MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Hexa-nucleotide Coding Repeats of Rhizobium sp. IRBG74 plasmid IRBL74_p

Total Repeats: 175

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_022536	CGGCCA	2	12	14429	14440	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	549707576
2	NC_022536	ATCGCG	2	12	19992	20003	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	549707588
3	NC_022536	GGGGAG	2	12	20263	20274	16.67 %	0 %	83.33 %	0 %	549707588
4	NC_022536	TTGAGG	2	12	22783	22794	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	549707590
5	NC_022536	CCGGCA	2	12	25962	25973	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	549707593
6	NC_022536	AGCGCA	2	12	26466	26477	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	549707593
7	NC_022536	GACCGC	2	12	28081	28092	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	549707593
8	NC_022536	CAACGA	2	12	29119	29130	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	549707594
9	NC_022536	AGGCGA	2	12	29188	29199	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	549707594
10	NC_022536	CGGGGG	2	12	30053	30064	0 %	0 %	83.33 %	16.67 %	549707596
11	NC_022536	ACCTCC	2	12	30286	30297	16.67 %	16.67 %	0 %	66.67 %	549707596
12	NC_022536	AGCGAA	2	12	31627	31638	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	549707598
13	NC_022536	GATCGT	2	12	36629	36640	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	549707602
14	NC_022536	CGCGGC	2	12	36674	36685	0 %	0 %	50 %	50 %	549707602
15	NC_022536	CAAGGC	2	12	41788	41799	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	549707609
16	NC_022536	GCTGTG	2	12	42310	42321	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	549707609
17	NC_022536	TGGTCG	2	12	46195	46206	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	549707613
18	NC_022536	GCAGCC	2	12	47514	47525	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	549707614
19	NC_022536	CGAGCC	2	12	56233	56244	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	549707624
20	NC_022536	ATGTGA	2	12	57832	57843	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	549707626
21	NC_022536	GCGATG	2	12	61529	61540	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	549707631
22	NC_022536	TCTTGG	2	12	67936	67947	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	549707638
23	NC_022536	ATGAAC	2	12	76173	76184	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	549707647
24	NC_022536	GAGCGA	2	12	76667	76678	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	549707648
25	NC_022536	TATGCG	2	12	79004	79015	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	549707651
26	NC_022536	GAACAG	2	12	87000	87011	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	549707669
27	NC_022536	CCTGAG	2	12	104354	104365	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	549707689
28	NC_022536	ATGTCG	2	12	104809	104820	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	549707690
29	NC_022536	ATCAGC	2	12	107268	107279	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	549707692
30	NC_022536	GCGTTC	2	12	109020	109031	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	549707695
31	NC_022536	GCGCGG	2	12	115000	115011	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	549707703
32	NC_022536	TCGAAC	2	12	116297	116308	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	549707704
33	NC_022536	GAGACG	2	12	117853	117864	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	549707706
34	NC_022536	CATCGA	2	12	121432	121443	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	549707714
35	NC_022536	ACTACG	2	12	133061	133072	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	549707729
36	NC_022536	GCAATC	2	12	133380	133391	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	549707729
37	NC_022536	CCGCCA	2	12	133689	133700	16.67 %	0 %	16.67 %	66.67 %	549707730
38	NC_022536	GCGGGG	2	12	139448	139459	0 %	0 %	83.33 %	16.67 %	549707734
39	NC_022536	GAGCGA	2	12	141210	141221	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	549707738
40	NC_022536	CGAAGG	2	12	142045	142056	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	549707740
41	NC_022536	GCGATC	2	12	143188	143199	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	549707742
42	NC_022536	TTCTGC	2	12	144116	144127	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	549707743
43	NC_022536	AAACGG	2	12	144243	144254	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	549707743
44	NC_022536	TTGCAA	2	12	149909	149920	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	549707751
45	NC_022536	TTTTTG	2	12	153054	153065	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	549707754
46	NC_022536	GATGCT	2	12	153859	153870	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	549707755
47	NC_022536	GCTCAT	2	12	155358	155369	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	549707757
48	NC_022536	ACGATA	2	12	159873	159884	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	549707763
49	NC_022536	TTCCCG	2	12	160273	160284	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	549707764
50	NC_022536	CCGGCG	2	12	162651	162662	0 %	0 %	50 %	50 %	549707766
51	NC_022536	GATCAA	2	12	170234	170245	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	549707776
52	NC_022536	GGGGGA	2	12	174738	174749	16.67 %	0 %	83.33 %	0 %	549707783
53	NC_022536	TGGTCG	2	12	183385	183396	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	549707791
54	NC_022536	TCTCGA	2	12	188690	188701	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	549707796
55	NC_022536	CCATTG	2	12	196051	196062	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	549707805
56	NC_022536	GCCGAG	2	12	198608	198619	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	549707807
57	NC_022536	CGATGG	2	12	199274	199285	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	549707808
58	NC_022536	CGATGA	2	12	204050	204061	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	549707812
59	NC_022536	CGAAGC	2	12	206248	206259	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	549707814
60	NC_022536	GGATCG	2	12	219364	219375	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	549707829
61	NC_022536	GTCCTC	2	12	219583	219594	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	549707830
62	NC_022536	CTCCGA	2	12	220685	220696	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	549707831
63	NC_022536	TGCGCG	2	12	222204	222215	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	549707832
64	NC_022536	GCAGGA	2	12	233494	233505	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	549707840
65	NC_022536	TTCCTC	2	12	234657	234668	0 %	50 %	0 %	50 %	549707841
66	NC_022536	AGACTC	2	12	237788	237799	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	549707845
67	NC_022536	TCGACG	2	12	238413	238424	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	549707846
68	NC_022536	GTCGCA	2	12	245668	245679	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	549707853
69	NC_022536	CCGAAG	2	12	252214	252225	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	549707864
70	NC_022536	AAGCCC	2	12	266995	267006	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	549707882
71	NC_022536	GTGCCA	2	12	267975	267986	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	549707883
72	NC_022536	CGCAAG	2	12	269779	269790	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	549707887
73	NC_022536	ATAGAT	2	12	271312	271323	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	549707888
74	NC_022536	GGAAGC	2	12	278327	278338	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	549707894
75	NC_022536	CCCGAC	2	12	279327	279338	16.67 %	0 %	16.67 %	66.67 %	549707895
76	NC_022536	CGAAGC	2	12	281256	281267	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	549707896
77	NC_022536	GGACGC	2	12	282120	282131	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	549707897
78	NC_022536	CGGGAC	2	12	283258	283269	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	549707898
79	NC_022536	TCGAGG	2	12	283308	283319	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	549707898
80	NC_022536	TGCGAG	2	12	284459	284470	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	549707899
81	NC_022536	CGCAAG	2	12	290814	290825	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	549707905
82	NC_022536	TTCCCA	2	12	299208	299219	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	549707912
83	NC_022536	CATCAC	2	12	307679	307690	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	549707922
84	NC_022536	GCGACC	2	12	310226	310237	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	549707924
85	NC_022536	TTTCGA	2	12	326919	326930	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	549707948
86	NC_022536	TCGCGA	2	12	331814	331825	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	549707954
87	NC_022536	TGGACG	2	12	339730	339741	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	549707963
88	NC_022536	CAGGTG	2	12	340320	340331	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	549707963
89	NC_022536	GTCGAC	2	12	342415	342426	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	549707965
90	NC_022536	CCGCAG	2	12	345852	345863	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	549707967
91	NC_022536	ATCTGA	2	12	347092	347103	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	549707968
92	NC_022536	ATGCCA	2	12	347824	347835	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	549707969
93	NC_022536	GACCGC	2	12	348898	348909	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	549707970
94	NC_022536	TCGATA	2	12	349951	349962	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	549707971
95	NC_022536	TGACGA	2	12	350131	350142	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	549707971
96	NC_022536	CTTGTC	2	12	351665	351676	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	549707972
97	NC_022536	CTCGTC	2	12	353490	353501	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	549707975
98	NC_022536	TGAGAA	2	12	358845	358856	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	549707983
99	NC_022536	CGGTGC	2	12	359354	359365	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	549707984
100	NC_022536	GCACAA	2	12	360614	360625	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	549707985
101	NC_022536	AGGACG	2	12	365141	365152	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	549707988
102	NC_022536	CGGCGC	2	12	367652	367663	0 %	0 %	50 %	50 %	549707991
103	NC_022536	GCCAAC	2	12	367999	368010	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	549707991
104	NC_022536	CCGGCA	2	12	368029	368040	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	549707991
105	NC_022536	CATTCG	2	12	368258	368269	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	549707991
106	NC_022536	CCTTGC	2	12	368723	368734	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	549707991
107	NC_022536	GGCATG	2	12	377473	377484	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	549707997
108	NC_022536	CAACGA	2	12	382502	382513	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	549708001
109	NC_022536	CGTCAT	2	12	384450	384461	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	549708002
110	NC_022536	CTCTGC	2	12	389153	389164	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	549708007
111	NC_022536	GAAGAT	2	12	398574	398585	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	549708019
112	NC_022536	CCTTGG	2	12	403118	403129	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	549708022
113	NC_022536	ACATTT	2	12	403557	403568	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	549708023
114	NC_022536	TGGTCG	2	12	403801	403812	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	549708023
115	NC_022536	TCGAGG	2	12	407291	407302	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	549708025
116	NC_022536	GTCTTC	2	12	407527	407538	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	549708025
117	NC_022536	GGTCAT	2	12	409936	409947	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	549708030
118	NC_022536	CGCTTG	2	12	411156	411167	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	549708033
119	NC_022536	TGACGC	2	12	417607	417618	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	549708038
120	NC_022536	GAACCG	2	12	418391	418402	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	549708039
121	NC_022536	TGACGC	2	12	426348	426359	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	549708053
122	NC_022536	GCCGTT	2	12	428114	428125	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	549708055
123	NC_022536	CGATGG	2	12	429258	429269	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	549708056
124	NC_022536	CATCGC	2	12	439499	439510	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	549708071
125	NC_022536	GTCGCC	2	12	440248	440259	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	549708072
126	NC_022536	CCAGCA	2	12	441455	441466	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	549708074
127	NC_022536	GAAGCG	2	12	441906	441917	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	549708074
128	NC_022536	TTCCAG	2	12	442857	442868	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	549708074
129	NC_022536	TCAGCC	2	12	445195	445206	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	549708077
130	NC_022536	CGAGAA	2	12	446059	446070	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	549708078
131	NC_022536	AGCCCC	2	12	449479	449490	16.67 %	0 %	16.67 %	66.67 %	549708083
132	NC_022536	GCCTCC	2	12	451165	451176	0 %	16.67 %	16.67 %	66.67 %	549708086
133	NC_022536	ATGCGG	2	12	451178	451189	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	549708086
134	NC_022536	CTCGGC	2	12	456606	456617	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	549708092
135	NC_022536	GATGGC	2	12	456818	456829	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	549708092
136	NC_022536	ATCGTC	2	12	457995	458006	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	549708095
137	NC_022536	TGGTCG	2	12	471809	471820	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	549708113
138	NC_022536	GCAGCC	2	12	473128	473139	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	549708114
139	NC_022536	GGCTTT	2	12	476950	476961	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	549708120
140	NC_022536	GGCACC	2	12	481864	481875	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	549708124
141	NC_022536	GCAATG	2	12	483314	483325	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	549708124
142	NC_022536	TTTCGA	2	12	483333	483344	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	549708124
143	NC_022536	AGGTGA	2	12	484571	484582	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	549708124
144	NC_022536	ATCGAT	2	12	485593	485604	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	549708125
145	NC_022536	ATTACG	2	12	487886	487897	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	549708126
146	NC_022536	GTCACA	2	12	499018	499029	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	549708138
147	NC_022536	TGATCA	2	12	499921	499932	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	549708138
148	NC_022536	CTGGCG	2	12	501629	501640	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	549708140
149	NC_022536	TTTCGT	2	12	505598	505609	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	549708146
150	NC_022536	TGGGGA	2	12	506557	506568	16.67 %	16.67 %	66.67 %	0 %	549708146
151	NC_022536	ATCGAA	2	12	510677	510688	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	549708148
152	NC_022536	CGCTGG	2	12	511626	511637	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	549708149
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154	NC_022536	TGCCAG	2	12	514001	514012	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	549708152
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161	NC_022536	CGGCAG	2	12	546596	546607	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	549708190
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175	NC_022536	CTTGCG	2	12	583560	583571	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	549708230

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.