MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Coding Repeats of Rhizobium sp. IRBG74 plasmid IRBL74_p

Total Repeats: 320

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_022536	GATCG	2	10	2923	2932	20 %	20 %	40 %	20 %	549707558
2	NC_022536	GGTCC	2	10	3598	3607	0 %	20 %	40 %	40 %	549707558
3	NC_022536	AGGCC	2	10	8409	8418	20 %	0 %	40 %	40 %	549707565
4	NC_022536	CCAGC	2	10	9473	9482	20 %	0 %	20 %	60 %	549707566
5	NC_022536	GCGGT	2	10	10942	10951	0 %	20 %	60 %	20 %	549707570
6	NC_022536	CAACA	2	10	11044	11053	60 %	0 %	0 %	40 %	549707570
7	NC_022536	TTCGA	2	10	15151	15160	20 %	40 %	20 %	20 %	549707578
8	NC_022536	GGGGC	2	10	16970	16979	0 %	0 %	80 %	20 %	549707584
9	NC_022536	GGGGA	2	10	18224	18233	20 %	0 %	80 %	0 %	549707587
10	NC_022536	CGATG	2	10	18896	18905	20 %	20 %	40 %	20 %	549707587
11	NC_022536	GGCGC	2	10	18920	18929	0 %	0 %	60 %	40 %	549707587
12	NC_022536	TGCTG	2	10	19642	19651	0 %	40 %	40 %	20 %	549707588
13	NC_022536	CGACG	2	10	20984	20993	20 %	0 %	40 %	40 %	549707590
14	NC_022536	CACGG	2	10	21331	21340	20 %	0 %	40 %	40 %	549707590
15	NC_022536	CTGCG	2	10	23530	23539	0 %	20 %	40 %	40 %	549707590
16	NC_022536	TGTCT	2	10	24107	24116	0 %	60 %	20 %	20 %	549707591
17	NC_022536	GATGC	2	10	25123	25132	20 %	20 %	40 %	20 %	549707592
18	NC_022536	TCGGA	2	10	28544	28553	20 %	20 %	40 %	20 %	549707593
19	NC_022536	CCAAC	2	10	29401	29410	40 %	0 %	0 %	60 %	549707594
20	NC_022536	GATTG	2	10	33190	33199	20 %	40 %	40 %	0 %	549707599
21	NC_022536	TTCCG	2	10	33831	33840	0 %	40 %	20 %	40 %	549707599
22	NC_022536	CAAGG	2	10	33981	33990	40 %	0 %	40 %	20 %	549707599
23	NC_022536	GCTGA	2	10	35770	35779	20 %	20 %	40 %	20 %	549707601
24	NC_022536	GTTCC	2	10	37756	37765	0 %	40 %	20 %	40 %	549707604
25	NC_022536	GCGTC	2	10	40197	40206	0 %	20 %	40 %	40 %	549707607
26	NC_022536	GACCG	2	10	44333	44342	20 %	0 %	40 %	40 %	549707612
27	NC_022536	GCCGG	2	10	45450	45459	0 %	0 %	60 %	40 %	549707613
28	NC_022536	ACGCC	2	10	45531	45540	20 %	0 %	20 %	60 %	549707613
29	NC_022536	CAGGG	2	10	45883	45892	20 %	0 %	60 %	20 %	549707613
30	NC_022536	GACCG	2	10	47810	47819	20 %	0 %	40 %	40 %	549707614
31	NC_022536	ATGAC	2	10	49096	49105	40 %	20 %	20 %	20 %	549707617
32	NC_022536	CAGAG	2	10	50260	50269	40 %	0 %	40 %	20 %	549707618
33	NC_022536	TCATC	2	10	53794	53803	20 %	40 %	0 %	40 %	549707622
34	NC_022536	CGGGC	2	10	56334	56343	0 %	0 %	60 %	40 %	549707625
35	NC_022536	ATCAC	2	10	58081	58090	40 %	20 %	0 %	40 %	549707626
36	NC_022536	GATGT	2	10	62618	62627	20 %	40 %	40 %	0 %	549707632
37	NC_022536	TGCGA	2	10	63997	64006	20 %	20 %	40 %	20 %	549707634
38	NC_022536	GGTAT	2	10	64123	64132	20 %	40 %	40 %	0 %	549707634
39	NC_022536	TCTGG	2	10	68639	68648	0 %	40 %	40 %	20 %	549707638
40	NC_022536	ACGTC	2	10	72099	72108	20 %	20 %	20 %	40 %	549707642
41	NC_022536	CGATC	2	10	72316	72325	20 %	20 %	20 %	40 %	549707642
42	NC_022536	GTCGC	2	10	76439	76448	0 %	20 %	40 %	40 %	549707647
43	NC_022536	GAACG	2	10	77298	77307	40 %	0 %	40 %	20 %	549707649
44	NC_022536	TCTGC	2	10	77528	77537	0 %	40 %	20 %	40 %	549707649
45	NC_022536	AAGCA	2	10	90890	90899	60 %	0 %	20 %	20 %	549707676
46	NC_022536	CGCAG	2	10	91273	91282	20 %	0 %	40 %	40 %	549707676
47	NC_022536	GTTCC	2	10	96633	96642	0 %	40 %	20 %	40 %	549707681
48	NC_022536	GATCC	2	10	100675	100684	20 %	20 %	20 %	40 %	549707686
49	NC_022536	AGCCA	2	10	101651	101660	40 %	0 %	20 %	40 %	549707687
50	NC_022536	ATTGC	2	10	102798	102807	20 %	40 %	20 %	20 %	549707687
51	NC_022536	CGGCC	2	10	112007	112016	0 %	0 %	40 %	60 %	549707697
52	NC_022536	CGGTC	2	10	112582	112591	0 %	20 %	40 %	40 %	549707698
53	NC_022536	ATGGG	2	10	117755	117764	20 %	20 %	60 %	0 %	549707706
54	NC_022536	GTGCC	2	10	117843	117852	0 %	20 %	40 %	40 %	549707706
55	NC_022536	TCGCG	2	10	122095	122104	0 %	20 %	40 %	40 %	549707716
56	NC_022536	GTACG	2	10	123687	123696	20 %	20 %	40 %	20 %	549707719
57	NC_022536	GATCA	2	10	133860	133869	40 %	20 %	20 %	20 %	549707730
58	NC_022536	GAATG	2	10	139224	139233	40 %	20 %	40 %	0 %	549707733
59	NC_022536	CTGTC	2	10	140200	140209	0 %	40 %	20 %	40 %	549707736
60	NC_022536	AAGCC	2	10	140798	140807	40 %	0 %	20 %	40 %	549707738
61	NC_022536	GTTGC	2	10	142387	142396	0 %	40 %	40 %	20 %	549707740
62	NC_022536	GGATC	2	10	142432	142441	20 %	20 %	40 %	20 %	549707740
63	NC_022536	CGAAG	2	10	147233	147242	40 %	0 %	40 %	20 %	549707746
64	NC_022536	CTTTC	2	10	147587	147596	0 %	60 %	0 %	40 %	549707747
65	NC_022536	AACGA	2	10	148329	148338	60 %	0 %	20 %	20 %	549707749
66	NC_022536	GGGCC	2	10	149011	149020	0 %	0 %	60 %	40 %	549707750
67	NC_022536	GGCAT	2	10	150308	150317	20 %	20 %	40 %	20 %	549707751
68	NC_022536	CGGTG	2	10	151217	151226	0 %	20 %	60 %	20 %	549707752
69	NC_022536	GCCGG	2	10	154115	154124	0 %	0 %	60 %	40 %	549707755
70	NC_022536	GTTCT	2	10	154400	154409	0 %	60 %	20 %	20 %	549707755
71	NC_022536	AGTGA	2	10	156320	156329	40 %	20 %	40 %	0 %	549707759
72	NC_022536	GTTCT	2	10	158077	158086	0 %	60 %	20 %	20 %	549707762
73	NC_022536	CGAAA	2	10	161845	161854	60 %	0 %	20 %	20 %	549707765
74	NC_022536	CGAAG	2	10	163006	163015	40 %	0 %	40 %	20 %	549707766
75	NC_022536	TCGCA	2	10	163497	163506	20 %	20 %	20 %	40 %	549707767
76	NC_022536	GCCCG	2	10	167451	167460	0 %	0 %	40 %	60 %	549707772
77	NC_022536	TCAGG	2	10	173653	173662	20 %	20 %	40 %	20 %	549707781
78	NC_022536	TCCAA	2	10	176752	176761	40 %	20 %	0 %	40 %	549707786
79	NC_022536	GACAC	2	10	180139	180148	40 %	0 %	20 %	40 %	549707789
80	NC_022536	GATCA	2	10	180589	180598	40 %	20 %	20 %	20 %	549707790
81	NC_022536	TCGCC	2	10	183242	183251	0 %	20 %	20 %	60 %	549707791
82	NC_022536	GCACA	2	10	183930	183939	40 %	0 %	20 %	40 %	549707791
83	NC_022536	CAGCC	2	10	184112	184121	20 %	0 %	20 %	60 %	549707791
84	NC_022536	CCCCT	2	10	184488	184497	0 %	20 %	0 %	80 %	549707792
85	NC_022536	CAAAC	2	10	185776	185785	60 %	0 %	0 %	40 %	549707794
86	NC_022536	CTTGC	2	10	186346	186355	0 %	40 %	20 %	40 %	549707794
87	NC_022536	CCTGA	2	10	187195	187204	20 %	20 %	20 %	40 %	549707795
88	NC_022536	GGCGA	2	10	189325	189334	20 %	0 %	60 %	20 %	549707797
89	NC_022536	GGTGA	2	10	189355	189364	20 %	20 %	60 %	0 %	549707797
90	NC_022536	CGCTG	2	10	192094	192103	0 %	20 %	40 %	40 %	549707800
91	NC_022536	CCAGA	2	10	192886	192895	40 %	0 %	20 %	40 %	549707802
92	NC_022536	CGTTT	2	10	193872	193881	0 %	60 %	20 %	20 %	549707802
93	NC_022536	GCGTT	2	10	194746	194755	0 %	40 %	40 %	20 %	549707804
94	NC_022536	AACGA	2	10	195965	195974	60 %	0 %	20 %	20 %	549707805
95	NC_022536	GCTTT	2	10	198134	198143	0 %	60 %	20 %	20 %	549707806
96	NC_022536	TTGAG	2	10	199112	199121	20 %	40 %	40 %	0 %	549707807
97	NC_022536	GAAAA	2	10	200425	200434	80 %	0 %	20 %	0 %	549707808
98	NC_022536	TCCCC	2	10	202973	202982	0 %	20 %	0 %	80 %	549707812
99	NC_022536	CGCGA	2	10	214501	214510	20 %	0 %	40 %	40 %	549707824
100	NC_022536	TTTGG	2	10	221439	221448	0 %	60 %	40 %	0 %	549707831
101	NC_022536	AAGCG	2	10	230098	230107	40 %	0 %	40 %	20 %	549707837
102	NC_022536	CCCTT	2	10	230787	230796	0 %	40 %	0 %	60 %	549707838
103	NC_022536	GGCAA	2	10	232485	232494	40 %	0 %	40 %	20 %	549707839
104	NC_022536	GCCAG	2	10	239522	239531	20 %	0 %	40 %	40 %	549707847
105	NC_022536	TTGCC	2	10	240289	240298	0 %	40 %	20 %	40 %	549707848
106	NC_022536	GGCCG	2	10	240669	240678	0 %	0 %	60 %	40 %	549707849
107	NC_022536	GGCGA	2	10	242734	242743	20 %	0 %	60 %	20 %	549707850
108	NC_022536	GATTG	2	10	244206	244215	20 %	40 %	40 %	0 %	549707852
109	NC_022536	GCCCT	2	10	244225	244234	0 %	20 %	20 %	60 %	549707852
110	NC_022536	ACAAG	2	10	245870	245879	60 %	0 %	20 %	20 %	549707853
111	NC_022536	GCAAC	2	10	248374	248383	40 %	0 %	20 %	40 %	549707859
112	NC_022536	CCACG	2	10	248780	248789	20 %	0 %	20 %	60 %	549707861
113	NC_022536	AAGCG	2	10	250419	250428	40 %	0 %	40 %	20 %	549707863
114	NC_022536	AAGCC	2	10	251269	251278	40 %	0 %	20 %	40 %	549707863
115	NC_022536	GCCGC	2	10	255505	255514	0 %	0 %	40 %	60 %	549707870
116	NC_022536	AGCTT	2	10	255901	255910	20 %	40 %	20 %	20 %	549707870
117	NC_022536	GATCA	2	10	258385	258394	40 %	20 %	20 %	20 %	549707873
118	NC_022536	CGCGG	2	10	259494	259503	0 %	0 %	60 %	40 %	549707874
119	NC_022536	TCGTG	2	10	259972	259981	0 %	40 %	40 %	20 %	549707875
120	NC_022536	TGCGC	2	10	261576	261585	0 %	20 %	40 %	40 %	549707877
121	NC_022536	GATGG	2	10	261980	261989	20 %	20 %	60 %	0 %	549707877
122	NC_022536	ATGAA	2	10	263214	263223	60 %	20 %	20 %	0 %	549707878
123	NC_022536	GATCA	2	10	264351	264360	40 %	20 %	20 %	20 %	549707879
124	NC_022536	CGAGC	2	10	265239	265248	20 %	0 %	40 %	40 %	549707880
125	NC_022536	CTGAA	2	10	266228	266237	40 %	20 %	20 %	20 %	549707881
126	NC_022536	CAGTT	2	10	267256	267265	20 %	40 %	20 %	20 %	549707882
127	NC_022536	TCTGA	2	10	268337	268346	20 %	40 %	20 %	20 %	549707883
128	NC_022536	CTGAC	2	10	268431	268440	20 %	20 %	20 %	40 %	549707883
129	NC_022536	CGTTG	2	10	276270	276279	0 %	40 %	40 %	20 %	549707893
130	NC_022536	CCATC	2	10	282190	282199	20 %	20 %	0 %	60 %	549707897
131	NC_022536	GCGTC	2	10	282546	282555	0 %	20 %	40 %	40 %	549707897
132	NC_022536	CCGTC	2	10	285524	285533	0 %	20 %	20 %	60 %	549707900
133	NC_022536	AGCGG	2	10	285992	286001	20 %	0 %	60 %	20 %	549707900
134	NC_022536	GCTTT	2	10	294090	294099	0 %	60 %	20 %	20 %	549707908
135	NC_022536	CAGCG	2	10	298087	298096	20 %	0 %	40 %	40 %	549707911
136	NC_022536	CAGAC	2	10	302560	302569	40 %	0 %	20 %	40 %	549707916
137	NC_022536	CATGT	2	10	306858	306867	20 %	40 %	20 %	20 %	549707921
138	NC_022536	AACGA	2	10	307512	307521	60 %	0 %	20 %	20 %	549707921
139	NC_022536	CATGC	2	10	308099	308108	20 %	20 %	20 %	40 %	549707922
140	NC_022536	GCAAT	2	10	308502	308511	40 %	20 %	20 %	20 %	549707923
141	NC_022536	GGATG	2	10	311171	311180	20 %	20 %	60 %	0 %	549707925
142	NC_022536	CACGC	2	10	312988	312997	20 %	0 %	20 %	60 %	549707926
143	NC_022536	CGCAA	2	10	314469	314478	40 %	0 %	20 %	40 %	549707928
144	NC_022536	TTAAG	2	10	315664	315673	40 %	40 %	20 %	0 %	549707928
145	NC_022536	CTCGT	2	10	317819	317828	0 %	40 %	20 %	40 %	549707931
146	NC_022536	GATCG	2	10	317848	317857	20 %	20 %	40 %	20 %	549707931
147	NC_022536	TCTGG	2	10	317869	317878	0 %	40 %	40 %	20 %	549707931
148	NC_022536	CCCCG	2	10	317883	317892	0 %	0 %	20 %	80 %	549707931
149	NC_022536	CGCTC	2	10	318506	318515	0 %	20 %	20 %	60 %	549707931
150	NC_022536	GCTCT	2	10	320215	320224	0 %	40 %	20 %	40 %	549707934
151	NC_022536	TTGTC	2	10	323732	323741	0 %	60 %	20 %	20 %	549707941
152	NC_022536	GGACA	2	10	324436	324445	40 %	0 %	40 %	20 %	549707942
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156	NC_022536	CGTCT	2	10	329117	329126	0 %	40 %	20 %	40 %	549707951
157	NC_022536	AACTG	2	10	331265	331274	40 %	20 %	20 %	20 %	549707953
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163	NC_022536	TCGCC	2	10	339812	339821	0 %	20 %	20 %	60 %	549707963
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165	NC_022536	CGGCC	2	10	341129	341138	0 %	0 %	40 %	60 %	549707964
166	NC_022536	CGAGG	2	10	342052	342061	20 %	0 %	60 %	20 %	549707964
167	NC_022536	CGCTC	2	10	342182	342191	0 %	20 %	20 %	60 %	549707964
168	NC_022536	TGATC	2	10	344124	344133	20 %	40 %	20 %	20 %	549707966
169	NC_022536	GCCGG	2	10	346586	346595	0 %	0 %	60 %	40 %	549707968
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171	NC_022536	CCGGG	2	10	354472	354481	0 %	0 %	60 %	40 %	549707976
172	NC_022536	TGCAG	2	10	356034	356043	20 %	20 %	40 %	20 %	549707978
173	NC_022536	TTTCG	2	10	357464	357473	0 %	60 %	20 %	20 %	549707980
174	NC_022536	GATCG	2	10	357648	357657	20 %	20 %	40 %	20 %	549707980
175	NC_022536	CGCGG	2	10	361158	361167	0 %	0 %	60 %	40 %	549707985
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177	NC_022536	GAACA	2	10	361783	361792	60 %	0 %	20 %	20 %	549707986
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198	NC_022536	GTCAT	2	10	401543	401552	20 %	40 %	20 %	20 %	549708022
199	NC_022536	TGCCT	2	10	404510	404519	0 %	40 %	20 %	40 %	549708024
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227	NC_022536	TTCTG	2	10	447325	447334	0 %	60 %	20 %	20 %	549708081
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231	NC_022536	TGATG	2	10	451569	451578	20 %	40 %	40 %	0 %	549708086
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233	NC_022536	GCGGA	2	10	452781	452790	20 %	0 %	60 %	20 %	549708088
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244	NC_022536	GCCGA	2	10	467604	467613	20 %	0 %	40 %	40 %	549708110
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247	NC_022536	ACGCC	2	10	471145	471154	20 %	0 %	20 %	60 %	549708113
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250	NC_022536	AAGGG	2	10	474366	474375	40 %	0 %	60 %	0 %	549708116
251	NC_022536	TGGAC	2	10	475172	475181	20 %	20 %	40 %	20 %	549708117
252	NC_022536	ATTGA	2	10	475984	475993	40 %	40 %	20 %	0 %	549708118
253	NC_022536	CAGGT	2	10	476546	476555	20 %	20 %	40 %	20 %	549708120
254	NC_022536	CACGC	2	10	478038	478047	20 %	0 %	20 %	60 %	549708121
255	NC_022536	CGCGG	2	10	479029	479038	0 %	0 %	60 %	40 %	549708122
256	NC_022536	GCGCC	2	10	480263	480272	0 %	0 %	40 %	60 %	549708122
257	NC_022536	CGTTT	2	10	480317	480326	0 %	60 %	20 %	20 %	549708122
258	NC_022536	TGCGA	2	10	480807	480816	20 %	20 %	40 %	20 %	549708123
259	NC_022536	GAAAG	2	10	481394	481403	60 %	0 %	40 %	0 %	549708123
260	NC_022536	CGCGC	2	10	481848	481857	0 %	0 %	40 %	60 %	549708124
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262	NC_022536	GCCTG	2	10	483596	483605	0 %	20 %	40 %	40 %	549708124
263	NC_022536	AGCGG	2	10	485393	485402	20 %	0 %	60 %	20 %	549708125
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292	NC_022536	GATGG	2	10	532025	532034	20 %	20 %	60 %	0 %	549708172
293	NC_022536	GGATC	2	10	533119	533128	20 %	20 %	40 %	20 %	549708173
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315	NC_022536	GCCCT	2	10	575168	575177	0 %	20 %	20 %	60 %	549708221
316	NC_022536	GTGCC	2	10	580320	580329	0 %	20 %	40 %	40 %	549708226
317	NC_022536	GAAAG	2	10	581305	581314	60 %	0 %	40 %	0 %	549708227
318	NC_022536	CGGAT	2	10	581526	581535	20 %	20 %	40 %	20 %	549708227
319	NC_022536	TCCGG	2	10	582719	582728	0 %	20 %	40 %	40 %	549708228
320	NC_022536	TCTGC	2	10	583181	583190	0 %	40 %	20 %	40 %	549708229

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.