MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Hexa-nucleotide Non-Coding Repeats of Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhimurium str. DT2

Total Repeats: 189

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_022544	TCTTAA	2	12	23203	23214	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
2	NC_022544	TCAGCG	2	12	64309	64320	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
3	NC_022544	TGTGGT	2	12	74858	74869	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
4	NC_022544	AAAGAA	2	12	75354	75365	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
5	NC_022544	CGGGTG	2	12	116768	116779	0 %	16.67 %	66.67 %	16.67 %	Non-Coding
6	NC_022544	AATGCT	2	12	121394	121405	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
7	NC_022544	AAGAGG	2	12	128584	128595	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
8	NC_022544	GGATAA	2	12	134225	134236	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
9	NC_022544	TTTAAC	2	12	202434	202445	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
10	NC_022544	CAATAT	2	12	229775	229786	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
11	NC_022544	TGAAAA	2	12	339247	339258	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
12	NC_022544	AGATGA	2	12	350851	350862	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
13	NC_022544	TTCTCA	2	12	358900	358911	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
14	NC_022544	CTCATT	2	12	378166	378177	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
15	NC_022544	AAAATT	2	12	386184	386195	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
16	NC_022544	GTGATA	2	12	477746	477757	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
17	NC_022544	AAATTT	2	12	498416	498427	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
18	NC_022544	TGCTAT	2	12	528004	528015	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
19	NC_022544	CAGGCG	2	12	540135	540146	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
20	NC_022544	AGCGCC	2	12	545863	545874	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
21	NC_022544	TGCAAT	2	12	591292	591303	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
22	NC_022544	TGCAAT	2	12	591307	591318	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
23	NC_022544	TAACGT	2	12	624077	624088	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
24	NC_022544	TGCAAA	2	12	643904	643915	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
25	NC_022544	CAAAAA	2	12	809091	809102	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
26	NC_022544	GCAGCC	2	12	812467	812478	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
27	NC_022544	TGAAAA	2	12	899886	899897	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
28	NC_022544	ATTTTT	2	12	906508	906519	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
29	NC_022544	CATCGT	2	12	947357	947368	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
30	NC_022544	GATGAC	2	12	968976	968987	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
31	NC_022544	AAAGAT	2	12	1048162	1048173	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
32	NC_022544	AAAATC	2	12	1062721	1062732	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
33	NC_022544	ACCCAA	2	12	1062896	1062907	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
34	NC_022544	AAAGCA	2	12	1065794	1065805	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
35	NC_022544	CTTTTT	2	12	1069872	1069883	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
36	NC_022544	TAAATG	2	12	1100591	1100602	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
37	NC_022544	ATCTCG	2	12	1101057	1101068	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
38	NC_022544	AAAAAT	2	12	1120106	1120117	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
39	NC_022544	AAGAGA	2	12	1126149	1126160	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
40	NC_022544	CGTTTA	2	12	1132130	1132141	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
41	NC_022544	TGAGTA	2	12	1134552	1134563	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
42	NC_022544	TGTCAT	2	12	1176498	1176509	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
43	NC_022544	TAATTA	2	12	1199450	1199461	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
44	NC_022544	CGTGGG	2	12	1239593	1239604	0 %	16.67 %	66.67 %	16.67 %	Non-Coding
45	NC_022544	AAAAAG	2	12	1254652	1254663	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
46	NC_022544	AAAAAC	2	12	1283289	1283300	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
47	NC_022544	GGTTTA	2	12	1296427	1296438	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
48	NC_022544	GATTTT	2	12	1317814	1317825	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
49	NC_022544	AAGCGC	2	12	1319441	1319452	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
50	NC_022544	CGCTCG	2	12	1404072	1404083	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
51	NC_022544	AGTCTT	2	12	1418974	1418985	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
52	NC_022544	CCAGCG	2	12	1586957	1586968	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
53	NC_022544	ATATTT	2	12	1589421	1589432	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
54	NC_022544	GATATT	2	12	1603045	1603056	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
55	NC_022544	CATTAA	2	12	1617611	1617622	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
56	NC_022544	TTCCCC	2	12	1620525	1620536	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
57	NC_022544	AGTATA	2	12	1641652	1641663	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
58	NC_022544	TTTATG	2	12	1667517	1667528	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
59	NC_022544	TATTTA	2	12	1671647	1671658	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
60	NC_022544	TTATTT	2	12	1675165	1675176	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
61	NC_022544	ACTGCC	2	12	1676840	1676851	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
62	NC_022544	TTTTAT	2	12	1700844	1700855	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
63	NC_022544	TTGCTG	2	12	1733731	1733742	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
64	NC_022544	TATAGT	2	12	1748250	1748261	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
65	NC_022544	TCTGCG	2	12	1760855	1760866	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
66	NC_022544	TTGGCT	2	12	1844063	1844074	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
67	NC_022544	TGTTAA	2	12	1848786	1848797	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
68	NC_022544	GCCATA	2	12	1866907	1866918	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
69	NC_022544	GGAAAT	2	12	1941258	1941269	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
70	NC_022544	CTTTCA	2	12	1942210	1942221	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
71	NC_022544	CAGGTA	2	12	1954257	1954268	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
72	NC_022544	TAAAGC	2	12	1972555	1972566	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
73	NC_022544	CTCCAG	2	12	2043100	2043111	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
74	NC_022544	TCGTGA	2	12	2059599	2059610	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
75	NC_022544	ACAACC	2	12	2105119	2105130	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
76	NC_022544	GATTCG	2	12	2123903	2123914	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
77	NC_022544	AATCAG	2	12	2133944	2133955	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
78	NC_022544	CATATA	2	12	2134126	2134137	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
79	NC_022544	GTTATT	2	12	2178341	2178352	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
80	NC_022544	ATAACA	2	12	2215169	2215180	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
81	NC_022544	ACATAA	2	12	2215387	2215398	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
82	NC_022544	GGCGCT	2	12	2216776	2216787	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
83	NC_022544	TGTTTA	2	12	2223372	2223383	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
84	NC_022544	TTTATC	2	12	2253380	2253391	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
85	NC_022544	TCCAGT	2	12	2321364	2321375	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
86	NC_022544	ATTTTC	2	12	2321727	2321738	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
87	NC_022544	GCCATC	2	12	2339433	2339444	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
88	NC_022544	GGCGAA	2	12	2340236	2340247	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
89	NC_022544	ACCGCC	2	12	2340474	2340485	16.67 %	0 %	16.67 %	66.67 %	Non-Coding
90	NC_022544	TCACCG	2	12	2341005	2341016	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
91	NC_022544	CTGCGG	2	12	2342810	2342821	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
92	NC_022544	CCTTCA	2	12	2357158	2357169	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	Non-Coding
93	NC_022544	CATTAA	2	12	2430307	2430318	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
94	NC_022544	AGAAAA	2	12	2467032	2467043	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
95	NC_022544	ATTTTT	2	12	2495321	2495332	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
96	NC_022544	GTAAGT	2	12	2506435	2506446	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
97	NC_022544	TTTTCA	2	12	2515744	2515755	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
98	NC_022544	CAAGTG	2	12	2532749	2532760	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
99	NC_022544	TCATTA	2	12	2539057	2539068	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
100	NC_022544	GCTACA	2	12	2649009	2649020	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
101	NC_022544	TGTTTT	2	12	2664540	2664551	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
102	NC_022544	GCAAGG	6	36	2721471	2721506	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
103	NC_022544	TTGGGT	2	12	2760070	2760081	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
104	NC_022544	CAGCCC	2	12	2764231	2764242	16.67 %	0 %	16.67 %	66.67 %	Non-Coding
105	NC_022544	AGGTGA	2	12	2764301	2764312	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	Non-Coding
106	NC_022544	TTTGTT	2	12	2772983	2772994	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
107	NC_022544	TATTTT	2	12	2773178	2773189	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
108	NC_022544	ACAAAA	2	12	2789255	2789266	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
109	NC_022544	AAAGGC	2	12	2844900	2844911	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
110	NC_022544	ATTAAA	2	12	2847361	2847372	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
111	NC_022544	TAAGGG	2	12	2858426	2858437	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	Non-Coding
112	NC_022544	CACTGA	2	12	2864558	2864569	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
113	NC_022544	CAAGAG	2	12	2871590	2871601	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
114	NC_022544	CTTAGG	2	12	2885609	2885620	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
115	NC_022544	ATCTTA	2	12	2888530	2888541	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
116	NC_022544	CAATAA	2	12	2902066	2902077	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
117	NC_022544	ATTAAA	2	12	3005094	3005105	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
118	NC_022544	CCATCG	2	12	3007274	3007285	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
119	NC_022544	GATTAT	2	12	3053077	3053088	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
120	NC_022544	CCTGTT	2	12	3054240	3054251	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
121	NC_022544	GGCGTC	2	12	3073308	3073319	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
122	NC_022544	GGTAAA	2	12	3080230	3080241	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
123	NC_022544	GCGATC	2	12	3099370	3099381	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
124	NC_022544	CACGAC	17	102	3142989	3143090	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
125	NC_022544	CCACCG	2	12	3143663	3143674	16.67 %	0 %	16.67 %	66.67 %	Non-Coding
126	NC_022544	TTTTAT	2	12	3145097	3145108	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
127	NC_022544	GGTAAA	2	12	3154206	3154217	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
128	NC_022544	TTCAGT	2	12	3210782	3210793	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
129	NC_022544	AGTTGT	2	12	3332046	3332057	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
130	NC_022544	AATGAT	2	12	3337714	3337725	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
131	NC_022544	TAACCA	2	12	3376323	3376334	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
132	NC_022544	ATTCAA	2	12	3378070	3378081	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
133	NC_022544	TTATTT	2	12	3380269	3380280	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
134	NC_022544	AACCCT	2	12	3409179	3409190	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	Non-Coding
135	NC_022544	TAAGCG	2	12	3428615	3428626	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
136	NC_022544	TGTTAT	2	12	3473096	3473107	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
137	NC_022544	TGTCGC	2	12	3555238	3555249	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
138	NC_022544	ATTTCT	2	12	3594474	3594485	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
139	NC_022544	AATATT	2	12	3674487	3674498	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
140	NC_022544	ATTTTC	2	12	3729968	3729979	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
141	NC_022544	CTTAAT	2	12	3737861	3737872	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
142	NC_022544	TAAAAA	2	12	3791706	3791717	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
143	NC_022544	GCGATC	2	12	3806879	3806890	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
144	NC_022544	ATTATA	2	12	3839224	3839235	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
145	NC_022544	ATCAAC	2	12	3849943	3849954	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
146	NC_022544	GTGTTC	2	12	3909254	3909265	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
147	NC_022544	GCATTA	2	12	3912107	3912118	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
148	NC_022544	TAAATA	2	12	3918050	3918061	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
149	NC_022544	CCGTTA	2	12	3919653	3919664	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
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151	NC_022544	GCCATC	2	12	3973042	3973053	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
152	NC_022544	GGCGAA	2	12	3973845	3973856	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
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154	NC_022544	TCACCG	2	12	3974614	3974625	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
155	NC_022544	CTGCGG	2	12	3976419	3976430	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
156	NC_022544	TATCAA	2	12	4208821	4208832	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
157	NC_022544	TAAATA	2	12	4220902	4220913	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
158	NC_022544	TTTTAA	2	12	4221099	4221110	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
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©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.