MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Coding Repeats of Pseudomonas sp. VLB120 plasmid pSTY

Total Repeats: 170

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_022739	AATGA	2	10	1214	1223	60 %	20 %	20 %	0 %	557225838
2	NC_022739	CCTGA	2	10	2221	2230	20 %	20 %	20 %	40 %	557225839
3	NC_022739	GAGGG	2	10	11845	11854	20 %	0 %	80 %	0 %	557225846
4	NC_022739	GGCGA	2	10	13048	13057	20 %	0 %	60 %	20 %	557225849
5	NC_022739	AACCG	2	10	17116	17125	40 %	0 %	20 %	40 %	557225852
6	NC_022739	CAGTT	2	10	17499	17508	20 %	40 %	20 %	20 %	557225852
7	NC_022739	AGCTA	2	10	21498	21507	40 %	20 %	20 %	20 %	557225854
8	NC_022739	ACTCG	2	10	22468	22477	20 %	20 %	20 %	40 %	557225855
9	NC_022739	GCCTG	2	10	23523	23532	0 %	20 %	40 %	40 %	557225855
10	NC_022739	TGGCC	2	10	28699	28708	0 %	20 %	40 %	40 %	557225862
11	NC_022739	TCGAT	2	10	29642	29651	20 %	40 %	20 %	20 %	557225863
12	NC_022739	GCTGG	2	10	30255	30264	0 %	20 %	60 %	20 %	557225863
13	NC_022739	CTGAG	2	10	31990	31999	20 %	20 %	40 %	20 %	557225864
14	NC_022739	TTCAG	2	10	33983	33992	20 %	40 %	20 %	20 %	557225866
15	NC_022739	TCCGC	2	10	37827	37836	0 %	20 %	20 %	60 %	557225868
16	NC_022739	AGCGT	2	10	39159	39168	20 %	20 %	40 %	20 %	557225869
17	NC_022739	AACGA	2	10	43666	43675	60 %	0 %	20 %	20 %	557225872
18	NC_022739	CAGCG	2	10	45062	45071	20 %	0 %	40 %	40 %	557225873
19	NC_022739	CAGCG	2	10	45196	45205	20 %	0 %	40 %	40 %	557225873
20	NC_022739	ATCAA	2	10	45915	45924	60 %	20 %	0 %	20 %	557225873
21	NC_022739	GGCCA	2	10	48099	48108	20 %	0 %	40 %	40 %	557225876
22	NC_022739	TGCGC	2	10	49868	49877	0 %	20 %	40 %	40 %	557225878
23	NC_022739	GAGCA	2	10	52217	52226	40 %	0 %	40 %	20 %	557225881
24	NC_022739	ATCGC	2	10	52637	52646	20 %	20 %	20 %	40 %	557225883
25	NC_022739	TCCCT	2	10	56965	56974	0 %	40 %	0 %	60 %	557225886
26	NC_022739	TGTCA	2	10	58828	58837	20 %	40 %	20 %	20 %	557225889
27	NC_022739	TTCCC	2	10	59926	59935	0 %	40 %	0 %	60 %	557225891
28	NC_022739	CAAAA	2	10	61224	61233	80 %	0 %	0 %	20 %	557225892
29	NC_022739	CATCG	2	10	61333	61342	20 %	20 %	20 %	40 %	557225893
30	NC_022739	GGTGG	2	10	61490	61499	0 %	20 %	80 %	0 %	557225893
31	NC_022739	CCTGA	2	10	66501	66510	20 %	20 %	20 %	40 %	557225897
32	NC_022739	GCGCA	2	10	70978	70987	20 %	0 %	40 %	40 %	557225902
33	NC_022739	CTTTC	2	10	71966	71975	0 %	60 %	0 %	40 %	557225904
34	NC_022739	CTCTT	2	10	73302	73311	0 %	60 %	0 %	40 %	557225905
35	NC_022739	AGATG	2	10	73751	73760	40 %	20 %	40 %	0 %	557225906
36	NC_022739	CGCTG	2	10	79549	79558	0 %	20 %	40 %	40 %	557225913
37	NC_022739	TGCGC	2	10	83645	83654	0 %	20 %	40 %	40 %	557225918
38	NC_022739	GCGCC	2	10	84890	84899	0 %	0 %	40 %	60 %	557225918
39	NC_022739	CTGAT	2	10	86500	86509	20 %	40 %	20 %	20 %	557225922
40	NC_022739	GCATT	2	10	87500	87509	20 %	40 %	20 %	20 %	557225922
41	NC_022739	AAGCG	2	10	89108	89117	40 %	0 %	40 %	20 %	557225923
42	NC_022739	GGCGC	2	10	89825	89834	0 %	0 %	60 %	40 %	557225923
43	NC_022739	CCGCG	2	10	90884	90893	0 %	0 %	40 %	60 %	557225925
44	NC_022739	GCGAC	2	10	91953	91962	20 %	0 %	40 %	40 %	557225925
45	NC_022739	CGAGG	2	10	95904	95913	20 %	0 %	60 %	20 %	557225932
46	NC_022739	GACCA	2	10	99014	99023	40 %	0 %	20 %	40 %	557225935
47	NC_022739	CCATT	2	10	102565	102574	20 %	40 %	0 %	40 %	557225936
48	NC_022739	GACAG	2	10	103067	103076	40 %	0 %	40 %	20 %	557225936
49	NC_022739	GGCGT	2	10	104936	104945	0 %	20 %	60 %	20 %	557225939
50	NC_022739	CCGGG	2	10	106966	106975	0 %	0 %	60 %	40 %	557225940
51	NC_022739	CTGGC	2	10	108408	108417	0 %	20 %	40 %	40 %	557225941
52	NC_022739	GACAG	2	10	110101	110110	40 %	0 %	40 %	20 %	557225943
53	NC_022739	GCGGG	2	10	111636	111645	0 %	0 %	80 %	20 %	557225944
54	NC_022739	TGGCG	2	10	112479	112488	0 %	20 %	60 %	20 %	557225946
55	NC_022739	GTTTG	2	10	114656	114665	0 %	60 %	40 %	0 %	557225948
56	NC_022739	GCCTT	2	10	115883	115892	0 %	40 %	20 %	40 %	557225949
57	NC_022739	GGCGC	2	10	116482	116491	0 %	0 %	60 %	40 %	557225949
58	NC_022739	TGCCG	2	10	117721	117730	0 %	20 %	40 %	40 %	557225950
59	NC_022739	CGGCC	2	10	120669	120678	0 %	0 %	40 %	60 %	557225952
60	NC_022739	GCGCT	2	10	120845	120854	0 %	20 %	40 %	40 %	557225952
61	NC_022739	GGCCA	2	10	121739	121748	20 %	0 %	40 %	40 %	557225953
62	NC_022739	GCCAC	2	10	123352	123361	20 %	0 %	20 %	60 %	557225955
63	NC_022739	CTGCG	2	10	125130	125139	0 %	20 %	40 %	40 %	557225957
64	NC_022739	TAAAA	2	10	127157	127166	80 %	20 %	0 %	0 %	557225958
65	NC_022739	GGGGA	2	10	128041	128050	20 %	0 %	80 %	0 %	557225959
66	NC_022739	ACGCC	2	10	128621	128630	20 %	0 %	20 %	60 %	557225959
67	NC_022739	ACGGA	2	10	130444	130453	40 %	0 %	40 %	20 %	557225959
68	NC_022739	TGGGC	2	10	132305	132314	0 %	20 %	60 %	20 %	557225961
69	NC_022739	GAATG	2	10	133505	133514	40 %	20 %	40 %	0 %	557225963
70	NC_022739	GCCGT	2	10	134709	134718	0 %	20 %	40 %	40 %	557225965
71	NC_022739	GGCGC	2	10	135610	135619	0 %	0 %	60 %	40 %	557225968
72	NC_022739	GCGCA	2	10	136855	136864	20 %	0 %	40 %	40 %	557225968
73	NC_022739	CGGCG	2	10	138333	138342	0 %	0 %	60 %	40 %	557225969
74	NC_022739	GCTCG	2	10	141150	141159	0 %	20 %	40 %	40 %	557225972
75	NC_022739	CTGCG	2	10	141919	141928	0 %	20 %	40 %	40 %	557225974
76	NC_022739	GCGTT	2	10	142660	142669	0 %	40 %	40 %	20 %	557225975
77	NC_022739	CAGAG	2	10	142916	142925	40 %	0 %	40 %	20 %	557225975
78	NC_022739	CGACT	2	10	143164	143173	20 %	20 %	20 %	40 %	557225976
79	NC_022739	GCTCT	2	10	143611	143620	0 %	40 %	20 %	40 %	557225976
80	NC_022739	GCTGG	2	10	143680	143689	0 %	20 %	60 %	20 %	557225976
81	NC_022739	ACATG	2	10	145221	145230	40 %	20 %	20 %	20 %	557225978
82	NC_022739	GAATC	2	10	145431	145440	40 %	20 %	20 %	20 %	557225978
83	NC_022739	GTGCA	2	10	145719	145728	20 %	20 %	40 %	20 %	557225979
84	NC_022739	TCCGC	2	10	146192	146201	0 %	20 %	20 %	60 %	557225979
85	NC_022739	TGGCG	2	10	146311	146320	0 %	20 %	60 %	20 %	557225979
86	NC_022739	GCCAG	2	10	149045	149054	20 %	0 %	40 %	40 %	557225982
87	NC_022739	GGCTT	2	10	153921	153930	0 %	40 %	40 %	20 %	557225986
88	NC_022739	GACCA	2	10	154998	155007	40 %	0 %	20 %	40 %	557225987
89	NC_022739	TGTCG	2	10	156641	156650	0 %	40 %	40 %	20 %	557225989
90	NC_022739	CACTC	2	10	156718	156727	20 %	20 %	0 %	60 %	557225989
91	NC_022739	CAGCC	2	10	161545	161554	20 %	0 %	20 %	60 %	557225999
92	NC_022739	TGAGT	2	10	161566	161575	20 %	40 %	40 %	0 %	557225999
93	NC_022739	ATGGT	2	10	163712	163721	20 %	40 %	40 %	0 %	557226000
94	NC_022739	CGATG	2	10	163752	163761	20 %	20 %	40 %	20 %	557226000
95	NC_022739	GAGCG	2	10	165852	165861	20 %	0 %	60 %	20 %	557226002
96	NC_022739	GCACA	2	10	166340	166349	40 %	0 %	20 %	40 %	557226003
97	NC_022739	CCGAG	2	10	166936	166945	20 %	0 %	40 %	40 %	557226003
98	NC_022739	TCAGC	2	10	172576	172585	20 %	20 %	20 %	40 %	557226011
99	NC_022739	TGCGG	2	10	172947	172956	0 %	20 %	60 %	20 %	557226012
100	NC_022739	CGGCA	2	10	175695	175704	20 %	0 %	40 %	40 %	557226017
101	NC_022739	TCACC	2	10	175723	175732	20 %	20 %	0 %	60 %	557226017
102	NC_022739	GTGCT	2	10	176126	176135	0 %	40 %	40 %	20 %	557226018
103	NC_022739	GGCTG	2	10	176149	176158	0 %	20 %	60 %	20 %	557226018
104	NC_022739	TGCTT	2	10	180480	180489	0 %	60 %	20 %	20 %	557226027
105	NC_022739	GGATG	2	10	185389	185398	20 %	20 %	60 %	0 %	557226037
106	NC_022739	GCCTG	2	10	186352	186361	0 %	20 %	40 %	40 %	557226039
107	NC_022739	GCCTG	2	10	188111	188120	0 %	20 %	40 %	40 %	557226042
108	NC_022739	GGAGG	2	10	198977	198986	20 %	0 %	80 %	0 %	557226059
109	NC_022739	GAGAA	2	10	201398	201407	60 %	0 %	40 %	0 %	557226064
110	NC_022739	GCGTG	2	10	202235	202244	0 %	20 %	60 %	20 %	557226066
111	NC_022739	GCGCA	2	10	204083	204092	20 %	0 %	40 %	40 %	557226070
112	NC_022739	TGAGC	2	10	204226	204235	20 %	20 %	40 %	20 %	557226070
113	NC_022739	GCCCT	2	10	211096	211105	0 %	20 %	20 %	60 %	557226083
114	NC_022739	ACGAT	2	10	212218	212227	40 %	20 %	20 %	20 %	557226084
115	NC_022739	CTGGC	2	10	212592	212601	0 %	20 %	40 %	40 %	557226084
116	NC_022739	CTGAT	2	10	214447	214456	20 %	40 %	20 %	20 %	557226085
117	NC_022739	TGACG	2	10	216208	216217	20 %	20 %	40 %	20 %	557226090
118	NC_022739	TTTGC	2	10	218575	218584	0 %	60 %	20 %	20 %	557226095
119	NC_022739	TGGGG	2	10	218806	218815	0 %	20 %	80 %	0 %	557226095
120	NC_022739	ATCAG	2	10	221323	221332	40 %	20 %	20 %	20 %	557226099
121	NC_022739	AACAG	2	10	222049	222058	60 %	0 %	20 %	20 %	557226100
122	NC_022739	TCAGA	2	10	224003	224012	40 %	20 %	20 %	20 %	557226102
123	NC_022739	TGAGA	2	10	227887	227896	40 %	20 %	40 %	0 %	557226107
124	NC_022739	CATCA	2	10	229576	229585	40 %	20 %	0 %	40 %	557226110
125	NC_022739	GCCTT	2	10	229871	229880	0 %	40 %	20 %	40 %	557226110
126	NC_022739	TCGAC	2	10	229881	229890	20 %	20 %	20 %	40 %	557226110
127	NC_022739	ATTCC	2	10	233574	233583	20 %	40 %	0 %	40 %	557226113
128	NC_022739	CGAAA	2	10	234173	234182	60 %	0 %	20 %	20 %	557226114
129	NC_022739	AATTC	2	10	234393	234402	40 %	40 %	0 %	20 %	557226114
130	NC_022739	CTGAA	2	10	237997	238006	40 %	20 %	20 %	20 %	557226120
131	NC_022739	CAAAG	2	10	240174	240183	60 %	0 %	20 %	20 %	557226123
132	NC_022739	ATGCA	2	10	240947	240956	40 %	20 %	20 %	20 %	557226124
133	NC_022739	ATCGC	2	10	241499	241508	20 %	20 %	20 %	40 %	557226125
134	NC_022739	GGAGC	2	10	244885	244894	20 %	0 %	60 %	20 %	557226128
135	NC_022739	GTCGA	2	10	246120	246129	20 %	20 %	40 %	20 %	557226130
136	NC_022739	CCCAG	2	10	248968	248977	20 %	0 %	20 %	60 %	557226135
137	NC_022739	CACAA	2	10	249066	249075	60 %	0 %	0 %	40 %	557226135
138	NC_022739	ATCGC	2	10	249984	249993	20 %	20 %	20 %	40 %	557226135
139	NC_022739	CTGGT	2	10	250131	250140	0 %	40 %	40 %	20 %	557226135
140	NC_022739	GGTAG	2	10	255429	255438	20 %	20 %	60 %	0 %	557226141
141	NC_022739	AGGAG	2	10	260683	260692	40 %	0 %	60 %	0 %	557226147
142	NC_022739	CGACC	2	10	264707	264716	20 %	0 %	20 %	60 %	557226154
143	NC_022739	ACCCA	2	10	265572	265581	40 %	0 %	0 %	60 %	557226155
144	NC_022739	ACTGA	2	10	266820	266829	40 %	20 %	20 %	20 %	557226157
145	NC_022739	CATTC	2	10	267304	267313	20 %	40 %	0 %	40 %	557226158
146	NC_022739	CGGCT	2	10	268319	268328	0 %	20 %	40 %	40 %	557226159
147	NC_022739	CTGAA	2	10	269074	269083	40 %	20 %	20 %	20 %	557226160
148	NC_022739	GCAGG	2	10	271371	271380	20 %	0 %	60 %	20 %	557226161
149	NC_022739	TGCGC	2	10	275336	275345	0 %	20 %	40 %	40 %	557226165
150	NC_022739	AGGCG	2	10	278111	278120	20 %	0 %	60 %	20 %	557226167
151	NC_022739	TTCGC	2	10	279542	279551	0 %	40 %	20 %	40 %	557226170
152	NC_022739	TCCAA	2	10	279662	279671	40 %	20 %	0 %	40 %	557226170
153	NC_022739	CCGTG	2	10	280030	280039	0 %	20 %	40 %	40 %	557226170
154	NC_022739	GGTCG	2	10	280999	281008	0 %	20 %	60 %	20 %	557226171
155	NC_022739	GGTGC	2	10	284474	284483	0 %	20 %	60 %	20 %	557226174
156	NC_022739	TTCGA	2	10	286643	286652	20 %	40 %	20 %	20 %	557226177
157	NC_022739	GCTTG	2	10	289881	289890	0 %	40 %	40 %	20 %	557226179
158	NC_022739	CAGCA	2	10	290245	290254	40 %	0 %	20 %	40 %	557226179
159	NC_022739	CGCAG	2	10	290753	290762	20 %	0 %	40 %	40 %	557226179
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161	NC_022739	GTCCA	2	10	299479	299488	20 %	20 %	20 %	40 %	557226186
162	NC_022739	CCGAT	2	10	301279	301288	20 %	20 %	20 %	40 %	557226188
163	NC_022739	CCATT	2	10	307175	307184	20 %	40 %	0 %	40 %	557226192
164	NC_022739	ACGCT	2	10	307473	307482	20 %	20 %	20 %	40 %	557226192
165	NC_022739	CGCAC	2	10	308696	308705	20 %	0 %	20 %	60 %	557226193
166	NC_022739	AGCGC	2	10	311937	311946	20 %	0 %	40 %	40 %	557226196
167	NC_022739	ACCTC	2	10	313023	313032	20 %	20 %	0 %	60 %	557226197
168	NC_022739	GCATC	2	10	315139	315148	20 %	20 %	20 %	40 %	557226198
169	NC_022739	CTCAC	2	10	316040	316049	20 %	20 %	0 %	60 %	557226198
170	NC_022739	GTTCA	2	10	317919	317928	20 %	40 %	20 %	20 %	557226200

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.