MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Hexa-nucleotide Coding Repeats of Salmonella enterica subsp. enterica serovar Weltevreden str. 2007-60-3289-1

Total Repeats: 71

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NT_187081	CGCCAG	2	12	7495	7506	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	409249214
2	NT_187081	ATGCGG	2	12	7771	7782	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	409249214
3	NT_187081	TGCCAG	2	12	8310	8321	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	409249215
4	NT_187081	GATCGC	2	12	12505	12516	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	409249218
5	NT_187081	ATGTGG	2	12	13530	13541	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	409249220
6	NT_187081	CCAGCG	2	12	16538	16549	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	409249223
7	NT_187081	GACGCT	2	12	16950	16961	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	409249224
8	NT_187081	TTTGTC	2	12	17161	17172	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	409249224
9	NT_187081	AATACC	2	12	19490	19501	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	409249227
10	NT_187081	GATGCT	2	12	21170	21181	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	409249228
11	NT_187081	CGGCGA	2	12	25176	25187	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	409249230
12	NT_187081	CTGTCG	2	12	26569	26580	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	409249231
13	NT_187081	CTGCGC	2	12	27860	27871	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	409249233
14	NT_187081	GGGGTG	2	12	30233	30244	0 %	16.67 %	83.33 %	0 %	409249234
15	NT_187081	ATGCCG	2	12	30354	30365	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	409249234
16	NT_187081	CTGGCG	2	12	31470	31481	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	409249235
17	NT_187081	CACCGA	2	12	33528	33539	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	409249237
18	NT_187081	CAGGCG	2	12	35812	35823	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	409249239
19	NT_187081	TTAACG	2	12	36082	36093	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	409249239
20	NT_187081	TACTGA	2	12	36914	36925	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	409249241
21	NT_187081	GAGGCA	2	12	42197	42208	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	409249243
22	NT_187081	CGAAGT	2	12	42553	42564	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	409249243
23	NT_187081	GTCGCT	2	12	42595	42606	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	409249243
24	NT_187081	AATCAG	2	12	43470	43481	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	409249244
25	NT_187081	GCGCTG	2	12	46560	46571	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	409249248
26	NT_187081	TTCGAT	2	12	48698	48709	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	409249252
27	NT_187081	ATCCCG	2	12	52548	52559	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	409249256
28	NT_187081	AGCCGT	2	12	53892	53903	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	409249257
29	NT_187081	GCTGGC	2	12	55301	55312	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	409249259
30	NT_187081	AAAGAC	2	12	55605	55616	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	409249260
31	NT_187081	ACAGCA	2	12	57606	57617	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	409249261
32	NT_187081	CAACGC	2	12	58945	58956	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	409249262
33	NT_187081	CTGCGC	2	12	59847	59858	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	409249263
34	NT_187081	CGCCTG	2	12	59964	59975	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	409249263
35	NT_187081	TCCATA	2	12	64738	64749	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	409249266
36	NT_187081	GATCTG	2	12	65144	65155	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	409249267
37	NT_187081	AGGCGA	2	12	65245	65256	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	409249267
38	NT_187081	CGTGGG	2	12	67562	67573	0 %	16.67 %	66.67 %	16.67 %	409249271
39	NT_187081	GGCGGG	2	12	68207	68218	0 %	0 %	83.33 %	16.67 %	409249272
40	NT_187081	CGTGCG	2	12	68864	68875	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	409249272
41	NT_187081	CGTAAT	2	12	72489	72500	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	409249275
42	NT_187081	CGCCAG	2	12	72504	72515	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	409249275
43	NT_187081	AAACGC	2	12	74744	74755	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	409249278
44	NT_187081	GATAAG	2	12	74773	74784	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	409249278
45	NT_187081	AGCAAC	2	12	77295	77306	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	409249280
46	NT_187081	GCGCCA	2	12	83305	83316	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	409249286
47	NT_187081	GCCAGC	2	12	87191	87202	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	409249288
48	NT_187081	GCGCGG	2	12	88144	88155	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	409249289
49	NT_187081	GGAAAC	2	12	89086	89097	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	409249290
50	NT_187081	CGGCGA	2	12	94069	94080	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	409249295
51	NT_187081	GTTGCA	2	12	97336	97347	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	409249298
52	NT_187081	GGGTAG	2	12	97713	97724	16.67 %	16.67 %	66.67 %	0 %	409249298
53	NT_187081	GCTTCG	2	12	98074	98085	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	409249298
54	NT_187081	TTAGAA	2	12	100345	100356	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	409249301
55	NT_187081	GATATA	2	12	101152	101163	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	409249302
56	NT_187081	TGCGGC	2	12	101529	101540	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	409249302
57	NT_187081	CTTAAA	2	12	104016	104027	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	409249305
58	NT_187081	TTACTG	2	12	104202	104213	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	409249305
59	NT_187081	TATGCC	2	12	115903	115914	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	409249316
60	NT_187081	TGCCGA	2	12	116750	116761	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	409249317
61	NT_187081	TCCAGT	2	12	119481	119492	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	409249321
62	NT_187081	TCAGCG	2	12	123632	123643	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	409249325
63	NT_187081	ATTCTG	2	12	125303	125314	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	409249327
64	NT_187081	TATATC	2	12	128934	128945	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	409249330
65	NT_187081	ATGTTA	2	12	130935	130946	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	409249332
66	NT_187081	GTCTGG	2	12	131292	131303	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	409249332
67	NT_187081	CATTGT	2	12	134621	134632	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	409249336
68	NT_187081	GTCAGC	2	12	136527	136538	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	409249339
69	NT_187081	TGTCGT	2	12	144956	144967	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	409249346
70	NT_187081	ATATTG	2	12	151685	151696	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	409249351
71	NT_187081	GTTATT	2	12	151891	151902	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	409249351

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.