MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Hexa-nucleotide Coding Repeats of Salmonella enterica subsp. enterica serovar Weltevreden str. 2007-60-3289-1

Total Repeats: 99

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NT_187127	GATGCG	2	12	4408	4419	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	409247877
2	NT_187127	CTACGA	2	12	6533	6544	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	409247879
3	NT_187127	TCGCCT	2	12	6948	6959	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	409247880
4	NT_187127	CGCTGG	2	12	13311	13322	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	409247884
5	NT_187127	GTGAAT	2	12	15312	15323	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	409247886
6	NT_187127	GTGGAG	2	12	21588	21599	16.67 %	16.67 %	66.67 %	0 %	409247893
7	NT_187127	CAGCGC	2	12	21758	21769	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	409247893
8	NT_187127	GACCAC	2	12	25360	25371	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	409247896
9	NT_187127	CCACAG	2	12	30277	30288	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	409247901
10	NT_187127	GCGCCA	2	12	37220	37231	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	409247906
11	NT_187127	TGGTGC	2	12	38408	38419	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	409247908
12	NT_187127	TGGATG	2	12	41814	41825	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	409247910
13	NT_187127	ATCGAA	2	12	45834	45845	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	409247914
14	NT_187127	CCGCGA	2	12	50833	50844	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	409247920
15	NT_187127	GCCGAA	2	12	53651	53662	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	409247922
16	NT_187127	CTTCAC	2	12	67559	67570	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	409247934
17	NT_187127	AACGCA	2	12	69431	69442	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	409247934
18	NT_187127	TGACGG	2	12	70921	70932	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	409247934
19	NT_187127	TGACGG	2	12	73918	73929	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	409247934
20	NT_187127	AAATAG	2	12	78331	78342	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	409247934
21	NT_187127	TGTGCT	2	12	80870	80881	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	409247934
22	NT_187127	CGGCTG	2	12	88940	88951	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	409247939
23	NT_187127	CGGTAT	2	12	90781	90792	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	409247943
24	NT_187127	GCTGGC	2	12	92106	92117	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	409247944
25	NT_187127	AATCAC	2	12	97448	97459	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	409247949
26	NT_187127	GTGCTG	2	12	103395	103406	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	409247954
27	NT_187127	CTGTTC	2	12	103626	103637	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	409247954
28	NT_187127	TCTGGA	2	12	105447	105458	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	409247955
29	NT_187127	TGATTT	2	12	109133	109144	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	409247959
30	NT_187127	GGCGTC	2	12	109161	109172	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	409247959
31	NT_187127	TTTTTC	2	12	112125	112136	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	409247962
32	NT_187127	GTTTTT	2	12	112876	112887	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	409247962
33	NT_187127	AACCAG	2	12	121175	121186	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	409247970
34	NT_187127	AGCATC	2	12	121672	121683	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	409247970
35	NT_187127	CAGGCA	2	12	122072	122083	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	409247971
36	NT_187127	ATATTA	2	12	132605	132616	50 %	50 %	0 %	0 %	409247977
37	NT_187127	CGCCGA	2	12	137979	137990	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	409247980
38	NT_187127	TCAGCA	2	12	140709	140720	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	409247984
39	NT_187127	CGTTAT	2	12	153417	153428	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	409247998
40	NT_187127	GGCTGG	2	12	157751	157762	0 %	16.67 %	66.67 %	16.67 %	409248000
41	NT_187127	GTTTCA	2	12	163663	163674	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	409248002
42	NT_187127	GATCTT	2	12	163936	163947	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	409248003
43	NT_187127	CTGGCG	2	12	164925	164936	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	409248008
44	NT_187127	CCTGCG	2	12	166412	166423	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	409248009
45	NT_187127	TGGGCG	2	12	171621	171632	0 %	16.67 %	66.67 %	16.67 %	409248014
46	NT_187127	CAGCGC	2	12	176846	176857	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	409248019
47	NT_187127	ATACAG	2	12	177030	177041	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	409248019
48	NT_187127	CAACTG	2	12	178397	178408	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	409248020
49	NT_187127	CGATCG	2	12	180254	180265	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	409248022
50	NT_187127	CCTTCT	2	12	191090	191101	0 %	50 %	0 %	50 %	409248039
51	NT_187127	GGCGAT	2	12	195831	195842	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	409248041
52	NT_187127	CCAGCG	2	12	197816	197827	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	409248043
53	NT_187127	CCAGCG	2	12	198290	198301	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	409248043
54	NT_187127	GCTCCT	2	12	199358	199369	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	409248043
55	NT_187127	GATGCG	2	12	206377	206388	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	409248049
56	NT_187127	GATATC	2	12	208776	208787	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	409248052
57	NT_187127	TATTCG	2	12	208808	208819	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	409248052
58	NT_187127	CTGGCG	2	12	208851	208862	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	409248052
59	NT_187127	GAAGCG	2	12	214205	214216	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	409248056
60	NT_187127	TCGTGG	2	12	218588	218599	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	409248061
61	NT_187127	GAAGGT	2	12	221140	221151	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	409248062
62	NT_187127	ATGGCT	2	12	224897	224908	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	409248068
63	NT_187127	CTTTCA	2	12	230487	230498	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	409248074
64	NT_187127	ATGAAA	2	12	232836	232847	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	409248076
65	NT_187127	GTGACC	2	12	234070	234081	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	409248078
66	NT_187127	GCGTGC	2	12	234437	234448	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	409248079
67	NT_187127	TTTTGG	2	12	236328	236339	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	409248081
68	NT_187127	GCTGGT	2	12	239598	239609	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	409248087
69	NT_187127	GATTGC	2	12	240123	240134	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	409248088
70	NT_187127	ACCGGG	2	12	254280	254291	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	409248102
71	NT_187127	CAATCT	2	12	256939	256950	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	409248103
72	NT_187127	GGGGCT	2	12	257584	257595	0 %	16.67 %	66.67 %	16.67 %	409248103
73	NT_187127	CTGGCG	2	12	265976	265987	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	409248111
74	NT_187127	AGGTAC	2	12	270510	270521	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	409248114
75	NT_187127	CGGAAC	2	12	270727	270738	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	409248115
76	NT_187127	CAGCGA	2	12	273996	274007	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	409248117
77	NT_187127	CAGCCG	2	12	278045	278056	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	409248121
78	NT_187127	TTTCAT	2	12	281193	281204	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	409248123
79	NT_187127	TGCTGG	2	12	285187	285198	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	409248127
80	NT_187127	TCGTCT	2	12	288292	288303	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	409248130
81	NT_187127	CGCGTC	2	12	296513	296524	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	409248141
82	NT_187127	AGATTG	2	12	297365	297376	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	409248141
83	NT_187127	GCTGGT	2	12	297525	297536	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	409248141
84	NT_187127	CGCCAG	2	12	300005	300016	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	409248145
85	NT_187127	TCGGTC	2	12	310470	310481	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	409248154
86	NT_187127	GGATAA	2	12	311940	311951	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	409248156
87	NT_187127	AAATTT	2	12	313822	313833	50 %	50 %	0 %	0 %	409248160
88	NT_187127	ATTTCG	2	12	314025	314036	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	409248161
89	NT_187127	CCCGCG	2	12	315999	316010	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	409248164
90	NT_187127	TGGAAG	2	12	319742	319753	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	409248167
91	NT_187127	GCCGGA	2	12	320267	320278	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	409248168
92	NT_187127	CTGGCG	2	12	320652	320663	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	409248168
93	NT_187127	GCGCTC	2	12	326073	326084	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	409248173
94	NT_187127	TCGCGC	2	12	329763	329774	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	409248176
95	NT_187127	GCTTCG	2	12	331025	331036	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	409248178
96	NT_187127	ATTGTA	2	12	332050	332061	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	409248180
97	NT_187127	GATGAA	2	12	338722	338733	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	409248185
98	NT_187127	ATGCTG	2	12	350087	350098	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	409248196
99	NT_187127	TGAATA	2	12	352779	352790	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	409248205

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.