MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Hexa-nucleotide Repeats of Anaplasma marginale str. Dawn genome

Total Repeats: 247

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_022760	TTGCAA	2	12	1531	1542	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	557237422
2	NC_022760	TGTTGC	2	12	3897	3908	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	557237425
3	NC_022760	TATGGG	2	12	4032	4043	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	557237425
4	NC_022760	CTTGTG	2	12	5665	5676	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	557237427
5	NC_022760	TACATC	2	12	7357	7368	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
6	NC_022760	GTGGCC	2	12	9519	9530	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	557237429
7	NC_022760	GCCGCG	2	12	18150	18161	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
8	NC_022760	GAAGTA	2	12	24541	24552	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
9	NC_022760	AGAAGC	2	12	31747	31758	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	557237442
10	NC_022760	CTACTT	2	12	36466	36477	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
11	NC_022760	AAACCC	2	12	38112	38123	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
12	NC_022760	TTTGTG	2	12	85734	85745	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	557237468
13	NC_022760	TGGGTG	2	12	88519	88530	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
14	NC_022760	AATAGC	2	12	93281	93292	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	557237475
15	NC_022760	TCTCCT	2	12	94235	94246	0 %	50 %	0 %	50 %	557237475
16	NC_022760	CCTGTC	2	12	99303	99314	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
17	NC_022760	ACAAAC	2	12	105431	105442	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	557237480
18	NC_022760	CCTGGA	2	12	105788	105799	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	557237481
19	NC_022760	GGTTAA	2	12	106828	106839	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	557237482
20	NC_022760	TACCCA	2	12	126361	126372	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	557237491
21	NC_022760	TTGCCC	2	12	134637	134648	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	557237499
22	NC_022760	GTGCTG	2	12	135182	135193	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
23	NC_022760	CTGTTG	2	12	136898	136909	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	557237500
24	NC_022760	TGGGCA	2	12	137048	137059	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	557237500
25	NC_022760	TTCATG	2	12	137311	137322	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	557237500
26	NC_022760	GTTGCA	2	12	139670	139681	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	557237504
27	NC_022760	AACTGC	2	12	158361	158372	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
28	NC_022760	CGCCTG	2	12	159150	159161	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
29	NC_022760	TGCACA	2	12	163791	163802	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	557237523
30	NC_022760	CAAGCT	2	12	167626	167637	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	557237525
31	NC_022760	GATCAA	2	12	170811	170822	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	557237528
32	NC_022760	AGATAT	2	12	174574	174585	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
33	NC_022760	TATAAT	2	12	190627	190638	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
34	NC_022760	CTTCCT	2	12	191355	191366	0 %	50 %	0 %	50 %	557237541
35	NC_022760	AATTTC	2	12	194177	194188	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	557237544
36	NC_022760	GGAGCG	2	12	209898	209909	16.67 %	0 %	66.67 %	16.67 %	557237558
37	NC_022760	GGCCGT	2	12	210036	210047	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	557237558
38	NC_022760	AGGGGC	2	12	226905	226916	16.67 %	0 %	66.67 %	16.67 %	Non-Coding
39	NC_022760	AACACT	2	12	238138	238149	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	557237574
40	NC_022760	GGAAGT	2	12	241931	241942	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	557237577
41	NC_022760	ATGCGC	2	12	247238	247249	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	557237579
42	NC_022760	ACAAAA	2	12	250706	250717	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
43	NC_022760	GGTGCT	2	12	250969	250980	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
44	NC_022760	TCCCAA	2	12	254224	254235	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	557237583
45	NC_022760	CACAAG	2	12	259042	259053	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	557237588
46	NC_022760	GCCAAG	2	12	261360	261371	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	557237589
47	NC_022760	GAGGTT	2	12	263662	263673	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	557237592
48	NC_022760	ACACCG	2	12	265154	265165	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	557237592
49	NC_022760	CTCAGC	2	12	277389	277400	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	557237599
50	NC_022760	TGGTAT	2	12	278970	278981	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	557237600
51	NC_022760	TTGTTT	2	12	284055	284066	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	557237605
52	NC_022760	TGGGCT	2	12	284692	284703	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
53	NC_022760	GTCCCT	2	12	288115	288126	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	557237606
54	NC_022760	TGCAAT	2	12	295633	295644	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	557237610
55	NC_022760	CATATA	2	12	301719	301730	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	557237613
56	NC_022760	TGTCGG	2	12	307925	307936	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
57	NC_022760	ACCACT	2	12	309807	309818	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	Non-Coding
58	NC_022760	TATCCC	2	12	312503	312514	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	Non-Coding
59	NC_022760	ACATCT	2	12	322381	322392	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
60	NC_022760	GGGTTT	2	12	323762	323773	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
61	NC_022760	AGGTGC	2	12	332826	332837	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	557237620
62	NC_022760	AGACAG	2	12	333511	333522	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	557237621
63	NC_022760	ATGCCC	2	12	335316	335327	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
64	NC_022760	GTCAAT	2	12	342913	342924	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
65	NC_022760	CCTTGC	2	12	343947	343958	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
66	NC_022760	CATTGC	2	12	344953	344964	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
67	NC_022760	AACAAT	2	12	345155	345166	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
68	NC_022760	GCTGTT	2	12	345805	345816	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
69	NC_022760	TAGTGA	2	12	355179	355190	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	557237630
70	NC_022760	TGAAAG	2	12	371152	371163	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	557237640
71	NC_022760	GATGCT	2	12	389577	389588	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
72	NC_022760	AACTTC	2	12	391411	391422	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
73	NC_022760	ATCGCC	2	12	391801	391812	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	557237648
74	NC_022760	TATGGG	2	12	396589	396600	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	557237650
75	NC_022760	ACTTAT	2	12	400697	400708	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	557237653
76	NC_022760	TATAAT	2	12	404825	404836	50 %	50 %	0 %	0 %	557237656
77	NC_022760	GTGCAG	2	12	407817	407828	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	557237660
78	NC_022760	CTCATT	2	12	417618	417629	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	557237668
79	NC_022760	CGCTCA	2	12	427576	427587	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	557237671
80	NC_022760	GAGTAA	2	12	433421	433432	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	557237676
81	NC_022760	GCTATC	2	12	438343	438354	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	557237678
82	NC_022760	ACGAAA	2	12	438409	438420	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	557237678
83	NC_022760	CTTCAT	2	12	446393	446404	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
84	NC_022760	GTCTTC	2	12	450934	450945	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	557237685
85	NC_022760	AATCGG	2	12	457977	457988	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	557237688
86	NC_022760	TAGGGG	2	12	463249	463260	16.67 %	16.67 %	66.67 %	0 %	557237692
87	NC_022760	TGCGAA	2	12	471923	471934	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	557237699
88	NC_022760	TGCAAC	2	12	474785	474796	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
89	NC_022760	TGCTGG	2	12	486808	486819	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	557237706
90	NC_022760	GAGTTG	2	12	486910	486921	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	557237706
91	NC_022760	TGCACT	2	12	487105	487116	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	557237706
92	NC_022760	GTGTTG	2	12	489956	489967	0 %	50 %	50 %	0 %	557237709
93	NC_022760	GCACCG	2	12	491051	491062	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	557237710
94	NC_022760	GCGATA	2	12	496501	496512	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
95	NC_022760	TAAAAG	2	12	503842	503853	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	557237712
96	NC_022760	AGGGGA	2	12	504434	504445	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	557237713
97	NC_022760	TAAAAG	2	12	506241	506252	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	557237714
98	NC_022760	TTGCTG	2	12	508422	508433	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	557237715
99	NC_022760	GTTTCC	2	12	521122	521133	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	557237725
100	NC_022760	CACATC	2	12	523940	523951	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	Non-Coding
101	NC_022760	AGGGAT	2	12	525707	525718	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	557237729
102	NC_022760	ACCACA	2	12	528652	528663	50 %	0 %	0 %	50 %	557237732
103	NC_022760	TTTTCC	2	12	529312	529323	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	557237732
104	NC_022760	CGCACA	2	12	537767	537778	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
105	NC_022760	TTTACT	2	12	539164	539175	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	557237742
106	NC_022760	CTGCCC	2	12	541114	541125	0 %	16.67 %	16.67 %	66.67 %	557237744
107	NC_022760	AATTCG	2	12	541159	541170	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	557237744
108	NC_022760	TGCCCA	2	12	543041	543052	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	557237747
109	NC_022760	TAACTA	2	12	549353	549364	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	557238187
110	NC_022760	GGCCAT	2	12	554936	554947	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	557237754
111	NC_022760	ATTGCA	2	12	561149	561160	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	557237756
112	NC_022760	TCCTTA	2	12	562836	562847	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	557237758
113	NC_022760	AGGCGC	2	12	563810	563821	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	557237759
114	NC_022760	TTGATG	2	12	564708	564719	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	557237760
115	NC_022760	TCACCA	2	12	570936	570947	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	557237766
116	NC_022760	GCAGCC	2	12	574269	574280	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
117	NC_022760	GGCATA	2	12	578402	578413	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
118	NC_022760	TGCCTA	2	12	587312	587323	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	557237772
119	NC_022760	ATGTAT	2	12	592807	592818	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	557237777
120	NC_022760	GCACCA	2	12	597115	597126	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	557237781
121	NC_022760	GTATGG	2	12	607143	607154	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	Non-Coding
122	NC_022760	CAAAAT	2	12	619428	619439	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	557237791
123	NC_022760	GCCCAG	2	12	619675	619686	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	557237791
124	NC_022760	TCCCGG	2	12	626607	626618	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	557237795
125	NC_022760	CGATTG	2	12	634829	634840	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	557237800
126	NC_022760	ACACCG	2	12	641005	641016	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
127	NC_022760	TGCACA	2	12	643798	643809	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
128	NC_022760	CGGTTC	2	12	644056	644067	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
129	NC_022760	CAGCTG	2	12	644076	644087	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
130	NC_022760	GCAGGG	2	12	645355	645366	16.67 %	0 %	66.67 %	16.67 %	Non-Coding
131	NC_022760	TGCCGC	2	12	650735	650746	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
132	NC_022760	GGAGGC	2	12	651662	651673	16.67 %	0 %	66.67 %	16.67 %	Non-Coding
133	NC_022760	ACCCAG	2	12	656310	656321	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
134	NC_022760	CGCAGG	2	12	659104	659115	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	557237808
135	NC_022760	CTACTT	2	12	663145	663156	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
136	NC_022760	CGGTCA	2	12	667536	667547	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	557237809
137	NC_022760	CGGCAG	2	12	672905	672916	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	557237812
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142	NC_022760	CTCGCC	2	12	691643	691654	0 %	16.67 %	16.67 %	66.67 %	557237825
143	NC_022760	GCCATA	2	12	711512	711523	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	557237838
144	NC_022760	ACCCAA	2	12	713185	713196	50 %	0 %	0 %	50 %	557237839
145	NC_022760	GCCCTC	2	12	714065	714076	0 %	16.67 %	16.67 %	66.67 %	557237839
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147	NC_022760	TCTTGC	2	12	722548	722559	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	557237842
148	NC_022760	CCGGCA	2	12	726943	726954	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
149	NC_022760	GTGCTG	2	12	729995	730006	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	557238196
150	NC_022760	GCTACC	2	12	733228	733239	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	557237850
151	NC_022760	ATGTAC	2	12	742833	742844	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
152	NC_022760	TCCTTG	2	12	743898	743909	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
153	NC_022760	GGCCAC	2	12	744685	744696	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	557237852
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155	NC_022760	TCGCGC	2	12	766731	766742	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
156	NC_022760	CAGGTA	2	12	769089	769100	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	557237860
157	NC_022760	ATCAGC	2	12	778048	778059	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	557237864
158	NC_022760	ACCCCT	2	12	781548	781559	16.67 %	16.67 %	0 %	66.67 %	557237866
159	NC_022760	TCGGCC	2	12	783211	783222	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	557237867
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161	NC_022760	TAGTGG	2	12	790460	790471	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	Non-Coding
162	NC_022760	AGGGCA	2	12	790490	790501	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
163	NC_022760	GCCTGT	2	12	790739	790750	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	557237873
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168	NC_022760	TTCATC	2	12	798953	798964	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
169	NC_022760	AGAGCT	2	12	799571	799582	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	557237879
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174	NC_022760	CTTACC	2	12	824120	824131	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	Non-Coding
175	NC_022760	TACCCT	2	12	825187	825198	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	557237899
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181	NC_022760	TCAAGA	2	12	872951	872962	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
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190	NC_022760	AAACCC	2	12	903304	903315	50 %	0 %	0 %	50 %	557237957
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199	NC_022760	CAACCT	2	12	947059	947070	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	Non-Coding
200	NC_022760	TGTCAT	2	12	954556	954567	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
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217	NC_022760	GAGATT	2	12	1063712	1063723	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
218	NC_022760	CGAACA	2	12	1065172	1065183	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
219	NC_022760	GTTCTA	2	12	1072382	1072393	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	557238064
220	NC_022760	CGTGCC	2	12	1079726	1079737	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	557238069
221	NC_022760	CACAAG	2	12	1081895	1081906	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	557238071
222	NC_022760	CAGTAG	2	12	1083296	1083307	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
223	NC_022760	CTACAA	2	12	1085040	1085051	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
224	NC_022760	CAGAAA	2	12	1088439	1088450	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	557238075
225	NC_022760	CAGAAA	2	12	1093443	1093454	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	557238076
226	NC_022760	GATATA	2	12	1095240	1095251	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
227	NC_022760	CAAGAA	2	12	1102699	1102710	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
228	NC_022760	TGAGAA	2	12	1103370	1103381	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	557238083
229	NC_022760	CTACTT	2	12	1113602	1113613	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
230	NC_022760	CCAGCT	2	12	1116613	1116624	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
231	NC_022760	CCAGCA	2	12	1118717	1118728	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	557238096
232	NC_022760	TAAGGT	2	12	1127977	1127988	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	557238107
233	NC_022760	CCCGTC	2	12	1132006	1132017	0 %	16.67 %	16.67 %	66.67 %	557238112
234	NC_022760	GTGCTG	2	12	1135203	1135214	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	557238114
235	NC_022760	ACTCCC	2	12	1136624	1136635	16.67 %	16.67 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
236	NC_022760	GAGGAA	2	12	1142527	1142538	50 %	0 %	50 %	0 %	557238120
237	NC_022760	TATAAA	2	12	1145862	1145873	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	557238122
238	NC_022760	TTTCTA	2	12	1146104	1146115	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	557238122
239	NC_022760	ACCTTA	2	12	1155063	1155074	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	557238129
240	NC_022760	ACCGAA	2	12	1161680	1161691	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	557238134
241	NC_022760	TACTTT	2	12	1175767	1175778	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	557238144
242	NC_022760	GCACCA	2	12	1180578	1180589	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
243	NC_022760	GAAGTA	2	12	1180887	1180898	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
244	NC_022760	ACCACA	2	12	1187304	1187315	50 %	0 %	0 %	50 %	557238149
245	NC_022760	ACTGCA	2	12	1189094	1189105	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	557238152
246	NC_022760	ACTGGC	2	12	1194531	1194542	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	557238154
247	NC_022760	CCTCGC	2	12	1196241	1196252	0 %	16.67 %	16.67 %	66.67 %	557238155

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.