MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Coding Repeats of Anaplasma marginale str. Gypsy Plains genome

Total Repeats: 436

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_022784	TAAAA	2	10	1578	1587	80 %	20 %	0 %	0 %	557625307
2	NC_022784	CCAAA	2	10	4039	4048	60 %	0 %	0 %	40 %	557625310
3	NC_022784	TAAAC	2	10	5393	5402	60 %	20 %	0 %	20 %	557625312
4	NC_022784	GGGTC	2	10	10134	10143	0 %	20 %	60 %	20 %	557625316
5	NC_022784	CCCGG	2	10	10167	10176	0 %	0 %	40 %	60 %	557625316
6	NC_022784	ATACT	2	10	14570	14579	40 %	40 %	0 %	20 %	557625319
7	NC_022784	TCTTG	2	10	15724	15733	0 %	60 %	20 %	20 %	557625320
8	NC_022784	AATGA	2	10	17254	17263	60 %	20 %	20 %	0 %	557625321
9	NC_022784	TCCAA	2	10	23337	23346	40 %	20 %	0 %	40 %	557625323
10	NC_022784	CTAAG	2	10	27171	27180	40 %	20 %	20 %	20 %	557625327
11	NC_022784	TCCTC	2	10	37805	37814	0 %	40 %	0 %	60 %	557625333
12	NC_022784	GCTGC	2	10	39807	39816	0 %	20 %	40 %	40 %	557625336
13	NC_022784	GGCAA	2	10	39911	39920	40 %	0 %	40 %	20 %	557625336
14	NC_022784	GCTTT	2	10	40973	40982	0 %	60 %	20 %	20 %	557625337
15	NC_022784	CAAGC	2	10	44772	44781	40 %	0 %	20 %	40 %	557625341
16	NC_022784	AAGGT	2	10	45225	45234	40 %	20 %	40 %	0 %	557625341
17	NC_022784	CAGCC	2	10	45888	45897	20 %	0 %	20 %	60 %	557626112
18	NC_022784	AGCTC	2	10	52374	52383	20 %	20 %	20 %	40 %	557625345
19	NC_022784	CAGCT	2	10	53246	53255	20 %	20 %	20 %	40 %	557625345
20	NC_022784	ATCGT	2	10	53940	53949	20 %	40 %	20 %	20 %	557625345
21	NC_022784	GTGAG	2	10	62801	62810	20 %	20 %	60 %	0 %	557625348
22	NC_022784	CCAAG	2	10	68168	68177	40 %	0 %	20 %	40 %	557625350
23	NC_022784	GCTGA	2	10	70628	70637	20 %	20 %	40 %	20 %	557625352
24	NC_022784	TGCTG	2	10	76759	76768	0 %	40 %	40 %	20 %	557625356
25	NC_022784	TAGTA	2	10	79761	79770	40 %	40 %	20 %	0 %	557625360
26	NC_022784	TGCCT	2	10	91321	91330	0 %	40 %	20 %	40 %	557625367
27	NC_022784	GTGCT	2	10	105738	105747	0 %	40 %	40 %	20 %	557625370
28	NC_022784	AGGGT	2	10	109713	109722	20 %	20 %	60 %	0 %	557625371
29	NC_022784	CAGTG	2	10	111898	111907	20 %	20 %	40 %	20 %	557625373
30	NC_022784	GCAGT	2	10	121597	121606	20 %	20 %	40 %	20 %	557625378
31	NC_022784	CTGCC	2	10	124476	124485	0 %	20 %	20 %	60 %	557625381
32	NC_022784	GGGCG	2	10	126849	126858	0 %	0 %	80 %	20 %	557625384
33	NC_022784	TGCCC	2	10	127756	127765	0 %	20 %	20 %	60 %	557625385
34	NC_022784	GCTTC	2	10	130558	130567	0 %	40 %	20 %	40 %	557625387
35	NC_022784	CATAA	2	10	133606	133615	60 %	20 %	0 %	20 %	557625390
36	NC_022784	TTTCT	2	10	138335	138344	0 %	80 %	0 %	20 %	557625393
37	NC_022784	GAGCT	2	10	141874	141883	20 %	20 %	40 %	20 %	557625399
38	NC_022784	CAGGG	2	10	146661	146670	20 %	0 %	60 %	20 %	557625402
39	NC_022784	CCCTA	2	10	148477	148486	20 %	20 %	0 %	60 %	557625403
40	NC_022784	GCCAC	2	10	150303	150312	20 %	0 %	20 %	60 %	557625406
41	NC_022784	CGCTA	2	10	152398	152407	20 %	20 %	20 %	40 %	557625408
42	NC_022784	ACTTT	2	10	163812	163821	20 %	60 %	0 %	20 %	557625414
43	NC_022784	CTATC	2	10	168552	168561	20 %	40 %	0 %	40 %	557625418
44	NC_022784	GTGGC	2	10	170876	170885	0 %	20 %	60 %	20 %	557625419
45	NC_022784	CTTGC	2	10	172151	172160	0 %	40 %	20 %	40 %	557625420
46	NC_022784	AGCCA	2	10	173249	173258	40 %	0 %	20 %	40 %	557625421
47	NC_022784	TGCAT	2	10	175627	175636	20 %	40 %	20 %	20 %	557625423
48	NC_022784	TATGT	2	10	178193	178202	20 %	60 %	20 %	0 %	557625425
49	NC_022784	CACCC	2	10	179123	179132	20 %	0 %	0 %	80 %	557625425
50	NC_022784	AAAAG	2	10	185638	185647	80 %	0 %	20 %	0 %	557625428
51	NC_022784	CGATG	2	10	185780	185789	20 %	20 %	40 %	20 %	557625428
52	NC_022784	GGGCG	2	10	189662	189671	0 %	0 %	80 %	20 %	557625431
53	NC_022784	GACAC	2	10	192594	192603	40 %	0 %	20 %	40 %	557625434
54	NC_022784	ACTTC	2	10	192919	192928	20 %	40 %	0 %	40 %	557625434
55	NC_022784	TTCTG	2	10	199831	199840	0 %	60 %	20 %	20 %	557625439
56	NC_022784	CTTCC	2	10	199872	199881	0 %	40 %	0 %	60 %	557625439
57	NC_022784	AAGCG	2	10	201116	201125	40 %	0 %	40 %	20 %	557625440
58	NC_022784	AGGGA	2	10	202327	202336	40 %	0 %	60 %	0 %	557625441
59	NC_022784	CATGT	2	10	203048	203057	20 %	40 %	20 %	20 %	557625441
60	NC_022784	GAGTG	2	10	205816	205825	20 %	20 %	60 %	0 %	557625443
61	NC_022784	CAGAA	2	10	209781	209790	60 %	0 %	20 %	20 %	557625447
62	NC_022784	AGGTG	2	10	209792	209801	20 %	20 %	60 %	0 %	557625447
63	NC_022784	AAAAT	2	10	211249	211258	80 %	20 %	0 %	0 %	557625447
64	NC_022784	CAGTA	2	10	211674	211683	40 %	20 %	20 %	20 %	557625447
65	NC_022784	TAATG	2	10	211727	211736	40 %	40 %	20 %	0 %	557625447
66	NC_022784	CGGTG	2	10	218225	218234	0 %	20 %	60 %	20 %	557625455
67	NC_022784	TGAAA	2	10	220801	220810	60 %	20 %	20 %	0 %	557625456
68	NC_022784	CGTCC	2	10	221674	221683	0 %	20 %	20 %	60 %	557625456
69	NC_022784	GGAAG	2	10	222289	222298	40 %	0 %	60 %	0 %	557625456
70	NC_022784	GAAGG	2	10	222740	222749	40 %	0 %	60 %	0 %	557625456
71	NC_022784	AGGTT	2	10	227630	227639	20 %	40 %	40 %	0 %	557625458
72	NC_022784	GGTAC	2	10	227938	227947	20 %	20 %	40 %	20 %	557625458
73	NC_022784	TTTCT	2	10	235133	235142	0 %	80 %	0 %	20 %	557625465
74	NC_022784	TCACC	2	10	238323	238332	20 %	20 %	0 %	60 %	557625469
75	NC_022784	GCGCA	2	10	241564	241573	20 %	0 %	40 %	40 %	557625472
76	NC_022784	GCTGG	2	10	249750	249759	0 %	20 %	60 %	20 %	557625475
77	NC_022784	GCTCT	2	10	254931	254940	0 %	40 %	20 %	40 %	557625479
78	NC_022784	GGGTA	2	10	257362	257371	20 %	20 %	60 %	0 %	557625482
79	NC_022784	GAACA	2	10	257659	257668	60 %	0 %	20 %	20 %	557625482
80	NC_022784	GGGGA	2	10	261995	262004	20 %	0 %	80 %	0 %	557625486
81	NC_022784	ACTAT	2	10	268699	268708	40 %	40 %	0 %	20 %	557625491
82	NC_022784	ATTGT	2	10	269843	269852	20 %	60 %	20 %	0 %	557625492
83	NC_022784	TTGCG	2	10	272586	272595	0 %	40 %	40 %	20 %	557625494
84	NC_022784	AAGGG	2	10	274761	274770	40 %	0 %	60 %	0 %	557625495
85	NC_022784	ACTTC	2	10	277036	277045	20 %	40 %	0 %	40 %	557625497
86	NC_022784	CTTGC	2	10	277455	277464	0 %	40 %	20 %	40 %	557625497
87	NC_022784	CTTTT	2	10	279757	279766	0 %	80 %	0 %	20 %	557625499
88	NC_022784	GGAAC	2	10	279819	279828	40 %	0 %	40 %	20 %	557625499
89	NC_022784	AAGCC	2	10	283549	283558	40 %	0 %	20 %	40 %	557625502
90	NC_022784	TAATA	2	10	284364	284373	60 %	40 %	0 %	0 %	557625502
91	NC_022784	AGTTG	2	10	285348	285357	20 %	40 %	40 %	0 %	557625503
92	NC_022784	GGGTA	2	10	290872	290881	20 %	20 %	60 %	0 %	557625508
93	NC_022784	TTCTT	2	10	290898	290907	0 %	80 %	0 %	20 %	557625508
94	NC_022784	TGCGA	2	10	297324	297333	20 %	20 %	40 %	20 %	557625510
95	NC_022784	GGCCT	2	10	301417	301426	0 %	20 %	40 %	40 %	557625513
96	NC_022784	CCAAG	2	10	301724	301733	40 %	0 %	20 %	40 %	557625513
97	NC_022784	GTGCT	2	10	302145	302154	0 %	40 %	40 %	20 %	557625513
98	NC_022784	CTGCC	2	10	303700	303709	0 %	20 %	20 %	60 %	557625513
99	NC_022784	TTTGC	2	10	304612	304621	0 %	60 %	20 %	20 %	557625513
100	NC_022784	TTGGA	2	10	323435	323444	20 %	40 %	40 %	0 %	557625517
101	NC_022784	TAAGA	2	10	325626	325635	60 %	20 %	20 %	0 %	557625518
102	NC_022784	AATAG	2	10	332019	332028	60 %	20 %	20 %	0 %	557625519
103	NC_022784	GTAGA	2	10	333195	333204	40 %	20 %	40 %	0 %	557625520
104	NC_022784	CTCAC	2	10	334279	334288	20 %	20 %	0 %	60 %	557625521
105	NC_022784	TGCCG	2	10	334869	334878	0 %	20 %	40 %	40 %	557625521
106	NC_022784	TGTTC	2	10	335046	335055	0 %	60 %	20 %	20 %	557625521
107	NC_022784	ATCCC	2	10	338334	338343	20 %	20 %	0 %	60 %	557625523
108	NC_022784	TATCC	2	10	348187	348196	20 %	40 %	0 %	40 %	557625526
109	NC_022784	CAACA	2	10	349362	349371	60 %	0 %	0 %	40 %	557625528
110	NC_022784	GTGAT	2	10	350787	350796	20 %	40 %	40 %	0 %	557625529
111	NC_022784	GAAGC	2	10	353472	353481	40 %	0 %	40 %	20 %	557626163
112	NC_022784	TTACT	2	10	356250	356259	20 %	60 %	0 %	20 %	557625534
113	NC_022784	TGCAT	2	10	359866	359875	20 %	40 %	20 %	20 %	557625535
114	NC_022784	CGTAT	2	10	361144	361153	20 %	40 %	20 %	20 %	557625536
115	NC_022784	GCTGC	2	10	361533	361542	0 %	20 %	40 %	40 %	557625536
116	NC_022784	AGAGC	2	10	371910	371919	40 %	0 %	40 %	20 %	557625540
117	NC_022784	TAGCG	2	10	376242	376251	20 %	20 %	40 %	20 %	557625544
118	NC_022784	GTGAC	2	10	383914	383923	20 %	20 %	40 %	20 %	557625547
119	NC_022784	CCGAA	2	10	385144	385153	40 %	0 %	20 %	40 %	557625548
120	NC_022784	GCCGT	2	10	387785	387794	0 %	20 %	40 %	40 %	557625550
121	NC_022784	CAAAA	2	10	388084	388093	80 %	0 %	0 %	20 %	557625550
122	NC_022784	AAAGA	2	10	388862	388871	80 %	0 %	20 %	0 %	557625551
123	NC_022784	TGGGG	2	10	390657	390666	0 %	20 %	80 %	0 %	557625552
124	NC_022784	ACATC	2	10	391640	391649	40 %	20 %	0 %	40 %	557625553
125	NC_022784	TGCTC	2	10	391814	391823	0 %	40 %	20 %	40 %	557625553
126	NC_022784	AATGC	2	10	393069	393078	40 %	20 %	20 %	20 %	557625554
127	NC_022784	TTTAT	2	10	395472	395481	20 %	80 %	0 %	0 %	557625557
128	NC_022784	GTGGA	2	10	403722	403731	20 %	20 %	60 %	0 %	557625564
129	NC_022784	TTTAC	2	10	403747	403756	20 %	60 %	0 %	20 %	557625564
130	NC_022784	TATGT	2	10	404419	404428	20 %	60 %	20 %	0 %	557625564
131	NC_022784	GCGCA	2	10	404576	404585	20 %	0 %	40 %	40 %	557625564
132	NC_022784	CCCAT	2	10	407265	407274	20 %	20 %	0 %	60 %	557625568
133	NC_022784	GTCTG	2	10	411240	411249	0 %	40 %	40 %	20 %	557625572
134	NC_022784	ACTAA	2	10	413307	413316	60 %	20 %	0 %	20 %	557625572
135	NC_022784	AGGAA	2	10	414431	414440	60 %	0 %	40 %	0 %	557625574
136	NC_022784	GCCAA	2	10	414942	414951	40 %	0 %	20 %	40 %	557625574
137	NC_022784	CCACC	2	10	415976	415985	20 %	0 %	0 %	80 %	557625574
138	NC_022784	GCCGG	2	10	417596	417605	0 %	0 %	60 %	40 %	557625576
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141	NC_022784	GCGCA	2	10	430251	430260	20 %	0 %	40 %	40 %	557625581
142	NC_022784	TTGGT	2	10	430781	430790	0 %	60 %	40 %	0 %	557625581
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249	NC_022784	TACAC	2	10	711424	711433	40 %	20 %	0 %	40 %	557625757
250	NC_022784	GAACC	2	10	716020	716029	40 %	0 %	20 %	40 %	557625758
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252	NC_022784	AGGTG	2	10	729995	730004	20 %	20 %	60 %	0 %	557626144
253	NC_022784	CAGCA	2	10	733636	733645	40 %	0 %	20 %	40 %	557625773
254	NC_022784	CTGCG	2	10	744523	744532	0 %	20 %	40 %	40 %	557625775
255	NC_022784	TCCAT	2	10	750873	750882	20 %	40 %	0 %	40 %	557625776
256	NC_022784	TGTTC	2	10	750889	750898	0 %	60 %	20 %	20 %	557625776
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258	NC_022784	ACCGC	2	10	756132	756141	20 %	0 %	20 %	60 %	557625780
259	NC_022784	GGGGC	2	10	756796	756805	0 %	0 %	80 %	20 %	557626145
260	NC_022784	ACAGC	2	10	758515	758524	40 %	0 %	20 %	40 %	557625781
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385	NC_022784	ATTGG	2	10	1088789	1088798	20 %	40 %	40 %	0 %	557626024
386	NC_022784	CTGTC	2	10	1089547	1089556	0 %	40 %	20 %	40 %	557626025
387	NC_022784	GTATA	2	10	1096497	1096506	40 %	40 %	20 %	0 %	557626158
388	NC_022784	GCACC	2	10	1096661	1096670	20 %	0 %	20 %	60 %	557626028
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431	NC_022784	ATGCT	2	10	1177160	1177169	20 %	40 %	20 %	20 %	557626097
432	NC_022784	ACCGC	2	10	1187430	1187439	20 %	0 %	20 %	60 %	557626102
433	NC_022784	GTTGC	2	10	1190971	1190980	0 %	40 %	40 %	20 %	557626106
434	NC_022784	GCACA	2	10	1192071	1192080	40 %	0 %	20 %	40 %	557626106
435	NC_022784	TCCCT	2	10	1195084	1195093	0 %	40 %	0 %	60 %	557626161
436	NC_022784	ACTTT	2	10	1197268	1197277	20 %	60 %	0 %	20 %	557626110

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.