MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Tri-nucleotide Repeats of Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhimurium DT104 main chromosome

Total Repeats: 71212

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_022569	CAG	2	6	64	69	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
2	NC_022569	ACA	2	6	181	186	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	550899432
3	NC_022569	CAC	3	9	204	212	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	550899432
4	NC_022569	ACC	2	6	217	222	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	550899432
5	NC_022569	AAC	2	6	330	335	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
6	NC_022569	CGG	2	6	354	359	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	550899433
7	NC_022569	TGG	2	6	476	481	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	550899433
8	NC_022569	CGG	2	6	501	506	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	550899433
9	NC_022569	CTG	2	6	664	669	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	550899433
10	NC_022569	CGC	2	6	693	698	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	550899433
11	NC_022569	CGC	2	6	858	863	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	550899433
12	NC_022569	CCG	2	6	908	913	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	550899433
13	NC_022569	TGG	2	6	932	937	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	550899433
14	NC_022569	CCG	3	9	965	973	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	550899433
15	NC_022569	GCC	2	6	979	984	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	550899433
16	NC_022569	CTG	2	6	999	1004	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	550899433
17	NC_022569	GCT	2	6	1068	1073	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	550899433
18	NC_022569	CGA	2	6	1233	1238	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	550899433
19	NC_022569	AAC	2	6	1273	1278	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	550899433
20	NC_022569	GAT	2	6	1317	1322	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	550899433
21	NC_022569	GGC	2	6	1329	1334	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	550899433
22	NC_022569	CGC	2	6	1344	1349	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	550899433
23	NC_022569	GGT	2	6	1371	1376	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	550899433
24	NC_022569	TCC	2	6	1390	1395	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	550899433
25	NC_022569	CCG	2	6	1446	1451	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	550899433
26	NC_022569	GCT	2	6	1491	1496	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	550899433
27	NC_022569	TGT	2	6	1536	1541	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	550899433
28	NC_022569	TTC	2	6	1582	1587	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	550899433
29	NC_022569	TCT	2	6	1636	1641	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	550899433
30	NC_022569	TGG	2	6	1658	1663	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	550899433
31	NC_022569	ACG	2	6	1670	1675	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	550899433
32	NC_022569	CCA	2	6	1679	1684	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	550899433
33	NC_022569	CGG	2	6	1755	1760	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	550899433
34	NC_022569	CGG	2	6	1764	1769	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	550899433
35	NC_022569	GAA	2	6	1809	1814	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	550899433
36	NC_022569	GCG	2	6	1838	1843	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	550899433
37	NC_022569	ATC	2	6	1967	1972	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	550899433
38	NC_022569	TTG	2	6	1988	1993	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	550899433
39	NC_022569	ACT	2	6	2096	2101	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	550899433
40	NC_022569	CGC	3	9	2118	2126	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	550899433
41	NC_022569	CTG	2	6	2200	2205	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	550899433
42	NC_022569	TGA	2	6	2214	2219	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	550899433
43	NC_022569	GAC	2	6	2512	2517	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	550899433
44	NC_022569	GCC	2	6	2524	2529	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	550899433
45	NC_022569	TGA	2	6	2547	2552	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	550899433
46	NC_022569	TAT	2	6	2686	2691	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	550899433
47	NC_022569	TGC	2	6	2708	2713	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	550899433
48	NC_022569	ATG	2	6	2732	2737	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	550899433
49	NC_022569	CGG	3	9	2741	2749	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	550899433
50	NC_022569	AGC	2	6	2917	2922	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	550899434
51	NC_022569	GCC	2	6	2968	2973	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	550899434
52	NC_022569	CGT	2	6	3106	3111	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	550899434
53	NC_022569	CGC	2	6	3112	3117	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	550899434
54	NC_022569	GCA	2	6	3207	3212	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	550899434
55	NC_022569	TGA	2	6	3258	3263	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	550899434
56	NC_022569	GAA	2	6	3266	3271	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	550899434
57	NC_022569	ATT	2	6	3278	3283	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	550899434
58	NC_022569	CAG	2	6	3287	3292	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	550899434
59	NC_022569	TGA	2	6	3304	3309	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	550899434
60	NC_022569	GCC	2	6	3464	3469	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	550899434
61	NC_022569	TGA	2	6	3474	3479	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	550899434
62	NC_022569	CGG	2	6	3705	3710	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	550899434
63	NC_022569	AGT	2	6	3718	3723	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	550899434
64	NC_022569	CAG	2	6	3809	3814	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	550899435
65	NC_022569	TGA	2	6	3862	3867	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	550899435
66	NC_022569	GCA	2	6	3937	3942	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	550899435
67	NC_022569	CGG	2	6	4060	4065	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	550899435
68	NC_022569	GCG	2	6	4098	4103	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	550899435
69	NC_022569	GTC	2	6	4190	4195	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	550899435
70	NC_022569	GGC	2	6	4253	4258	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	550899435
71	NC_022569	TGA	2	6	4324	4329	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	550899435
72	NC_022569	GAA	2	6	4331	4336	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	550899435
73	NC_022569	GCC	2	6	4383	4388	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	550899435
74	NC_022569	CTA	2	6	4405	4410	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	550899435
75	NC_022569	GCT	2	6	4501	4506	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	550899435
76	NC_022569	CGC	2	6	4543	4548	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	550899435
77	NC_022569	GGA	2	6	4669	4674	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	550899435
78	NC_022569	CCG	2	6	4681	4686	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	550899435
79	NC_022569	GCG	2	6	4718	4723	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	550899435
80	NC_022569	GAT	2	6	4727	4732	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	550899435
81	NC_022569	CAG	2	6	4742	4747	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	550899435
82	NC_022569	GCG	2	6	4793	4798	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	550899435
83	NC_022569	GCT	2	6	4954	4959	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	550899435
84	NC_022569	CAT	2	6	4964	4969	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	550899435
85	NC_022569	GCC	2	6	4985	4990	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	550899435
86	NC_022569	TGA	3	9	5001	5009	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	550899435
87	NC_022569	GTG	2	6	5062	5067	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
88	NC_022569	TCA	2	6	5163	5168	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	550899436
89	NC_022569	AAT	2	6	5228	5233	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	550899436
90	NC_022569	TCA	2	6	5242	5247	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	550899436
91	NC_022569	ACC	2	6	5277	5282	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	550899436
92	NC_022569	TCA	2	6	5301	5306	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	550899436
93	NC_022569	TTC	2	6	5340	5345	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	550899436
94	NC_022569	CAC	3	9	5384	5392	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	550899436
95	NC_022569	TGT	2	6	5568	5573	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	550899436
96	NC_022569	CGT	2	6	5593	5598	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	550899436
97	NC_022569	GCG	2	6	5755	5760	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	550899436
98	NC_022569	GCT	2	6	5788	5793	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	550899436
99	NC_022569	CGC	2	6	5931	5936	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
100	NC_022569	GCC	2	6	5979	5984	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	550899437
101	NC_022569	ACC	2	6	6096	6101	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	550899437
102	NC_022569	CAA	2	6	6110	6115	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	550899437
103	NC_022569	CGA	2	6	6301	6306	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	550899437
104	NC_022569	CAG	2	6	6437	6442	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	550899437
105	NC_022569	ATC	2	6	6447	6452	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	550899437
106	NC_022569	GAT	2	6	6467	6472	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	550899437
107	NC_022569	ACG	2	6	6535	6540	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	550899437
108	NC_022569	GCG	2	6	6862	6867	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	550899437
109	NC_022569	CGA	2	6	6940	6945	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	550899437
110	NC_022569	GCC	2	6	7013	7018	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	550899437
111	NC_022569	AGG	2	6	7078	7083	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	550899437
112	NC_022569	ATG	2	6	7095	7100	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	550899437
113	NC_022569	GCG	2	6	7140	7145	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	550899437
114	NC_022569	GCC	2	6	7226	7231	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	550899437
115	NC_022569	AGC	2	6	7332	7337	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	550899437
116	NC_022569	TAA	2	6	7372	7377	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	550899437
117	NC_022569	TTG	2	6	7408	7413	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
118	NC_022569	ATG	2	6	7453	7458	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
119	NC_022569	GGT	2	6	7506	7511	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
120	NC_022569	CGT	2	6	7599	7604	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
121	NC_022569	ATC	2	6	7608	7613	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
122	NC_022569	CAC	2	6	7697	7702	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	550899438
123	NC_022569	CAG	2	6	7845	7850	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	550899438
124	NC_022569	AGC	2	6	7851	7856	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	550899438
125	NC_022569	CAG	2	6	7866	7871	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	550899438
126	NC_022569	GTT	2	6	7872	7877	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	550899438
127	NC_022569	ATG	2	6	8023	8028	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	550899438
128	NC_022569	AAG	2	6	8107	8112	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	550899438
129	NC_022569	GCT	2	6	8132	8137	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	550899438
130	NC_022569	TAC	2	6	8298	8303	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	550899438
131	NC_022569	CGT	2	6	8324	8329	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	550899438
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258	NC_022569	ATG	2	6	16001	16006	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
259	NC_022569	CCT	2	6	16022	16027	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
260	NC_022569	ATT	2	6	16055	16060	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
261	NC_022569	TAT	2	6	16153	16158	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	550899446
262	NC_022569	ATA	2	6	16218	16223	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	550899446
263	NC_022569	GGC	2	6	16339	16344	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	550899446
264	NC_022569	GCG	2	6	16390	16395	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	550899446
265	NC_022569	TAA	2	6	16417	16422	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	550899446
266	NC_022569	AGT	2	6	16564	16569	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	550899447
267	NC_022569	AAT	2	6	16636	16641	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	550899447
268	NC_022569	GGT	2	6	16753	16758	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	550899447
269	NC_022569	GCC	2	6	16955	16960	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	550899447
270	NC_022569	AAT	2	6	17000	17005	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	550899447
271	NC_022569	GTC	2	6	17092	17097	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	550899448
272	NC_022569	GCG	2	6	17101	17106	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	550899448
273	NC_022569	TAA	2	6	17207	17212	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	550899448
274	NC_022569	CAT	2	6	17279	17284	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	550899448
275	NC_022569	GAT	2	6	17361	17366	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	550899448
276	NC_022569	TAA	2	6	17402	17407	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	550899448
277	NC_022569	ATT	2	6	17612	17617	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
278	NC_022569	GTT	2	6	17704	17709	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
279	NC_022569	GTT	2	6	17728	17733	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
280	NC_022569	ATC	2	6	17757	17762	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
281	NC_022569	GAT	2	6	17769	17774	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
282	NC_022569	ACT	2	6	17909	17914	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	550899449
283	NC_022569	CAA	2	6	17940	17945	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	550899449
284	NC_022569	GAT	2	6	17948	17953	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	550899449
285	NC_022569	TTA	2	6	18037	18042	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	550899449
286	NC_022569	TTG	2	6	18156	18161	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	550899449
287	NC_022569	AGA	2	6	18190	18195	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	550899449
288	NC_022569	CTG	2	6	18359	18364	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	550899449
289	NC_022569	CGG	2	6	18433	18438	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	550899449
290	NC_022569	CCG	2	6	18468	18473	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	550899449
291	NC_022569	GTG	2	6	18509	18514	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	550899449
292	NC_022569	GCT	2	6	18625	18630	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	550899449
293	NC_022569	CTG	2	6	18699	18704	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	550899449
294	NC_022569	ACT	2	6	18707	18712	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	550899449
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300	NC_022569	CGC	2	6	19179	19184	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	550899449
301	NC_022569	CGA	2	6	19387	19392	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	550899449
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303	NC_022569	TTC	2	6	19477	19482	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	550899449
304	NC_022569	TGA	2	6	19483	19488	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	550899449
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311	NC_022569	CCA	2	6	20031	20036	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
312	NC_022569	TCA	2	6	20125	20130	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	550899450
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319	NC_022569	AAC	2	6	20479	20484	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	550899450
320	NC_022569	CCG	2	6	20485	20490	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	550899450
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323	NC_022569	CCG	2	6	20803	20808	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	550899450
324	NC_022569	GCC	2	6	20826	20831	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	550899450
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331	NC_022569	TAA	2	6	21356	21361	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	550899450
332	NC_022569	CTG	2	6	21403	21408	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	550899450
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372	NC_022569	GAT	2	6	24232	24237	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
373	NC_022569	TAA	2	6	24259	24264	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
374	NC_022569	TAA	2	6	24266	24271	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
375	NC_022569	ACG	2	6	24306	24311	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
376	NC_022569	AAG	2	6	24353	24358	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
377	NC_022569	GAA	2	6	24399	24404	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
378	NC_022569	CAG	2	6	24409	24414	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
379	NC_022569	TGT	2	6	24521	24526	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	550899452
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381	NC_022569	CGC	2	6	24594	24599	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	550899452
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