	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	426202366
68	NT_187142	TCA	2	6	9749	9754	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	426202366
69	NT_187142	ATT	2	6	9769	9774	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	426202366
70	NT_187142	CTA	2	6	9791	9796	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	426202366
71	NT_187142	CAA	2	6	9842	9847	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	426202366
72	NT_187142	AAT	2	6	9851	9856	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	426202366
73	NT_187142	AAT	3	9	10101	10109	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	426202367
74	NT_187142	TAA	2	6	10137	10142	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	426202367
75	NT_187142	CGA	2	6	10164	10169	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	426202367
76	NT_187142	GCA	2	6	10243	10248	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	426202367
77	NT_187142	TGA	2	6	10284	10289	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	426202367
78	NT_187142	TAA	4	12	10350	10361	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	426202367
79	NT_187142	TTA	2	6	10423	10428	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	426202367
80	NT_187142	GAT	3	9	10516	10524	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	426202367
81	NT_187142	ATA	2	6	10580	10585	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	426202367
82	NT_187142	TTA	2	6	10639	10644	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	426202367
83	NT_187142	GCT	2	6	10648	10653	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	426202367
84	NT_187142	TGA	2	6	16964	16969	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	426202368
85	NT_187142	TTA	2	6	16971	16976	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	426202368
86	NT_187142	CTT	2	6	17047	17052	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	426202368
87	NT_187142	ATT	2	6	17088	17093	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	426202368
88	NT_187142	TGC	4	12	17129	17140	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	426202368
89	NT_187142	GCA	2	6	17163	17168	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	426202368
90	NT_187142	GCT	3	9	17211	17219	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	426202368
91	NT_187142	CAC	2	6	17254	17259	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	426202368
92	NT_187142	CAG	3	9	17260	17268	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	426202368
93	NT_187142	TAG	2	6	17275	17280	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	426202368
94	NT_187142	CAT	2	6	17293	17298	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	426202368
95	NT_187142	CAG	2	6	17311	17316	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	426202368
96	NT_187142	TTA	2	6	17352	17357	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	426202368
97	NT_187142	CAG	2	6	17389	17394	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	426202368
98	NT_187142	TGC	2	6	17423	17428	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	426202368
99	NT_187142	CAA	2	6	17443	17448	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	426202368
100	NT_187142	TGC	2	6	17450	17455	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	426202368
101	NT_187142	CAG	2	6	17458	17463	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	426202368
102	NT_187142	CCA	2	6	17472	17477	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	426202368
103	NT_187142	ATT	2	6	17538	17543	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	426202368
104	NT_187142	AGC	2	6	17585	17590	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	426202368
105	NT_187142	ACC	2	6	17600	17605	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	426202368
106	NT_187142	GCT	2	6	17613	17618	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	426202368
107	NT_187142	TAA	2	6	17713	17718	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	426202368
108	NT_187142	GTA	2	6	17733	17738	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	426202368
109	NT_187142	CTT	2	6	17761	17766	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	426202368
110	NT_187142	AAC	2	6	17769	17774	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	426202368
111	NT_187142	ATC	2	6	17849	17854	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	426202368
112	NT_187142	CTG	2	6	17971	17976	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	426202368
113	NT_187142	TAC	2	6	18001	18006	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	426202368
114	NT_187142	ATT	3	9	18033	18041	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	426202368
115	NT_187142	TGA	2	6	18190	18195	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	426202369
116	NT_187142	TTA	2	6	18197	18202	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	426202369
117	NT_187142	ATC	2	6	18214	18219	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	426202369
118	NT_187142	CTT	2	6	18273	18278	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	426202369
119	NT_187142	ATT	2	6	18314	18319	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	426202369
120	NT_187142	TGC	3	9	18355	18363	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	426202369
121	NT_187142	GCA	2	6	18389	18394	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	426202369
122	NT_187142	GCT	3	9	18440	18448	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	426202369
123	NT_187142	TAG	2	6	18459	18464	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	426202369
124	NT_187142	ATT	2	6	18475	18480	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	426202369
125	NT_187142	AGC	2	6	18481	18486	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	426202369
126	NT_187142	TCA	2	6	18518	18523	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	426202369
127	NT_187142	GCA	2	6	18536	18541	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	426202369
128	NT_187142	CAG	2	6	18609	18614	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	426202369
129	NT_187142	ATT	2	6	18649	18654	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	426202369
130	NT_187142	ATT	2	6	18743	18748	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	426202369
131	NT_187142	CAG	2	6	18789	18794	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	426202369
132	NT_187142	GCA	3	9	18800	18808	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	426202369
133	NT_187142	ATT	2	6	18907	18912	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	426202369
134	NT_187142	GTA	2	6	18932	18937	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	426202369
135	NT_187142	CTT	2	6	18960	18965	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	426202369
136	NT_187142	ATC	2	6	19048	19053	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	426202369
137	NT_187142	CTG	2	6	19170	19175	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	426202369
138	NT_187142	TAC	2	6	19200	19205	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	426202369
139	NT_187142	ATT	3	9	19232	19240	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	426202369
140	NT_187142	TAA	2	6	22189	22194	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	426202370
141	NT_187142	ATA	2	6	22214	22219	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	426202370
142	NT_187142	TAT	2	6	22284	22289	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	426202370
143	NT_187142	TGT	2	6	22326	22331	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	426202370
144	NT_187142	TAT	2	6	22338	22343	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	426202370
145	NT_187142	ATT	2	6	22456	22461	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	426202370
146	NT_187142	ATT	2	6	22543	22548	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	426202370
147	NT_187142	ATT	2	6	22630	22635	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	426202370
148	NT_187142	ATT	2	6	22717	22722	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	426202370
149	NT_187142	AGT	2	6	22804	22809	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	426202370
150	NT_187142	ATA	2	6	22849	22854	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	426202370
151	NT_187142	TTG	2	6	22921	22926	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	426202370
152	NT_187142	GTT	2	6	23010	23015	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	426202371
153	NT_187142	GTT	2	6	23052	23057	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	426202371
154	NT_187142	TAT	2	6	23109	23114	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	426202371
155	NT_187142	TAT	2	6	23160	23165	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	426202371
156	NT_187142	TAA	2	6	23223	23228	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	426202371
157	NT_187142	AGT	2	6	23257	23262	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	426202371
158	NT_187142	GGA	2	6	23344	23349	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	426202371
159	NT_187142	TAG	2	6	23445	23450	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	426202371
160	NT_187142	AGA	2	6	23530	23535	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	426202371
161	NT_187142	ATA	2	6	23549	23554	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	426202371
162	NT_187142	AAT	2	6	23667	23672	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	426202371
163	NT_187142	GTA	2	6	23720	23725	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	426202371
164	NT_187142	TAA	2	6	23736	23741	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	426202371

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.