MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Hexa-nucleotide Coding Repeats of Anaplasma marginale str. Dawn genome

Total Repeats: 159

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_022760	TTGCAA	2	12	1531	1542	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	557237422
2	NC_022760	TGTTGC	2	12	3897	3908	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	557237425
3	NC_022760	TATGGG	2	12	4032	4043	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	557237425
4	NC_022760	CTTGTG	2	12	5665	5676	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	557237427
5	NC_022760	GTGGCC	2	12	9519	9530	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	557237429
6	NC_022760	AGAAGC	2	12	31747	31758	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	557237442
7	NC_022760	TTTGTG	2	12	85734	85745	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	557237468
8	NC_022760	AATAGC	2	12	93281	93292	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	557237475
9	NC_022760	TCTCCT	2	12	94235	94246	0 %	50 %	0 %	50 %	557237475
10	NC_022760	ACAAAC	2	12	105431	105442	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	557237480
11	NC_022760	CCTGGA	2	12	105788	105799	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	557237481
12	NC_022760	GGTTAA	2	12	106828	106839	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	557237482
13	NC_022760	TACCCA	2	12	126361	126372	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	557237491
14	NC_022760	TTGCCC	2	12	134637	134648	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	557237499
15	NC_022760	CTGTTG	2	12	136898	136909	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	557237500
16	NC_022760	TGGGCA	2	12	137048	137059	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	557237500
17	NC_022760	TTCATG	2	12	137311	137322	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	557237500
18	NC_022760	GTTGCA	2	12	139670	139681	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	557237504
19	NC_022760	TGCACA	2	12	163791	163802	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	557237523
20	NC_022760	CAAGCT	2	12	167626	167637	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	557237525
21	NC_022760	GATCAA	2	12	170811	170822	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	557237528
22	NC_022760	CTTCCT	2	12	191355	191366	0 %	50 %	0 %	50 %	557237541
23	NC_022760	AATTTC	2	12	194177	194188	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	557237544
24	NC_022760	GGAGCG	2	12	209898	209909	16.67 %	0 %	66.67 %	16.67 %	557237558
25	NC_022760	GGCCGT	2	12	210036	210047	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	557237558
26	NC_022760	AACACT	2	12	238138	238149	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	557237574
27	NC_022760	GGAAGT	2	12	241931	241942	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	557237577
28	NC_022760	ATGCGC	2	12	247238	247249	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	557237579
29	NC_022760	TCCCAA	2	12	254224	254235	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	557237583
30	NC_022760	CACAAG	2	12	259042	259053	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	557237588
31	NC_022760	GCCAAG	2	12	261360	261371	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	557237589
32	NC_022760	GAGGTT	2	12	263662	263673	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	557237592
33	NC_022760	ACACCG	2	12	265154	265165	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	557237592
34	NC_022760	CTCAGC	2	12	277389	277400	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	557237599
35	NC_022760	TGGTAT	2	12	278970	278981	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	557237600
36	NC_022760	TTGTTT	2	12	284055	284066	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	557237605
37	NC_022760	GTCCCT	2	12	288115	288126	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	557237606
38	NC_022760	TGCAAT	2	12	295633	295644	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	557237610
39	NC_022760	CATATA	2	12	301719	301730	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	557237613
40	NC_022760	AGGTGC	2	12	332826	332837	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	557237620
41	NC_022760	AGACAG	2	12	333511	333522	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	557237621
42	NC_022760	TAGTGA	2	12	355179	355190	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	557237630
43	NC_022760	TGAAAG	2	12	371152	371163	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	557237640
44	NC_022760	ATCGCC	2	12	391801	391812	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	557237648
45	NC_022760	TATGGG	2	12	396589	396600	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	557237650
46	NC_022760	ACTTAT	2	12	400697	400708	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	557237653
47	NC_022760	TATAAT	2	12	404825	404836	50 %	50 %	0 %	0 %	557237656
48	NC_022760	GTGCAG	2	12	407817	407828	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	557237660
49	NC_022760	CTCATT	2	12	417618	417629	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	557237668
50	NC_022760	CGCTCA	2	12	427576	427587	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	557237671
51	NC_022760	GAGTAA	2	12	433421	433432	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	557237676
52	NC_022760	GCTATC	2	12	438343	438354	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	557237678
53	NC_022760	ACGAAA	2	12	438409	438420	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	557237678
54	NC_022760	GTCTTC	2	12	450934	450945	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	557237685
55	NC_022760	AATCGG	2	12	457977	457988	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	557237688
56	NC_022760	TAGGGG	2	12	463249	463260	16.67 %	16.67 %	66.67 %	0 %	557237692
57	NC_022760	TGCGAA	2	12	471923	471934	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	557237699
58	NC_022760	TGCTGG	2	12	486808	486819	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	557237706
59	NC_022760	GAGTTG	2	12	486910	486921	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	557237706
60	NC_022760	TGCACT	2	12	487105	487116	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	557237706
61	NC_022760	GTGTTG	2	12	489956	489967	0 %	50 %	50 %	0 %	557237709
62	NC_022760	GCACCG	2	12	491051	491062	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	557237710
63	NC_022760	TAAAAG	2	12	503842	503853	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	557237712
64	NC_022760	AGGGGA	2	12	504434	504445	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	557237713
65	NC_022760	TAAAAG	2	12	506241	506252	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	557237714
66	NC_022760	TTGCTG	2	12	508422	508433	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	557237715
67	NC_022760	GTTTCC	2	12	521122	521133	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	557237725
68	NC_022760	AGGGAT	2	12	525707	525718	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	557237729
69	NC_022760	ACCACA	2	12	528652	528663	50 %	0 %	0 %	50 %	557237732
70	NC_022760	TTTTCC	2	12	529312	529323	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	557237732
71	NC_022760	TTTACT	2	12	539164	539175	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	557237742
72	NC_022760	CTGCCC	2	12	541114	541125	0 %	16.67 %	16.67 %	66.67 %	557237744
73	NC_022760	AATTCG	2	12	541159	541170	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	557237744
74	NC_022760	TGCCCA	2	12	543041	543052	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	557237747
75	NC_022760	TAACTA	2	12	549353	549364	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	557238187
76	NC_022760	GGCCAT	2	12	554936	554947	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	557237754
77	NC_022760	ATTGCA	2	12	561149	561160	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	557237756
78	NC_022760	TCCTTA	2	12	562836	562847	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	557237758
79	NC_022760	AGGCGC	2	12	563810	563821	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	557237759
80	NC_022760	TTGATG	2	12	564708	564719	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	557237760
81	NC_022760	TCACCA	2	12	570936	570947	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	557237766
82	NC_022760	TGCCTA	2	12	587312	587323	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	557237772
83	NC_022760	ATGTAT	2	12	592807	592818	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	557237777
84	NC_022760	GCACCA	2	12	597115	597126	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	557237781
85	NC_022760	CAAAAT	2	12	619428	619439	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	557237791
86	NC_022760	GCCCAG	2	12	619675	619686	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	557237791
87	NC_022760	TCCCGG	2	12	626607	626618	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	557237795
88	NC_022760	CGATTG	2	12	634829	634840	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	557237800
89	NC_022760	CGCAGG	2	12	659104	659115	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	557237808
90	NC_022760	CGGTCA	2	12	667536	667547	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	557237809
91	NC_022760	CGGCAG	2	12	672905	672916	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	557237812
92	NC_022760	TCCTCA	2	12	682112	682123	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	557237818
93	NC_022760	CGGAAA	2	12	684248	684259	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	557237820
94	NC_022760	GCTGTG	2	12	686046	686057	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	557237821
95	NC_022760	ATTCAC	2	12	688667	688678	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	557237823
96	NC_022760	CTCGCC	2	12	691643	691654	0 %	16.67 %	16.67 %	66.67 %	557237825
97	NC_022760	GCCATA	2	12	711512	711523	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	557237838
98	NC_022760	ACCCAA	2	12	713185	713196	50 %	0 %	0 %	50 %	557237839
99	NC_022760	GCCCTC	2	12	714065	714076	0 %	16.67 %	16.67 %	66.67 %	557237839
100	NC_022760	TCTTGC	2	12	722548	722559	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	557237842
101	NC_022760	GTGCTG	2	12	729995	730006	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	557238196
102	NC_022760	GCTACC	2	12	733228	733239	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	557237850
103	NC_022760	GGCCAC	2	12	744685	744696	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	557237852
104	NC_022760	CAGGTA	2	12	769089	769100	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	557237860
105	NC_022760	ATCAGC	2	12	778048	778059	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	557237864
106	NC_022760	ACCCCT	2	12	781548	781559	16.67 %	16.67 %	0 %	66.67 %	557237866
107	NC_022760	TCGGCC	2	12	783211	783222	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	557237867
108	NC_022760	GCCTGT	2	12	790739	790750	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	557237873
109	NC_022760	TATGGA	2	12	793807	793818	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	557237875
110	NC_022760	GCTTGT	2	12	794316	794327	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	557237875
111	NC_022760	CCAACC	2	12	795260	795271	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	557237875
112	NC_022760	AGAGCT	2	12	799571	799582	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	557237879
113	NC_022760	AGTTGC	2	12	802480	802491	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	557237882
114	NC_022760	CGGGAG	2	12	808685	808696	16.67 %	0 %	66.67 %	16.67 %	557237889
115	NC_022760	TAGGGC	2	12	813941	813952	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	557237891
116	NC_022760	TACCCT	2	12	825187	825198	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	557237899
117	NC_022760	GGCAGA	2	12	839092	839103	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	557237917
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119	NC_022760	TTGAAG	2	12	852170	852181	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	557237926
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©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.