MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Hexa-nucleotide Coding Repeats of Anaplasma marginale str. Gypsy Plains genome

Total Repeats: 160

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_022784	TTGCAA	2	12	1454	1465	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	557625307
2	NC_022784	TGTTGC	2	12	3820	3831	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	557625310
3	NC_022784	TATGGG	2	12	3955	3966	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	557625310
4	NC_022784	TACATC	2	12	7278	7289	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	557625314
5	NC_022784	GTGGCC	2	12	9439	9450	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	557625315
6	NC_022784	ACCGGA	2	12	15826	15837	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	557625320
7	NC_022784	GCCGCG	2	12	18067	18078	0 %	0 %	50 %	50 %	557625321
8	NC_022784	AGAAGC	2	12	31677	31688	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	557625332
9	NC_022784	AAACCC	2	12	38046	38057	50 %	0 %	0 %	50 %	557625333
10	NC_022784	AAAGAC	2	12	69727	69738	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	557625351
11	NC_022784	TTTGTG	2	12	85665	85676	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	557625361
12	NC_022784	TGGGTG	2	12	88448	88459	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	557625364
13	NC_022784	CCTGGA	2	12	105719	105730	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	557625370
14	NC_022784	TACCCA	2	12	126293	126304	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	557625383
15	NC_022784	TTGCCC	2	12	134570	134581	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	557625391
16	NC_022784	CTGTTG	2	12	136831	136842	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	557625392
17	NC_022784	TGGGCA	2	12	136981	136992	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	557625392
18	NC_022784	TTCATG	2	12	137244	137255	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	557625392
19	NC_022784	GTTGCA	2	12	139603	139614	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	557625396
20	NC_022784	TGCACA	2	12	163729	163740	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	557625414
21	NC_022784	CAAGCT	2	12	167564	167575	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	557625416
22	NC_022784	GATCAA	2	12	170749	170760	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	557625419
23	NC_022784	AGATAT	2	12	174512	174523	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	557625423
24	NC_022784	AGGTCA	2	12	177921	177932	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	557625425
25	NC_022784	CTTCCT	2	12	191303	191314	0 %	50 %	0 %	50 %	557625433
26	NC_022784	GGAGCG	2	12	209837	209848	16.67 %	0 %	66.67 %	16.67 %	557625447
27	NC_022784	GGCCGT	2	12	209975	209986	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	557625447
28	NC_022784	AGGGGC	2	12	226844	226855	16.67 %	0 %	66.67 %	16.67 %	557625458
29	NC_022784	AACACT	2	12	238073	238084	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	557625469
30	NC_022784	GGAAGT	2	12	241866	241877	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	557625472
31	NC_022784	ATGCGC	2	12	247171	247182	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	557625474
32	NC_022784	TCCCAA	2	12	254159	254170	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	557625479
33	NC_022784	CACAAG	2	12	258976	258987	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	557625484
34	NC_022784	GCCAAG	2	12	261294	261305	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	557625485
35	NC_022784	GAGGTT	2	12	263596	263607	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	557625488
36	NC_022784	ACACCG	2	12	265088	265099	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	557625488
37	NC_022784	CTCAGC	2	12	277320	277331	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	557625497
38	NC_022784	TGGTAT	2	12	278901	278912	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	557625498
39	NC_022784	TTGTTT	2	12	283986	283997	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	557625502
40	NC_022784	GTCCCT	2	12	288044	288055	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	557625505
41	NC_022784	CATATA	2	12	301642	301653	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	557625513
42	NC_022784	AGGTGC	2	12	332756	332767	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	557625520
43	NC_022784	AGACAG	2	12	333441	333452	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	557625521
44	NC_022784	ATGCCC	2	12	335246	335257	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	557625521
45	NC_022784	GAGGCG	2	12	340781	340792	16.67 %	0 %	66.67 %	16.67 %	557625525
46	NC_022784	TAGTGA	2	12	355106	355117	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	557625533
47	NC_022784	TGAAAG	2	12	371077	371088	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	557625540
48	NC_022784	GATGCT	2	12	389499	389510	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	557625551
49	NC_022784	ATCGCC	2	12	391725	391736	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	557625553
50	NC_022784	TATGGG	2	12	396514	396525	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	557625558
51	NC_022784	ACTTAT	2	12	400624	400635	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	557625561
52	NC_022784	TATAAT	2	12	404752	404763	50 %	50 %	0 %	0 %	557625564
53	NC_022784	GTGCAG	2	12	407744	407755	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	557625568
54	NC_022784	CTCATT	2	12	417551	417562	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	557625576
55	NC_022784	CGCTCA	2	12	427506	427517	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	557625578
56	NC_022784	GAGTAA	2	12	433351	433362	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	557625583
57	NC_022784	GCTATC	2	12	438273	438284	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	557625585
58	NC_022784	ACGAAA	2	12	438339	438350	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	557625585
59	NC_022784	CTTCAT	2	12	446323	446334	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	557625591
60	NC_022784	ACCATA	2	12	448176	448187	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	557625592
61	NC_022784	GAAATT	2	12	448423	448434	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	557625593
62	NC_022784	GTCTTC	2	12	450864	450875	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	557625596
63	NC_022784	AATCGG	2	12	457910	457921	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	557625598
64	NC_022784	TAGGGG	2	12	463182	463193	16.67 %	16.67 %	66.67 %	0 %	557625602
65	NC_022784	TGCGAA	2	12	471857	471868	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	557625608
66	NC_022784	TGCTGG	2	12	486748	486759	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	557625617
67	NC_022784	GAGTTG	2	12	486850	486861	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	557625617
68	NC_022784	TGCACT	2	12	487045	487056	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	557625617
69	NC_022784	GTGTTG	2	12	489896	489907	0 %	50 %	50 %	0 %	557625620
70	NC_022784	GCACCG	2	12	490991	491002	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	557625621
71	NC_022784	TAAAAG	2	12	503784	503795	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	557625623
72	NC_022784	TAAAAG	2	12	506182	506193	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	557625624
73	NC_022784	GTTTCC	2	12	521064	521075	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	557625634
74	NC_022784	AGGGAT	2	12	525651	525662	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	557625639
75	NC_022784	ACCACA	2	12	528594	528605	50 %	0 %	0 %	50 %	557625643
76	NC_022784	TTTTCC	2	12	529254	529265	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	557625643
77	NC_022784	TTTACT	2	12	539106	539117	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	557625653
78	NC_022784	TGCCCA	2	12	542984	542995	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	557625657
79	NC_022784	GGCCAT	2	12	554878	554889	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	557625666
80	NC_022784	ATTGCA	2	12	561092	561103	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	557625670
81	NC_022784	TCCTTA	2	12	562779	562790	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	557625672
82	NC_022784	AGGCGC	2	12	563753	563764	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	557625673
83	NC_022784	TTGATG	2	12	564651	564662	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	557625674
84	NC_022784	TCACCA	2	12	570879	570890	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	557625680
85	NC_022784	TGCCTA	2	12	587257	587268	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	557625686
86	NC_022784	ATGTAT	2	12	592762	592773	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	557625691
87	NC_022784	GCACCA	2	12	597070	597081	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	557625695
88	NC_022784	GTATGG	2	12	607098	607109	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	557625704
89	NC_022784	CAAAAT	2	12	619384	619395	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	557625707
90	NC_022784	GCCCAG	2	12	619631	619642	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	557625707
91	NC_022784	CGATTG	2	12	634786	634797	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	557625714
92	NC_022784	CGCAGG	2	12	659052	659063	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	557625721
93	NC_022784	CGGTCA	2	12	667469	667480	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	557625725
94	NC_022784	CGGCAG	2	12	672838	672849	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	557625728
95	NC_022784	TCCTCA	2	12	682045	682056	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	557625734
96	NC_022784	CGGAAA	2	12	684181	684192	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	557625736
97	NC_022784	GCTGTG	2	12	685979	685990	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	557625737
98	NC_022784	CTCGCC	2	12	691575	691586	0 %	16.67 %	16.67 %	66.67 %	557625742
99	NC_022784	GCCATA	2	12	711447	711458	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	557625757
100	NC_022784	TCTTGC	2	12	722483	722494	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	557625765
101	NC_022784	GTGCTG	2	12	729930	729941	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	557626144
102	NC_022784	GCTACC	2	12	733165	733176	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	557625773
103	NC_022784	GGCCAC	2	12	744622	744633	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	557625775
104	NC_022784	CAGGTA	2	12	769027	769038	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	557625785
105	NC_022784	ATCAGC	2	12	777986	777997	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	557625792
106	NC_022784	ACCCCT	2	12	781486	781497	16.67 %	16.67 %	0 %	66.67 %	557625794
107	NC_022784	TCGGCC	2	12	783150	783161	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	557625795
108	NC_022784	TATGGA	2	12	793743	793754	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	557625802
109	NC_022784	GCTTGT	2	12	794252	794263	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	557625802
110	NC_022784	CCAACC	2	12	795196	795207	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	557625802
111	NC_022784	AGAGCT	2	12	799510	799521	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	557625806
112	NC_022784	AGTTGC	2	12	802420	802431	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	557625807
113	NC_022784	CGGGAG	2	12	808625	808636	16.67 %	0 %	66.67 %	16.67 %	557625814
114	NC_022784	CTTACC	2	12	824074	824085	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	557625824
115	NC_022784	TACCCT	2	12	825141	825152	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	557625826
116	NC_022784	TCCTAA	2	12	826183	826194	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	557625828
117	NC_022784	GGCAGA	2	12	839047	839058	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	557625850
118	NC_022784	AAAAAG	2	12	850034	850045	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	557625859
119	NC_022784	TTTGGT	2	12	862607	862618	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	557625865
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©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.