MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Tetra-nucleotide Non-Coding Repeats of Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhimurium DT104 plasmid pDT104

Total Repeats: 75

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_022570	CCGT	2	8	752	759	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
2	NC_022570	TGGC	2	8	869	876	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
3	NC_022570	AAGT	2	8	1280	1287	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
4	NC_022570	AGTG	2	8	1640	1647	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
5	NC_022570	TGGC	2	8	1678	1685	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
6	NC_022570	TAAA	2	8	3106	3113	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
7	NC_022570	TCCC	2	8	4738	4745	0 %	25 %	0 %	75 %	Non-Coding
8	NC_022570	CCGG	2	8	4788	4795	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
9	NC_022570	TAAA	2	8	8139	8146	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
10	NC_022570	TGTT	2	8	8232	8239	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
11	NC_022570	CTAA	2	8	8264	8271	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
12	NC_022570	GCCT	2	8	8513	8520	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
13	NC_022570	TAAA	2	8	13534	13541	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
14	NC_022570	TGGC	2	8	14156	14163	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
15	NC_022570	TTCC	2	8	14168	14175	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
16	NC_022570	AAAC	2	8	14713	14720	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
17	NC_022570	TGTT	2	8	14745	14752	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
18	NC_022570	CAAA	2	8	14789	14796	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
19	NC_022570	CATA	2	8	14854	14861	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
20	NC_022570	CTTT	2	8	15418	15425	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
21	NC_022570	TTGC	2	8	15430	15437	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
22	NC_022570	GTGG	2	8	15550	15557	0 %	25 %	75 %	0 %	Non-Coding
23	NC_022570	TTCC	2	8	15881	15888	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
24	NC_022570	GCAG	2	8	16113	16120	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
25	NC_022570	TCAC	2	8	16387	16394	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
26	NC_022570	ATTT	2	8	18612	18619	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
27	NC_022570	ACAG	2	8	18705	18712	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
28	NC_022570	CAGT	2	8	18723	18730	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
29	NC_022570	GCCT	2	8	23995	24002	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
30	NC_022570	GCCA	2	8	24619	24626	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
31	NC_022570	TATT	2	8	25682	25689	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
32	NC_022570	GTAA	2	8	25766	25773	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
33	NC_022570	CCCG	2	8	26177	26184	0 %	0 %	25 %	75 %	Non-Coding
34	NC_022570	TTTA	2	8	31013	31020	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
35	NC_022570	ATTC	2	8	31167	31174	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
36	NC_022570	CGAA	2	8	32762	32769	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
37	NC_022570	AATA	2	8	38354	38361	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
38	NC_022570	ATTT	2	8	38851	38858	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
39	NC_022570	CCCG	2	8	39496	39503	0 %	0 %	25 %	75 %	Non-Coding
40	NC_022570	TTTG	2	8	39586	39593	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
41	NC_022570	TTAG	2	8	39594	39601	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
42	NC_022570	GTTT	2	8	39613	39620	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
43	NC_022570	ATGA	2	8	41378	41385	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
44	NC_022570	CTTT	2	8	43494	43501	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
45	NC_022570	GCTT	2	8	43513	43520	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
46	NC_022570	ATTT	2	8	43747	43754	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
47	NC_022570	TGAA	2	8	49132	49139	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
48	NC_022570	CCGG	2	8	49223	49230	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
49	NC_022570	CGGG	2	8	50728	50735	0 %	0 %	75 %	25 %	Non-Coding
50	NC_022570	CGGG	2	8	50871	50878	0 %	0 %	75 %	25 %	Non-Coding
51	NC_022570	ATCA	2	8	50881	50888	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
52	NC_022570	GAAA	2	8	51727	51734	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
53	NC_022570	GCCG	2	8	51863	51870	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
54	NC_022570	CATC	2	8	51926	51933	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
55	NC_022570	TCCT	2	8	51986	51993	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
56	NC_022570	TCAT	2	8	52653	52660	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
57	NC_022570	ATTA	2	8	59053	59060	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
58	NC_022570	TGCC	2	8	59270	59277	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
59	NC_022570	ACTG	2	8	59631	59638	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
60	NC_022570	AATA	2	8	59678	59685	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
61	NC_022570	CAGT	2	8	60092	60099	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
62	NC_022570	TAAA	2	8	61497	61504	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
63	NC_022570	TTAA	2	8	62353	62360	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
64	NC_022570	GTCA	2	8	67466	67473	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
65	NC_022570	GCCG	2	8	67490	67497	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
66	NC_022570	CCTG	2	8	67515	67522	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
67	NC_022570	TGAA	2	8	68338	68345	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
68	NC_022570	TCTG	2	8	68611	68618	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
69	NC_022570	TGGT	2	8	83268	83275	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
70	NC_022570	CTGA	2	8	84055	84062	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
71	NC_022570	GAAA	2	8	84092	84099	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
72	NC_022570	AAAT	2	8	84133	84140	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
73	NC_022570	GTTA	2	8	84337	84344	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
74	NC_022570	AATT	2	8	84353	84360	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
75	NC_022570	TCTT	2	8	84379	84386	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.