MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Hexa-nucleotide Coding Repeats of Salmonella enterica subsp. enterica serovar Weltevreden str. 2007-60-3289-1

Total Repeats: 104

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NT_187105	TACGTT	2	12	1616	1627	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	409250601
2	NT_187105	CTGGAG	2	12	6847	6858	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	409250602
3	NT_187105	CACGAT	2	12	8059	8070	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	409250602
4	NT_187105	TGAGGT	2	12	8319	8330	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	409250602
5	NT_187105	GATTTT	2	12	9124	9135	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	409250602
6	NT_187105	GGCCGT	2	12	10088	10099	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	409250604
7	NT_187105	GGTGAT	2	12	17731	17742	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	409250615
8	NT_187105	ACCAAT	2	12	23419	23430	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	409250620
9	NT_187105	TTGCGT	2	12	23876	23887	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	409250621
10	NT_187105	GCGCGA	2	12	24038	24049	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	409250621
11	NT_187105	AATCGC	2	12	24273	24284	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	409250621
12	NT_187105	CGCCAG	2	12	25493	25504	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	409250622
13	NT_187105	TATCAA	2	12	26291	26302	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	409250624
14	NT_187105	CATCTT	2	12	27065	27076	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	409250624
15	NT_187105	ATCGCG	2	12	27333	27344	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	409250624
16	NT_187105	GCGAAA	2	12	28501	28512	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	409250625
17	NT_187105	AAGCTG	2	12	35189	35200	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	409250635
18	NT_187105	TTCCCG	2	12	35536	35547	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	409250635
19	NT_187105	GCGATA	2	12	37640	37651	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	409250638
20	NT_187105	CAGCGC	2	12	38075	38086	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	409250639
21	NT_187105	GCGCCA	2	12	38767	38778	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	409250639
22	NT_187105	ACAACC	2	12	38811	38822	50 %	0 %	0 %	50 %	409250639
23	NT_187105	CATCCA	2	12	39702	39713	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	409250640
24	NT_187105	ACAACC	2	12	41792	41803	50 %	0 %	0 %	50 %	409250641
25	NT_187105	TGCCAT	2	12	42381	42392	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	409250642
26	NT_187105	GCCGCA	2	12	43599	43610	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	409250643
27	NT_187105	TGCGCC	2	12	52110	52121	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	409250655
28	NT_187105	CAGCGA	2	12	52196	52207	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	409250655
29	NT_187105	GGACAT	2	12	52934	52945	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	409250655
30	NT_187105	CAGCAT	2	12	53431	53442	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	409250656
31	NT_187105	TGGCGC	2	12	53692	53703	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	409250656
32	NT_187105	TCGGCG	2	12	54255	54266	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	409250656
33	NT_187105	ACCGTT	2	12	56055	56066	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	409250658
34	NT_187105	GCTGGC	2	12	56093	56104	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	409250658
35	NT_187105	ACGATG	2	12	64119	64130	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	409250668
36	NT_187105	TTCAAA	2	12	69018	69029	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	409250671
37	NT_187105	GCCGAA	2	12	72106	72117	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	409250673
38	NT_187105	GCCTTC	2	12	73426	73437	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	409250674
39	NT_187105	CAAAGC	2	12	74691	74702	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	409250675
40	NT_187105	GATATT	2	12	75249	75260	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	409250676
41	NT_187105	CTGCCG	2	12	81178	81189	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	409250681
42	NT_187105	CAGGAT	2	12	83479	83490	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	409250684
43	NT_187105	AGCGGC	2	12	84208	84219	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	409250685
44	NT_187105	ATAACA	2	12	95339	95350	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	409250694
45	NT_187105	TGAAGT	2	12	95984	95995	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	409250695
46	NT_187105	CAATAA	2	12	96925	96936	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	409250696
47	NT_187105	TAATAT	2	12	98794	98805	50 %	50 %	0 %	0 %	409250698
48	NT_187105	CATTTC	2	12	100140	100151	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	409250699
49	NT_187105	CGGCGA	2	12	110079	110090	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	409250707
50	NT_187105	CGCCAG	2	12	111777	111788	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	409250708
51	NT_187105	ATAGCC	2	12	113021	113032	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	409250709
52	NT_187105	GCCTTC	2	12	116449	116460	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	409250713
53	NT_187105	CAGCAC	2	12	121392	121403	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	409250717
54	NT_187105	CCTCGC	2	12	121987	121998	0 %	16.67 %	16.67 %	66.67 %	409250718
55	NT_187105	ATCCAG	2	12	124297	124308	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	409250719
56	NT_187105	TTAAAT	2	12	129628	129639	50 %	50 %	0 %	0 %	409250723
57	NT_187105	TTCTGG	2	12	137911	137922	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	409250732
58	NT_187105	CCGCGA	2	12	138035	138046	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	409250732
59	NT_187105	CGCTGG	2	12	145920	145931	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	409250736
60	NT_187105	GGCGCT	2	12	150443	150454	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	409250740
61	NT_187105	GCCGAA	2	12	151999	152010	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	409250741
62	NT_187105	ATCGGC	2	12	163442	163453	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	409250751
63	NT_187105	TGGCTA	2	12	165190	165201	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	409250753
64	NT_187105	TTAACT	2	12	175112	175123	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	409250762
65	NT_187105	CGCCAG	2	12	177780	177791	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	409250763
66	NT_187105	AGCCGC	2	12	179992	180003	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	409250764
67	NT_187105	CTCTTC	2	12	182155	182166	0 %	50 %	0 %	50 %	409250767
68	NT_187105	CAAAGT	2	12	185157	185168	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	409250770
69	NT_187105	GACAAT	2	12	188217	188228	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	409250774
70	NT_187105	CAACAG	2	12	188619	188630	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	409250774
71	NT_187105	CCAGCG	2	12	190397	190408	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	409250776
72	NT_187105	TACCAG	2	12	190425	190436	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	409250776
73	NT_187105	GGCGCT	2	12	194151	194162	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	409250778
74	NT_187105	CTGCTC	2	12	198328	198339	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	409250782
75	NT_187105	CGTCGC	2	12	200585	200596	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	409250786
76	NT_187105	CCAGCA	2	12	203757	203768	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	409250789
77	NT_187105	GAAATT	2	12	205498	205509	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	409250791
78	NT_187105	TATCGT	2	12	209021	209032	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	409250795
79	NT_187105	GTTTAT	2	12	209674	209685	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	409250796
80	NT_187105	TATCCA	2	12	214366	214377	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	409250801
81	NT_187105	CATCGC	2	12	215499	215510	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	409250802
82	NT_187105	GATCAG	2	12	226834	226845	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	409250811
83	NT_187105	GTTTGA	2	12	231724	231735	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	409250815
84	NT_187105	AACCGG	2	12	232929	232940	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	409250817
85	NT_187105	GCTGTT	2	12	236978	236989	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	409250821
86	NT_187105	ACCAGC	2	12	237677	237688	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	409250822
87	NT_187105	GCCCAG	2	12	244868	244879	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	409250831
88	NT_187105	CGCTGG	2	12	248865	248876	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	409250834
89	NT_187105	TCGCTT	2	12	254429	254440	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	409250839
90	NT_187105	CGACAG	2	12	261134	261145	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	409250848
91	NT_187105	CGGCTT	2	12	263039	263050	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	409250850
92	NT_187105	ACTGGA	2	12	266609	266620	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	409250855
93	NT_187105	GGCGCA	2	12	267839	267850	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	409250856
94	NT_187105	GCCATC	2	12	269341	269352	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	409250858
95	NT_187105	GGCGAA	2	12	270144	270155	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	409250858
96	NT_187105	ACCGCC	2	12	270382	270393	16.67 %	0 %	16.67 %	66.67 %	409250858
97	NT_187105	TCACCG	2	12	270913	270924	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	409250859
98	NT_187105	CTGCGG	2	12	272718	272729	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	409250862
99	NT_187105	TCCAGC	2	12	275713	275724	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	409250867
100	NT_187105	CGCCAG	2	12	280792	280803	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	409250872
101	NT_187105	GCAGGC	2	12	283704	283715	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	409250874
102	NT_187105	GGCGTT	2	12	288048	288059	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	409250877
103	NT_187105	GAATAC	2	12	292432	292443	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	409250879
104	NT_187105	TAACGC	2	12	293306	293317	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	409250879

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.