MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Non-Coding Repeats of Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhimurium DT104 main chromosome

Total Repeats: 619

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_022569	CCTTC	2	10	8674	8683	0 %	40 %	0 %	60 %	Non-Coding
2	NC_022569	GAAAA	2	10	10061	10070	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
3	NC_022569	TCTTT	2	10	11322	11331	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
4	NC_022569	ATTTA	2	10	11364	11373	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
5	NC_022569	GTGAT	2	10	14912	14921	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
6	NC_022569	TATTG	2	10	17576	17585	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
7	NC_022569	TTTTA	2	10	33211	33220	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
8	NC_022569	ATCGT	2	10	34917	34926	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
9	NC_022569	ATTTT	2	10	34961	34970	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
10	NC_022569	TTTTA	2	10	35222	35231	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
11	NC_022569	TAAAA	2	10	44190	44199	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
12	NC_022569	AGCGC	2	10	57233	57242	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
13	NC_022569	AAAAT	2	10	58951	58960	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
14	NC_022569	GGAAA	2	10	59738	59747	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
15	NC_022569	GCGCG	2	10	64941	64950	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
16	NC_022569	ATTTG	2	10	75442	75451	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
17	NC_022569	AAGCG	2	10	81700	81709	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
18	NC_022569	TAAAA	2	10	95766	95775	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
19	NC_022569	GCGCT	2	10	97926	97935	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
20	NC_022569	AGCGC	2	10	97993	98002	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
21	NC_022569	AAGCG	2	10	109300	109309	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
22	NC_022569	TAATT	2	10	116727	116736	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
23	NC_022569	ATTTT	2	10	116753	116762	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
24	NC_022569	TAGTG	2	10	126808	126817	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
25	NC_022569	GGTTT	2	10	134167	134176	0 %	60 %	40 %	0 %	Non-Coding
26	NC_022569	CCCAA	2	10	138181	138190	40 %	0 %	0 %	60 %	Non-Coding
27	NC_022569	TTGTT	2	10	139528	139537	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
28	NC_022569	CGCGG	2	10	158665	158674	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
29	NC_022569	GGCCA	2	10	183194	183203	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
30	NC_022569	GCGCC	2	10	183207	183216	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
31	NC_022569	CGTTT	2	10	183709	183718	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
32	NC_022569	GGGGA	2	10	183761	183770	20 %	0 %	80 %	0 %	Non-Coding
33	NC_022569	CTATA	2	10	189369	189378	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
34	NC_022569	TATTG	2	10	196430	196439	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
35	NC_022569	GCTTC	2	10	203911	203920	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
36	NC_022569	GCGCT	2	10	212403	212412	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
37	NC_022569	CGCGT	2	10	212455	212464	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
38	NC_022569	CTGTC	2	10	229851	229860	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
39	NC_022569	ATATA	2	10	230565	230574	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
40	NC_022569	TGCTC	2	10	246053	246062	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
41	NC_022569	GTCTG	2	10	257113	257122	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
42	NC_022569	GCGCT	2	10	279969	279978	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
43	NC_022569	TGTGT	2	10	286360	286369	0 %	60 %	40 %	0 %	Non-Coding
44	NC_022569	AATGA	2	10	288071	288080	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
45	NC_022569	GCTTC	2	10	290913	290922	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
46	NC_022569	AGCGA	2	10	292545	292554	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
47	NC_022569	AAATT	2	10	296823	296832	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
48	NC_022569	ACAAA	2	10	298110	298119	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
49	NC_022569	TTGTT	2	10	311086	311095	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
50	NC_022569	GGCCT	2	10	317560	317569	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
51	NC_022569	AATGC	2	10	329616	329625	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
52	NC_022569	TATGT	2	10	329700	329709	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
53	NC_022569	TCTGT	2	10	344889	344898	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
54	NC_022569	TGCGA	2	10	352168	352177	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
55	NC_022569	AAAAC	2	10	367148	367157	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
56	NC_022569	ATCTC	2	10	373093	373102	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
57	NC_022569	TTTTA	2	10	403881	403890	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
58	NC_022569	CGGGG	2	10	408233	408242	0 %	0 %	80 %	20 %	Non-Coding
59	NC_022569	AAAAT	2	10	409403	409412	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
60	NC_022569	AATGT	2	10	416322	416331	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
61	NC_022569	TGAAA	2	10	416606	416615	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
62	NC_022569	GATGC	2	10	428270	428279	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
63	NC_022569	CGCTT	2	10	439758	439767	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
64	NC_022569	CCCGT	2	10	446479	446488	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
65	NC_022569	CGTTT	2	10	446806	446815	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
66	NC_022569	CTTTG	2	10	456034	456043	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
67	NC_022569	TACGG	2	10	457041	457050	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
68	NC_022569	GCTAA	2	10	473664	473673	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
69	NC_022569	ACAAT	2	10	479823	479832	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
70	NC_022569	TTAAT	2	10	480689	480698	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
71	NC_022569	AACGC	2	10	497529	497538	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
72	NC_022569	CTTTT	2	10	510817	510826	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
73	NC_022569	GCGCC	2	10	512395	512404	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
74	NC_022569	ACGAT	2	10	522118	522127	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
75	NC_022569	GCAAC	2	10	526607	526616	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
76	NC_022569	AAATT	2	10	529082	529091	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
77	NC_022569	GTTTT	2	10	540214	540223	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
78	NC_022569	ACTAA	2	10	544343	544352	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
79	NC_022569	GAAGA	2	10	546917	546926	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
80	NC_022569	ATGCG	2	10	547350	547359	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
81	NC_022569	GCGCT	2	10	561024	561033	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
82	NC_022569	CAGGT	2	10	563287	563296	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
83	NC_022569	TGTTA	2	10	565145	565154	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
84	NC_022569	TTCAA	2	10	578463	578472	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
85	NC_022569	GGTGA	2	10	594090	594099	20 %	20 %	60 %	0 %	Non-Coding
86	NC_022569	ATAGA	2	10	596242	596251	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
87	NC_022569	AGGGA	2	10	628540	628549	40 %	0 %	60 %	0 %	Non-Coding
88	NC_022569	CTTCA	2	10	637394	637403	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
89	NC_022569	CTTTT	2	10	647904	647913	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
90	NC_022569	GTCGC	2	10	662626	662635	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
91	NC_022569	TGCGG	2	10	662821	662830	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
92	NC_022569	AAACA	2	10	663292	663301	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
93	NC_022569	TGTAA	2	10	685004	685013	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
94	NC_022569	TTGAT	2	10	694216	694225	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
95	NC_022569	CATTT	2	10	695015	695024	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
96	NC_022569	TTATT	2	10	715812	715821	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
97	NC_022569	TTTGT	2	10	715838	715847	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
98	NC_022569	TTCAA	2	10	719717	719726	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
99	NC_022569	ATAAG	2	10	720946	720955	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
100	NC_022569	AAACG	2	10	748256	748265	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
101	NC_022569	AGTAA	2	10	748537	748546	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
102	NC_022569	CTGGC	2	10	748861	748870	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
103	NC_022569	GTCCC	2	10	752737	752746	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
104	NC_022569	GGCGG	2	10	767963	767972	0 %	0 %	80 %	20 %	Non-Coding
105	NC_022569	GCGCT	2	10	785300	785309	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
106	NC_022569	GTTCT	2	10	805013	805022	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
107	NC_022569	AATAA	2	10	819731	819740	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
108	NC_022569	AGCGC	2	10	825146	825155	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
109	NC_022569	TAAAA	2	10	832765	832774	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
110	NC_022569	AGTTG	2	10	839717	839726	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
111	NC_022569	GGCGA	2	10	842766	842775	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
112	NC_022569	GGCGA	2	10	843178	843187	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
113	NC_022569	TGCGC	2	10	843718	843727	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
114	NC_022569	TAGAT	2	10	847309	847318	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
115	NC_022569	ACCGG	2	10	848581	848590	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
116	NC_022569	TGGCA	2	10	852465	852474	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
117	NC_022569	GTTTG	2	10	853455	853464	0 %	60 %	40 %	0 %	Non-Coding
118	NC_022569	GCGCT	2	10	859985	859994	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
119	NC_022569	TATGG	2	10	865312	865321	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
120	NC_022569	ATTCT	2	10	878532	878541	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
121	NC_022569	AATAA	2	10	890734	890743	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
122	NC_022569	CGCTG	2	10	910866	910875	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
123	NC_022569	AAATG	2	10	918380	918389	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
124	NC_022569	ACCGC	2	10	925640	925649	20 %	0 %	20 %	60 %	Non-Coding
125	NC_022569	GCCTG	2	10	926540	926549	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
126	NC_022569	TGAGC	2	10	926611	926620	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
127	NC_022569	GTTTT	2	10	926974	926983	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
128	NC_022569	TGGAC	2	10	927168	927177	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
129	NC_022569	ATTTC	2	10	927475	927484	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
130	NC_022569	CAGGG	2	10	948583	948592	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
131	NC_022569	ATTTT	2	10	949713	949722	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
132	NC_022569	GTCAG	2	10	956797	956806	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
133	NC_022569	CAAAT	2	10	978050	978059	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
134	NC_022569	GCGCT	2	10	981529	981538	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
135	NC_022569	AGCGC	2	10	982543	982552	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
136	NC_022569	AGGCG	2	10	1003107	1003116	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
137	NC_022569	TTGTA	2	10	1007852	1007861	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
138	NC_022569	CCCTA	2	10	1026131	1026140	20 %	20 %	0 %	60 %	Non-Coding
139	NC_022569	AAATC	2	10	1030469	1030478	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
140	NC_022569	AAAAT	2	10	1031828	1031837	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
141	NC_022569	GAGTT	2	10	1043596	1043605	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
142	NC_022569	TTTTC	2	10	1056505	1056514	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
143	NC_022569	TTAGG	2	10	1065834	1065843	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
144	NC_022569	TTTGA	2	10	1072107	1072116	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
145	NC_022569	CAACC	2	10	1095807	1095816	40 %	0 %	0 %	60 %	Non-Coding
146	NC_022569	CAGGG	2	10	1099970	1099979	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
147	NC_022569	TATTG	2	10	1124387	1124396	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
148	NC_022569	TTTTC	2	10	1138561	1138570	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
149	NC_022569	TTATT	2	10	1139401	1139410	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
150	NC_022569	TTCTT	2	10	1141334	1141343	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
151	NC_022569	CCAGA	2	10	1141873	1141882	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
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155	NC_022569	GCGCT	2	10	1173196	1173205	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
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157	NC_022569	CAGAG	2	10	1197169	1197178	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
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161	NC_022569	GCGCT	2	10	1205035	1205044	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
162	NC_022569	ATAAA	2	10	1211202	1211211	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
163	NC_022569	ATGTT	2	10	1211507	1211516	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
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165	NC_022569	GGATC	2	10	1217132	1217141	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
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167	NC_022569	TTTTG	2	10	1253920	1253929	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
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177	NC_022569	ACGTT	2	10	1314763	1314772	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
178	NC_022569	TCATT	2	10	1315756	1315765	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
179	NC_022569	TTCTG	2	10	1319831	1319840	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
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184	NC_022569	AAAAT	2	10	1340774	1340783	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
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191	NC_022569	GTTAC	2	10	1388573	1388582	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
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267	NC_022569	TGGAA	2	10	1992174	1992183	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
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280	NC_022569	TGTCT	2	10	2055387	2055396	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
281	NC_022569	GCGTC	2	10	2083417	2083426	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
282	NC_022569	GGACA	2	10	2090485	2090494	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
283	NC_022569	ACTTT	2	10	2094738	2094747	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
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285	NC_022569	ATCAA	2	10	2104814	2104823	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
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420	NC_022569	CGCTT	2	10	3338611	3338620	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
421	NC_022569	AGCGC	2	10	3361720	3361729	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
422	NC_022569	GGCCT	2	10	3364496	3364505	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
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424	NC_022569	CACCG	2	10	3376112	3376121	20 %	0 %	20 %	60 %	Non-Coding
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426	NC_022569	CCGGC	2	10	3388326	3388335	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
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428	NC_022569	CTTTA	2	10	3395702	3395711	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
429	NC_022569	GCGCT	2	10	3403753	3403762	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
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443	NC_022569	GCGCT	2	10	3567558	3567567	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
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457	NC_022569	TGACC	2	10	3662372	3662381	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
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459	NC_022569	GGCAA	2	10	3676428	3676437	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
460	NC_022569	GCGCT	2	10	3705121	3705130	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
461	NC_022569	AGTGA	2	10	3710244	3710253	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
462	NC_022569	CGCGC	2	10	3716264	3716273	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
463	NC_022569	CCATG	2	10	3717863	3717872	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
464	NC_022569	ACATG	2	10	3760900	3760909	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
465	NC_022569	GAAAA	2	10	3760993	3761002	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
466	NC_022569	TGTTT	2	10	3766693	3766702	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
467	NC_022569	AAGCG	2	10	3768971	3768980	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
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470	NC_022569	TTAAT	2	10	3813470	3813479	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
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472	NC_022569	GCGCT	2	10	3821695	3821704	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
473	NC_022569	GCGCT	2	10	3827003	3827012	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
474	NC_022569	TTTTC	2	10	3833984	3833993	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
475	NC_022569	GCGCT	2	10	3848247	3848256	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
476	NC_022569	GGTCA	2	10	3849984	3849993	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
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500	NC_022569	ACGCT	2	10	4121542	4121551	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding

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