MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Repeats of Escherichia coli JJ1886 plasmid pJJ1886_5

Total Repeats: 90

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_022651	TGCGA	2	10	1615	1624	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
2	NC_022651	CAGCA	2	10	4393	4402	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
3	NC_022651	CGCGG	2	10	12192	12201	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
4	NC_022651	ACGGG	2	10	12243	12252	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
5	NC_022651	GCTGG	2	10	12889	12898	0 %	20 %	60 %	20 %	556555209
6	NC_022651	CCGCC	2	10	14567	14576	0 %	0 %	20 %	80 %	556555212
7	NC_022651	GGCAC	2	10	15036	15045	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
8	NC_022651	ACCGT	2	10	15326	15335	20 %	20 %	20 %	40 %	556555213
9	NC_022651	TGTAC	2	10	15561	15570	20 %	40 %	20 %	20 %	556555214
10	NC_022651	GGAAG	2	10	16238	16247	40 %	0 %	60 %	0 %	Non-Coding
11	NC_022651	TTATG	2	10	16318	16327	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
12	NC_022651	CCGGG	2	10	17682	17691	0 %	0 %	60 %	40 %	556555217
13	NC_022651	AAGTG	2	10	21898	21907	40 %	20 %	40 %	0 %	556555219
14	NC_022651	CCGCC	2	10	23162	23171	0 %	0 %	20 %	80 %	Non-Coding
15	NC_022651	ACTGA	2	10	23210	23219	40 %	20 %	20 %	20 %	556555220
16	NC_022651	CATTC	2	10	24098	24107	20 %	40 %	0 %	40 %	556555221
17	NC_022651	ATCAC	2	10	25026	25035	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
18	NC_022651	TGCTC	2	10	25583	25592	0 %	40 %	20 %	40 %	556555222
19	NC_022651	AGGCC	2	10	25772	25781	20 %	0 %	40 %	40 %	556555222
20	NC_022651	GATCA	2	10	26691	26700	40 %	20 %	20 %	20 %	556555223
21	NC_022651	GCCCA	2	10	29420	29429	20 %	0 %	20 %	60 %	556555225
22	NC_022651	TGAGT	2	10	31155	31164	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
23	NC_022651	TGCTC	2	10	31690	31699	0 %	40 %	20 %	40 %	556555226
24	NC_022651	AGGCC	2	10	31879	31888	20 %	0 %	40 %	40 %	556555226
25	NC_022651	CACCG	2	10	32041	32050	20 %	0 %	20 %	60 %	Non-Coding
26	NC_022651	GAATT	2	10	32883	32892	40 %	40 %	20 %	0 %	556555227
27	NC_022651	ATTGA	2	10	33240	33249	40 %	40 %	20 %	0 %	556555227
28	NC_022651	GTAAA	2	10	33276	33285	60 %	20 %	20 %	0 %	556555227
29	NC_022651	TTGGT	2	10	33425	33434	0 %	60 %	40 %	0 %	556555227
30	NC_022651	GGCCT	2	10	34311	34320	0 %	20 %	40 %	40 %	556555229
31	NC_022651	GAGCA	2	10	34500	34509	40 %	0 %	40 %	20 %	556555229
32	NC_022651	TTTAA	2	10	36872	36881	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
33	NC_022651	CGGGG	2	10	37338	37347	0 %	0 %	80 %	20 %	Non-Coding
34	NC_022651	AAAGT	2	10	38982	38991	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
35	NC_022651	CTTTA	2	10	38992	39001	20 %	60 %	0 %	20 %	556555232
36	NC_022651	TGTTT	2	10	40315	40324	0 %	80 %	20 %	0 %	556555189
37	NC_022651	CCCGG	2	10	40512	40521	0 %	0 %	40 %	60 %	556555234
38	NC_022651	GACCA	2	10	43667	43676	40 %	0 %	20 %	40 %	556555238
39	NC_022651	CGTGT	2	10	43724	43733	0 %	40 %	40 %	20 %	556555238
40	NC_022651	CAGGT	2	10	44006	44015	20 %	20 %	40 %	20 %	556555239
41	NC_022651	ACGGC	2	10	44544	44553	20 %	0 %	40 %	40 %	556555239
42	NC_022651	CCGGT	2	10	44615	44624	0 %	20 %	40 %	40 %	556555239
43	NC_022651	CGCTG	2	10	45874	45883	0 %	20 %	40 %	40 %	556555239
44	NC_022651	GGCCT	2	10	47960	47969	0 %	20 %	40 %	40 %	556555240
45	NC_022651	GAGCA	2	10	48149	48158	40 %	0 %	40 %	20 %	556555240
46	NC_022651	TTCTG	2	10	50495	50504	0 %	60 %	20 %	20 %	556555244
47	NC_022651	AGAAA	2	10	51306	51315	80 %	0 %	20 %	0 %	556555246
48	NC_022651	AAATC	2	10	51384	51393	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
49	NC_022651	CAGAC	2	10	53342	53351	40 %	0 %	20 %	40 %	556555249
50	NC_022651	TTCAC	2	10	53662	53671	20 %	40 %	0 %	40 %	556555249
51	NC_022651	GCACT	2	10	53827	53836	20 %	20 %	20 %	40 %	556555249
52	NC_022651	AAAAT	2	10	55045	55054	80 %	20 %	0 %	0 %	556555251
53	NC_022651	GGACT	2	10	55495	55504	20 %	20 %	40 %	20 %	556555252
54	NC_022651	CAGAA	2	10	55558	55567	60 %	0 %	20 %	20 %	556555252
55	NC_022651	GCTTC	2	10	56187	56196	0 %	40 %	20 %	40 %	556555252
56	NC_022651	GCTGT	2	10	59044	59053	0 %	40 %	40 %	20 %	556555255
57	NC_022651	TCAGA	2	10	59135	59144	40 %	20 %	20 %	20 %	556555255
58	NC_022651	AACTG	2	10	60506	60515	40 %	20 %	20 %	20 %	556555257
59	NC_022651	CATTT	2	10	61558	61567	20 %	60 %	0 %	20 %	556555260
60	NC_022651	GCTCT	2	10	62144	62153	0 %	40 %	20 %	40 %	556555261
61	NC_022651	CCGGG	2	10	62979	62988	0 %	0 %	60 %	40 %	556555261
62	NC_022651	TGTCC	2	10	63078	63087	0 %	40 %	20 %	40 %	556555261
63	NC_022651	CACGG	2	10	63495	63504	20 %	0 %	40 %	40 %	556555262
64	NC_022651	CGCTT	2	10	64343	64352	0 %	40 %	20 %	40 %	556555263
65	NC_022651	GAATC	2	10	67083	67092	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
66	NC_022651	ATCAC	2	10	67130	67139	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
67	NC_022651	GGCCT	2	10	70230	70239	0 %	20 %	40 %	40 %	556555270
68	NC_022651	GAGCA	2	10	70419	70428	40 %	0 %	40 %	20 %	556555270
69	NC_022651	GCTGC	2	10	76385	76394	0 %	20 %	40 %	40 %	556555275
70	NC_022651	CCCGG	2	10	77425	77434	0 %	0 %	40 %	60 %	556555275
71	NC_022651	GGCCT	2	10	81057	81066	0 %	20 %	40 %	40 %	556555279
72	NC_022651	GAGCA	2	10	81246	81255	40 %	0 %	40 %	20 %	556555279
73	NC_022651	TCACT	2	10	83615	83624	20 %	40 %	0 %	40 %	556555282
74	NC_022651	CGTAT	2	10	83864	83873	20 %	40 %	20 %	20 %	556555282
75	NC_022651	AGATC	2	10	84202	84211	40 %	20 %	20 %	20 %	556555282
76	NC_022651	GCGCC	2	10	84865	84874	0 %	0 %	40 %	60 %	556555282
77	NC_022651	GATGT	2	10	89986	89995	20 %	40 %	40 %	0 %	556555289
78	NC_022651	CAGCT	2	10	92117	92126	20 %	20 %	20 %	40 %	556555198
79	NC_022651	ATAGT	2	10	95401	95410	40 %	40 %	20 %	0 %	556555294
80	NC_022651	ATATC	2	10	97487	97496	40 %	40 %	0 %	20 %	556555295
81	NC_022651	TCAGG	2	10	99899	99908	20 %	20 %	40 %	20 %	556555297
82	NC_022651	TGTTT	2	10	100254	100263	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
83	NC_022651	CGCGG	2	10	100445	100454	0 %	0 %	60 %	40 %	556555298
84	NC_022651	CGTGG	2	10	100507	100516	0 %	20 %	60 %	20 %	556555298
85	NC_022651	TTTTC	2	10	101807	101816	0 %	80 %	0 %	20 %	556555301
86	NC_022651	CTTCT	2	10	102037	102046	0 %	60 %	0 %	40 %	556555301
87	NC_022651	ACAAT	2	10	102089	102098	60 %	20 %	0 %	20 %	556555301
88	NC_022651	CGTGG	2	10	105370	105379	0 %	20 %	60 %	20 %	556555302
89	NC_022651	CCGGA	2	10	106286	106295	20 %	0 %	40 %	40 %	556555304
90	NC_022651	TGCGA	2	10	109123	109132	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.