MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Non-Coding Repeats of Chlamydia pecorum W73

Total Repeats: 109

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_022440	AATTC	2	10	38207	38216	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
2	NC_022440	CTTGA	2	10	56461	56470	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
3	NC_022440	CTTTT	2	10	58159	58168	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
4	NC_022440	ATTTT	2	10	104400	104409	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
5	NC_022440	CTTTT	2	10	104595	104604	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
6	NC_022440	TAGGT	2	10	126088	126097	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
7	NC_022440	CTTTT	2	10	129020	129029	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
8	NC_022440	ACGAG	2	10	137245	137254	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
9	NC_022440	TTTTC	2	10	142237	142246	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
10	NC_022440	TCTTT	2	10	153797	153806	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
11	NC_022440	AAAAT	2	10	172453	172462	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
12	NC_022440	GGGGA	2	10	180111	180120	20 %	0 %	80 %	0 %	Non-Coding
13	NC_022440	TTTAT	2	10	188884	188893	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
14	NC_022440	TTTAG	2	10	191669	191678	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
15	NC_022440	CCTAA	2	10	197218	197227	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
16	NC_022440	TAAAA	2	10	197279	197288	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
17	NC_022440	CCCTT	2	10	204518	204527	0 %	40 %	0 %	60 %	Non-Coding
18	NC_022440	TTTTG	2	10	204584	204593	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
19	NC_022440	GCTTA	2	10	228387	228396	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
20	NC_022440	AATAG	2	10	243656	243665	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
21	NC_022440	TAAGA	2	10	244836	244845	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
22	NC_022440	AGTTT	2	10	254690	254699	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
23	NC_022440	TTCAA	2	10	279290	279299	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
24	NC_022440	TTTGT	2	10	281082	281091	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
25	NC_022440	CCCTT	2	10	328986	328995	0 %	40 %	0 %	60 %	Non-Coding
26	NC_022440	TAAGC	2	10	331980	331989	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
27	NC_022440	TAGCA	2	10	334181	334190	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
28	NC_022440	ATCTG	2	10	338831	338840	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
29	NC_022440	TCTTT	2	10	352631	352640	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
30	NC_022440	TGTTT	2	10	354489	354498	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
31	NC_022440	AACAA	2	10	357316	357325	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
32	NC_022440	TTTTG	2	10	357355	357364	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
33	NC_022440	TAACA	2	10	376587	376596	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
34	NC_022440	AAGCA	2	10	387018	387027	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
35	NC_022440	AATTA	2	10	392006	392015	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
36	NC_022440	TTAGA	2	10	414221	414230	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
37	NC_022440	CTCTA	2	10	416116	416125	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
38	NC_022440	ATTTA	2	10	418124	418133	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
39	NC_022440	TTTTG	2	10	418205	418214	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
40	NC_022440	CTTCT	2	10	419566	419575	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
41	NC_022440	AAATA	2	10	419892	419901	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
42	NC_022440	TAAAA	2	10	438398	438407	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
43	NC_022440	TAAAA	2	10	453776	453785	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
44	NC_022440	ATAAA	2	10	464949	464958	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
45	NC_022440	GTTAT	2	10	506033	506042	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
46	NC_022440	AAGAA	2	10	519269	519278	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
47	NC_022440	ATTTT	2	10	529178	529187	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
48	NC_022440	ATTTT	2	10	531649	531658	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
49	NC_022440	ATAAA	2	10	535423	535432	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
50	NC_022440	TAATT	2	10	539609	539618	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
51	NC_022440	TATTT	3	15	555324	555338	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
52	NC_022440	TAGAA	2	10	556468	556477	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
53	NC_022440	TGAAA	2	10	556621	556630	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
54	NC_022440	AGGTT	2	10	559254	559263	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
55	NC_022440	TTTAT	2	10	571035	571044	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
56	NC_022440	ACCAA	2	10	576244	576253	60 %	0 %	0 %	40 %	Non-Coding
57	NC_022440	TGTTT	2	10	579264	579273	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
58	NC_022440	AGTTT	2	10	580016	580025	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
59	NC_022440	CTTAG	2	10	581178	581187	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
60	NC_022440	GGGGA	2	10	596154	596163	20 %	0 %	80 %	0 %	Non-Coding
61	NC_022440	AATTT	2	10	599613	599622	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
62	NC_022440	AAATT	2	10	600759	600768	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
63	NC_022440	TTATT	2	10	629085	629094	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
64	NC_022440	ATACA	2	10	631685	631694	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
65	NC_022440	TTTTA	2	10	635244	635253	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
66	NC_022440	CTCTA	2	10	663702	663711	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
67	NC_022440	AAAGA	2	10	674666	674675	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
68	NC_022440	CCTAT	2	10	681040	681049	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
69	NC_022440	AAATC	2	10	684994	685003	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
70	NC_022440	CCCAA	2	10	690673	690682	40 %	0 %	0 %	60 %	Non-Coding
71	NC_022440	TCTTT	2	10	695625	695634	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
72	NC_022440	ATTAC	2	10	695695	695704	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
73	NC_022440	TATAA	2	10	719507	719516	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
74	NC_022440	TCTTT	2	10	779078	779087	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
75	NC_022440	AAAGA	2	10	795064	795073	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
76	NC_022440	CTCAT	2	10	795075	795084	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
77	NC_022440	ACTAA	2	10	802245	802254	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
78	NC_022440	ATTTT	2	10	805363	805372	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
79	NC_022440	ACTCT	2	10	805671	805680	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
80	NC_022440	AACTT	2	10	821367	821376	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
81	NC_022440	TAAAA	2	10	825122	825131	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
82	NC_022440	TAAAA	2	10	828204	828213	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
83	NC_022440	TTTTA	2	10	828365	828374	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
84	NC_022440	TAAAA	2	10	830797	830806	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
85	NC_022440	ATTTT	2	10	839114	839123	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
86	NC_022440	AAGAA	2	10	839232	839241	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
87	NC_022440	TCTAA	2	10	841613	841622	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
88	NC_022440	AAAAG	2	10	841664	841673	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
89	NC_022440	TAATT	2	10	870756	870765	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
90	NC_022440	TACTA	2	10	876250	876259	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
91	NC_022440	GTTAG	2	10	877924	877933	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
92	NC_022440	AGTAG	2	10	887366	887375	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
93	NC_022440	GAAAA	2	10	923292	923301	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
94	NC_022440	AATTT	2	10	927024	927033	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
95	NC_022440	TCTAC	2	10	955208	955217	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
96	NC_022440	CTACA	2	10	955350	955359	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
97	NC_022440	TAACT	2	10	961924	961933	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
98	NC_022440	CCTTT	2	10	962056	962065	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
99	NC_022440	TCAGT	2	10	962369	962378	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
100	NC_022440	ACATA	2	10	962663	962672	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
101	NC_022440	CTTTC	2	10	963743	963752	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
102	NC_022440	GGAGT	2	10	970691	970700	20 %	20 %	60 %	0 %	Non-Coding
103	NC_022440	GTTCT	2	10	983198	983207	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
104	NC_022440	GCTTA	2	10	1004460	1004469	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
105	NC_022440	TATAA	2	10	1022997	1023006	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
106	NC_022440	TAAAA	2	10	1030790	1030799	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
107	NC_022440	ATAAA	2	10	1030852	1030861	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
108	NC_022440	CCTTA	2	10	1060297	1060306	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
109	NC_022440	TTTTA	2	10	1088704	1088713	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.