MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Hexa-nucleotide Coding Repeats of strain 284/09 Stolbur phytoplasma draft

Total Repeats: 307

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_022588	ATTCTT	2	12	829	840	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	554085531
2	NC_022588	TTTTGA	2	12	1706	1717	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	554085531
3	NC_022588	GTTGAA	2	12	3537	3548	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	554085533
4	NC_022588	TGCTTT	2	12	7591	7602	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	554085535
5	NC_022588	TATATT	2	12	7960	7971	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	554085536
6	NC_022588	AATTAA	2	12	8344	8355	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	554085536
7	NC_022588	AAAGAT	2	12	8787	8798	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	554085536
8	NC_022588	GGTTTA	2	12	10345	10356	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	554085538
9	NC_022588	ATCAAA	2	12	10781	10792	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	554085538
10	NC_022588	TAATTT	2	12	13040	13051	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	554085542
11	NC_022588	TTTATA	2	12	13366	13377	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	554085543
12	NC_022588	TTACTC	2	12	13473	13484	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	554085543
13	NC_022588	CGGTAC	2	12	14297	14308	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	554085544
14	NC_022588	TAAAAA	2	12	21668	21679	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	554085555
15	NC_022588	GATTTT	2	12	22782	22793	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	554085556
16	NC_022588	GAACAA	2	12	23808	23819	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	554085556
17	NC_022588	AAAAAT	2	12	24009	24020	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	554085556
18	NC_022588	CCAAAG	2	12	24649	24660	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	554085557
19	NC_022588	ATGATA	2	12	26885	26896	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	554085558
20	NC_022588	TTTTAA	2	12	28357	28368	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	554085560
21	NC_022588	ATCAAA	2	12	29808	29819	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	554085561
22	NC_022588	ATTTAT	2	12	32833	32844	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	554085562
23	NC_022588	ACCTTT	2	12	35483	35494	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	554085564
24	NC_022588	ACGATC	2	12	38111	38122	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	554085565
25	NC_022588	ACTTTA	2	12	38623	38634	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	554085565
26	NC_022588	AAAAGA	2	12	40149	40160	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	554085565
27	NC_022588	GTTCTG	2	12	40581	40592	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	554085566
28	NC_022588	CAAAGA	2	12	40934	40945	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	554085566
29	NC_022588	AAAGAA	2	12	41638	41649	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	554085567
30	NC_022588	TTAAAA	2	12	41720	41731	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	554085567
31	NC_022588	TGTAAT	2	12	42072	42083	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	554085567
32	NC_022588	TTTTAG	2	12	42572	42583	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	554085568
33	NC_022588	TAGAAT	2	12	43133	43144	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	554085568
34	NC_022588	AAAAAT	2	12	45490	45501	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	554085570
35	NC_022588	TTATTT	2	12	47348	47359	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	554085572
36	NC_022588	TAAAAA	2	12	50404	50415	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	554085575
37	NC_022588	ATTTTG	2	12	51128	51139	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	554085576
38	NC_022588	TAAAAA	2	12	51882	51893	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	554085577
39	NC_022588	AAAATA	2	12	51969	51980	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	554085577
40	NC_022588	TTTATC	2	12	53293	53304	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	554085578
41	NC_022588	AAGGAC	2	12	53734	53745	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	554085578
42	NC_022588	TCATCC	2	12	57667	57678	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	554085581
43	NC_022588	ACCTAA	2	12	59031	59042	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	554085583
44	NC_022588	TCCTTT	2	12	59623	59634	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	554085583
45	NC_022588	TATTGA	2	12	60041	60052	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	554085584
46	NC_022588	TCGGAT	2	12	61026	61037	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	554085585
47	NC_022588	CAAATT	2	12	65119	65130	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	554085591
48	NC_022588	GCTAAA	2	12	66338	66349	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	554085592
49	NC_022588	TTAAAA	2	12	67092	67103	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	554085592
50	NC_022588	TAATTG	2	12	68861	68872	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	554085595
51	NC_022588	TAAAGA	2	12	69035	69046	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	554085596
52	NC_022588	TTTGAA	2	12	70750	70761	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	554085598
53	NC_022588	TTATTT	2	12	74505	74516	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	554085600
54	NC_022588	AATTTC	2	12	76821	76832	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	554085602
55	NC_022588	CTTTTT	2	12	76907	76918	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	554085602
56	NC_022588	TTTGTT	2	12	77450	77461	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	554085602
57	NC_022588	AAAATA	2	12	78576	78587	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	554085603
58	NC_022588	ATTGAA	2	12	78851	78862	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	554085603
59	NC_022588	AATCAA	2	12	83305	83316	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	554085605
60	NC_022588	GTGTGA	2	12	88413	88424	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	554085607
61	NC_022588	TAAAAT	2	12	88864	88875	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	554085607
62	NC_022588	GATGGC	2	12	91707	91718	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	554085609
63	NC_022588	ACCACT	2	12	102055	102066	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	554085617
64	NC_022588	TTAAAT	2	12	110017	110028	50 %	50 %	0 %	0 %	554085621
65	NC_022588	TTTTTC	2	12	117751	117762	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	554085628
66	NC_022588	TAATTC	2	12	118237	118248	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	554085628
67	NC_022588	ATCTTT	2	12	118477	118488	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	554085628
68	NC_022588	AAAAGT	2	12	120023	120034	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	554085629
69	NC_022588	ACAAAT	2	12	120303	120314	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	554085629
70	NC_022588	TTAAAA	2	12	121981	121992	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	554085630
71	NC_022588	AAAAGA	2	12	122352	122363	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	554085630
72	NC_022588	TAAAAA	2	12	122612	122623	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	554085630
73	NC_022588	ATTTTC	2	12	123966	123977	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	554085632
74	NC_022588	CTGGTA	2	12	126472	126483	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	554085635
75	NC_022588	TTAAAA	2	12	128661	128672	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	554085637
76	NC_022588	ATTAAA	2	12	130465	130476	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	554085641
77	NC_022588	TTTATC	2	12	130747	130758	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	554085641
78	NC_022588	ACTGCT	2	12	132824	132835	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	554085643
79	NC_022588	CAAAAA	2	12	134738	134749	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	554085645
80	NC_022588	CCAATC	2	12	138245	138256	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	554085648
81	NC_022588	AAAATA	2	12	143083	143094	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	554085656
82	NC_022588	TTCAAT	2	12	143177	143188	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	554085656
83	NC_022588	AAAAAT	2	12	149407	149418	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	554085664
84	NC_022588	AAAAGA	2	12	152478	152489	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	554085665
85	NC_022588	CACAAC	2	12	154356	154367	50 %	0 %	0 %	50 %	554085668
86	NC_022588	AAAAAC	2	12	155761	155772	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	554085671
87	NC_022588	TCAAGC	2	12	156103	156114	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	554085672
88	NC_022588	TAGAAG	2	12	157443	157454	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	554085674
89	NC_022588	CTAAAA	2	12	158122	158133	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	554085676
90	NC_022588	AGATCA	2	12	158733	158744	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	554085678
91	NC_022588	AAAATT	2	12	159857	159868	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	554085681
92	NC_022588	CTTTGC	2	12	162367	162378	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	554085687
93	NC_022588	GTAAAC	2	12	162550	162561	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	554085687
94	NC_022588	GCTTTA	2	12	162579	162590	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	554085687
95	NC_022588	ATATTA	2	12	163516	163527	50 %	50 %	0 %	0 %	554085688
96	NC_022588	TTAACT	2	12	163825	163836	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	554085688
97	NC_022588	CAGAAC	2	12	169150	169161	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	554085697
98	NC_022588	TTCTTG	2	12	169909	169920	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	554085698
99	NC_022588	AAAGAC	2	12	171072	171083	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	554085700
100	NC_022588	AACATA	2	12	175671	175682	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	554085707
101	NC_022588	CTAAAA	2	12	179044	179055	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	554085710
102	NC_022588	ACATTA	2	12	179686	179697	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	554085711
103	NC_022588	TCACAA	2	12	180235	180246	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	554085711
104	NC_022588	TATGAT	2	12	184755	184766	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	554085715
105	NC_022588	CAATTA	2	12	185887	185898	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	554085716
106	NC_022588	CAGAAA	2	12	186733	186744	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	554085717
107	NC_022588	AAATCA	2	12	186980	186991	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	554085717
108	NC_022588	TTATAT	2	12	187629	187640	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	554085718
109	NC_022588	GAATTA	2	12	188227	188238	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	554085719
110	NC_022588	AAATTC	2	12	190389	190400	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	554085724
111	NC_022588	TGATTT	2	12	192652	192663	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	554085726
112	NC_022588	TAGAAA	2	12	194944	194955	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	554085727
113	NC_022588	ATTTTA	2	12	202172	202183	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	554085733
114	NC_022588	ACATAA	2	12	205859	205870	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	554085735
115	NC_022588	ATTTGA	2	12	206784	206795	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	554085736
116	NC_022588	TAAAAA	2	12	210882	210893	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	554085739
117	NC_022588	TTTGTC	2	12	217543	217554	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	554085744
118	NC_022588	AAAAGA	2	12	220589	220600	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	554085746
119	NC_022588	ATTTTT	2	12	221135	221146	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	554085746
120	NC_022588	AAAAAT	2	12	221496	221507	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	554085746
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©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.