MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Hexa-nucleotide Repeats of Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhimurium DT104 plasmid pDT104

Total Repeats: 53

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_022570	AATCCG	2	12	1964	1975	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	550903934
2	NC_022570	CGTGGT	2	12	3689	3700	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
3	NC_022570	CTGACA	2	12	4207	4218	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	550903937
4	NC_022570	ACATCC	2	12	4519	4530	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	550903937
5	NC_022570	ACCGGC	2	12	5201	5212	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	550903938
6	NC_022570	ACCACG	2	12	5807	5818	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	550903939
7	NC_022570	TCCCCG	2	12	6010	6021	0 %	16.67 %	16.67 %	66.67 %	550903939
8	NC_022570	CCGCTC	2	12	6136	6147	0 %	16.67 %	16.67 %	66.67 %	550903939
9	NC_022570	TTGGTA	2	12	9306	9317	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	550903943
10	NC_022570	CACCGT	2	12	10295	10306	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	550903945
11	NC_022570	TATCCA	2	12	17378	17389	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	550903950
12	NC_022570	TTGTCC	2	12	17641	17652	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	550903951
13	NC_022570	TCTGTT	2	12	18365	18376	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	550903952
14	NC_022570	TAATTT	2	12	19489	19500	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
15	NC_022570	ACAGTG	2	12	20110	20121	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	550903954
16	NC_022570	GACAGC	2	12	20122	20133	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	550903954
17	NC_022570	AGCCTG	2	12	22544	22555	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	550903959
18	NC_022570	CCCTGT	2	12	23085	23096	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	550903960
19	NC_022570	GGCGCA	2	12	24375	24386	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
20	NC_022570	TTTAGA	2	12	27871	27882	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	550903966
21	NC_022570	ATTTTG	2	12	28803	28814	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	550903967
22	NC_022570	GGCGGT	2	12	28847	28858	0 %	16.67 %	66.67 %	16.67 %	550903967
23	NC_022570	CAGCGC	2	12	29791	29802	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	550903967
24	NC_022570	ATTCAT	2	12	30896	30907	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	550903968
25	NC_022570	AATCTG	2	12	31361	31372	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
26	NC_022570	ATGCTG	2	12	33020	33031	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	550903970
27	NC_022570	CTTACC	2	12	34480	34491	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	550903971
28	NC_022570	TCGGAC	2	12	37500	37511	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
29	NC_022570	CGCTGG	2	12	40095	40106	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	550903976
30	NC_022570	TTTTTC	2	12	43381	43392	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	550903980
31	NC_022570	CAAAAT	2	12	43729	43740	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
32	NC_022570	CTGGCG	2	12	50831	50842	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
33	NC_022570	AGGACG	2	12	51455	51466	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	550903989
34	NC_022570	CCTCTG	2	12	53294	53305	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
35	NC_022570	CCTGTT	24	144	53703	53846	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
36	NC_022570	GGCGCT	2	12	55963	55974	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	550903995
37	NC_022570	CAGGTG	2	12	55994	56005	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	550903995
38	NC_022570	ACTCCA	2	12	60717	60728	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	Non-Coding
39	NC_022570	AAAATT	2	12	60778	60789	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
40	NC_022570	TTCATA	2	12	62674	62685	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
41	NC_022570	TTTTAT	2	12	63470	63481	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	550904003
42	NC_022570	GCTGCC	2	12	64782	64793	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	550904005
43	NC_022570	GTGCCG	2	12	65271	65282	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	550904005
44	NC_022570	CAGTGG	2	12	68556	68567	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
45	NC_022570	TTAAGG	2	12	68651	68662	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
46	NC_022570	ACAGTT	2	12	80690	80701	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	550904023
47	NC_022570	ATGAAA	2	12	83292	83303	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	550904025
48	NC_022570	TAACTC	2	12	83690	83701	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	550904025
49	NC_022570	ACAGCC	2	12	86367	86378	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	550904026
50	NC_022570	AGCGGG	2	12	88707	88718	16.67 %	0 %	66.67 %	16.67 %	550904028
51	NC_022570	ATGTGG	2	12	90129	90140	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	550904028
52	NC_022570	ACGATG	2	12	92652	92663	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	550904029
53	NC_022570	GTGCTG	2	12	93129	93140	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	550904029

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.