MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Di-nucleotide Coding Repeats of Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhimurium DT104 plasmid pDT104

Total Repeats: 112

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_022570	GC	3	6	239	244	0 %	0 %	50 %	50 %	550903930
2	NC_022570	GA	3	6	1987	1992	50 %	0 %	50 %	0 %	550903934
3	NC_022570	GT	3	6	4163	4168	0 %	50 %	50 %	0 %	550903937
4	NC_022570	TC	3	6	4397	4402	0 %	50 %	0 %	50 %	550903937
5	NC_022570	GT	3	6	5911	5916	0 %	50 %	50 %	0 %	550903939
6	NC_022570	GC	3	6	8046	8051	0 %	0 %	50 %	50 %	550903942
7	NC_022570	TA	3	6	9057	9062	50 %	50 %	0 %	0 %	550903943
8	NC_022570	CA	4	8	10187	10194	50 %	0 %	0 %	50 %	550903944
9	NC_022570	GC	3	6	11036	11041	0 %	0 %	50 %	50 %	550903946
10	NC_022570	GC	3	6	11108	11113	0 %	0 %	50 %	50 %	550903946
11	NC_022570	GC	3	6	11379	11384	0 %	0 %	50 %	50 %	550903946
12	NC_022570	AC	3	6	11786	11791	50 %	0 %	0 %	50 %	550903946
13	NC_022570	AC	3	6	14477	14482	50 %	0 %	0 %	50 %	550903948
14	NC_022570	CT	3	6	16978	16983	0 %	50 %	0 %	50 %	550903950
15	NC_022570	GA	3	6	17436	17441	50 %	0 %	50 %	0 %	550903950
16	NC_022570	GA	3	6	19164	19169	50 %	0 %	50 %	0 %	550903953
17	NC_022570	TG	3	6	20670	20675	0 %	50 %	50 %	0 %	550903956
18	NC_022570	GC	3	6	21217	21222	0 %	0 %	50 %	50 %	550903957
19	NC_022570	GC	3	6	21939	21944	0 %	0 %	50 %	50 %	550903958
20	NC_022570	GC	3	6	22778	22783	0 %	0 %	50 %	50 %	550903959
21	NC_022570	TC	3	6	23844	23849	0 %	50 %	0 %	50 %	550903961
22	NC_022570	TG	3	6	23870	23875	0 %	50 %	50 %	0 %	550903961
23	NC_022570	CG	3	6	23895	23900	0 %	0 %	50 %	50 %	550903961
24	NC_022570	GC	3	6	23953	23958	0 %	0 %	50 %	50 %	550903961
25	NC_022570	GC	3	6	25043	25048	0 %	0 %	50 %	50 %	550903962
26	NC_022570	AT	3	6	25629	25634	50 %	50 %	0 %	0 %	550903963
27	NC_022570	AT	3	6	26646	26651	50 %	50 %	0 %	0 %	550903965
28	NC_022570	TC	3	6	26788	26793	0 %	50 %	0 %	50 %	550903965
29	NC_022570	TA	3	6	27426	27431	50 %	50 %	0 %	0 %	550903966
30	NC_022570	TA	3	6	28606	28611	50 %	50 %	0 %	0 %	550903967
31	NC_022570	CT	3	6	32178	32183	0 %	50 %	0 %	50 %	550903969
32	NC_022570	AT	3	6	34517	34522	50 %	50 %	0 %	0 %	550903971
33	NC_022570	AC	4	8	36136	36143	50 %	0 %	0 %	50 %	550903972
34	NC_022570	GT	3	6	37809	37814	0 %	50 %	50 %	0 %	550903974
35	NC_022570	GC	4	8	40481	40488	0 %	0 %	50 %	50 %	550903976
36	NC_022570	CA	3	6	40615	40620	50 %	0 %	0 %	50 %	550903976
37	NC_022570	GC	3	6	41122	41127	0 %	0 %	50 %	50 %	550903977
38	NC_022570	TC	3	6	41935	41940	0 %	50 %	0 %	50 %	550903979
39	NC_022570	TC	3	6	42262	42267	0 %	50 %	0 %	50 %	550903979
40	NC_022570	TA	3	6	42744	42749	50 %	50 %	0 %	0 %	550903980
41	NC_022570	AT	3	6	43162	43167	50 %	50 %	0 %	0 %	550903980
42	NC_022570	TA	3	6	43945	43950	50 %	50 %	0 %	0 %	550903981
43	NC_022570	TG	3	6	44464	44469	0 %	50 %	50 %	0 %	550903981
44	NC_022570	AC	3	6	44714	44719	50 %	0 %	0 %	50 %	550903981
45	NC_022570	GA	3	6	45023	45028	50 %	0 %	50 %	0 %	550903982
46	NC_022570	CG	3	6	45868	45873	0 %	0 %	50 %	50 %	550903982
47	NC_022570	GA	3	6	45968	45973	50 %	0 %	50 %	0 %	550903982
48	NC_022570	TC	3	6	46670	46675	0 %	50 %	0 %	50 %	550903983
49	NC_022570	CG	3	6	46715	46720	0 %	0 %	50 %	50 %	550903983
50	NC_022570	GC	3	6	46897	46902	0 %	0 %	50 %	50 %	550903983
51	NC_022570	GC	3	6	47225	47230	0 %	0 %	50 %	50 %	550903983
52	NC_022570	GC	3	6	49531	49536	0 %	0 %	50 %	50 %	550903987
53	NC_022570	CA	4	8	49957	49964	50 %	0 %	0 %	50 %	550903987
54	NC_022570	AT	3	6	50038	50043	50 %	50 %	0 %	0 %	550903987
55	NC_022570	GC	3	6	50104	50109	0 %	0 %	50 %	50 %	550903987
56	NC_022570	GC	3	6	50226	50231	0 %	0 %	50 %	50 %	550903988
57	NC_022570	GC	3	6	52830	52835	0 %	0 %	50 %	50 %	550903991
58	NC_022570	GA	3	6	53497	53502	50 %	0 %	50 %	0 %	550903992
59	NC_022570	GT	3	6	53667	53672	0 %	50 %	50 %	0 %	550903992
60	NC_022570	AC	3	6	54629	54634	50 %	0 %	0 %	50 %	550903993
61	NC_022570	AG	3	6	55540	55545	50 %	0 %	50 %	0 %	550903995
62	NC_022570	CG	3	6	55808	55813	0 %	0 %	50 %	50 %	550903995
63	NC_022570	GC	3	6	56500	56505	0 %	0 %	50 %	50 %	550903995
64	NC_022570	TG	3	6	56670	56675	0 %	50 %	50 %	0 %	550903995
65	NC_022570	GC	3	6	57268	57273	0 %	0 %	50 %	50 %	550903995
66	NC_022570	CG	3	6	58164	58169	0 %	0 %	50 %	50 %	550903997
67	NC_022570	CG	3	6	58353	58358	0 %	0 %	50 %	50 %	550903997
68	NC_022570	TC	3	6	60590	60595	0 %	50 %	0 %	50 %	550903998
69	NC_022570	TA	4	8	61106	61113	50 %	50 %	0 %	0 %	550903999
70	NC_022570	GA	3	6	61173	61178	50 %	0 %	50 %	0 %	550903999
71	NC_022570	TC	3	6	61354	61359	0 %	50 %	0 %	50 %	550903999
72	NC_022570	TC	4	8	62083	62090	0 %	50 %	0 %	50 %	550904000
73	NC_022570	AT	3	6	63716	63721	50 %	50 %	0 %	0 %	550904003
74	NC_022570	TG	3	6	64524	64529	0 %	50 %	50 %	0 %	550904004
75	NC_022570	CG	3	6	65541	65546	0 %	0 %	50 %	50 %	550904005
76	NC_022570	GC	3	6	66977	66982	0 %	0 %	50 %	50 %	550904008
77	NC_022570	TC	3	6	67301	67306	0 %	50 %	0 %	50 %	550904008
78	NC_022570	TG	3	6	67762	67767	0 %	50 %	50 %	0 %	550904009
79	NC_022570	TG	3	6	67976	67981	0 %	50 %	50 %	0 %	550904010
80	NC_022570	CG	3	6	68941	68946	0 %	0 %	50 %	50 %	550904011
81	NC_022570	TG	3	6	68956	68961	0 %	50 %	50 %	0 %	550904011
82	NC_022570	GC	3	6	69163	69168	0 %	0 %	50 %	50 %	550904011
83	NC_022570	CA	3	6	69257	69262	50 %	0 %	0 %	50 %	550904011
84	NC_022570	CG	3	6	69458	69463	0 %	0 %	50 %	50 %	550904011
85	NC_022570	CG	3	6	70908	70913	0 %	0 %	50 %	50 %	550904011
86	NC_022570	GC	3	6	71615	71620	0 %	0 %	50 %	50 %	550904012
87	NC_022570	GC	3	6	71906	71911	0 %	0 %	50 %	50 %	550904013
88	NC_022570	TG	3	6	72324	72329	0 %	50 %	50 %	0 %	550904014
89	NC_022570	GC	3	6	75097	75102	0 %	0 %	50 %	50 %	550904017
90	NC_022570	GA	4	8	75200	75207	50 %	0 %	50 %	0 %	550904017
91	NC_022570	CA	3	6	75329	75334	50 %	0 %	0 %	50 %	550904017
92	NC_022570	GC	3	6	76465	76470	0 %	0 %	50 %	50 %	550904017
93	NC_022570	TC	3	6	78010	78015	0 %	50 %	0 %	50 %	550904020
94	NC_022570	AC	3	6	78449	78454	50 %	0 %	0 %	50 %	550904021
95	NC_022570	CA	3	6	78679	78684	50 %	0 %	0 %	50 %	550904022
96	NC_022570	TG	3	6	80413	80418	0 %	50 %	50 %	0 %	550904023
97	NC_022570	CT	3	6	81112	81117	0 %	50 %	0 %	50 %	550904023
98	NC_022570	TC	3	6	81162	81167	0 %	50 %	0 %	50 %	550904023
99	NC_022570	GC	3	6	81662	81667	0 %	0 %	50 %	50 %	550904023
100	NC_022570	TG	3	6	84748	84753	0 %	50 %	50 %	0 %	550904026
101	NC_022570	CG	3	6	85125	85130	0 %	0 %	50 %	50 %	550904026
102	NC_022570	AC	3	6	85565	85570	50 %	0 %	0 %	50 %	550904026
103	NC_022570	GA	3	6	85637	85642	50 %	0 %	50 %	0 %	550904026
104	NC_022570	CA	3	6	87690	87695	50 %	0 %	0 %	50 %	550904028
105	NC_022570	CG	3	6	87977	87982	0 %	0 %	50 %	50 %	550904028
106	NC_022570	GC	3	6	89007	89012	0 %	0 %	50 %	50 %	550904028
107	NC_022570	AG	3	6	89158	89163	50 %	0 %	50 %	0 %	550904028
108	NC_022570	GA	3	6	89436	89441	50 %	0 %	50 %	0 %	550904028
109	NC_022570	CA	3	6	89749	89754	50 %	0 %	0 %	50 %	550904028
110	NC_022570	AG	3	6	92743	92748	50 %	0 %	50 %	0 %	550904029
111	NC_022570	CA	3	6	93796	93801	50 %	0 %	0 %	50 %	550904030
112	NC_022570	CG	3	6	93987	93992	0 %	0 %	50 %	50 %	550904030

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.