MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Hexa-nucleotide Repeats of Escherichia coli JJ1886 plasmid pJJ1886_5

Total Repeats: 43

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_022651	TCCGCC	2	12	272	283	0 %	16.67 %	16.67 %	66.67 %	556555180
2	NC_022651	CATCAG	2	12	1839	1850	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	556555181
3	NC_022651	AGTGGA	2	12	2145	2156	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	556555202
4	NC_022651	GACAGC	2	12	4779	4790	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	556555205
5	NC_022651	TCAGCA	2	12	18323	18334	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	556555217
6	NC_022651	GCAGAA	2	12	18729	18740	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	556555217
7	NC_022651	TACCGC	2	12	18753	18764	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	556555217
8	NC_022651	CTGCTA	3	18	19632	19649	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
9	NC_022651	ACTCAG	2	12	20667	20678	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	556555184
10	NC_022651	TCAGCC	2	12	20705	20716	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	556555184
11	NC_022651	GGCGCT	2	12	21784	21795	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	556555219
12	NC_022651	CAGGTG	2	12	21815	21826	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	556555219
13	NC_022651	GCCGGA	2	12	22156	22167	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	556555219
14	NC_022651	CACTGG	2	12	23550	23561	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	556555220
15	NC_022651	TGGCAG	2	12	24226	24237	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	556555221
16	NC_022651	AATCAG	2	12	42977	42988	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
17	NC_022651	TCCCCA	2	12	43462	43473	16.67 %	16.67 %	0 %	66.67 %	556555238
18	NC_022651	GCCCCA	2	12	45970	45981	16.67 %	0 %	16.67 %	66.67 %	556555239
19	NC_022651	CCACAT	2	12	46276	46287	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	556555239
20	NC_022651	TCCTTG	2	12	48837	48848	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	556555241
21	NC_022651	CCTGCC	2	12	49318	49329	0 %	16.67 %	16.67 %	66.67 %	556555241
22	NC_022651	TCATAA	2	12	49786	49797	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	556555242
23	NC_022651	AACAGA	2	12	49951	49962	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	556555243
24	NC_022651	TTTCCA	2	12	59294	59305	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	556555255
25	NC_022651	GAGATG	2	12	72763	72774	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	556555272
26	NC_022651	GCGAAG	2	12	73310	73321	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	556555272
27	NC_022651	CTGGCG	2	12	75522	75533	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	556555274
28	NC_022651	CTGCGT	2	12	77514	77525	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	556555276
29	NC_022651	TTCTGG	2	12	78735	78746	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	556555193
30	NC_022651	TGCACA	2	12	82150	82161	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
31	NC_022651	GCAGAA	2	12	82860	82871	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
32	NC_022651	CGCTGG	2	12	85576	85587	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	556555196
33	NC_022651	CAGCGG	2	12	86336	86347	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	556555283
34	NC_022651	AGGCCG	2	12	88196	88207	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	556555285
35	NC_022651	ATTGAA	2	12	90825	90836	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	556555290
36	NC_022651	AAAATC	2	12	92411	92422	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	556555198
37	NC_022651	ATAGAT	2	12	94070	94081	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	556555293
38	NC_022651	ATCAAA	2	12	95216	95227	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	556555294
39	NC_022651	CCCGTG	2	12	97668	97679	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	556555296
40	NC_022651	ATATGT	2	12	105834	105845	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
41	NC_022651	TCCGCC	2	12	107780	107791	0 %	16.67 %	16.67 %	66.67 %	556555200
42	NC_022651	CATCAG	2	12	109347	109358	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	556555201
43	NC_022651	AGTGGA	2	12	109653	109664	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	556555306

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.