MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Non-Coding Repeats of Candidatus Caldiarchaeum subterraneum DNA

Total Repeats: 99

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_022786	AGTGA	2	10	30569	30578	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
2	NC_022786	TTGGA	2	10	31420	31429	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
3	NC_022786	AGGAC	2	10	31489	31498	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
4	NC_022786	GGGTA	2	10	50905	50914	20 %	20 %	60 %	0 %	Non-Coding
5	NC_022786	GGCAA	2	10	105493	105502	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
6	NC_022786	GTCCG	2	10	119793	119802	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
7	NC_022786	GTTGC	2	10	144081	144090	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
8	NC_022786	AAAGC	2	10	146419	146428	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
9	NC_022786	ACCTA	2	10	152651	152660	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
10	NC_022786	GATGG	2	10	165900	165909	20 %	20 %	60 %	0 %	Non-Coding
11	NC_022786	TCAAA	2	10	230068	230077	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
12	NC_022786	GAGCT	2	10	230553	230562	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
13	NC_022786	ATTGT	2	10	279422	279431	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
14	NC_022786	TTCCT	2	10	320925	320934	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
15	NC_022786	GACAG	2	10	431456	431465	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
16	NC_022786	TATTC	2	10	467293	467302	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
17	NC_022786	TTAAA	2	10	482878	482887	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
18	NC_022786	TTTCT	2	10	486729	486738	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
19	NC_022786	TTTTA	2	10	511021	511030	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
20	NC_022786	TGCTC	2	10	516143	516152	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
21	NC_022786	TGTCT	2	10	516807	516816	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
22	NC_022786	GGCTT	2	10	517744	517753	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
23	NC_022786	AAAAC	2	10	528060	528069	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
24	NC_022786	CAATA	2	10	528581	528590	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
25	NC_022786	CAAAA	2	10	534170	534179	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
26	NC_022786	AAAAT	2	10	560004	560013	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
27	NC_022786	GGCTC	2	10	564841	564850	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
28	NC_022786	TCGCC	2	10	578139	578148	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
29	NC_022786	AGCCG	2	10	588180	588189	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
30	NC_022786	TCTCT	2	10	591631	591640	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
31	NC_022786	GCAAC	2	10	630745	630754	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
32	NC_022786	AAACA	2	10	663893	663902	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
33	NC_022786	TCAGC	2	10	664431	664440	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
34	NC_022786	TATTC	2	10	669927	669936	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
35	NC_022786	TTGTC	2	10	670017	670026	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
36	NC_022786	AAAAG	2	10	674311	674320	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
37	NC_022786	CCAGA	2	10	692586	692595	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
38	NC_022786	ATAGG	2	10	693087	693096	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
39	NC_022786	GGACA	2	10	693453	693462	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
40	NC_022786	TATGT	2	10	714462	714471	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
41	NC_022786	TACCC	2	10	721774	721783	20 %	20 %	0 %	60 %	Non-Coding
42	NC_022786	TAAAC	2	10	721873	721882	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
43	NC_022786	GCTTT	2	10	724021	724030	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
44	NC_022786	TTGTG	2	10	727193	727202	0 %	60 %	40 %	0 %	Non-Coding
45	NC_022786	GGGTT	2	10	728765	728774	0 %	40 %	60 %	0 %	Non-Coding
46	NC_022786	AGATG	2	10	743286	743295	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
47	NC_022786	GTCCC	2	10	765898	765907	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
48	NC_022786	TCCTC	2	10	772753	772762	0 %	40 %	0 %	60 %	Non-Coding
49	NC_022786	TCATC	2	10	772855	772864	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
50	NC_022786	TGATG	2	10	775214	775223	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
51	NC_022786	AAACC	2	10	789949	789958	60 %	0 %	0 %	40 %	Non-Coding
52	NC_022786	TGGGG	2	10	844290	844299	0 %	20 %	80 %	0 %	Non-Coding
53	NC_022786	TCCAA	2	10	884881	884890	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
54	NC_022786	CAAGA	2	10	888101	888110	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
55	NC_022786	CATTT	2	10	892592	892601	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
56	NC_022786	AGGCT	2	10	892666	892675	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
57	NC_022786	CCTTT	2	10	892765	892774	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
58	NC_022786	GATAC	2	10	893010	893019	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
59	NC_022786	AAGCA	2	10	896711	896720	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
60	NC_022786	ATCCC	2	10	897000	897009	20 %	20 %	0 %	60 %	Non-Coding
61	NC_022786	CATCT	2	10	899525	899534	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
62	NC_022786	CAGCC	2	10	905380	905389	20 %	0 %	20 %	60 %	Non-Coding
63	NC_022786	ACGTC	2	10	905799	905808	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
64	NC_022786	TTCCC	2	10	911322	911331	0 %	40 %	0 %	60 %	Non-Coding
65	NC_022786	TATGC	2	10	917971	917980	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
66	NC_022786	AGAAC	2	10	920251	920260	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
67	NC_022786	GAAAG	2	10	920455	920464	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
68	NC_022786	TGGAT	2	10	978438	978447	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
69	NC_022786	AAATG	2	10	987833	987842	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
70	NC_022786	GTTTT	2	10	1133438	1133447	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
71	NC_022786	GGGGA	2	10	1143681	1143690	20 %	0 %	80 %	0 %	Non-Coding
72	NC_022786	AGAAA	2	10	1150059	1150068	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
73	NC_022786	TACAT	2	10	1151128	1151137	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
74	NC_022786	CTCAA	2	10	1162045	1162054	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
75	NC_022786	AGGAG	2	10	1192547	1192556	40 %	0 %	60 %	0 %	Non-Coding
76	NC_022786	AGCAA	2	10	1192597	1192606	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
77	NC_022786	AATAT	2	10	1232233	1232242	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
78	NC_022786	CATAG	2	10	1236909	1236918	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
79	NC_022786	AAATT	2	10	1266412	1266421	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
80	NC_022786	CAGCC	2	10	1332919	1332928	20 %	0 %	20 %	60 %	Non-Coding
81	NC_022786	TAATT	2	10	1341584	1341593	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
82	NC_022786	TCTTT	2	10	1380621	1380630	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
83	NC_022786	CTCTT	2	10	1388109	1388118	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
84	NC_022786	CGCAA	2	10	1485792	1485801	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
85	NC_022786	AGCCG	2	10	1509019	1509028	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
86	NC_022786	AATTA	2	10	1513197	1513206	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
87	NC_022786	TAACC	2	10	1513253	1513262	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
88	NC_022786	TTTTA	2	10	1515183	1515192	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
89	NC_022786	CTCTT	2	10	1520624	1520633	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
90	NC_022786	GCATG	2	10	1540102	1540111	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
91	NC_022786	CATTT	2	10	1540164	1540173	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
92	NC_022786	GCTTA	2	10	1544569	1544578	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
93	NC_022786	TCTTT	2	10	1593026	1593035	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
94	NC_022786	AAACC	2	10	1597588	1597597	60 %	0 %	0 %	40 %	Non-Coding
95	NC_022786	TGGGT	2	10	1597756	1597765	0 %	40 %	60 %	0 %	Non-Coding
96	NC_022786	GCAAA	2	10	1598035	1598044	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
97	NC_022786	TATGT	2	10	1606688	1606697	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
98	NC_022786	AGAAT	2	10	1606981	1606990	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
99	NC_022786	CGGTC	2	10	1663787	1663796	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.