MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Non-Coding Repeats of Streptococcus suis T15

Total Repeats: 319

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_022665	CATAT	2	10	2808	2817	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
2	NC_022665	ACAAA	2	10	16920	16929	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
3	NC_022665	TCGTG	2	10	18054	18063	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
4	NC_022665	GTTAA	2	10	18819	18828	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
5	NC_022665	ATAGA	2	10	22381	22390	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
6	NC_022665	ATTAT	2	10	22856	22865	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
7	NC_022665	ATATT	2	10	23405	23414	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
8	NC_022665	GAAAA	2	10	41183	41192	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
9	NC_022665	GTAGA	2	10	50105	50114	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
10	NC_022665	TTACA	2	10	50359	50368	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
11	NC_022665	TTTTG	2	10	53124	53133	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
12	NC_022665	TTAAG	2	10	55978	55987	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
13	NC_022665	GTTTT	2	10	62933	62942	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
14	NC_022665	AAGGA	2	10	76247	76256	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
15	NC_022665	ACAAA	2	10	87278	87287	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
16	NC_022665	TCGTG	2	10	88410	88419	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
17	NC_022665	GTTAA	2	10	89175	89184	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
18	NC_022665	TTAAT	2	10	92987	92996	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
19	NC_022665	TTTTG	2	10	93457	93466	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
20	NC_022665	TTTTC	2	10	94065	94074	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
21	NC_022665	TAAAC	3	15	99676	99690	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
22	NC_022665	AAGAA	2	10	108853	108862	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
23	NC_022665	GGATG	2	10	120157	120166	20 %	20 %	60 %	0 %	Non-Coding
24	NC_022665	CATGA	2	10	123295	123304	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
25	NC_022665	CTATA	2	10	127516	127525	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
26	NC_022665	GAAGC	2	10	131242	131251	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
27	NC_022665	GCAGT	2	10	135746	135755	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
28	NC_022665	ATCCA	2	10	135857	135866	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
29	NC_022665	TACGA	2	10	136358	136367	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
30	NC_022665	TTAAG	2	10	136690	136699	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
31	NC_022665	GTAAA	2	10	138172	138181	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
32	NC_022665	ATAAA	2	10	142810	142819	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
33	NC_022665	GTGAC	2	10	145076	145085	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
34	NC_022665	AAAAG	2	10	148558	148567	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
35	NC_022665	CATTG	2	10	161799	161808	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
36	NC_022665	CAAAT	2	10	168322	168331	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
37	NC_022665	TATAA	2	10	170777	170786	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
38	NC_022665	TTGAT	2	10	175151	175160	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
39	NC_022665	AAACG	2	10	189353	189362	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
40	NC_022665	AAAAT	2	10	190777	190786	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
41	NC_022665	AAGTT	2	10	198733	198742	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
42	NC_022665	ATTTT	2	10	201479	201488	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
43	NC_022665	TTTTA	2	10	214213	214222	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
44	NC_022665	AAAAT	2	10	216493	216502	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
45	NC_022665	AGTAT	2	10	224087	224096	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
46	NC_022665	CCTAT	2	10	224132	224141	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
47	NC_022665	TAAAT	2	10	234230	234239	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
48	NC_022665	AATTT	2	10	238931	238940	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
49	NC_022665	GGAAT	2	10	240182	240191	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
50	NC_022665	GAGAA	2	10	244279	244288	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
51	NC_022665	TCCAA	2	10	244715	244724	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
52	NC_022665	ATCAT	2	10	245038	245047	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
53	NC_022665	TCCTT	2	10	250428	250437	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
54	NC_022665	TCTGC	2	10	253678	253687	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
55	NC_022665	TTTAG	2	10	258486	258495	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
56	NC_022665	GTAAA	2	10	263240	263249	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
57	NC_022665	TCTGC	2	10	264326	264335	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
58	NC_022665	ATAAA	2	10	264361	264370	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
59	NC_022665	TTTTA	2	10	265699	265708	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
60	NC_022665	AAATA	2	10	267166	267175	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
61	NC_022665	TAGAA	2	10	270569	270578	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
62	NC_022665	TTAAA	2	10	272148	272157	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
63	NC_022665	ATAAA	2	10	272219	272228	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
64	NC_022665	ATAAA	2	10	289322	289331	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
65	NC_022665	GAAAG	2	10	297250	297259	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
66	NC_022665	AGAAT	2	10	319048	319057	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
67	NC_022665	ACTAA	2	10	323034	323043	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
68	NC_022665	TTCCT	2	10	326774	326783	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
69	NC_022665	GAAAG	2	10	336772	336781	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
70	NC_022665	TAGAA	2	10	339738	339747	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
71	NC_022665	GTATG	2	10	341009	341018	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
72	NC_022665	ACAAA	2	10	341903	341912	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
73	NC_022665	TCGTG	2	10	343036	343045	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
74	NC_022665	GTTAA	2	10	343801	343810	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
75	NC_022665	TTTTC	2	10	348159	348168	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
76	NC_022665	CATTA	2	10	367337	367346	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
77	NC_022665	TTGAT	2	10	369123	369132	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
78	NC_022665	TTGCC	2	10	380173	380182	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
79	NC_022665	TATTT	2	10	387559	387568	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
80	NC_022665	TGCCG	2	10	394014	394023	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
81	NC_022665	TTCAG	2	10	396887	396896	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
82	NC_022665	CTTCG	2	10	398176	398185	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
83	NC_022665	ATCTT	2	10	402439	402448	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
84	NC_022665	GTTTA	2	10	420918	420927	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
85	NC_022665	ACAAA	2	10	429872	429881	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
86	NC_022665	TCGTG	2	10	431004	431013	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
87	NC_022665	GTTAA	2	10	431769	431778	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
88	NC_022665	ATAGA	2	10	435333	435342	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
89	NC_022665	AGCTC	2	10	435743	435752	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
90	NC_022665	TTGAG	2	10	436158	436167	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
91	NC_022665	AGAAA	2	10	439142	439151	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
92	NC_022665	GTTTC	2	10	440413	440422	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
93	NC_022665	GATTT	2	10	445933	445942	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
94	NC_022665	CCTCC	2	10	459700	459709	0 %	20 %	0 %	80 %	Non-Coding
95	NC_022665	TTAAA	2	10	463222	463231	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
96	NC_022665	AAGGA	2	10	473521	473530	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
97	NC_022665	AGAAA	2	10	480021	480030	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
98	NC_022665	AAAGT	2	10	489063	489072	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
99	NC_022665	TAGAA	2	10	496024	496033	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
100	NC_022665	TTATT	2	10	496140	496149	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
101	NC_022665	TATAC	2	10	496204	496213	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
102	NC_022665	TTGAT	2	10	496447	496456	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
103	NC_022665	AATGG	2	10	496590	496599	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
104	NC_022665	GTAAT	2	10	496887	496896	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
105	NC_022665	TTTGC	2	10	503146	503155	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
106	NC_022665	ATTAT	2	10	508702	508711	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
107	NC_022665	GATTA	2	10	509049	509058	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
108	NC_022665	TTAAC	2	10	509185	509194	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
109	NC_022665	TAAGT	2	10	509204	509213	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
110	NC_022665	ATAAA	2	10	525131	525140	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
111	NC_022665	ATAGG	2	10	528085	528094	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
112	NC_022665	AGTAT	2	10	530764	530773	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
113	NC_022665	ATAAA	2	10	538594	538603	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
114	NC_022665	AAGTG	2	10	551315	551324	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
115	NC_022665	CTTTT	2	10	556337	556346	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
116	NC_022665	AGAAA	2	10	556564	556573	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
117	NC_022665	TAAAA	2	10	558697	558706	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
118	NC_022665	GCTTA	2	10	559319	559328	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
119	NC_022665	AAGGT	2	10	559331	559340	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
120	NC_022665	TTCAT	2	10	564188	564197	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
121	NC_022665	GAAAG	2	10	571440	571449	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
122	NC_022665	TTTGC	2	10	574871	574880	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
123	NC_022665	GAAGA	2	10	585810	585819	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
124	NC_022665	AGTAA	2	10	614696	614705	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
125	NC_022665	AGGAT	2	10	622313	622322	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
126	NC_022665	TGTGT	2	10	628110	628119	0 %	60 %	40 %	0 %	Non-Coding
127	NC_022665	GATAG	2	10	634623	634632	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
128	NC_022665	AGCTC	2	10	641042	641051	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
129	NC_022665	TCTTG	2	10	643708	643717	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
130	NC_022665	ATAAA	2	10	646378	646387	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
131	NC_022665	TTGAT	2	10	648354	648363	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
132	NC_022665	ATAAA	2	10	651601	651610	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
133	NC_022665	TTGAT	2	10	654474	654483	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
134	NC_022665	AATTG	2	10	681706	681715	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
135	NC_022665	AGGAT	2	10	685017	685026	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
136	NC_022665	CTTTG	2	10	687956	687965	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
137	NC_022665	TTATA	2	10	692658	692667	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
138	NC_022665	CGTTT	2	10	714576	714585	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
139	NC_022665	AGCAA	2	10	714620	714629	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
140	NC_022665	TAATA	2	10	716058	716067	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
141	NC_022665	TTGAT	2	10	718670	718679	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
142	NC_022665	TTGAT	2	10	732603	732612	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
143	NC_022665	GAAAG	2	10	746559	746568	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
144	NC_022665	TTTAA	2	10	746751	746760	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
145	NC_022665	TACAA	2	10	756077	756086	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
146	NC_022665	TACAA	2	10	759547	759556	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
147	NC_022665	AGGAA	2	10	763720	763729	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
148	NC_022665	TACTA	2	10	774847	774856	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
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151	NC_022665	CACTT	2	10	827097	827106	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
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157	NC_022665	TCATT	2	10	852707	852716	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
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167	NC_022665	TTATT	2	10	926465	926474	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
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186	NC_022665	TATAA	2	10	1097675	1097684	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
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289	NC_022665	CTTTC	2	10	1967983	1967992	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
290	NC_022665	ATAAA	2	10	1968302	1968311	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
291	NC_022665	AAAAG	2	10	1968312	1968321	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
292	NC_022665	TTTAG	2	10	1975181	1975190	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
293	NC_022665	TCCTT	2	10	1995831	1995840	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
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319	NC_022665	TAAAA	2	10	2236562	2236571	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.