MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Tetra-nucleotide Repeats of Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhimurium DT104 plasmid pDT104

Total Repeats: 303

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_022570	CCGT	2	8	752	759	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
2	NC_022570	TGGC	2	8	869	876	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
3	NC_022570	AAGT	2	8	1280	1287	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
4	NC_022570	ACAT	2	8	1496	1503	50 %	25 %	0 %	25 %	550903931
5	NC_022570	AAAG	2	8	1504	1511	75 %	0 %	25 %	0 %	550903931
6	NC_022570	AGTG	2	8	1640	1647	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
7	NC_022570	TGGC	2	8	1678	1685	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
8	NC_022570	GCAG	2	8	1909	1916	25 %	0 %	50 %	25 %	550903933
9	NC_022570	TGAC	2	8	1920	1927	25 %	25 %	25 %	25 %	550903933
10	NC_022570	CGTT	3	12	2079	2090	0 %	50 %	25 %	25 %	550903934
11	NC_022570	TACC	2	8	2314	2321	25 %	25 %	0 %	50 %	550903934
12	NC_022570	CCGA	2	8	2357	2364	25 %	0 %	25 %	50 %	550903934
13	NC_022570	GATG	2	8	2491	2498	25 %	25 %	50 %	0 %	550903934
14	NC_022570	TAAA	2	8	3106	3113	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
15	NC_022570	GCCC	2	8	3156	3163	0 %	0 %	25 %	75 %	550903935
16	NC_022570	AAAT	2	8	3987	3994	75 %	25 %	0 %	0 %	550903937
17	NC_022570	TCAC	2	8	4255	4262	25 %	25 %	0 %	50 %	550903937
18	NC_022570	ACGG	2	8	4442	4449	25 %	0 %	50 %	25 %	550903937
19	NC_022570	TCTG	2	8	4603	4610	0 %	50 %	25 %	25 %	550903937
20	NC_022570	TCCC	2	8	4738	4745	0 %	25 %	0 %	75 %	Non-Coding
21	NC_022570	CCGG	2	8	4788	4795	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
22	NC_022570	CAGC	2	8	5497	5504	25 %	0 %	25 %	50 %	550903938
23	NC_022570	TACA	2	8	5836	5843	50 %	25 %	0 %	25 %	550903939
24	NC_022570	TCAC	2	8	5924	5931	25 %	25 %	0 %	50 %	550903939
25	NC_022570	GTGG	2	8	6121	6128	0 %	25 %	75 %	0 %	550903939
26	NC_022570	GGTC	2	8	6270	6277	0 %	25 %	50 %	25 %	550903939
27	NC_022570	GCCG	2	8	6418	6425	0 %	0 %	50 %	50 %	550903939
28	NC_022570	GCCG	2	8	6967	6974	0 %	0 %	50 %	50 %	550903940
29	NC_022570	GGGC	2	8	7156	7163	0 %	0 %	75 %	25 %	550903940
30	NC_022570	CAGC	2	8	7253	7260	25 %	0 %	25 %	50 %	550903940
31	NC_022570	TGAA	2	8	7610	7617	50 %	25 %	25 %	0 %	550903941
32	NC_022570	TAAA	2	8	8139	8146	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
33	NC_022570	TGTT	2	8	8232	8239	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
34	NC_022570	CTAA	2	8	8264	8271	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
35	NC_022570	GCCT	2	8	8513	8520	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
36	NC_022570	TGTC	2	8	8586	8593	0 %	50 %	25 %	25 %	550903943
37	NC_022570	ACTG	2	8	9230	9237	25 %	25 %	25 %	25 %	550903943
38	NC_022570	CAGT	2	8	9812	9819	25 %	25 %	25 %	25 %	550903944
39	NC_022570	CCAG	2	8	9842	9849	25 %	0 %	25 %	50 %	550903944
40	NC_022570	GGTT	2	8	10097	10104	0 %	50 %	50 %	0 %	550903944
41	NC_022570	TCAT	2	8	10365	10372	25 %	50 %	0 %	25 %	550903945
42	NC_022570	TGGT	2	8	10797	10804	0 %	50 %	50 %	0 %	550903945
43	NC_022570	TTCT	2	8	10821	10828	0 %	75 %	0 %	25 %	550903945
44	NC_022570	TCCG	2	8	11129	11136	0 %	25 %	25 %	50 %	550903946
45	NC_022570	CCCA	2	8	11688	11695	25 %	0 %	0 %	75 %	550903946
46	NC_022570	CGAC	2	8	12307	12314	25 %	0 %	25 %	50 %	550903946
47	NC_022570	CCGG	2	8	13180	13187	0 %	0 %	50 %	50 %	550903946
48	NC_022570	TAAA	2	8	13534	13541	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
49	NC_022570	TGGC	2	8	14156	14163	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
50	NC_022570	TTCC	2	8	14168	14175	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
51	NC_022570	CTGA	2	8	14394	14401	25 %	25 %	25 %	25 %	550903948
52	NC_022570	AAAC	2	8	14713	14720	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
53	NC_022570	TGTT	2	8	14745	14752	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
54	NC_022570	CAAA	2	8	14789	14796	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
55	NC_022570	CATA	2	8	14854	14861	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
56	NC_022570	CTTT	2	8	15418	15425	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
57	NC_022570	TTGC	2	8	15430	15437	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
58	NC_022570	GTGG	2	8	15550	15557	0 %	25 %	75 %	0 %	Non-Coding
59	NC_022570	AGAT	2	8	15729	15736	50 %	25 %	25 %	0 %	550903949
60	NC_022570	TTCC	2	8	15881	15888	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
61	NC_022570	GCAG	2	8	16113	16120	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
62	NC_022570	TCAC	2	8	16387	16394	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
63	NC_022570	TGGC	2	8	16736	16743	0 %	25 %	50 %	25 %	550903950
64	NC_022570	TGAC	2	8	17256	17263	25 %	25 %	25 %	25 %	550903950
65	NC_022570	GAAT	2	8	17344	17351	50 %	25 %	25 %	0 %	550903950
66	NC_022570	ACAA	2	8	17617	17624	75 %	0 %	0 %	25 %	550903950
67	NC_022570	CATC	2	8	18408	18415	25 %	25 %	0 %	50 %	550903952
68	NC_022570	ATTT	2	8	18612	18619	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
69	NC_022570	ACAG	2	8	18705	18712	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
70	NC_022570	CAGT	2	8	18723	18730	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
71	NC_022570	GCAG	2	8	21497	21504	25 %	0 %	50 %	25 %	550903958
72	NC_022570	GCGG	2	8	21770	21777	0 %	0 %	75 %	25 %	550903958
73	NC_022570	CAGC	2	8	21815	21822	25 %	0 %	25 %	50 %	550903958
74	NC_022570	ACCG	2	8	21957	21964	25 %	0 %	25 %	50 %	550903958
75	NC_022570	GCTG	2	8	22374	22381	0 %	25 %	50 %	25 %	550903959
76	NC_022570	GCCG	2	8	22511	22518	0 %	0 %	50 %	50 %	550903959
77	NC_022570	TCCG	2	8	22572	22579	0 %	25 %	25 %	50 %	550903959
78	NC_022570	GGCA	2	8	23027	23034	25 %	0 %	50 %	25 %	550903960
79	NC_022570	CCCG	2	8	23310	23317	0 %	0 %	25 %	75 %	550903960
80	NC_022570	CCGG	2	8	23344	23351	0 %	0 %	50 %	50 %	550903960
81	NC_022570	GTGA	2	8	23360	23367	25 %	25 %	50 %	0 %	550903960
82	NC_022570	CCCG	2	8	23406	23413	0 %	0 %	25 %	75 %	550903960
83	NC_022570	GGCA	2	8	23445	23452	25 %	0 %	50 %	25 %	550903960
84	NC_022570	GGCA	2	8	23589	23596	25 %	0 %	50 %	25 %	550903961
85	NC_022570	CTGC	2	8	23745	23752	0 %	25 %	25 %	50 %	550903961
86	NC_022570	GCGA	2	8	23855	23862	25 %	0 %	50 %	25 %	550903961
87	NC_022570	GCCT	2	8	23995	24002	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
88	NC_022570	GCCA	2	8	24619	24626	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
89	NC_022570	CAGC	2	8	25118	25125	25 %	0 %	25 %	50 %	550903962
90	NC_022570	CTGA	2	8	25179	25186	25 %	25 %	25 %	25 %	550903962
91	NC_022570	TATT	2	8	25682	25689	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
92	NC_022570	GTAA	2	8	25766	25773	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
93	NC_022570	GATG	2	8	25896	25903	25 %	25 %	50 %	0 %	550903964
94	NC_022570	CAGA	2	8	26118	26125	50 %	0 %	25 %	25 %	550903964
95	NC_022570	CCCG	2	8	26177	26184	0 %	0 %	25 %	75 %	Non-Coding
96	NC_022570	ATGT	2	8	26662	26669	25 %	50 %	25 %	0 %	550903965
97	NC_022570	GTAT	2	8	26719	26726	25 %	50 %	25 %	0 %	550903965
98	NC_022570	TACT	2	8	27174	27181	25 %	50 %	0 %	25 %	550903966
99	NC_022570	GGCG	2	8	29091	29098	0 %	0 %	75 %	25 %	550903967
100	NC_022570	CCCA	2	8	29507	29514	25 %	0 %	0 %	75 %	550903967
101	NC_022570	TCCG	2	8	29659	29666	0 %	25 %	25 %	50 %	550903967
102	NC_022570	CTGA	2	8	29868	29875	25 %	25 %	25 %	25 %	550903967
103	NC_022570	TCGG	2	8	30318	30325	0 %	25 %	50 %	25 %	550903968
104	NC_022570	TTTA	2	8	31013	31020	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
105	NC_022570	ATTC	2	8	31167	31174	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
106	NC_022570	AGAA	2	8	31786	31793	75 %	0 %	25 %	0 %	550903969
107	NC_022570	AATA	2	8	31803	31810	75 %	25 %	0 %	0 %	550903969
108	NC_022570	CGAA	2	8	32762	32769	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
109	NC_022570	TGGC	2	8	33229	33236	0 %	25 %	50 %	25 %	550903970
110	NC_022570	AGGC	2	8	33329	33336	25 %	0 %	50 %	25 %	550903970
111	NC_022570	ATTT	2	8	33630	33637	25 %	75 %	0 %	0 %	550903970
112	NC_022570	TACA	2	8	33664	33671	50 %	25 %	0 %	25 %	550903970
113	NC_022570	GGCG	2	8	33672	33679	0 %	0 %	75 %	25 %	550903970
114	NC_022570	GCTG	2	8	33738	33745	0 %	25 %	50 %	25 %	550903970
115	NC_022570	GACC	2	8	34158	34165	25 %	0 %	25 %	50 %	550903971
116	NC_022570	TTGT	2	8	34795	34802	0 %	75 %	25 %	0 %	550903971
117	NC_022570	TCAG	2	8	35187	35194	25 %	25 %	25 %	25 %	550903972
118	NC_022570	GCCA	2	8	35739	35746	25 %	0 %	25 %	50 %	550903972
119	NC_022570	TGCC	2	8	35944	35951	0 %	25 %	25 %	50 %	550903972
120	NC_022570	AATC	2	8	36410	36417	50 %	25 %	0 %	25 %	550903972
121	NC_022570	ATTT	2	8	36487	36494	25 %	75 %	0 %	0 %	550903972
122	NC_022570	GGCG	2	8	36815	36822	0 %	0 %	75 %	25 %	550903973
123	NC_022570	TTCC	2	8	36889	36896	0 %	50 %	0 %	50 %	550903973
124	NC_022570	ATAC	2	8	37559	37566	50 %	25 %	0 %	25 %	550903974
125	NC_022570	GACA	2	8	38183	38190	50 %	0 %	25 %	25 %	550903974
126	NC_022570	GTTT	2	8	38208	38215	0 %	75 %	25 %	0 %	550903974
127	NC_022570	TGGT	2	8	38243	38250	0 %	50 %	50 %	0 %	550903974
128	NC_022570	AATA	2	8	38354	38361	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
129	NC_022570	ATTT	2	8	38851	38858	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
130	NC_022570	TCTG	2	8	38932	38939	0 %	50 %	25 %	25 %	550903975
131	NC_022570	CTGC	2	8	39007	39014	0 %	25 %	25 %	50 %	550903975
132	NC_022570	TGTC	2	8	39403	39410	0 %	50 %	25 %	25 %	550903975
133	NC_022570	CCCG	2	8	39496	39503	0 %	0 %	25 %	75 %	Non-Coding
134	NC_022570	TTTG	2	8	39586	39593	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
135	NC_022570	TTAG	2	8	39594	39601	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
136	NC_022570	GTTT	2	8	39613	39620	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
137	NC_022570	GGTG	2	8	39760	39767	0 %	25 %	75 %	0 %	550903976
138	NC_022570	GAAA	2	8	40666	40673	75 %	0 %	25 %	0 %	550903976
139	NC_022570	AGCC	2	8	40867	40874	25 %	0 %	25 %	50 %	550903977
140	NC_022570	CAGA	2	8	40974	40981	50 %	0 %	25 %	25 %	550903977
141	NC_022570	GTCA	2	8	41261	41268	25 %	25 %	25 %	25 %	550903977
142	NC_022570	ATGA	2	8	41378	41385	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
143	NC_022570	TGGC	2	8	41636	41643	0 %	25 %	50 %	25 %	550903978
144	NC_022570	CAGG	2	8	41917	41924	25 %	0 %	50 %	25 %	550903979
145	NC_022570	GCTG	2	8	41970	41977	0 %	25 %	50 %	25 %	550903979
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288	NC_022570	AAAC	2	8	86876	86883	75 %	0 %	0 %	25 %	550904027
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302	NC_022570	TCAG	2	8	93659	93666	25 %	25 %	25 %	25 %	550904030
303	NC_022570	GCGT	2	8	93745	93752	0 %	25 %	50 %	25 %	550904030

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.