MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Coding Repeats of Salmonella enterica subsp. enterica serovar Weltevreden str. 2007-60-3289-1

Total Repeats: 223

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NT_187120	AGCGC	2	10	4853	4862	20 %	0 %	40 %	40 %	409247158
2	NT_187120	TTGGT	2	10	6302	6311	0 %	60 %	40 %	0 %	409247160
3	NT_187120	CACTT	2	10	10617	10626	20 %	40 %	0 %	40 %	409247166
4	NT_187120	GCCCG	2	10	10742	10751	0 %	0 %	40 %	60 %	409247166
5	NT_187120	AACTG	2	10	10787	10796	40 %	20 %	20 %	20 %	409247166
6	NT_187120	GCGTC	2	10	13302	13311	0 %	20 %	40 %	40 %	409247168
7	NT_187120	CCAGA	2	10	15468	15477	40 %	0 %	20 %	40 %	409247171
8	NT_187120	CTTTG	2	10	15593	15602	0 %	60 %	20 %	20 %	409247171
9	NT_187120	AGCGC	2	10	19811	19820	20 %	0 %	40 %	40 %	409247176
10	NT_187120	TACCG	2	10	22153	22162	20 %	20 %	20 %	40 %	409247177
11	NT_187120	TTCTG	2	10	24391	24400	0 %	60 %	20 %	20 %	409247180
12	NT_187120	CTGAT	2	10	24477	24486	20 %	40 %	20 %	20 %	409247180
13	NT_187120	CCTTG	2	10	24613	24622	0 %	40 %	20 %	40 %	409247180
14	NT_187120	GCGTG	2	10	26177	26186	0 %	20 %	60 %	20 %	409247181
15	NT_187120	ACCGA	2	10	27237	27246	40 %	0 %	20 %	40 %	409247181
16	NT_187120	GCCCG	2	10	27962	27971	0 %	0 %	40 %	60 %	409247182
17	NT_187120	TCCCT	2	10	28496	28505	0 %	40 %	0 %	60 %	409247182
18	NT_187120	GCGCG	2	10	31925	31934	0 %	0 %	60 %	40 %	409247185
19	NT_187120	CGATC	2	10	33510	33519	20 %	20 %	20 %	40 %	409247186
20	NT_187120	AGGCG	2	10	34275	34284	20 %	0 %	60 %	20 %	409247187
21	NT_187120	GCGCC	2	10	35844	35853	0 %	0 %	40 %	60 %	409247187
22	NT_187120	TGCAA	2	10	36723	36732	40 %	20 %	20 %	20 %	409247190
23	NT_187120	GCAAG	2	10	37200	37209	40 %	0 %	40 %	20 %	409247190
24	NT_187120	AGCCA	2	10	37901	37910	40 %	0 %	20 %	40 %	409247191
25	NT_187120	AATGC	2	10	38046	38055	40 %	20 %	20 %	20 %	409247191
26	NT_187120	TGGCT	2	10	38608	38617	0 %	40 %	40 %	20 %	409247192
27	NT_187120	CAACA	2	10	38660	38669	60 %	0 %	0 %	40 %	409247192
28	NT_187120	GCCAG	2	10	42326	42335	20 %	0 %	40 %	40 %	409247195
29	NT_187120	GACGA	2	10	42764	42773	40 %	0 %	40 %	20 %	409247195
30	NT_187120	CGTGC	2	10	43245	43254	0 %	20 %	40 %	40 %	409247195
31	NT_187120	GCCAG	2	10	44613	44622	20 %	0 %	40 %	40 %	409247196
32	NT_187120	CAGCT	2	10	44791	44800	20 %	20 %	20 %	40 %	409247196
33	NT_187120	GCCTG	2	10	45175	45184	0 %	20 %	40 %	40 %	409247196
34	NT_187120	ATCGA	2	10	45400	45409	40 %	20 %	20 %	20 %	409247196
35	NT_187120	AGCGA	2	10	46650	46659	40 %	0 %	40 %	20 %	409247197
36	NT_187120	AAGCA	2	10	46942	46951	60 %	0 %	20 %	20 %	409247197
37	NT_187120	GCTGT	2	10	48165	48174	0 %	40 %	40 %	20 %	409247197
38	NT_187120	ACCGG	2	10	48649	48658	20 %	0 %	40 %	40 %	409247197
39	NT_187120	GCCCG	2	10	50087	50096	0 %	0 %	40 %	60 %	409247199
40	NT_187120	CCGCG	2	10	51096	51105	0 %	0 %	40 %	60 %	409247200
41	NT_187120	CCGCC	2	10	56870	56879	0 %	0 %	20 %	80 %	409247204
42	NT_187120	TCAGC	2	10	59946	59955	20 %	20 %	20 %	40 %	409247207
43	NT_187120	GCGTA	2	10	60300	60309	20 %	20 %	40 %	20 %	409247208
44	NT_187120	GCTGA	2	10	62641	62650	20 %	20 %	40 %	20 %	409247209
45	NT_187120	CACAA	2	10	64272	64281	60 %	0 %	0 %	40 %	409247210
46	NT_187120	ATGCG	2	10	64509	64518	20 %	20 %	40 %	20 %	409247210
47	NT_187120	CCATA	2	10	64912	64921	40 %	20 %	0 %	40 %	409247210
48	NT_187120	TGCCG	2	10	66538	66547	0 %	20 %	40 %	40 %	409247211
49	NT_187120	GCGCG	2	10	68448	68457	0 %	0 %	60 %	40 %	409247212
50	NT_187120	CCTGG	2	10	68683	68692	0 %	20 %	40 %	40 %	409247212
51	NT_187120	GAATC	2	10	69013	69022	40 %	20 %	20 %	20 %	409247213
52	NT_187120	CAGCG	2	10	71729	71738	20 %	0 %	40 %	40 %	409247215
53	NT_187120	AGAAA	2	10	72442	72451	80 %	0 %	20 %	0 %	409247215
54	NT_187120	CTCAG	2	10	72972	72981	20 %	20 %	20 %	40 %	409247217
55	NT_187120	GGCCA	2	10	73990	73999	20 %	0 %	40 %	40 %	409247217
56	NT_187120	TCGCG	2	10	75271	75280	0 %	20 %	40 %	40 %	409247219
57	NT_187120	TCTTT	2	10	75963	75972	0 %	80 %	0 %	20 %	409247219
58	NT_187120	AAAAG	2	10	76725	76734	80 %	0 %	20 %	0 %	409247220
59	NT_187120	TTTGC	2	10	76780	76789	0 %	60 %	20 %	20 %	409247220
60	NT_187120	GGTTT	2	10	77473	77482	0 %	60 %	40 %	0 %	409247221
61	NT_187120	TGTCG	2	10	81694	81703	0 %	40 %	40 %	20 %	409247225
62	NT_187120	GGACG	2	10	82501	82510	20 %	0 %	60 %	20 %	409247226
63	NT_187120	GCGCG	2	10	83481	83490	0 %	0 %	60 %	40 %	409247227
64	NT_187120	CCGGA	2	10	85469	85478	20 %	0 %	40 %	40 %	409247228
65	NT_187120	CCCCG	2	10	88710	88719	0 %	0 %	20 %	80 %	409247232
66	NT_187120	AGTAC	2	10	90087	90096	40 %	20 %	20 %	20 %	409247233
67	NT_187120	CTGGC	2	10	92539	92548	0 %	20 %	40 %	40 %	409247237
68	NT_187120	GCCAC	2	10	93958	93967	20 %	0 %	20 %	60 %	409247238
69	NT_187120	ACCGG	2	10	98351	98360	20 %	0 %	40 %	40 %	409247243
70	NT_187120	GCATC	2	10	98952	98961	20 %	20 %	20 %	40 %	409247244
71	NT_187120	TCGCG	2	10	100922	100931	0 %	20 %	40 %	40 %	409247245
72	NT_187120	CTGGC	2	10	104716	104725	0 %	20 %	40 %	40 %	409247252
73	NT_187120	CGGCG	2	10	106539	106548	0 %	0 %	60 %	40 %	409247253
74	NT_187120	AGCAA	2	10	109091	109100	60 %	0 %	20 %	20 %	409247254
75	NT_187120	GCGCC	2	10	111276	111285	0 %	0 %	40 %	60 %	409247258
76	NT_187120	CCATA	2	10	111624	111633	40 %	20 %	0 %	40 %	409247258
77	NT_187120	TTTTC	2	10	112326	112335	0 %	80 %	0 %	20 %	409247259
78	NT_187120	CCGTG	2	10	115199	115208	0 %	20 %	40 %	40 %	409247263
79	NT_187120	ACCCG	2	10	117502	117511	20 %	0 %	20 %	60 %	409247264
80	NT_187120	GGCCT	2	10	117560	117569	0 %	20 %	40 %	40 %	409247264
81	NT_187120	GCGCT	2	10	117788	117797	0 %	20 %	40 %	40 %	409247264
82	NT_187120	GCACA	2	10	118077	118086	40 %	0 %	20 %	40 %	409247264
83	NT_187120	CGGCG	2	10	118795	118804	0 %	0 %	60 %	40 %	409247265
84	NT_187120	CAGCT	2	10	119236	119245	20 %	20 %	20 %	40 %	409247265
85	NT_187120	GCGCG	2	10	119268	119277	0 %	0 %	60 %	40 %	409247265
86	NT_187120	GGCGT	2	10	122012	122021	0 %	20 %	60 %	20 %	409247268
87	NT_187120	ATACC	2	10	123133	123142	40 %	20 %	0 %	40 %	409247269
88	NT_187120	AAAGT	2	10	123757	123766	60 %	20 %	20 %	0 %	409247270
89	NT_187120	GCGCA	2	10	128047	128056	20 %	0 %	40 %	40 %	409247273
90	NT_187120	ATGAA	2	10	130783	130792	60 %	20 %	20 %	0 %	409247278
91	NT_187120	GCCGT	2	10	132391	132400	0 %	20 %	40 %	40 %	409247280
92	NT_187120	CGGCA	2	10	133163	133172	20 %	0 %	40 %	40 %	409247282
93	NT_187120	CTGCC	2	10	133560	133569	0 %	20 %	20 %	60 %	409247283
94	NT_187120	CCAGG	2	10	133803	133812	20 %	0 %	40 %	40 %	409247283
95	NT_187120	TACCG	2	10	133851	133860	20 %	20 %	20 %	40 %	409247283
96	NT_187120	TGCGA	2	10	134317	134326	20 %	20 %	40 %	20 %	409247283
97	NT_187120	GCGCG	2	10	138609	138618	0 %	0 %	60 %	40 %	409247288
98	NT_187120	GGGCC	2	10	139615	139624	0 %	0 %	60 %	40 %	409247289
99	NT_187120	AACGC	2	10	140829	140838	40 %	0 %	20 %	40 %	409247289
100	NT_187120	ATGCC	2	10	141420	141429	20 %	20 %	20 %	40 %	409247290
101	NT_187120	TATGG	2	10	143877	143886	20 %	40 %	40 %	0 %	409247292
102	NT_187120	CCTCG	2	10	144291	144300	0 %	20 %	20 %	60 %	409247293
103	NT_187120	CGGCG	2	10	144882	144891	0 %	0 %	60 %	40 %	409247293
104	NT_187120	AACGC	2	10	145008	145017	40 %	0 %	20 %	40 %	409247293
105	NT_187120	GCTTG	2	10	146216	146225	0 %	40 %	40 %	20 %	409247294
106	NT_187120	CCGCG	2	10	146849	146858	0 %	0 %	40 %	60 %	409247295
107	NT_187120	CGGGC	2	10	146868	146877	0 %	0 %	60 %	40 %	409247295
108	NT_187120	TCTTG	2	10	148349	148358	0 %	60 %	20 %	20 %	409247295
109	NT_187120	GATTT	2	10	154854	154863	20 %	60 %	20 %	0 %	409247302
110	NT_187120	TGGTC	2	10	156430	156439	0 %	40 %	40 %	20 %	409247303
111	NT_187120	AGCCC	2	10	160362	160371	20 %	0 %	20 %	60 %	409247304
112	NT_187120	CGCTG	2	10	161160	161169	0 %	20 %	40 %	40 %	409247305
113	NT_187120	TTTTC	2	10	163138	163147	0 %	80 %	0 %	20 %	409247305
114	NT_187120	AAGCG	2	10	164894	164903	40 %	0 %	40 %	20 %	409247306
115	NT_187120	GCGCT	2	10	165679	165688	0 %	20 %	40 %	40 %	409247306
116	NT_187120	CCGAT	2	10	166212	166221	20 %	20 %	20 %	40 %	409247307
117	NT_187120	AACCG	2	10	168221	168230	40 %	0 %	20 %	40 %	409247309
118	NT_187120	GCCCG	2	10	168992	169001	0 %	0 %	40 %	60 %	409247311
119	NT_187120	GTTTC	2	10	172353	172362	0 %	60 %	20 %	20 %	409247315
120	NT_187120	CAGCG	2	10	175057	175066	20 %	0 %	40 %	40 %	409247318
121	NT_187120	CTGTT	2	10	180338	180347	0 %	60 %	20 %	20 %	409247322
122	NT_187120	CGCGG	2	10	180957	180966	0 %	0 %	60 %	40 %	409247322
123	NT_187120	ACAGC	2	10	182067	182076	40 %	0 %	20 %	40 %	409247325
124	NT_187120	TATCG	2	10	182976	182985	20 %	40 %	20 %	20 %	409247326
125	NT_187120	CCGCC	2	10	183647	183656	0 %	0 %	20 %	80 %	409247326
126	NT_187120	CCCAC	2	10	186615	186624	20 %	0 %	0 %	80 %	409247329
127	NT_187120	GCCGG	2	10	186670	186679	0 %	0 %	60 %	40 %	409247330
128	NT_187120	ACCAG	2	10	186692	186701	40 %	0 %	20 %	40 %	409247330
129	NT_187120	TCCAT	2	10	187720	187729	20 %	40 %	0 %	40 %	409247330
130	NT_187120	GCCGT	2	10	188095	188104	0 %	20 %	40 %	40 %	409247330
131	NT_187120	GCGCC	2	10	188507	188516	0 %	0 %	40 %	60 %	409247330
132	NT_187120	GGCGC	2	10	189323	189332	0 %	0 %	60 %	40 %	409247331
133	NT_187120	TTATT	2	10	191881	191890	20 %	80 %	0 %	0 %	409247334
134	NT_187120	GGGAC	2	10	192299	192308	20 %	0 %	60 %	20 %	409247335
135	NT_187120	TTCGA	2	10	194865	194874	20 %	40 %	20 %	20 %	409247338
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©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.