MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Non-Coding Repeats of Chlamydia pecorum P787

Total Repeats: 110

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_022441	AATTC	2	10	38147	38156	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
2	NC_022441	CTTGA	2	10	56407	56416	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
3	NC_022441	CTTTT	2	10	58105	58114	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
4	NC_022441	ATTTT	2	10	104358	104367	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
5	NC_022441	CTTTT	2	10	104553	104562	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
6	NC_022441	TAGGT	2	10	126050	126059	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
7	NC_022441	CTTTT	2	10	128984	128993	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
8	NC_022441	ACGAG	2	10	137215	137224	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
9	NC_022441	TTTTC	2	10	142208	142217	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
10	NC_022441	TCTTT	2	10	153769	153778	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
11	NC_022441	AAAAT	2	10	172425	172434	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
12	NC_022441	GGGGA	2	10	180084	180093	20 %	0 %	80 %	0 %	Non-Coding
13	NC_022441	TTTAT	2	10	188857	188866	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
14	NC_022441	TTTAG	2	10	191643	191652	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
15	NC_022441	CCTAA	2	10	197192	197201	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
16	NC_022441	TAAAA	2	10	197253	197262	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
17	NC_022441	CCCTT	2	10	204499	204508	0 %	40 %	0 %	60 %	Non-Coding
18	NC_022441	TTTTG	2	10	204564	204573	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
19	NC_022441	GCTTA	2	10	228338	228347	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
20	NC_022441	AATAG	2	10	243614	243623	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
21	NC_022441	TAAGA	2	10	244794	244803	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
22	NC_022441	AGTTT	2	10	254652	254661	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
23	NC_022441	TTCAA	2	10	279253	279262	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
24	NC_022441	TTTGT	2	10	281045	281054	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
25	NC_022441	CCCTT	2	10	329124	329133	0 %	40 %	0 %	60 %	Non-Coding
26	NC_022441	TAAGC	2	10	332119	332128	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
27	NC_022441	TAGCA	2	10	334319	334328	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
28	NC_022441	ATCTG	2	10	338970	338979	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
29	NC_022441	TCTTT	2	10	352784	352793	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
30	NC_022441	TGTTT	2	10	354642	354651	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
31	NC_022441	AACAA	2	10	357470	357479	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
32	NC_022441	TTTTG	2	10	357509	357518	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
33	NC_022441	TAACA	2	10	376743	376752	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
34	NC_022441	AAGCA	2	10	386580	386589	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
35	NC_022441	AATTA	2	10	391568	391577	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
36	NC_022441	TTAGA	2	10	413786	413795	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
37	NC_022441	CTCTA	2	10	415681	415690	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
38	NC_022441	AAAAG	2	10	417656	417665	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
39	NC_022441	ATTTA	2	10	417688	417697	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
40	NC_022441	TTTTG	2	10	417769	417778	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
41	NC_022441	CTTCT	2	10	419130	419139	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
42	NC_022441	AAATA	2	10	419458	419467	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
43	NC_022441	TAAAA	2	10	437964	437973	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
44	NC_022441	TAAAA	2	10	453347	453356	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
45	NC_022441	ATAAA	2	10	464519	464528	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
46	NC_022441	GTTAT	2	10	505600	505609	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
47	NC_022441	AAGAA	2	10	518836	518845	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
48	NC_022441	ATTTT	2	10	528748	528757	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
49	NC_022441	ATTTT	2	10	531219	531228	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
50	NC_022441	ATAAA	2	10	534993	535002	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
51	NC_022441	TAATT	2	10	539180	539189	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
52	NC_022441	TATTT	3	15	554900	554914	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
53	NC_022441	TAGAA	2	10	556044	556053	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
54	NC_022441	TGAAA	2	10	556197	556206	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
55	NC_022441	AGGTT	2	10	558830	558839	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
56	NC_022441	TTTAT	2	10	570609	570618	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
57	NC_022441	ACCAA	2	10	575819	575828	60 %	0 %	0 %	40 %	Non-Coding
58	NC_022441	TGTTT	2	10	578840	578849	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
59	NC_022441	AGTTT	2	10	579592	579601	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
60	NC_022441	CTTAG	2	10	580754	580763	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
61	NC_022441	GGGGA	2	10	595736	595745	20 %	0 %	80 %	0 %	Non-Coding
62	NC_022441	AAATT	2	10	600341	600350	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
63	NC_022441	TAAAA	2	10	628616	628625	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
64	NC_022441	TTATT	2	10	628730	628739	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
65	NC_022441	ATACA	2	10	631330	631339	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
66	NC_022441	TTTTA	2	10	634892	634901	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
67	NC_022441	CTCTA	2	10	663424	663433	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
68	NC_022441	AAAGA	2	10	674392	674401	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
69	NC_022441	CCTAT	2	10	680893	680902	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
70	NC_022441	AAATC	2	10	684849	684858	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
71	NC_022441	CCCAA	2	10	690529	690538	40 %	0 %	0 %	60 %	Non-Coding
72	NC_022441	TCTTT	2	10	695482	695491	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
73	NC_022441	ATTAC	2	10	695552	695561	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
74	NC_022441	TATAA	2	10	719364	719373	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
75	NC_022441	TCTTT	2	10	778943	778952	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
76	NC_022441	AAAGA	2	10	794930	794939	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
77	NC_022441	CTCAT	2	10	794941	794950	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
78	NC_022441	ACTAA	2	10	802110	802119	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
79	NC_022441	ATTTT	2	10	805229	805238	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
80	NC_022441	AACTT	2	10	821233	821242	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
81	NC_022441	TAAAA	2	10	824988	824997	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
82	NC_022441	TAAAA	2	10	828070	828079	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
83	NC_022441	TTTTA	2	10	828231	828240	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
84	NC_022441	TAAAA	2	10	830664	830673	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
85	NC_022441	ATTTT	2	10	838979	838988	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
86	NC_022441	AAGAA	2	10	839097	839106	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
87	NC_022441	TCTAA	2	10	841478	841487	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
88	NC_022441	AAAAG	2	10	841529	841538	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
89	NC_022441	TAATT	2	10	870621	870630	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
90	NC_022441	TACTA	2	10	876115	876124	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
91	NC_022441	GTTAG	2	10	877790	877799	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
92	NC_022441	AGTAG	2	10	887233	887242	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
93	NC_022441	TCTCC	2	10	920923	920932	0 %	40 %	0 %	60 %	Non-Coding
94	NC_022441	GAAAA	2	10	923159	923168	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
95	NC_022441	AATTT	2	10	926891	926900	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
96	NC_022441	TCTAC	2	10	955057	955066	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
97	NC_022441	CTACA	2	10	955199	955208	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
98	NC_022441	TAACT	2	10	961783	961792	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
99	NC_022441	CCTTT	2	10	961915	961924	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
100	NC_022441	TCAGT	2	10	962228	962237	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
101	NC_022441	ACATA	2	10	962527	962536	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
102	NC_022441	CTTTC	2	10	963607	963616	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
103	NC_022441	GGAGT	2	10	970555	970564	20 %	20 %	60 %	0 %	Non-Coding
104	NC_022441	GTTCT	2	10	983062	983071	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
105	NC_022441	GCTTA	2	10	1004328	1004337	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
106	NC_022441	TATAA	2	10	1022870	1022879	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
107	NC_022441	TAAAA	2	10	1030663	1030672	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
108	NC_022441	ATAAA	2	10	1030725	1030734	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
109	NC_022441	CCTTA	2	10	1060174	1060183	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
110	NC_022441	TTTTA	2	10	1088586	1088595	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.